Уважаемые студенты первого курса! Зачет за первый блок второго семестра по курсу биоинформатики вы сможете получить, если до указанной ниже даты преподаватели смогут обнаружить на вашем веб-сайте страницы с отчетом о проделанной работе. Группа I II III Дата сдачи 14 марта 2005 21 марта 2005 16 марта 2005 Содержание веб-страниц с отчетом о проделанной работе 1. Страница term2.html Это главная страница для отчетов за второй семестр. На главной странице вашего веб-сайта должна появится ссылка на эту страницу. Название страницы – “Второй семестр” Ссылка на страницу sw_prot.html с названием “Банки данных Swiss-Prot и UniProt” ссылка на страницу blosum.html с названием “Матрицы весов аминокислотных замен” 2. Страница sw_prot.html Название страницы – “Банки данных Swiss-Prot и UniProt” Подзаголовок 1 - “Данные банка Swiss-Prot о белке <название вашего белка>” Таблица с описанием данных о вашем белке, созданная вами на занятии №1 Ссылка на документ банка данных Swiss-Prot с описанием вашего белка. Подзаголовок 2 - “Результаты поиска в БД UniProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и у белка <название вашего белка>” Текст с названием поисковой системы, с помощью которой производился поиск и ссылка на главную страницу этой системы. Таблица с описанием результатов поиска белков с таким же кратким описанием, как и у вашего белка в трех таксонах: Археи, Бактерии, Эукариоты. Таблица должна быть представлена в следующем виде: Таксон Запрос Количество найденных документов 3. Страница blosum.html Название страницы – “Матрицы весов аминокислотных замен” Подзаголовок 1 – “Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку <название вашего белка>” Описание блока: идентификатор, количество последовательностей, ширина блока. Ссылка на веб-страницу блока. Изображение множественного выравнивания блока. Степень консервативности колонок должна быть отображена цветом в соответствии с 4 уровнями консервативности: более 80% идентичности, более 60% идентичности, более 40% идентичности, ниже 40% идентичности. Пояснение к выравниванию с описанием того, какой цвет отвечает какому уровню консервативности. Подзаголовок 2 – “Веса аминокислотных замен” Заголовок таблицы – “Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока <идентификатор блока> из базы данных BLOCKS” Таблица со значениями для трех пар аминокислот, которая должна иметь вид: Пара n p q q s аминокислот Подпись к таблице с расшифровкой указанных величин Заголовок таблицы – “Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS” Таблица со значениями для трех пар аминокислот и подпись к таблице как в предыдущем случае. Заголовок таблицы - “Сравнение весов аминокислотных замен” Таблица со значениями весов аминокислотных замен для трех пар аминокислот и трех источников значений весов в виде: Пара Блок <идентификатор 200 блоков BLOSUM62 аминокислот блока> Текст, поясняющий значения весов аминокислотных замен, указанных в таблице. Должны быть обсуждены значения весов замен для разных пар аминокислот по данным матрицы BLOSUM62. Должно присутствовать обсуждение совпадений или отличий ваших вычислений от матрицы BLOSUM62. Напоминания и рекомендации к выполнению зачетного задания В таблице с описанием данные банка Swiss-Prot о вашем белке будьте внимательны: в строке “Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа” соответствует метке AC, а “Стандартное имя последовательности” метке ID При раскраске множественного выравнивания вашего блока пользуйтесь программой GeneDoc. Для импорта выравнивания сохраните сначала его в отдельном файле в FASTA формате. Для этого на веб-странице банка данных BLOCKS, содержащей описание вашего блока, используйте ссылку “Re-format”. В появившейся текстовой области оставьте только один, выбранный вами блок. Из выпадающего меню выберите формат “Fasta” и нажмите кнопку “Re-format” Способ оценки зачетного задания Максимальное количество баллов за это зачетное задание – 30 баллов. За общее оформление – 3 балла За страницу sw_prot.html – 7 баллов За первую часть страницы blosum.html (множественное выравнивание блока) – 5 баллов За вторую часть страницы blosum.html (веса аминокислотных замен) – 15 баллов