Московский физико-технический институт ФГБУ Гематологический научный центр МЗ РФ Рухленко Алексей Сергеевич Математическое моделирование процессов тромбообразования в интенсивных потоках крови 05.13.18 – Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ Научный руководитель д.ф.-м.н., проф. Гурия Георгий Теодорович Москва 2012 План презентации 1. Введение. Особенности математического моделирования свертывания крови как среды с переменной реологией 2. Актуальность математического моделирования процессов тромбообразования в интенсивных течениях в стенозированных сосудах 3. Краткий обзор работ, посвященных математическому моделированию свертывания крови 4. Цели и задачи исследования 5. Положения, выносимые на защиту 6. Постановка задачи. Математическая модель 7. Расчетные сетки и численные методы 8. Типичные сценарии развития процессов тромбообразования 9. Параметрические диаграммы устойчивости жидкого состояния крови 10. Соотношения подобия 11. Благодарности 12. Список публикаций Введение Проблемы гидродинамики и массопереноса в том числе в средах со сложной реологией традиционно изучаются методами математического моделирования: Л.И. Седов (1970) Механика сплошной среды; М.А. Лаврентьев, Б.В. Шабат (1973) Проблемы гидродинамики и их математические модели К. Каро, Т. Педли, Р. Шротер, У. Сид (1981) Механика кровообращения; В.А. Левтов, С.А. Регирер, Н.Х. Шадрина (1982) Реология крови, Институт механики МГУ Э. Оран, Дж. Борис (1990) Численное моделирование реагирующих потоков; О.М. Белоцерковский (1994) Численное моделирование в механике сплошных сред; Р.П. Федоренко (1994) Введение в вычислительную физику Новое в численном моделировании: алгоритмы, вычислительные эксперименты, результаты. (2000) Под ред. А.С. Холодова; Компьютерные модели и прогресс медицины. (2001) Под ред. О.М. Белоцерковского и А.С. Холодова Особенности математического моделирования свертывания крови Изменение характера массопереноса вследствие протекания в среде химических реакций Реология среды изменяется под воздействием химических реакций Быстрота протекания каскадным механизмом химических реакций обеспечивается Формирование в потоке «новой фазы». Многофазность системы (четкая граница раздела фаз может отсутствовать) Нетривиальная топология течения (застойные зоны, вихри, и т.д.) Влияние сосудистой стенки Внутрисосудистое тромбообразование Общая схема взаимосвязи процессов Гемодинамика и реология Изменение реологических свойств среды Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Изменение проницаемости стенки и концентрации активаторов Сосудистая стенка и окружающая ткань Особенности массопереноса в системах с переменной реологией • Описание смены агрегатного состояния крови невозможно без физикоматематического аппарата, пригодного для описания процессов массопереноса в многофазной многокомпонентной реагирующей среде с переменными реологическими свойствами • К настоящему моменту поведение системы свертывания в бесконвективных условиях и условиях медленного течения (Re<<1, где Re — число Рейнольдса) исследовано достаточно подробно [Лобанов, Старожилова, Мат. Моделирование, 1997; Чуличков, 2000; Гузеватых; 2000] • Математическое моделирование процессов свертывания крови в интенсивных течениях до настоящего времени ограничивалось исследованием поведения системы свертывания в прямоточных сосудах [Злобина, 2009; Guria et al., 2010] • Однако, большинство смертельно опасных тромбов образуются в условиях интенсивного течения в стенозированных сосудах Разработка математических методов описания процессов тромбообразования в интенсивных течениях крови в стенозированных сосудах — актуальная научная задача Математическое описание многофазного течения при отсутствии четких границ раздела фаз Необходимость учета топологии течения при построении расчетных сеток Влияние особенностей кровотока на гран условия (проницаемость стенки) Внутрисосудистое тромбообразование Общая схема взаимосвязи процессов Гемодинамика и реология Изменение реологических свойств среды Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Изменение проницаемости стенки и концентрации активаторов Сосудистая стенка и окружающая ткань Краткие сведения об устройстве кинетического каскада регуляции свертывания крови Каскад свертывания крови [Г.Т. Гурия, 2002; Uzlova et al. 2008 // Phil Trans Royal Soc A] Проблемы «претендующего на полноту» математического описания ССК В последнее время начали появляться работы, в которых предлагаются математические модели каскада свертывания высокой размерности: [Anand et al., 2003, 2005, 2008, Ataullakhanov and Panteleev, 2005, Shibeko et al., 2010, Jones and Mann; Leiderman and Fogelson, 2011, Hockin et al., 2002, Butenas et al., 2004; etc...] Тонким местом построения таких моделей является большое число входящих в них плохо определяемых экспериментально констант скоростей реакций Современный уровень экспериментальных данных (в частности, неопределенность констант скоростей реакций) не позволяет обосновано строить верифициреумые модели высокой размерности [Wagenvoord, Hemker, Hemker, 2006; Hemker, Kerdelo, Kremers, 2012] По этой причине при выполнении численных расчетов в настоящей работе нами использовались качественные, т.е. феноменологические модели системы свертывания крови Рост сгустка в бесконвективных условиях • В бесконвективных условиях сгусток растет в пространстве с постоянной скоростью • Такое поведение обусловлено тромбиновой автоволной [Атауллаханов Ф. И., Гурия Г. Т. // Биофизика, 1994, Т. 39, No 1, С. 89–96; Атауллаханов, Ф. И., Гурия, Г. Т., Сафрошкина, А. Ю. // Биофизика 39, 97– 104 (1994); Ованесов М. В. Дисс... к.б.н., 2002.] Runyon M., Kastrup C., Johnson-Kerner B. et al. Effects of Shear Rate on Propagation of Blood Clotting Determined Using Microfluidics and Numerical Simulations // JACS. 2008. Vol. 130. Pp. 3458–3464. Методы расщепления по физическим процессам • Теоретический анализ феноменологической модели свертывания, показал [Лобанов, Старожилова, Мат. моделирование, 1997], что наряду со структурами типа локализованных сгустков и кольцевых структур может иметь место формирование структур, обладающих некристаллографическими элементами симметрии, похожими на мозаики Пенроуза • При численном моделировании возбудимых сред с активным восстановлением были разработаны новые численные методы расщепления по физическим процессам [Лобанов, Старожилова, 1997 & 2005; Гузеватых и соавт., 2000] Рост сгустка в медленных течениях (Re<<1) • Было показано, что при наличии гидродинамического потока порог потери устойчивости жидкого состояния крови определяется не только биохимическими, но и гидродинамическими характеристиками • Особенности роста сгустка в медленном течении (Re<<1): Как правило тривиальная топология течения (т.е. нет застойных зон) Формируются солидные тромбы (как и в бесконвективных условиях) Кровоток не влияет на проницаемость сосудистой стенки [А.Л. Чуличков и соавт., 2000; А.П. Гузеватых и соавт., 2000; Lobanov and Starozhilova, 2005] Рост сгустка в медленных течениях (Re<<1) Результаты численных экспериментов [А.Л. Чуличков и соавт., Мат. моделирование 12(3), 2000] Рост сгустка в медленных течениях (Re<<1) Результаты численных экспериментов [А.П. Гузеватых и соавт., Мат. моделирование 12(4), 2000] Рост сгустка в медленных течениях (Re<<1) Результаты численных экспериментов [Lobanov and Starozhilova, Pathophysiol Haemost Thromb 34, 2005] Структура диаграммы состояния крови (Re<5*10 -3) • Замедление кровотока способствует активации тромбообразования • Чем больше стеноз, тем вероятней запуск процессов тромбообразования Заполимеризованное состояние Жидкое состояние крови a – сосуд без стеноза, b – 50% стеноз, [А.П. Гузеватых и соавт., Мат. моделирование 12(4), 2000] где μ отражает скорость поступления активирующих веществ в сосуд Облака микросгустков в интенсивном кровотоке • Было экспериментально показано, что в интенсивном (Re ~ 100) потоке формированию крупных сгустков предшествует ряд стадий, на которых происходит формирование и рост микросгустков • Облака микросгустков могут быть детектированы с помощью ультразвуковых методов • Таким образом, в интенсивном течении могут образовываться сгусти, лишенные четкой границы раздела фаз [Uzlova S., Guria K., Guria G., 2008; Узлова С. Г., Гурия К. Г., Шевелев А. А. и др., 2008] Моделирование полимеризации фибрина • В общем случае математическое описание процесса полимеризации сводится к исследованию бесконечномерной системы уравнений Смолуховского • В работе [Guria, Herrero, Zlobina, 2009] с применением техники моментов была получена конечномерная система уравнений, описывающая в неком приближении процессы полимеризации фибрина • Были найдены условия гелеобразования [Guria, Herrero, Zlobina, 2009] • В численных экспериментах [Guria, Herrero, Zlobina, 2010] применительно к прямоточным сосудам были обнаружены режимы формирования облаков микросгустков Картина развития процессов тромбообразования в интенсивных течениях качественно отличается от наблюдаемой в медленном кровотоке Re << 10 -2 Образуются только солидные тромбы Re >> 10 Помимо солидных тромбов, образуются микротромбы, а также всевозможные рыхлые структуры Кровоток не оказывает существенного влияния на проницаемость сосудистой стенки Кровоток существенно влияет на проницаемость сосудистой стенки Как правило тривиальная топология течения Почти всегда образуются зоны возвратных течений Факторы, принимавшиеся во внимание при моделировании свертывания крови Гемодинамика и реология Образование солидных тромбов с четкой границей или же образование микросгустков Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Изменение концентрации активаторов Сосудистая стенка и окружающая ткань Специфика проанализированной модели Гемодинамика и реология Изменение фильтруемости (сопротивления и коэффициентов диффузии и увлечения потоком) среды Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Регуляция проницаемости стенки по отношению к прокоагулянтам Сосудистая стенка и окружающая ткань Необходимость использования неструктурированных сеток Ввиду ограниченности численных ресурсов для разрешения тонких структур и пограничных слоев представлялось необходимым проводить расчеты на неструктурированных сетках, при построении которых учитывается топология течения В интенсивном течении при наличии застойной зоны химические пограничные слои наблюдаются не только в пристеночной области сосуда, но и вдоль сепаратрисных поверхностей, отделяющих области кольцевых и пролетных траекторий жидких частиц Цели и задачи исследования • Цель настоящей работы: разработка математической модели, описывающей развитие процессов свертывания крови в интенсивных течениях в стенозированных сосудах, исследование характерных сценриев тромбообразования численными методами. • Задачи: 1. Критически пересмотреть и усовершенствовать существовавшие математические модели процессов тромбообразования, с целью учета специфики протекания процессов тромбообразования в интенсивных течениях (Re ~ 100) в стенозированных сосудах 2. Адаптировать методы построения неструктурированных сеток для исследования процессов тромбообразования в течениях с нетривиальной топологией 3. Исследовать условия пороговой гидродинамической активации системы свертывания крови в стенозированных сосудах при Re > 10 и построить параметрические диаграммы устойчивости жидкого состояния крови 4. Исследовать типичные сценарии локализованного и делокализованного развития процессов тромбообразования в интенсивных течениях Положения, выносимые на защиту 1. Феноменологическая модель системы свертывания крови усовершенствована за счет учета влияния потока крови на проницаемость сосудистой стенки и учета возможности формирования сгустков со сложной границей. 2. Найдены алгоритмы построения сетки, пригодные для численного исследования процессов тромбообразования в интенсивных течениях с нетривиальной топологией 3. Установлено, что в интенсивных течениях в стенозированных сосудах запуск процессов тромбообразования возможен как при интенсификации кровотока, так и при его замедлении. Диапазон скоростей кровотока, при которых имеет место активация процессов тромбооразования, ограничен как сверху, так и снизу Положения, выносимые на защиту 4. Найдены скейлинговые соотношения, связывающие степень закритичности системы со временем ожидания начала процессов макроскопического тромбообразования 5. Обнаружено 3 характерных сценария развития процессов тромбообразования в застойных зонах. Показано, что в зависимости от скорости кровотока активация процессов тромбообразования может приводить как к формированию солидных тромбов, так и к формированию флотирующих структур, лишенных четкой границы раздела фаз 6. Показано, что для всех 3 обнаруженных сценариев общей является стадия формирования нитевидной фибриновой структуры, растущей вдоль сепаратрисы, отделяющей застойную зону от области пролетных траекторий жидких частиц Геометрия расчетной области Исследовался 2D случай (длина участка сосуда Lx=7.5 см, ширина Ly=1 см) Касательное пристеночное напряжение может резко локально повышать проницаемость сосудистой стенки μ В частности, речь может идти о разрыве атеросклеротической бляшки – основной по мнению клиницистов причине инфарктов и инсультов Геометрия расчетной области Исследовался 2D случай (длина участка сосуда Lx=7.5 см, ширина Ly=1 см) Касательное пристеночное напряжение может резко локально повышать проницаемость сосудистой стенки μ В частности, речь может идти о разрыве атеросклеротической бляшки – основной по мнению клиницистов причине инфарктов и инсультов Описание течения крови • αp отражает влияние формирующейся полимерной сети фибрина на поток крови (закон Дарси) Специфика проанализированной модели Гемодинамика и реология Сопротивление αp, коэффициенты диффузии и увлечения потоком Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Регуляция проницаемости стенки по отношению к прокоагулянтам Сосудистая стенка и окружающая ткань Критерий образования геля • Полагалось, что гелеобразование ячейке наступало тогда, когда имело место формирование полуразбавленного раствора • В полуразбавленном растворе полимерные клубки перекрываются • Полагалось, что нуклеация полимерных клубков происходит исключительно на примесях (гетерогенная нуклеация), концентрация которых равна n0 • Полимерные цепи полагались идеальными (гауссов клубок) с длиной мономера l0 и длиной куновского сегмента в K мономеров • В таком случае перекрывание полимерных клубков имеет место, когда: где [de Gennes, 1979 // Scaling concepts in polymer physics] Фильтрационное сопротивление фибринового геля • Полагалось, что молекулы фибрина оказывают сопротивление потоку только при Nw > Nwpol • Известно, что фильтрационное сопротивление пористой среды зависит от характерного размера пор следующим образом: • Где характерный размер пор ξ был оценен с помощью скейлингового подхода [de Gennes, 1979]: • Здесь Ф — объемная доля фибрина, Ф ~ M1 Инфильтрация в поток прокоагулянтов • Полагается, что из прилегающей к сосуду ткани в поток могут инфильтроваться первичные прокоагулянты (переменная u) • Полагалось, что проницаемость сосудистой стенки по отношению к первичным прокоагулянтам μ зависит от касательного напряжения γsh кусочнолинейным образом Специфика проанализированной модели Гемодинамика и реология Сопротивление αp, коэффициенты диффузии и увлечения потоком Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации Регуляция проницаемости стенки μ(|γsh|) по отношению к прокоагулянтам Сосудистая стенка и окружающая ткань Кинетика реакций свертывания [Guria, Herrero, Zlobina, 2009; Guria, Herrero, Zlobina, 2010] Кинетика реакций свертывания [Guria, Herrero, Zlobina, 2009; Guria, Herrero, Zlobina, 2010] Кинетика реакций свертывания [Guria, Herrero, Zlobina, 2009; Guria, Herrero, Zlobina, 2010] Диффузия и конвекция полимерных цепей • Для описания диффузии полимерных цепей было использовано следующее асимптотическое выражение: • Оно совпадает с хорошо известными зависимостями для коэффициента диффузии, когда: • Для учета замедления конвективного массопереноса при зацеплении полимерных молекул использовалось следующее выражение: [де Жен, 1982; Гросберг и Хохлов, 1989; Дой и Эдвардс, 1998] Специфика проанализированной модели Гемодинамика и реология αp(M1, M2), Df , bp Кинетика каскадных химических реакций и процессы полимеризации μ(|γsh|) Сосудистая стенка и окружающая ткань Процесс генерации сетки Начальное приближение Процесс генерации сетки Конечная сетка Численные методы • Использовался метод конечных объемов • Расчет поля течения производился с помощью алгоритма SIMPLE • Кинетика факторов свертывания рассчитывалась с помощью метода разделения по физическим процессам: • Полушаг расчета процессов массопереноса: разности против потока для описания конвекции и центральные разности для описания диффузии (с коррекцией ошибок, вызванной неортогональностью сетки) • Полушаг химических реакций — метод дифференцирования назад • Для описания процессов смены агрегатного состояния крови в стенозированных сосудах при Re>10 разработан специализированный программный комплекс на основе библиотек открытых кодов: OpenFOAM, SUNDIALS, SALOME и ParaView. Поведение системы в подпороговом режиме • Первичный активатор попадает в поток в зоне повышенных значений касательного напряжения • В результате в потоке формируются облака микросгустков • В основном микросгустки скапливаются в застойной зоне Поведение системы в подпороговом режиме • Первичный активатор попадает в поток в зоне повышенных значений касательного напряжения • В результате в потоке формируются облака микросгустков • В основном микросгустки скапливаются в застойной зоне Предполагаемые центры нуклеации • Полагалось, что окрестности локальных максимумов концентрации микросгустков будут выступать в качестве центров нуклеации в надпороговых режимах Поведение системы в запороговых режимах Образование сгустка через промежуточную стадию формирования нити Сценарий №1 (Re = 130, ) Поведение системы в запороговых режимах Рост сгустка из двух центров Сценарий №2 (Re = 130, ) Поведение системы в запороговых режимах Формирование флотирующей структуры Сценарий №3 (Re = 200, ) Флотирующие структуры фибрина Результаты in vitro экспериментов Uzlova S., Guria K., Guria G. Acoustic determination of early stages of intravascular blood coagulation // Philos Trans R Soc A. — 2008. — Vol. 366. — P. 3649–3661 Нити фибрина Флотирующие структуры фибрина Сгустки фибрина Параметрическая диаграмма устойчивости жидкого состояния крови Околокритическое соотношение подобия (при Re=const) • Было обнаружено, что при фиксированном числе Рейнольдса вблизи границы потери устойчивости жидкого состояния крови время нуклеации процессов макроскопического тромбообразования T* зависит от следующим образом: Околокритическое соотношение подобия (при μ=const) • Было обнаружено, что при фиксированном при приближении к границе потери устойчивости жидкого состояния крови справа время нуклеации процессов макроскопического тромбообразования T* зависит от числа Рейнольдса Re следующим образом: Влияние формы бляшки на активацию внутрисосудистого свертывания • • Характерный вид диаграмм устойчивости жидкого состояния Выводы 1. Построена математическая модель, описывающая процессы активации плазменного звена системы свертывания крови в интенсивных течениях в стенозированных сосудах. 2. Найдены алгоритмы построения сетки, пригодные для численного исследования процессов тромбообразования в интенсивных течениях с нетривиальной топологией. Разработан программный комплекс для численного анализа построенной модели. 3. Показано, что в интенсивных течениях потеря устойчивости жидкого состояния крови возможная как при интенсификации кровотока, так и при его замедлении. Диапазон скоростей кровотока, при которых имеет место активация процессов тромбооразования ограничен как сверху, так и снизу. Выводы 4. Обнаружено 3 характерных сценария развития процессов тромбообразования в застойной зоне. Показано, что в зависимости от скорости кровотока и параметров бляшки, актиация процессов тромбообразования может приводить как к формированию солидных тромбов, так и флотирующих структур, лишенных четкой границы раздела фаз. 5. Показано, что для всех 3 обнаруженных сценариев общей является стадия формирования нитевидной фибриновой структуры, растущей вдоль сепаратрисы, отделяющей застойную зону от области пролетных траекторий жидких частиц 6. Найдены скейлинговые соотношения, связывающие степень закритичности системы со временем ожидания начала процессов макроскопического тромбообразования Благодарности • Д.ф.-м.н., проф. Г.Т. Гурия • Д.ф.-м.н., проф. А.П. Фаворский, д.ф.-м.н., проф. С.И. Мухин • Д.ф.-м.н. К.Г. Гайнуллин • Prof. M.A. Herrero • К.ф.-м.н. С.С. Симаков • К.ф.-м.н. К.Е. Злобина, к.ф.-м.н. О.А. Дудченко • К.б.н. С.Г. Узлова, К.Г. Гурия • Сотрудники кафедры физики живых систем МФТИ • Работа была выполнена при частичной поддержке гранта МНТЦ №3744 «Численное моделирование течения крови и явлений свертываемости в сердечно-сосудистой системе человека» Публикации по теме диссертации Статьи 1. Рухленко А. С., Дудченко О. А., Злобина К. Е., Гурия Г. Т. Пороговая активация внутрисосудистого свертывания крови вследствие повышения пристеночного касательного напряжения // Труды МФТИ. 2012. Т. 4, No 2. С. 192–201 2. Рухленко А. С., Злобина К. Е., Гурия Г. Т. Гидродинамическая активация свертывания крови в стенозированных сосудах. Теоретический анализ // Компьютерные Исследования и Моделирование. 2012. Т. 4, No 1. С. 155–183 Публикации по теме диссертации Тезисы 3. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Теоретический анализ процессов активации плазменного звена системы свертывания крови в условиях стеноза // Научная школа “Нелинейные волны – 2010”. Нижний Новгород: 2010. С. 106–107. 4. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Гидродинамическая активация свертывания крови в стенозированных сосудах. Теоретический анализ // 15-ая международная Пущинская школаконференция молодых ученых “Биология – наука XXI века”. Пущино: 2011. С. 216–217. 5. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Гидродинамическая активация свертывания крови в сосудах со стенозом. Теоретический анализ // Международная научная конференция “Современные проблемы математики и ее приложения в естественных науках и информационных технологиях”. Харьков: 2011. 6. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Теоретический анализ гидродинамической активации системы свертывания крови // 54-ая научная конференция МФТИ. Долгопрудный: 2011. С. 44–45. 7. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Теоретический анализ гидродинамической активации системы свертывания крови в стенозированном сосуде // Научная школа “Нелинейные волны – 2012”. Нижний Новгород: 2012. С. 111–112. 8. Рухленко А.С., Дудченко О.А., Гурия Г.Т. Теоретический анализ гидродинамической активации свертывания крови в стенозированных сосудах // XIX Международная конференция “Математика. Компьютер. Образование”. Дубна: 2012. С. 63. 9. Rukhlenko A.S., Zlobina K.E., Guria G.T. Threshold activation of coagulation cascade in intensive flow and formation of fibre-like fibrin polymer networks // International Conference “Instabilities and Control of Excitable Networks: From macro- to nano-systems”. Dolgoprudny: 2012. P. 46. 10. Рухленко А.С., Злобина К.Е., Гурия Г.Т. Теоретический анализ активации и ранних этапов развития процессов тромбообразования в стенозированном сосуде // IV Съезд Биофизиков России. Т. II. Нижний Новгород: 2012. С. 124. Спасибо за внимание! Intravascular clot growth at low Reynolds number [A.L. Chulichkov et al., 2000] Моделирование полимеризации фибрина • Процессы ассоциации и фрагментации: • Бесконечная цепочка уравнений Смолуховского: • Моменты распределения: Моделирование полимеризации фибрина • Уравнения кинетики полимеризации в терминах моментов: • Условие обрезания бесконечной цепочки уравнений: [Guria, Herrero, Zlobina, 2009] Zone 1 – located nearby the proximal end of separation line Zone 2 – center of recirculation zone Zone 3 – located nearby the distal end of separation line The local maximum of microthrombi concentration in zone 3 was not resolved by numerical calculations Presumable nucleation centres - summary •The local maximum of activator (thrombin) concentration in zone 1 is much more than ~3 orders of magnitude higher than in zone 2 •The same is true for second momentum (M2) of fibrin distribution This means that zone 1 should be treated as primary nucleation zone in the system considered