Функциональная роль бактериальной 6S РНК в условиях клеточного стресса Овчаренко Анна Владимировна Студент Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова, химический факультет, Москва, Россия E-mail: anna.v.ovcharenko@yandex.ru 6S РНК – малая некодирующая РНК длиной около 200 нуклеотидных остатков, встречающаяся во многих классах бактерий. Основной функцией 6S РНК является ингибирование транскрипции, которое происходит за счет её способности связывать РНК-полимеразу. Благодаря консервативной вторичной структуре, имитирующей промотор ДНК, 6S РНК блокирует активный центр фермента и, как следствие, препятствует дальнейшей транскрипции [1]. Известно, что в бактерии Bacillus subtilis делеции кодирующих 6S РНК генов приводят к возрастанию уровня экспрессии ряда белков, участвующих в клеточном ответе на стрессовые условия [2]. Таким образом, функциональная роль 6S РНК в жизнедеятельности бактерий, вероятно, связана с регуляцией механизмов экспрессии генов в экстремальных условиях. В настоящем исследовании изучено влияние различных факторов стресса на жизнеспособность и скорость роста клеток B. subtilis и Escherichia coli. Для этого мутантные клеточные линии с делециями генов, кодирующих 6S РНК, культивировали в параллели с клетками дикого типа под воздействием кислотного, щелочного, осмотического, окислительного и других стрессов. Для B. subtilis не наблюдалось значительных различий в росте клеток дикого типа и мутантных клеточных линий. Однако для штамма E. coli, нокаутного по гену 6S РНК, в присутствии перекиси водорода было замечено замедление перехода клеток в экспоненциальную фазу роста по сравнению с клетками дикого типа. Изменение уровня экспрессии 6S РНК E. coli в различных фазах клеточного роста, в том числе в условиях окислительного стресса, анализировали методом блотгибридизации в варианте Нозерн. Для выявления белков, экспрессия которых в стрессовых условиях регулируется 6S РНК, был проведен протеомный анализ нокаутных штаммов по сравнению с клетками дикого типа. Белковые экстракты, выделенные из сравниваемых клеточных линий, метили флуоресцентными красителями Cy2 и Cy5 и анализировали методом двумерного гель-электрофореза. Белки, на экспрессию которых оказывает влияние 6S РНК, были идентифицированы при помощи MALDI-TOF спектрометрии. По предварительным данным 6S РНК ингибирует синтез фактора элонгации трансляции TufA, шаперона PpiB и фермента FabH, участвующего в метаболизме жирных кислот. В то же время экспрессия белков MglB, TnaA, MalE, а также алкилгидропероксидредуктазы AhpC в отсутствие 6S РНК снижалась. Список использованной литературы 1. K.M. Wassarman, G. Storz. 6S RNA regulates E. coli RNA polymerase activity // Cell. 2000. V. 101. P. 613. 2. P.G. Hoch, O.Y. Burenina, M.H. Weber, D.A. Elkina, M.V. Nesterchuk, P.V. Sergiev, R.K. Hartmann, E.A. Kubareva. Phenotypic characterization and complementation analysis of Bacillus subtilis 6S RNA single and double deletion mutants // Biochimie. 2015. V. 8. P. 2. Работа проводилась при поддержке гранта РФФИ-ННИО (№ 14-04-91336) в рамках образовательной программы «Международные исследовательские группы с участием молодых ученых». Автор выражает благодарность за научное руководство Бурениной Ольге Юрьевне.