GN ID AC
реклама
Таблица 1. Описание последовательности запроса GN ID GALE AC OC Len P24325 UDP-glucose 4-epimerase (EC 5.1.3.2) (Galactowaldenase) (UDP-galactose 4epimerase). HAEMOPHILUS INFLUENZAE 338 Обозначения: GN – название гена ID – идентификатор последовательности в банке данных SwissProt AC – номер документа в банке данных SwissProt OC – название организма Len – длина последовательности Таблица 2. Описание выравниваний с последовательностями потенциальных гомологов Global Align. BLAST H_AC H_OC 70-90% Q9CNY5 Pasteurella multocida 55-70% P55180 Bacillus subtilis 45-55% Q9SN58 Arabidopsis thaliana 40-45% Q7WTB1 Lactobacillus helveticus H_Len E-value 338 aa e-173 339 aa e-126 350 aa e-103 330 aa 2e-69 A_Len A_Score A_ID А_Pos A_ScoreB Q_From Q_To H_From H_To G_Len G_Score G_ID G_Sim 338 1562 87% 92% 606 1 338 1 338 338 1562.0 87.3% 92.6% 337 1156 65% 78% 449 1 337 1 336 340 1157.0 64.7% 77.9% 338 960 55% 72% 374 3 336 5 341 351 958.0 53.0% 69.8% 339 667 43% 59% 261 1 338 1 329 340 672.0 43.2% 59.4% G_NGap 0 0.9% 4.0% 3.5% Обозначения: H_AC – номер документа потенциального гомолога (хита) в банке данных SwissProt; H_OC – название организма потенциального гомолога; H_Len – длина последовательности потенциального гомолога; E-value – E-value выравнивания; A_Len – длина локального выравнивания; A_Score – вес Смита-Ватермана локального выравнивания; A_ScoreB – нормированный вес локального выравнивания в битах; A_ID – процент идентичности локального выравнивания; A_Pos – процент сходства локального выравнивания; Q_From, Q_To – начало и окончание локального выравнивания в последовательности запроса; H_From, H_To – начало и окончание локального выравнивания в последовательности потенциального гомолога; G_Len – длина глобального выравнивания; G_Score – вес глобального выравнивания; G_ID - процент идентичности глобального выравнивания; G_Sim – процент сходства глобального выравнивания; G_NGap – суммарное количество гэпов глобального выравнивания (не включая концевые гэпы)
