МЕТОДЫ КОНФОРМАЦИОННАЯ ПОДВИЖНОСТЬ

ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
49
ÌÅÒÎÄÛ
ÓÄÊ 577.323
ÊÎÍÔÎÐÌÀÖÈÎÍÍÀß ÏÎÄÂÈÆÍÎÑÒÜ ÍÓÊËÅÎÑÎÌÛ:
ÈÑÑËÅÄÎÂÀÍÈÅ ÌÅÒÎÄÎÌ ÌÎËÅÊÓËßÐÍÎÉ ÄÈÍÀÌÈÊÈ
Ã.À. Àðìååâ, Ê.Â. Øàéòàí, À.Ê. Øàéòàí
(êàôåäðà áèîèíæåíåðèè; e-mail: alex@molsim.org)
Èññëåäîâàíèå ïðèíöèïîâ ðàáîòû õðîìàòèíà — îäíà èç êðàåóãîëüíûõ çàäà÷ ìîëåêóëÿðíîé áèîëîãèè, ñâÿçàííàÿ ñ ïîíèìàíèåì ïðîöåññîâ ýïèãåíåòè÷åñêîé ðåãóëÿöèè ýêñïðåññèè ãåíîâ, ðåïàðàöèè ÄÍÊ, ìåõàíèçìîâ íàñëåäñòâåííîñòè. Ýëåìåíòàðíîé åäèíèöåé îðãàíèçàöèè
õðîìàòèíà ÿâëÿåòñÿ íóêëåîñîìà — êîìïëåêñ ÄÍÊ è áåëêîâ ãèñòîíîâ. Ñòðóêòóðà íóêëåîñîìû,
ïîëó÷åííàÿ ìåòîäàìè ðåíòãåíîâñêîé êðèñòàëëîãðàôèè, íåêîòîðîå âðåìÿ ðàññìàòðèâàëàñü êàê
êîíå÷íîå îñíîâíîå êîíôîðìàöèîííîå ñîñòîÿíèå íóêëåîñîìû, îäíàêî âñå áîëüøå ýêñïåðèìåíòàëüíûõ äàííûõ óêàçûâàþò íà òî, ÷òî êîíôîðìàöèîííûé ïîëèìîðôèçì è äèíàìèêà íóêëåîñîì íåïîñðåäñòâåííî âëèÿþò íà ôóíêöèîíèðîâàíèå õðîìàòèíà. Òåì íå ìåíåå îòñóòñòâóåò
äåòàëüíîå ïîíèìàíèå êîíôîðìàöèîííîé äèíàìèêè íóêëåîñîì íà àòîìèñòè÷åñêîì óðîâíå.
 äàííîé ðàáîòå ìû ïîäîøëè ê ðåøåíèþ ýòîé çàäà÷è ïóòåì ìîäåëèðîâàíèÿ íóêëåîñîìû ìåòîäîì ìîëåêóëÿðíîé äèíàìèêè â ÿâíîì ðàñòâîðèòåëå. Èññëåäîâàëàñü äèíàìèêà íóêëåîñîìû
íà âðåìåííîì ïðîìåæóòêå 500 íñ. Ïðîèçâåäåí êîâàðèàöèîííûé àíàëèç òðàåêòîðèè ìîëåêóëÿðíîé äèíàìèêè ñèñòåìû ñ ïîñëåäóþùèì èññëåäîâàíèåì îáíàðóæåííûõ êîëëåêòèâíûõ äâèæåíèé. Èçó÷åíî ðàñïðåäåëåíèå ìîëåêóë âîäû â ñèñòåìå, ïðåäïîëàãàåòñÿ ðîëü âíóòðèíóêëåîñîìàëüíîé âîäû.
Êëþ÷åâûå ñëîâà: íóêëåîñîìà, õðîìàòèí, ìîëåêóëÿðíàÿ äèíàìèêà, ýïèãåíåòèêà.
Ãåíåòè÷åñêàÿ èíôîðìàöèÿ, çàêîäèðîâàííàÿ â
âèäå ïîñëåäîâàòåëüíîñòè íóêëåîòèäîâ â ëèíåéíîé
ìîëåêóëå ÄÍÊ, ñóììàðíàÿ äëèíà êîòîðîé â ðàçâåðíóòîì ñîñòîÿíèè ìîæåò äîñòèãàòü íåñêîëüêèõ
ìåòðîâ, ðàçìåùàåòñÿ â ýóêàðèîòè÷åñêèõ êëåòêàõ â
âåñüìà îãðàíè÷åííîé îáëàñòè ïðîñòðàíñòâà — ÿäðå
êëåòêè, ðàçìåðû êîòîðîãî íå ïðåâûøàþò 10 ìêì.
Êîìïàêòèçàöèÿ ìîëåêóë ÄÍÊ ïðè îäíîâðåìåííîì
îáåñïå÷åíèè äîñòóïà áåëêîâûõ ôàêòîðîâ ê íåîáõîäèìûì ó÷àñòêàì ãåíîìà è êîìïëåêñíàÿ ðåãóëÿöèÿ
äîñòóïà — îñíîâíûå ôóíêöèè õðîìàòèíà. Íà ïåðâîì ýòàïå êîìïàêòèçàöèè ÄÍÊ íàèáîëüøåå çíà÷åíèå èãðàåò âçàèìîäåéñòâèå ÄÍÊ ñ áåëêàìè-ãèñòîíàìè è ôîðìèðîâàíèå íóêëåîñîì. Ïîíèìàíèå
ñòðóêòóðû è îðãàíèçàöèè âçàèìîäåéñòâèé â íóêëåîñîìàõ ÿâëÿåòñÿ âàæíûì ýòàïîì íà ïóòè èçó÷åíèÿ
ñòðóêòóðû è äèíàìèêè õðîìàòèíà.
Ïðè îïèñàíèè ñòðóêòóðû õðîìàòèíà ïðèíÿòî
èñïîëüçîâàòü ñëåäóþùèå òåðìèíû: ÿäðî íóêëåîñîìíîé ÷àñòèöû (nucleosome core particle) — êîìïëåêñ èç âîñüìè ãèñòîíîâ è 145—147 ï.í. Òåðìèí
íóêëåîñîìà ïðèíÿòî ïîíèìàòü êàê ÿäðî íóêëåîñîìíîé ÷àñòèöû âìåñòå ñ ñîåäèíÿþùèìè ñîñåäíèå
íóêëåîñîìû ó÷àñòêàìè ÄÍÊ. Íóêëåîñîìó, ñîäåðæàùóþ ãèñòîí H1, íàçûâàþò õðîìàòîñîìîé. Äàëåå
ïî òåêñòó òåðìèíû íóêëåîñîìà è ÿäðî íóêëåîñîìíîé ÷àñòèöû ñëåäóåò ñ÷èòàòü ñèíîíèìè÷íûìè.
Ñòðóêòóðà íóêëåîñîì äîëãîå âðåìÿ ïîñëå èõ îòêðûòèÿ â 1974 ã. Ð. Êîðíáåðãîì [1] îñòàâàëàñü íåÿñ-
íîé, áûëî ïîñòðîåíî ìíîæåñòâî ìîäåëåé, îò áëèçêèõ ê ñîâðåìåííûì ïðåäñòàâëåíèÿì äî äîâîëüíî ýêñòðàâàãàíòíûõ. Äåáàòû ïî ïîâîäó ñòðóêòóðû
ïðîäîëæàëèñü âïëîòü äî 1997 ã., êîãäà ìåòîäàìè
ðåíòãåíîâñêîé êðèñòàëëîãðàôèè áûëà îïðåäåëåíà ïåðâàÿ ñòðóêòóðà íóêëåîñîìû ñ ïî÷òè àòîìàðíûì ðàçðåøåíèåì [2]. Íóêëåîñîìà ïðåäñòàâëÿåò
ñîáîé îêòàìåð áåëêîâ ãèñòîíîâ, êîòîðûé íåñåò íà
ñåáå 145—147 íóêëåîòèäíûõ ïàð. ÄÍÊ çàêðó÷åíà
âîêðóã îêòàìåðà, îáðàçóÿ 1,65 âèòêà ëåâîçàêðó÷åííîé ñóïåðñïèðàëè, ò.å. ÄÍÊ îòðèöàòåëüíî ñâåðõñïèðàëèçîâàíà. Áåëêîâîå ÿäðî íóêëåîñîìû îáðàçóåò öèëèíäð äèàìåòðîì 65 C è âûñîòîé 60 C.
Äëÿ íóêëåîñîìû õàðàêòåðíà îñü ïñåâäîñèììåòðèè — äèàäíàÿ îñü.  ÿäðî íóêëåîñîìû âõîäèò ÷åòûðå ñåìåéñòâà ãèñòîíîâ H3, H4, H2A è H2B,
êàæäûé èç ãèñòîíîâ ïðåäñòàâëåí äâàæäû. Âîñåìü
ãèñòîíîâ íóêëåîñîìû ñîáðàíû â ÷åòûðå ãåòåðîäèìåðà: äâà H3-H4 è äâà H2A-H2B. Êàæäîå ñåìåéñòâî ãèñòîíîâ âêëþ÷àåò â ñåáÿ ìíîæåñòâî ãèñòîíîâûõ âàðèàíòîâ, íåñìîòðÿ íà òî ÷òî ãèñòîíû
ÿâëÿþòñÿ îäíèìè èç ñàìûõ êîíñåðâàòèâíûõ áåëêîâ íàðàâíå ñ ðèáîñîìàëüíûìè áåëêàìè. Íàïðèìåð,
â ÿäðàõ êëåòîê Arabidopsis arenosa îáíàðóæåíî
13 âàðèàíòîâ H2A, 11 — H2B, 9 — H3 è 1 — H4,
çà÷àñòóþ îäíó ôîðìó ãèñòîíà êîäèðóþò íåñêîëüêî ãåíîâ [3], íàõîäÿùèõñÿ â òàê íàçûâàåìûõ ãèñòîíîâûõ êëàñòåðàõ.
Íà 145—147 ï.í., ðàçìåùåííûõ íà ãèñòîííîì
îêòàìåðå, ïðèõîäèòñÿ 14 ñàéòîâ ñâÿçûâàíèÿ. Êîí-
50
òàêòû ÄÍÊ ñ ãèñòîíàìè îáåñïå÷èâàþòñÿ â îñíîâíîì çà ñ÷åò ôîñôîäèýôèðíûõ ãðóïïèðîâîê ñàõàðîôîñôàòíîãî îñòîâà, òàêèì îáðàçîì, îáðàçîâàíèå
êîíòàêòîâ ïðÿìî íå çàâèñèò îò ïîñëåäîâàòåëüíîñòè.
Ñáîðêà íóêëåîñîì â æèâîé êëåòêå ïðîèñõîäèò ïðè
ïîìîùè ñëîæíîé ñèñòåìû áåëêîâ øàïåðîíîâ [4],
êîòîðûå òàêæå ìîãóò áûòü ñïåöèôè÷íû äëÿ ðàçëè÷íûõ âàðèàíòîâ ãèñòîíîâ.
Íóêëåîñîìà — ïîäâèæíàÿ ñòðóêòóðà, êîòîðîé ñâîéñòâåííû êàê âûñîêî÷àñòîòíûå òåïëîâûå
äâèæåíèÿ, òàê è êðóïíîìàñøòàáíûå êîíôîðìàöèîííûå ïåðåñòðîéêè. Èñõîäÿ èç ðàñïðåäåëåíèÿ
B-ôàêòîðîâ â êðèñòàëëè÷åñêèõ ñòðóêòóðàõ, ñëåäóåò îòìåòèòü, ÷òî ïîäâèæíîñòü ÄÍÊ çíà÷èòåëüíî âûøå, íåæåëè ïîäâèæíîñòü áåëêîâîé ñîñòàâëÿþùåé íóêëåîñîìû.  òî æå âðåìÿ íàõîäÿùèåñÿ
â ìàëûõ áîðîçäêàõ ÄÍÊ àðãèíèíû ïðåïÿòñòâóþò
ñêîëüæåíèþ ñïèðàëè ÄÍÊ íà ãèñòîíàõ, îãðàíè÷èâàÿ åå ìîáèëüíîñòü [5]. Ìàñøòàáíóþ ïîäâèæíîñòü íóêëåîñîì ïðèíÿòî ðàçäåëÿòü íà “äûõàíèå”
(breathing), ðàçìàòûâàíèå ÄÍÊ (unwinding) è ðàñêðûâàíèå (gapping) [6]. Ïåðâûå äâà òèïà êîíôîðìàöèîííîé ïîäâèæíîñòè îïèñûâàþò ÷àñòè÷íóþ
äèññîöèàöèþ ÄÍÊ îò ãèñòîíîâ, ïîä “äûõàíèåì”
ïîíèìàþò ñèììåòðè÷íîå ðàçìàòûâàíèå ÄÍÊ. Òàêèå äâèæåíèÿ ïîòåíöèàëüíî îáëåã÷àþò âõîæäåíèå
ïîëèìåðàç â íóêëåîñîìó è ïîêàçàíû ýêñïåðèìåíòàëüíî [7]. Èçâåñòíî, ÷òî ðàñêðó÷èâàíèå è “äûõàíèå” íóêëåîñîìû â ïðèñóòñòâèè ôàêòîðà ïåðåñòðîéêè õðîìàòèíà FACT (FAcilitates Chromatin
Transcription) ïðèâîäèò ê ñòàáèëèçàöèè “ðàñêðûòûõ” ñîñòîÿíèé, ïîâûøàÿ äîñòóïíîñòü íóêëåîñîì äëÿ ïîëèìåðàç [8]. Òðåòüå äâèæåíèå — ðàñêðûâàíèå — áûëî ïðåäñêàçàíî òåîðåòè÷åñêè. Ïîëàãàåòñÿ, ÷òî òàêîé òèï äâèæåíèé ìîæåò èãðàòü
ðîëü â îïðåäåëåíèè ïëîòíîñòè óïàêîâêè 30 íì
ôèáðèëëû ïðè êîëëåêòèâíîì äâèæåíèè âñåõ íóêëåîñîì [9].
Ïîíèìàíèå ïðèíöèïîâ ðàáîòû õðîìàòèíà —
ñëåäóþùàÿ áîëüøàÿ çàäà÷à ìîëåêóëÿðíîé áèîëîãèè,
ñðàâíèìàÿ ñ çàäà÷åé ðàñøèôðîâêè ãåíîìà. Íà óðîâíå íóêëåîñîì îñóùåñòâëÿåòñÿ áîëüøîå êîëè÷åñòâî
ðàçëè÷íûõ ìåõàíèçìîâ ðåãóëÿöèè ýêñïðåññèè ãåíîâ. Îäèí èç òàêèõ ìåõàíèçìîâ — òàê íàçûâàåìûé
íóêëåîñîìàëüíûé áàðüåð [10]. Ïðè ïðèáëèæåíèè
ÐÍÊ-ïîëèìåðàçû íóêëåîñîìà äîëæíà ïðåòåðïåâàòü
êîíôîðìàöèîííûå èçìåíåíèÿ, äëÿ òîãî ÷òîáû ñäåëàòü ÄÍÊ äîñòóïíîé.  ÷àñòíîñòè, èçâåñòíû ìóòàöèè (SIN ìóòàíòû), êîòîðûå îáëåã÷àþò òðàíñêðèïöèþ [11]. Ðàçëè÷íûå ïîñëåäîâàòåëüíîñòè èìåþò
ðàçíîå ñðîäñòâî ê ãèñòîíàì è ìîäóëèðóþò âåðîÿòíîñòü ïðîõîæäåíèÿ ïîëèìåðàçû.
Èçó÷åíèå ìåæìîëåêóëÿðíûõ âçàèìîäåéñòâèé
íà àòîìèñòè÷åñêîì óðîâíå è ïîíèìàíèå ýíåðãåòèêè äàííûõ âçàèìîäåéñòâèé, èõ ôóíêöèîíàëüíîé
çíà÷èìîñòè ÿâëÿåòñÿ îäíîé èç îñíîâíûõ çàäà÷ ìîëåêóëÿðíîé áèîëîãèè.  ïîñëåäíåå âðåìÿ â êîìïëåêñå ìåòîäîâ èññëåäîâàíèé íàðàâíå ñ òðàäèöè-
ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
îííûìè ýêñïåðèìåíòàëüíûìè ìåòîäàìè (âêëþ÷àÿ
ðåíòãåíîâñêóþ êðèñòàëëîãðàôèþ, FRET, ChIP-Seq,
ðàçëè÷íûå ìåòîäû àíàëèçà ñêîðîñòè òðàíñêðèïöèè
è äð.) âàæíóþ ðîëü ñòàëè èãðàòü ìåòîäû ñòðóêòóðíîãî è äèíàìè÷åñêîãî êîìïüþòåðíîãî ìîäåëèðîâàíèÿ.  ÷àñòíîñòè, ìåòîä ìîëåêóëÿðíîé äèíàìèêè
ðàññìàòðèâàåòñÿ êàê ñâîåîáðàçíûé “âû÷èñëèòåëüíûé ìèêðîñêîï” [12]. Íà îñíîâå “çàìîðîæåííûõ”
ñòðóêòóð áèîìàêðîìîëåêóë, ïîëó÷àåìûõ ìåòîäàìè
ðåíòãåíîâñêîé êðèñòàëëîãðàôèè, ìîëåêóëÿðíàÿ äèíàìèêà (ÌÄ) ïîçâîëÿåò ïîñòðîèòü äèíàìè÷åñêóþ
ìîäåëü, èññëåäîâàòü åå äâèæåíèÿ è êîíôîðìàöèîííûå èçìåíåíèÿ. Ìåòîäû êðèñòàëëîãðàôèè íå
ëèøåíû íåòî÷íîñòåé, ñâÿçàííûõ ñ ïëîòíîé óïàêîâêîé è îòáîðîì êîíôîðìåðîâ, ñîâìåñòèìûõ ñ
ýòîé óïàêîâêîé. Òàêæå ñëåäóåò îòìåòèòü, ÷òî ÌÄ
ïîçâîëÿåò ðåøàòü òàêèå çàäà÷è, êàê èññëåäîâàíèå
ðàñïðåäåëåíèÿ èîíîâ è âîäû âîêðóã áèîìîëåêóë,
êîòîðûå ñ òðóäîì ðåøàþòñÿ ìåòîäàìè êðèñòàëëîãðàôèè.
 ýòîé ñâÿçè îñíîâíîé öåëüþ äàííîé ðàáîòû
ÿâëÿëîñü èññëåäîâàíèå ñòðóêòóðíûõ è äèíàìè÷åñêèõ õàðàêòåðèñòèê íóêëåîñîì ìåòîäàìè êîìïüþòåðíîãî ìîäåëèðîâàíèÿ, à òàêæå îöåíêà ðîëè ðàñòâîðèòåëÿ â ôîðìèðîâàíèè ñòðóêòóðû íóêëåîñîì.
Ìàòåðèàëû è ìåòîäû
Äëÿ ïðîâåäåíèÿ èññëåäîâàíèé èñïîëüçîâàëîñü
ñèëîâîå ïîëå AMBER99SB-BSC0 [13, 14]. Ìîäåëü
áûëà ñîçäàíà íà îñíîâàíèè êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðû, âçÿòîé èç áàíêà PDB ñ èíäåêñîì 1KX5 [15].
Îò íóêëåîñîì óäàëÿëèñü ïîäâèæíûå ãèñòîíîâûå
“õâîñòû” ñîãëàñíî ïîçèöèÿì, âçÿòûì â ðàáîòå [16],
èîíû ìàðãàíöà çàìåíÿëèñü èîíàìè ìàãíèÿ. Èñïîëüçîâàëèñü ïðÿìîóãîëüíûå ðàñ÷åòíûå ÿ÷åéêè,
ðàçìåð êîòîðûõ ïîäáèðàëñÿ òàê, ÷òîáû íàèìåíüøåå ðàññòîÿíèå îò íóêëåîñîìû äî îäíîé èç ãðàíåé ÿ÷åéêè áûëî íå ìåíåå 1 íì. Âñå ñâîáîäíîå
ïðîñòðàíñòâî çàïîëíÿëîñü ìîëåêóëàìè âîäû, äëÿ
ìîäåëèðîâàíèÿ êîòîðîé ïðèìåíÿëàñü ìîäåëü TIP3P.
Èñïîëüçîâàëèñü èîíû íàòðèÿ è õëîðà â êîíöåíòðàöèè 150 ìÌ, êîíöåíòðàöèÿ èîíîâ ðàññ÷èòûâàëàñü êàê êîëè÷åñòâî èîíîâ ê îáúåìó ðàñòâîðèòåëÿ,
à íè ê îáúåìó ðàñ÷åòíîé ÿ÷åéêè. Òàêîé ñïîñîá,
ïðèìåíÿëñÿ òàê êàê â ñèëó ìàëûõ ðàçìåðîâ ìîäåëèðóåìîé ñèñòåìû, ñàìà ìîëåêóëà çàíèìàåò çíà÷èòåëüíûé îáúåì ÿ÷åéêè. Îáúåì ýëåìåíòàðíîé ÿ÷åéêè ðàâåí 2100 íì3.
Ðàñ÷åò òðàåêòîðèé äèíàìèêè ïðîèçâîäèëñÿ
ñ øàãîì èíòåãðèðîâàíèÿ 2 ôñ. Äëÿ òîãî ÷òîáû
èçáåæàòü ÷ðåçìåðíîãî ïåðåìåùåíèÿ íóêëåîñîìû
â ïðîñòðàíñòâå, íà Ña àòîìû àìèíîêèñëîò ãèñòîíà H3 íàêëàäûâàëñÿ äîïîëíèòåëüíûé ãàðìîíè÷åñêèé ïîòåíöèàë, âîçâðàùàþùèé èõ íà÷àëüíîå
ïîëîæåíèå. Äëÿ òîãî ÷òîáû èçáåæàòü êðàåâûõ ýôôåêòîâ, èñïîëüçîâàëèñü ïåðèîäè÷åñêèå ãðàíè÷íûå
óñëîâèÿ. Ýëåêòðîñòàòè÷åñêèå âçàèìîäåéñòâèÿ ó÷èòûâàëèñü ïðè ïîìîùè ìåòîäà PME [17] ñ øàãîì
ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
ðåøåòêè 1 C, ðàäèóñîì îáðåçàíèÿ âçàèìîäåéñòâèé
â ïðÿìîì ïðîñòðàíñòâå 1 íì è êóáè÷åñêîé èíòåðïîëÿöèåé. Äëÿ ó÷åòà âàí-äåð-âààëüñîâûõ âçàèìîäåéñòâèé èñïîëüçîâàëñÿ ðàäèóñ îáðåçàíèÿ â 1 íì
ñ ïëàâíûì âûðàâíèâàíèåì ïîòåíöèàëà íà ãðàíèöå îáðåçàíèÿ. Äëÿ òåðìîñòàòèðîâàíèÿ ðàñ÷åòíîé
ÿ÷åéêè ïðèìåíÿëñÿ ìîäèôèöèðîâàííûé òåðìîñòàò
Áåðåíäñåíà ñî ñòîõàñòè÷åñêîé ïðèáàâêîé [18], âîäà
è ìàêðîìîëåêóëà òåðìîñòàòèðîâàëèñü ðàçäåëüíî.
 êà÷åñòâå áàðîñòàòà ïðèìåíÿëñÿ èçîòðîïíûé áàðîñòàò Ïàðèíåëëî—Ðàìàíà [19]. Äëÿ èññëåäîâàíèÿ
êðóïíîìàñøòàáíûõ ñêîððåëèðîâàííûõ äâèæåíèé
íóêëåîñîìû èñïîëüçîâàëñÿ ìåòîä êîâàðèàöèîííîãî àíàëèçà, à òàêæå ìåòîä ðàñ÷åòà íàèìåíüøåãî ñðåäíåêâàäðàòè÷íîãî îòêëîíåíèÿ ñòðóêòóðû ïî
òðàåêòîðèè (RMSD). Ðàñ÷åòû ïðîèçâîäèëèñü â ïðîãðàììå Gromacs 4.5.4 [20] íà ñóïåðêîìïüþòåðå
ÌÃÓ “Ëîìîíîñîâ” [21] ñ èñïîëüçîâàíèåì îò 64
äî 1024 ïðîöåññîðîâ. Îáðàáîòêà òðàåêòîðèé ïðîèçâîäèëàñü ïðè ïîìîùè âñòðîåííûõ â ïàêåò Gromacs óòèëèò è ñîáñòâåííûõ èñïîëíÿåìûõ ôàéëîâ,
íàïèñàííûõ íà ÿçûêàõ Python è TCL íà âû÷èñëèòåëüíûõ êëàñòåðàõ êàôåäðû áèîèíæåíåðèè. Äëÿ
âèçóàëèçàöèè òðàåêòîðèé è ìîäåëåé ïðèìåíÿëàñü
ïðîãðàììà VMD 1.9.1. [22].
Ðåçóëüòàòû è îáñóæäåíèå
Ìîäåëèðîâàíèå íà ïðîòÿæåíèè 500 íñ ïîêàçàëî, ÷òî ñèñòåìà â öåëîì ìàëî èçìåíÿåò ñâîþ ôîðìó, ïðè ýòîì ïîäâèæíîñòü ÄÍÊ çíà÷èòåëüíî âûøå
òàêîâîé ó ãèñòîíîâ, ÷òî ñîâïàäàåò ñ ýêñïåðèìåí-
51
òàëüíûìè äàííûìè. Íàáîð êîíôîðìàöèé, êîòîðûå íóêëåîñîìà ïðèíèìàåò â òå÷åíèè ÌÄ, ïîêàçàí
íà ðèñóíêå. Ðàñïðåäåëåíèå ðàññ÷èòàííûõ B-ôàêòîðîâ âäîëü ïîñëåäîâàòåëüíîñòè ÄÍÊ îêàçàëîñü
ïîõîæå íà ðàñïðåäåëåíèå â êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðå, íî ïîäâèæíîñòü ÄÍÊ â ðàñ÷åòíîé ñèñòåìå
çíà÷èòåëüíî âûøå, òàê êàê ìîäåëèðîâàíèå ïðîèñõîäèò ïðè òåìïåðàòóðå 300° K, à êðèñòàëë íàõîäèòñÿ â êðèîãåííîì äèàïàçîíå òåìïåðàòóð. Ðàñ÷åò
B-ôàêòîðîâ äëÿ àòîìîâ â ñèñòåìå ïðîèçâîäèëñÿ
ïî ôîðìóëå B = 8π2<u2> ãäå <u2> — ñðåäíåêâàäðàòè÷íîå îòêëîíåíèå êîîðäèíàò àòîìà. Äîïîëíèòåëüíî ïîêàçàíà íåðàâíîìåðíîñòü ðàñïðåäåëåíèÿ
B-ôàêòîðîâ âäîëü ÄÍÊ, ÷òî ñâÿçàíî ñ áîëüøåé
ìîáèëüíîñòüþ è ðàñïëåòàíèåì ÄÍÊ âáëèçè ìåñò
âõîäà â íóêëåîñîìó.
Èç-çà âûñîêîé ïîäâèæíîñòè ÄÍÊ êîëè÷åñòâî
êîíòàêòîâ, îáðàçóåìûõ ÄÍÊ ñ ãèñòîíàìè, ïîñòîÿííî èçìåíÿåòñÿ è â ñðåäíåì îòëè÷àåòñÿ îò ÷èñëà êîíòàêòîâ â êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðå. Íàèáîëåå çàìåòíûå îòëè÷èÿ íàáëþäàþòñÿ â ïîçèöèè
+15—+35 îò âõîäà â íóêëåîñîìó, êîíôîðìàöèÿ
ÄÍÊ â êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðå, ïî âñåé âèäèìîñòè, íàïðÿæåíà è â õîäå äèíàìèêè ïðèõîäèò
â ðàâíîâåñíîå ñîñòîÿíèå.
Òàêæå ñòîèò îòìåòèòü, ÷òî â êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðå ìåæäó êîíòàêòàìè èìåþòñÿ ó÷àñòêè ÄÍÊ, íå ñâÿçàííûå ñ ãèñòîíàìè. Êîëè÷åñòâî
òàêèõ ó÷àñòêîâ â óñðåäíåííîé ïî òðàåêòîðèè ñòðóêòóðå ìåíüøå, à ñàìè ó÷àñòêè îòëè÷àþòñÿ ìåíüøåé
ïðîòÿæåííîñòüþ. Òàêèì îáðàçîì, èñïîëüçîâàíèå
Ãèñòîíû îòîáðàæåíû â âèäå âòîðè÷íîé ñòðóêòóðû, ÄÍÊ ïîêàçàíà â âèäå ëèíèé
52
êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðû äëÿ ïîñòðîåíèÿ ìîäåëè ñâÿçûâàíèÿ ÄÍÊ ñ ãèñòîíàìè íå â ïîëíîé
ìåðå âîñïðîèçâîäèò âêëàä êàæäîé ïàðû íóêëåîòèäîâ â ôîðìèðîâàíèå íóêëåîñîìû.
Êîâàðèàöèîííûé àíàëèç äâèæåíèé àòîìîâ â
ÌÄ, ïðîâåäåííûé ïî áåëêîâîìó îñòîâó ãèñòîíîâ
è îñòîâó ÄÍÊ, âûÿâèë íàáîð êðóïíîìàñøòàáíûõ
äâèæåíèé â íóêëåîñîìå. Íàèáîëåå àìïëèòóäíûé
ñîáñòâåííûé âåêòîð, ïîëó÷åííûé â ðåçóëüòàòå êîâàðèàöèîííîãî àíàëèçà, ìîæíî êëàññèôèöèðîâàòü
êàê äâèæåíèå ðàñêðûâàíèÿ íóêëåîñîìû.  ðàáîòå [9] ñîñòîÿíèå îòêðûòîé íóêëåîñîìû ïîëó÷èëè
èñêóññòâåííî, ïóòåì ôèêñàöèè êîíòàêòà ãèñòîíîâ
H3-H3 â êà÷åñòâå “ïåòëè” è ââåäåíèÿ äîïîëíèòåëüíîãî ïîòåíöèàëà äëÿ ðàñêðûòèÿ “ïåòëè”. Êîëè÷åñòâî ýíåðãèè, íåîáõîäèìîé äëÿ òîãî ÷òîáû
ðàñêðûòü íóêëåîñîìó (30 êêàë/ìîëü), ñëèøêîì âåëèêî äëÿ ñïîíòàííîãî ðàñêðûâàíèÿ íóêëåîñîìû.
Òåì íå ìåíåå ñ÷èòàåòñÿ, ÷òî òàêîå äâèæåíèå âîçìîæíî ïðè óñëîâèè êîëëåêòèâíîãî ïåðåõîäà öåëîé öåïè íóêëåîñîì [9]. Îáíàðóæåíèå äàííîé
ìîäû äâèæåíèé â òðàåêòîðèè ñâîáîäíîé äèíàìèêè ñâèäåòåëüñòâóåò î òîì, ÷òî äâèæåíèÿ, âåäóùèå
ê ðàñêðûòèþ íóêëåîñîìû, âîçìîæíû, íî, ñóäÿ ïî
èõ ìàëîé àìïëèòóäå, ìàëîâåðîÿòíû áåç íàëè÷èÿ
âíåøíèõ ñèë, ñïîñîáñòâóþùèõ êîíôîðìàöèîííîìó ïåðåõîäó.
Âîçìîæíîå ôóíêöèîíàëüíîå çíà÷åíèå äâèæåíèÿ ðàñêðûâàíèÿ íóêëåîñîì íåèçâåñòíî îäíîçíà÷íî, ïðåäïîëîæèòåëüíî, îíî ìîæåò èãðàòü ðîëü â
ïðîöåññå êîìïàêòèçàöèè 30-íàíîìåòðîâîé ôèáðèëëû [9]. Âåñüìà âåðîÿòíîé âèäèòñÿ âîçìîæíîñòü
îòêðûâàíèÿ íóêëåîñîì ïðè âçàèìîäåéñòâèè ÐÍÊïîëèìåðàçû II ñî âòîðîé ïåòëåé ÄÍÊ. Ýíåðãèÿ,
êîòîðóþ íåîáõîäèìî çàòðàòèòü äëÿ òîãî, ÷òîáû ðàñêðûòü íóêëåîñîìó, ñîñòîèò èç ýíåðãèè ãèäðàòàöèè íåïîëÿðíûõ ïðèëåãàþùèõ ó÷àñòêîâ ãèñòîíîâ
H2A-H2B è ýíåðãèè äåôîðìàöèè ñóïåðñïèðàëè
ÄÍÊ. Òàêèì îáðàçîì, íóêëåîñîìû ñ ãèñòîííûìè
âàðèàíòàìè, ñîäåðæàùèìè äðóãèå àìèíîêèñëîòíûå
îñòàòêè â ïîëîæåíèè êîíòàêòîâ, ìîãóò îòëè÷àòüñÿ âåðîÿòíîñòüþ îòêðûâàíèÿ, ÷òî ìîæåò ïðèâåñòè
ê óêîðà÷èâàíèþ èëè óäëèíåíèþ ïàóçû ïðè ïðîõîæäåíèè ÐÍÊ-ïîëèìåðàçû.
Âûÿâëåííîå äâèæåíèå ïðîèñõîäèò ñ äîâîëüíî íèçêîé äëÿ âðåìåí ìîäåëèðîâàíèÿ ÷àñòîòîé,
çà 500 íñ ñèñòåìà ïðåòåðïåâàåò òàêèå äâèæåíèÿ
îäíîêðàòíî, ÷òî ñâèäåòåëüñòâóåò î òîì, ÷òî ðàñ÷åò
íå äîñòàòî÷åí äëÿ îáíàðóæåíèÿ âñåõ ìîä äâèæåíèé. Çíà÷èòåëüíîãî óâåëè÷åíèÿ âðåìåíè ìîäåëèðîâàíèÿ íå ïîëó÷èòñÿ äîáèòüñÿ ïóòåì óâåëè÷åíèÿ
÷èñëà âû÷èñëèòåëüíûõ óçëîâ òåêóùåé àðõèòåêòóðû, òàê êàê ðîñò ïðîèçâîäèòåëüíîñòè ñèñòåìû
ñèëüíî îãðàíè÷åí øèíîé îáìåíà äàííûìè ìåæäó
óçëàìè. Äëÿ óâåëè÷åíèÿ âðåìåíè ìîäåëèðîâàíèÿ
ìîæíî èñïîëüçîâàòü âû÷èñëèòåëüíûå ìàøèíû, ñîçäàííûå ñïåöèàëüíî äëÿ ðåøåíèÿ çàäà÷ ìîëåêóëÿðíîé äèíàìèêè, íàïðèìåð êîìïüþòåð “Anton” [23],
ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
èëè ïðèáåãàòü ê èñïîëüçîâàíèþ îãðóáëåííûõ ìîäåëåé ðàñòâîðèòåëÿ èëè ñàìèõ íóêëåîñîì.
Íåñìîòðÿ íà ñòàáèëüíîñòü íóêëåîñîì è ïëîòíóþ óïàêîâêó ãèñòîíîâ â äèìåðû, îêòàìåð ãèñòîíîâ óïàêîâàí íåïëîòíî è ñîäåðæèò â ñåáå áîëüøîå
êîëè÷åñòâî ìîëåêóë âîäû, êîòîðûå ôîðìèðóþò
ñâîåîáðàçíûå âîäÿíûå “ìîñòèêè” â íóêëåîñîìå.
Êîëè÷åñòâî âîäû â ñîñòàâå íóêëåîñîìû äîâîëüíî
çíà÷èòåëüíî èçìåíÿåòñÿ íà ïðîòÿæåíèè âðåìåíè
ìîäåëèðîâàíèÿ è ïðåâîñõîäèò êîëè÷åñòâî âîäû â
êðèñòàëëè÷åñêîé ñòðóêòóðå. Íàèáîëüøèå èçìåíåíèÿ êîëè÷åñòâà õàðàêòåðíû äëÿ íàõîäÿùåéñÿ â íóêëåîñîìíîé ïîðå âîäû, â òî âðåìÿ êàê êîëè÷åñòâî
ìîëåêóë, íàõîäÿùèõñÿ âáëèçè êîíòàêòîâ äèìåðîâ
ãèñòîíîâ, ñîõðàíÿåòñÿ íåèçìåííûì. Íàèìåíüøåå
êîëè÷åñòâî ìîëåêóë âîäû (â ñðåäíåì 63 ìîëåêóëû) õàðàêòåðíî äëÿ êîíòàêòà äèìåðîâ ãèñòîíîâ
H3-H4, ôîðìèðóþùèõ òåòðàìåð — íóêëåîñîìíîå
ÿäðî, â òî âðåìÿ êàê îñòàëüíûå êîíòàêòû äèìåðîâ
ñîäåðæàò ïðèáëèçèòåëüíî îäèíàêîâîå êîëè÷åñòâî
ìîëåêóë âîäû (îêîëî 100 ìîëåêóë). Áîëüøåå ÷èñëî ìîëåêóë âîäû íà ó÷àñòêå âçàèìîäåéñòâèÿ äèìåðîâ ãèñòîíîâ ñâèäåòåëüñòâóåò î ìåíåå ïëîòíîì
êîíòàêòå, ÷òî íå ïðîòèâîðå÷èò ýêñïåðèìåíòàëüíûì
äàííûì, òàê êàê ãèñòîíû H2A-H2B óäàëÿþòñÿ èç
íóêëåîñîìû ëåã÷å âñåãî.
Íàëè÷èå â íóêëåîñîìå áîëüøîãî ÷èñëà ìîëåêóë âîäû ìåæäó ãèñòîíàìè äåëàåò åå ïðîíèöàåìîé
äëÿ îäíîâàëåíòíûõ èîíîâ, ïîçâîëÿÿ èì ýôôåêòèâíî ýêðàíèðîâàòü çàðÿæåííûå ãðóïïèðîâêè ãèñòîíîâ è ÄÍÊ. Íàèáîëåå âåðîÿòíûì íàçíà÷åíèåì
âîäû â íóêëåîñîìíîé ïîðå ÿâëÿåòñÿ ñíèæåíèå ñèëû
çàðÿäîâûõ âçàèìîäåéñòâèé ìåæäó ãèñòîíàìè, íåñóùèìè çíà÷èòåëüíûé ïîëîæèòåëüíûé çàðÿä çà ñ÷åò
ïîâûøåííîé äèýëåêòðè÷åñêîé ïðîíèöàåìîñòè. Ïîìèìî ýòîãî âîäà â íóêëåîñîìíîé ïîðå ïîçâîëÿåò
èîíàì ñâîáîäíî ïðîíèêàòü ñêâîçü íóêëåîñîìó è
ýêðàíèðîâàòü çàðÿäû íà ïîâåðõíîñòè ãèñòîíîâ.
 çàêëþ÷åíèè ðàáîòû ìîæíî ñäåëàòü ñëåäóþùèå âûâîäû: ñòðóêòóðà íóêëåîñîìû â öåëîì ñòàáèëüíà íà âðåìåíàõ ïîðÿäêà 500 íñ, à ñðåäè êðóïíîìàñøòàáíûõ êîëëåêòèâíûõ äâèæåíèé âûäåëÿåòñÿ ìîäà äâèæåíèé, ïðè êîòîðîé äâà ñóïåðâèòêà
ÄÍÊ (â ìåñòå ïåðåñå÷åíèÿ ñ äèàäíîé îñüþ íóêëåîñîìû) è ñâÿçàííûå ñ íèìè îáëàñòè ãèñòîíîâ
ïðèáëèæàþòñÿ è óäàëÿþòñÿ äðóã îò äðóãà. Äàííàÿ ìîäà äâèæåíèé ïîòåíöèàëüíî ñâÿçàíà ñ ïðîöåññàìè ïðîõîæäåíèÿ òðàíñêðèïöèè è ïëîòíîé
êîìïàêòèçàöèè õðîìàòèíà. Íóêëåîñîìà ñîäåðæèò
â ñâîåé ñòðóêòóðå áîëüøîå êîëè÷åñòâî ìîëåêóë
âîäû, â íóêëåîñîìàëüíîé ïîðå â ñðåäíåì ñîäåðæèòñÿ 178 ìîëåêóë âîäû, êîëè÷åñòâî ìîëåêóë âîäû
â êîíòàêòàõ äèìåðîâ ãèñòîíîâ âàðüèðóåò îò 62
äî 105.  îáðàçîâàíèè êîíòàêòà ìåæäó äâóìÿ äèìåðàìè ãèñòîíîâ H3-H4 ó÷àñòâóåò ìåíüøåå êîëè÷åñòâî ìîëåêóë âîäû (62), ÷åì ïðè îáðàçîâàíèè
àíàëîãè÷íîãî êîíòàêòà ìåæäó äèìåðàìè H3-H4 è
H2À-H2B (102—105).
ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
Âñå âû÷èñëåíèÿ ïðîèçâåäåíû ñ èñïîëüçîâàíèåì ñóïåðêîìïüþòåðíîãî êîìïëåêñà ÌÃÓ èìåíè Ì.Â. Ëîìîíîñîâà [21].
53
***
Äàííàÿ ðàáîòà âûïîëíåíà ïðè ïîääåðæêå ãðàíòà Ðîññèéñêîãî íàó÷íîãî ôîíäà (¹ 14-24-00031).
ÑÏÈÑÎÊ ËÈÒÅÐÀÒÓÐÛ
1. Kornberg R.D. Chromatin structure: A repeating unit
of histones and DNA // Science. 1974. Vol. 184. N 4139.
P. 868—871.
2. Luger K., Mader A.W., Richmond R.K., Sargent D.F.,
Richmond T.J. Crystal structure of the nucleosome core
particle at 2.8 C a resolution // Nature. 1997. Vol. 389.
N 6648. P. 251—260.
3. Talbert P.B., Ahmad K., Almouzni G. A unified phylogeny-based nomenclature for histone variants // Epigenet. Chromatin. 2012. Vol. 5. N 1. P. 7.
4. Burgess R.J., Zhang Z. Histone chaperones in nucleosome assembly and human disease // Nat. Struct. Mol.
Biol. 2013. Vol. 20. N 1. P. 14—22.
5. Biswas M., Langowski J., Bishop T.C. Atomistic simulations of nucleosomes // Wiley Interdiscip Rev Comput
Mol Sci. 2013. Vol. 3. N 4. P. 378—392.
6. Zlatanova J., Bishop T.C., Victor J.M., Jackson V.,
van Holde K. The nucleosome family: Dynamic and growing // Structure. 2009. Vol. 17. N 2. P. 160—171.
7. Tomschik M., van Holde K., Zlatanova J. Nucleosome dynamics as studied by single-pair fluorescence resonance energy transfer: A reevaluation // J. Fluoresc. 2009.
Vol. 19. N 1. P. 53—62.
8. Hondele M., Ladurner A.G. Catch me if you can
how the histone chaperone fact capitalizes on nucleosome
breathing // Nucleus-Austin. 2013. Vol. 4. N 6. P. 443—449.
9. Mozziconacci J., Victor J.M. Nucleosome gaping
supports a functional structure for the 30 nm chromatin
fiber // J. Struct. Biol. 2003. Vol. 143. N 1. P. 72—76.
10. Studitsky V.M., Clark D.J., Felsenfeld G. Overcoming a nucleosomal barrier to transcription // Cell. 1995.
Vol. 83. N 1. P. 19—27.
11. Flaus A., Rencurel C., Ferreira H., Wiechens N.,
Owen-Hughes T. Sin mutations alter inherent nucleosome
mobility // EMBO J. 2004. Vol. 23. N 2. P. 343—353.
12. Dror R.O., Dirks R.M., Grossman J.P., Xu H.F.,
Shaw D.E. Biomolecular simulation: A computational microscope for molecular biology // Annu. Rev. Biophys. 2012.
Vol. 41. P. 429—452.
13. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K., Maragakis P., Klepeis J.L., Dror R.O., Shaw D.E. Improved side-
chain torsion potentials for the amber ff99sb protein force
field // Proteins. 2010. Vol. 78. N 8. P. 1950—1958.
14. Guy A.T., Piggot T.J., Khalid S. Single-stranded
DNA within nanopores: Conformational dynamics and implications for sequencing; a molecular dynamics simulation
study // Biophys. J. 2012. Vol. 103. N 5. P. 1028—1036.
15. Davey C.A., Sargent D.F., Luger K., Maeder A.W.,
Richmond T.J. Solvent mediated interactions in the structure of the nucleosome core particle at 1.9 C resolution //
J. Mol. Biol. 2002. Vol. 319. N 5. P. 1097—1113.
16. Banks D.D., Gloss L.M. Equilibrium folding of
the core histones: The h3-h4 tetramer is less stable than
the h2a-h2b dimer // Biochemistry. 2003. Vol. 42. N 22.
P. 6827—6839.
17. Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L., Darden T.,
Lee H., Pedersen L.G. A smooth particle mesh ewald method // J. Chem. Phys. 1995. Vol. 103. N 19. P. 8577—8593.
18. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. Canonical
sampling through velocity rescaling // J. Chem. Phys. 2007.
Vol. 126. N 1. P. 014101
19. Nose S., Klein M.L. Constant pressure moleculardynamics for molecular-systems // Mol. Phys. 1983. Vol. 50.
N 5. P. 1055—1076.
20. Pronk S., Pall S., Schulz R., Larsson P., Bjelkmar P., Apostolov R., Shirts M.R., Smith J.C., Kasson P.M.,
van der Spoel D., Hess B., Lindahl E. Gromacs 4.5:
A high-throughput and highly parallel open source molecular simulation toolkit // Bioinformatics. 2013. Vol. 29. N 7.
P. 845—854.
21. Sadovnichy V., Tikhonravov A., Voevodin V., Opanasenko V. “Lomonosov”: Supercomputing at moscow state university // Contemporary high performance computing:
from petascale toward exascale / Ed. by S.V. Jeffery. Boca
Raton: CRC Press, 2013. P. 283—307.
22. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. Vmd: Visual
molecular dynamics // J. Mol. Graph. Model. 1996. Vol. 14.
N 1. P. 33—38.
23. Shaw D.E. Millisecond-long molecular dynamics
simulations of proteins on a special-purpose machine //
Biophys. J. 2013. Vol. 104. N 2. P. 45a.
Ïîñòóïèëà â ðåäàêöèþ
00.00.2014
CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF NUCLEOSOMES:
A MOLECULAR DYNAMICS STUDY
G.A. Armeev, K.V. Shaitan, A.K. Shaytan
One of the major problems of molecular biology is studying the underlying principles of chromatin work. This problem is associated with understanding the processes of epigenetic regulation of
gene expression, DNA repair and heredity mechanisms. The basic unit of chromatin organization is
nucleosome, which consists of DNA and histone proteins. For a long time nucleosome structure obtained by X-ray crystallography was considered as the ultimate and main conformational state of nucleosomes, but recent experimental data indicates that chromatin functions depends on conformation
state of nucleosomes. Nevertheless, there is no detailed understanding of the conformational dynamics
54
ÂÅÑÒÍ. ÌÎÑÊ. ÓÍ-ÒÀ. ÑÅÐ. 16. ÁÈÎËÎÃÈß. 2015. ¹ 3
of nucleosomes at the atomistic level. In this paper, we have addressed this problem using molecular dynamics simulations of nucleosome in explicit solvent. We have investigated the dynamics of
nucleosome on the 500 ns time interval, produced covariance analysis of the trajectory and derived
the collective motions, studied the distribution of water molecules in the system and assumed the role
of internal water.
Key words: nucleosomes, chromatin, molecular dynamics, epigenetics.
Ñâåäåíèÿ îá àâòîðàõ
Àðìååâ Ãðèãîðèé Àëåêñååâè÷ — àñïèðàíò êàôåäðû áèîèíæåíåðèè áèîëîãè÷åñêîãî ôàêóëüòåòà ÌÃÓ.
Òåë.: 8-906-759-56-35; e-mail: armeev@molsim.org
Øàéòàí Êîíñòàíòèí Âîëüäåìàðîâè÷ — äîêò. ôèç-ìàò. íàóê, ïðîô. êàôåäðû áèîèíæåíåðèè áèîëîãè÷åñêîãî ôàêóëüòåòà ÌÃÓ. Òåë.: 8-495-939-23-74; e-mail: shaytan49@yandex.ru
Øàéòàí Àëåêñåé Êîíñòàíòèíîâè÷ — êàíä. ôèç-ìàò. íàóê, ñò. íàó÷. ñîòð. êàôåäðû áèîèíæåíåðèè
áèîëîãè÷åñêîãî ôàêóëüòåòà ÌÃÓ. Òåë.: 8-495-939-57-38; e-mail: alex@molsim.org