УТВЕРЖДАЮ Директор ИНК ___________ В.Н.Бориков «___» ____________2015 г. БАЗОВАЯ РАБОЧАЯ ПРОГРАММА МОДУЛЯ (ДИСЦИПЛИНЫ) БИОХИМИЯ Направление ООП 12.03.04 биотехнические системы и технологии Номер кластера (для унифицированных дисциплин)_________________ Профиль подготовки Биотехнические и медицинские аппараты и системы Квалификация (степень) Бакалавр Базовый учебный план приема 2015 г. Курс 3 семестр 5 Количество кредитов 3 Код дисциплины ДИСЦ.В.М7 Виды учебной деятельности Временной ресурс по очной форме обучения Лекции, ч 16 Практические занятия, ч 0 Лабораторные занятия, ч 16 Аудиторные занятия, ч 32 Самостоятельная работа, 76 ч ИТОГО, ч 108 Вид промежуточной аттестации зачет Обеспечивающее подразделение кафедра промышленной и медицинской электроники ИНК ТПУ Заведующий кафедрой _____________ Губарев Ф.А. (ФИО) Руководитель ООП _____________ Фокин А.В. (ФИО) Преподаватель ______________ Толмачев И.В. (ФИО) 2015 г. 1. Цели освоения дисциплины В результате освоения данной дисциплины студенты приобретает знания, умения и навыки, обеспечивающие достижение целей Ц1 и Ц2 основной образовательной программы «Биотехнические системы и технологии». Целью учебной дисциплины является: в области обучения – формирование специальных знаний, умений, навыков расчета и проектирования, а также компетенций в сфере современных высокоэффективных биотехнических систем; в области воспитания – научить эффективно работать индивидуально и в команде, проявлять умения и навыки, необходимые для профессионального, личностного развития; в области развития – подготовка студентов к дальнейшему освоению новых профессиональных знаний и умений, самообучению, непрерывному профессиональному самосовершенствованию. Дисциплина нацелена на подготовку бакалавров к изучению: представлений о целостности и гомеостазе живых систем; ознакомить с биологической формой организации материи, принципами воспроизводства и развития живых систем; ознакомить с принципами строения и функционирования организма человека и животных; сформировать представление о физиологических системах и процессах жизнедеятельности. 2. Место дисциплины в структуре ООП Дисциплина «Биохимия» является основной в подготовке бакалавров, изучает основные процессы жизнедеятельности организма и возможности управления этими процессами. Является пререквезитом для дисциплины «Компьютерные технологии в медико-биологических исследованиях». 3. Результаты освоения дисциплины При изучении дисциплины студенты ознакомятся с принципами строения основных биохимических элементов; характеристиками, свойствами и формулами химических связей; принципами взаимодействия химических элементов; фундаментальными законами природы и основными химическими законами; вычислительными методами анализа биологических последовательностей После изучения данной дисциплины студенты приобретают знания, умения и опыт, соответствующие результатам основной образовательной программы. Соответствие результатов освоения дисциплины «Биохимия» формируемым компетенциям ООП представлено в таблице. Таблица 1 Составляющие результатов обучения, которые будут получены при изучении данного модуля Результаты Составляющие результатов обучения обучения (компетенВладеЗнания Код Умения Код ции из Код ние ФГОС) Р.1. З1.5 особенности биологиче- У1.2 физические и химические В1.2 (ОПК1, ОПК2,) ского объекта как объекта законы для решения пракисследований тических задач практического применения законов физики, химии и экологии Р.5. З5.1 роль измерения в медико- У5.1 применять методы диагно(ОПК1, ОПК2,) биологической практике стических исследований В результате освоения дисциплины «Биохимия» студентом должны быть достигнуты следующие результаты: Таблица 2 Планируемые результаты освоения модуля № п/п РД1 Результат Знать основные биохимические закономерности организма; особенности управления биохимическими процессами организма; общие закономерности обмена веществ в организме. пользоваться специальной биохимической и медицинской РД2 терминологией; работать с литературой для биохимиков и с медицинской литературой Владеть методами анализа биологических последовательноРД3 стей; навыками интерпретации анализа основных биологических жидкостей организма (крови, мочи, желчи, желудочного сока и других). *Расшифровка кодов результатов обучения и формируемых компетенций представлена в Основной образовательной программе подготовки магистров по направлению 12.03.04 биотехнические системы и технологии 4. Структура и содержание дисциплины 4.1. Структура дисциплины по разделам, формам организации и контроля обучения 4.1.1.ТЕОРЕТИЧЕСКАЯ ЧАСТЬ (ЛЕКЦИИ) Цели преподавания теоретической части: ознакомить с метаболической системой организма; ознакомить с биохимическими процессами; ознакомить с управлением биохимическими процессами в организме, свойствами белков, жиров, углеводов. ТЕМЫ ЛЕКЦИЙ: 1. Введение. Предмет курса. Краткий исторический обзор учения о биохимии человека. 2. Биомолекулы, структура и свойства. 2.1. Белки. Структура, свойства белков, классификация, функции. 2.2. Углеводы. Классификация. Моносахариды. Олигосахариды. Полисахариды. Функции углеводов. 2.3. Липиды. Классификация липидов. Простые липиды, сложные липиды. Биологические функции липидов. 2.4. Ферменты – биологические катализаторы. Свойства ферментов. Классификация ферментов. Механизм действия ферментов. Ферменты в организме. 3. Биоэнергетика. Биологические окисления. Ферменты тканевого дыхания – дыхательная цепь. 4. Биологические мембраны – трансмембранный перенос веществ. 5. Обмен веществ. 5.1. Обмен углеводов. Переваривание углеводов, превращение глюкозы в тканях, анаэробный, аэробный распад, дыхательный цикл Кребса, распад и синтез гликогена. Регуляция содержания глюкозы в крови. Нарушения углеводного обмена. 5.2. Обмен липидов. Переваривание и всасывание липидов. Синтез липидов. Транспортные формы липидов. Нарушения обмена липидов. 5.3. Обмен белков. Потребность организма в белках. Переваривание и всасывание белков. Пути использования аминокислот. Обмен сложных белков. 5.4. Биомолекулы с регуляторными функциями. 5.4.1. Витамины. Витаминоподобные вещества. Антивитамины. 5.4.2. Гормоны. Гормоны гипоталамо-гипофизарной системы. Гормоны желез внутренней секреции, антигормоны. 6. Биохимия тканей и органов. 6.1. Жидкие среды и специализированные ткани. Кровь. Соединительная ткань. 6.2. Мышцы. Структура. Механизм сокращения. 6.3. Нервная ткань. Состав. Проведение нервного импульса. 6.4. Роль печени в метаболизме углеводов, липидов, белков. Детоксицирующая функция печени. 6.5. Жидкости организма. Регуляция параметров внеклеточной жидкости. Осмотическое давление, объем, состав, кислотно-щелочное состояние, буферные системы. 7. Биохимия патологических процессов. 7.1. Нарушения углеводного обмена. 7.2. Нарушения липидного обмена. 7.3. Нарушение белкового обмена. 7.4. Воспалительные процессы. 7.5. Патологическая биохимия сердечно-сосудистой системы. Шок, инфаркт миокарда. 7.6. Эндокринные нарушения. 7.7. Патологические биохимические процессы в импульсной системе. 7.8. Злокачественный рост. 4.1.2.ПРАКТИЧЕСКИЕ ЗАНЯТИЯ Целью проведения практических занятий является: усвоение основных терминов биохимии; изучение строения, свойств основных классов биохимических соединений; приобретение навыков работы со специальной литературой. ТЕМЫ ПРАКТИЧЕСКИХ ЗАНЯТИЙ: 1. Белки, жиры, углеводы. Классификация белков, жиров, углеводов. 2. Кинетика ферментативных реакций. 3. Биологические окисления. 4. Пути превращения и использования глюкозы в клетках. 5. Витамины. Классификация по химическим свойствам и по физиологическому действию. 6. Гормоны – механизм действия. Роль отдельных гормонов в организме. 7. Нарушения липидного обмена и их последствия. 8. Обмен простых и сложных белков. Нарушения белкового обмена. 9. Основные параметры внеклеточной жидкости. Кислотно-щелочное состояние, буферные системы. 4.1.3.ЛАБОРАТОРНЫЕ ЗАНЯТИЯ Целью проведения лабораторных занятий является: знакомство с сущностью биохимических процессов, протекающих в организме человека в норме и при патологии; овладение методами анализа биологических жидкостей и их интерпретация. овладение методами анализа биологических последовательностей и их интерпретация. ТЕМЫ ЛАБОРАТОРНЫХ РАБОТ: 1. Реакции обнаружения аминокислот в растворах. реакции аминокислот в водных растворах; нингидриновая реакция;ксантопротеиновая реакция; разделение белков методом электрофореза. 2. Общедоступные базы данных Работа с базами данных NCBI. Поиск в PubMed и dbSNP. Формирование поисковых запросов. 3. Выравнивание последовательностей. BLAST NCBI 4. Работа с программой PyMol. Файлы *.pdb 5. Моделирование докинга в программе Autodock (GUI — графический интерфейс пользователя) 6. Моделирование докинга в программе Autodock (работа с командной строкой, скрипты *.py) 7. Работа с геномными браузерами. NCBI Viewer хромосомных карт, геномный браузер UCSC, геномный браузер Ensembl. 8. Изучение филогенеза. Принципы построения филогенетических деревьев. 9. Качественные реакции на глюкозу. Реакция Троммера, Реакция «серебряного зеркала» Экспресс-методы определения глюкозы в биологических жидкостях человека. Определение непредельности высших жирных кислот.Омыление жиров. 6. Организация и учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы студентов 6.1Текущая СРС включает: работу с лекционным материалом; подготовку к лабораторным и практическим занятиям; подготовку к текущим тест-контролям, итоговым контрольным работам, зачету; поиск и обзор литературы и электронных источников информации по индивидуально заданной проблеме курса (рекомендуется в случае недостаточного усвоения материала, а также студентам, пропустившим аудиторные занятия по какой-либо теме); опережающая самостоятельная работа; выполнение домашних заданий, а также изучение тем, не входящих в состав дисциплины, но рекомендуемых для расширения кругозора. Творческая проблемно-ориентированная самостоятельная работа включает: поиск, анализ, структурирование и презентацию информации по заданным индивидуальным темам; анализ научных публикаций по заранее определенным темам; анализ статистических и фактических материалов по заданным темам 6.2. Содержание самостоятельной работы студентов по модулю (дисциплине) 6.3 Темы индивидуальных заданий: водорастворимые витамины (группы В, С, РР, Н, фолиевая кислота и др.): суточная потребность, пищевые источники, влияние на организм, признаки гиповитаминоза и передозировки. жирорастворимые витамины (А, Д, Е, К): суточная потребность, пищевые источники, влияние на организм, признаки гиповитаминоза и передозировки. гормоны (гипофиза, эпифиза, щитовидной железы, тимуса, поджелудочной железы, надпочечников, половых желез, релизингфакторы гипоталамуса): строение, свойства, влияние на организм, проявления избытка и дефицита. злокачественный рост: признаки малигнизации опухоли, причины, классификация. нарушения белкового обмена и способы их коррекции. шок и инфаркт миокарда нарушения углеводного обмена нарушения проведения нервного импульса нарушения липидного обмена детоксицирующая функция печени. Темы, выносимые на самостоятельную проработку. строение, физиологическое действие андрогенов, эстрогенов и прогестинов, их влияние на обмен веществ; нарушения переваривания. Судьба всасывающихся моносахаридов в клетке; механизмы переноса веществ через мембраны; молекулярный механизм действия адреналина и норадреналина; взаимосвязь обмена углеводов, жиров и белков. Пункты взаимосвязей метаболизма глюкозы и липидов, углеводов и аминокислот, аминокислот и липидов. Значение в этих процессах цикла трикарбоновых кислот, глюконеогенеза; конституционные и индикативные ферменты плазмы крови, диагностическое значение их определения; биохимические изменения при мышечных дистрофиях; отличия механизма действия белково-пептидных и стероидных гормонов. Характеристика рецепторных комплексов стероидных и белково-пептидных гормонов. Контроль самостоятельной работы Оценка результатов самостоятельной работы организуется как единство двух форм: самоконтроль и контроль со стороны преподавателя. Контроль со стороны преподавателя включает: 1. Текущие контроли по пройденным темам лекционного материла, практических занятий и лабораторных работ. Темы текущих контролей: Белки Липиды и углеводы Ферменты Обмен углеводов Обмен липидов. 2. Контрольные работы по темам: Биологические молекулы Биологический обмен Биохимия тканей и органов. 3. Оценка индивидуальных заданий, которые представляются в виде доклада с презентацией на внутригрупповой конференции. Темы конференций: Витамины Гормоны Биохимия патологических процессов. 6.4Учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы студентов Перечень необходимого учебно-методического обеспечения приведен в разделе 9. 7. Средства (ФОС) текущей и итоговой оценки качества освоения модуля (дисциплины) Оценка качества освоения дисциплины производится по результатам следующих контролирующих мероприятий: Контролирующие мероприятия Контрольные работы Выполнение и защита лабораторных практических заданий Защита индивидуальных заданий, зачет Результаты обучения по дисциплине работ и РД1, РД2 РД1, РД3 РД2, РД3 Для оценки текущей успеваемости и промежуточной аттестации студентов по итогам освоения дисциплины используются следующие методы: Текущий контроль (проводится после пройденной лекции, практической и лабораторной работ по конкретной теме). Примеры вопросов к текущему контролю: 1. По теме «Белки» 1.Дать определение белков. 2.Какие типы связей существуют между аминокислотами в молекуле белка? 3.Что такое гидратная оболочка? Изобразите схематично. 2. По темам «Липиды и углеводы» 1. Дать определение липидов. 2. 2.Формула глюкозы. 3. Что такое пиранозы? 3. По теме «Ферменты» 1. Назовите условия протекания химической реакции. 2. 2. Уравнение Михаэлиса-Ментена, его физический смысл. 3. 3. Классификация специфических ингибиторов. 4. По теме «Обмен углеводов» 1. Где в организме располагается первый фермент переваривания углеводов, как он называется и что делает? 2. Автономная саморегуляция ГБФ-пути (кратко). 5. По теме «Обмен липидов» 1. Какие желчные кислоты и из чего синтезируются в печени? 2. Охарактеризуйте лептин. Рубежный контроль (проводиться после ряда пройденных тем, объединенных в раздел). Примеры контрольных заданий: Контрольная работа №1 1. Что такое малые молекулы? 2. Охарактеризуйте сфингофосфолипиды. 3. Какие белки содержит мембрана? 4. Теория Питера-Митчела (кратко). 5. Что собой представляет дыхательная цепь? 6. Какие типы связей существуют между аминокислотами в молекуле белка? 7. Что такое Vmax? Формула. 8. Охарактеризовать специфические и неспецифические ингибиторы. 9. Дать характеристику хиломикронов. 10.Формула глюкозы. 1. 2. 3. 4. 5. Контрольная работа №2 Назовите источники жира в организме. Охарактеризуйте - и -рецепторы адреналина по влиянию на липолиз. Охарактеризуйте первый этап ГБФ-пути. Каким образом ИНСУЛИН влияет на метаболизм углеводов и липидов. В каких случаях и при каких заболевания в организме происходит усиление липолиза? 6. Где в организме располагается первый фермент переваривания углеводов, как он называется и что делает? 7. Дать определение понятию «метаболический пул аминокислот». 8. Классификация протеиназ по структуре каталитического центра. 9. Какие вещества называют эмульгаторами? 10.Что делает панкреатическая -амилаза и где она располагается? Итоговый семестровый контроль (экзамен) Примеры билетов к экзамену: БИЛЕТ№1 1. Перечислите и подробно охарактеризуйте основные объекты изучения в биохимии. 2. Определение липопротеинов. Схема строения липопротеиновой частицы. Основная роль липопротеинов. Функции апобелков. 3. Классификация ферментов. Подробная характеристика всех классов. 4. Какова постоянная концентрация глюкозы в крови? Что происходит с глюкозой в клетке после всасывания? Гексокиназная реакция, формула, биологический смысл. 5. Назовите основные протеолитические системы крови, каковы общие принципы их работы. БИЛЕТ №6 1. Перечислите типы связей в молекуле белка. Подробно охарактеризуйте пептидную и дисульфидную связь. 2. Стереоизомерия моносахаридов. Как образуются пиранозы и что это такое? Формула. 3. Классификация и характеристика ингибиторов ферментов. 4. Цикл трикарбоновых кислот. Характеристика. Какие вещества и на каких этапах ЦТК образуются за один оборот цикла? 5. Патология сердечно-сосудистой системы. Инфаркт миокарда. БИЛЕТ № 15 1. Чем регулируется метаболизм в клетке, формула. Биологическая роль системы митохондриального окисления. 2. Характеристика фосфолипидов. Строение, классификация. 3. Назовите и подробно охарактеризуйте основные ферменты переваривания жиров в ЖКТ. 4. Изменения метаболизма при мышечной работе. Аэробная, смешанная и анаэробная зоны. «Красные» и «белые» мышцы. 5. Витамин В6. Химическое название, суточная потребность. Влияние на организм. Пищевые источники. Проявления гиповитаминоза. 8. Рейтинг качества освоения модуля (дисциплины) Оценка качества освоения дисциплины в ходе текущей и промежуточной аттестации обучающихся осуществляется в соответствии с «Положением о проведении текущего оценивания и промежуточной аттестации в ТПУ» в действующей редакции. В соответствии с «Календарным планом изучения дисциплины»: текущая аттестация (оценка качества усвоения теоретического материала (ответы на вопросы и др.) и результаты практической деятельности (решение задач, выполнение заданий, решение проблем и др.) производится в течение семестра (оценивается в баллах (максимально 60 баллов), к моменту завершения семестра студент должен набрать не менее 33 баллов); промежуточная аттестация (зачет) производится в конце семестра (оценивается в баллах (максимально 40 баллов), на экзамене студент должен набрать не менее 22 баллов). Итоговый рейтинг по дисциплине определяется суммированием баллов, полученных в ходе текущей и промежуточной аттестаций. Максимальный итоговый рейтинг соответствует 100 баллам. 9. Учебно-методическое и информационное обеспечение модуля (дисциплины) Основная литература 1. Основы биохимии Ленинджера: в 3 т.: пер. с англ. / Д. Нельсон, М. Кокс. — М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2011 2. Комов, Вадим Петрович, Биохимия : учебник для академического бакалавриата / В. П. Комов, В. Н. Шведова; Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия (СПХФА) ; под ред. В. П. Комова. Вспомогательная литература 1. Биологическая химия. Д.Г. Кнорре, С.Д.Мызина. – М.:Высшая школа, 2003. 2. Патохимия. А.Ш. Зайчик, Л.П. Чурилов. – С-Пб: Элби-СПб, 2007. 3. Биохимия врача. А.Ш. Бышевский, О.А. Терсенов. – Екатеринбург ИПП Уральский рабочий, 1994 4. В.К. Кухта, Т.С. Морозкина, А.Д. Таганова, Э.И. Олецкий. Основы биохимии. – М.: Медицина, 1999. 5. Леск, Артур М. Введение в биоинформатику : пер. с англ. / А. Леск. — Москва: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. — 318 с.: ил.. — ISBN 9785-94774-501-6. Интернет-ресурсы: http://ncbi.nlm.nih.gov/ – банк данных по молекулярной биологии http://rcsb.org/- банк данных по молекулярным структурам http://expasy.org – инструменты для работы с биологическими последова- тельностями 10. Материально-техническое обеспечение дисциплины № п/п Наименование (компьютерные классы, учебные лаборатории, оборудование) 1 Аудитория для лекционных и практических занятий Компьютер - 1 шт Телевизор - 1 шт Маркерная доска – 1 шт 2 Компьютерный класс Компьютеры – 12 шт Корпус, ауд., количество установок г. Томск, ул. Тимакова 12. ауд 318 (корпус 16В) г. Томск, ул. Тимакова 12. ауд 327 (корпус 16В) Программа составлена на основе СУОС ТПУ в соответствии с требованиями ФГОС по направлению подготовки 12.03.04 «Биотехнические системы и технологии» Программа одобрена на заседании кафедры ПМЭ Института неразрушающего контроля (протокол № 12.15 от 19 июня 2015 г Автор Толмачев И.В. Рецензент