Квантово-химические вычисления на суперкомпьютерах.

реклама
Научные приложения для
суперкомпьютеров
А.М.Попов
профессор факультета ВМК МГУ
Суперкомпьютер IBM Blue Gene/P
на ф-те ВМК МГУ
• Пиковая производительность 27.8 TFLOPS. Linpack – 23.2 TFLOPS
• Реальная производительность зависит от решаемой задачи.
Понятие производительности параллельного компьютера
отличается от обычного компьютера. Масштабирование.
• Отображение задачи на архитектуру компьютера.
• Ориентация архитектуры BG/P на задачи квантовой химии,
биомедицины, нанотехнологий
• Многомасштабные модели, связь с экспериментом.
• От квантовых моделей до моделей сплошной среды.
Известные пакеты программ квантовой
химии. Переход на параллельные
платформы.
•
•
•
•
•
•
Коды порядка ~ O(N)
SIESTA
LSMS
MOLCAS
VASP
CPMD
Научно-исследовательская
лаборатория IBM в Цюрихе
• Одна из ведущих в мире по нанотехнологиям. Две
нобелевские премии в области нанотехнологий – СТМ,
теплая свехпроводимость.
• Подписано рамочное соглашение с ВМК о
сотрудничестве. Отдельные проекты внутри.
• Первый проект – многомасштабные модели,
эффективное отображение на архитектуру BG/P, одна
из задач нанотехнологий – молекулярные логические
переключатели.
Квантовые вычисления – код
CPMD ( IBM Цюрих)
• Молекулярная динамика Кар-Парринелло.
Расчет электронной структуры молекул.
• Основан на DFT. Сложность ~ O(N).
• Линейный рост производительности с числом
атомов. Масштабирование
производительности.
• CPMD инсталлирован на ВМК в рамках
сотрудничества. Показал производительность
83% на реальных задачах. Гибридное
программирование.
Моделирование нового типа
молекулярных переключателей
• Эксперимент в Цюрихе. Инициированная током реакция
водородной таутомеризации молекулы нафталоцианина и
переключение проводимости. Регистрация тока туннелирования
СТМ.
• Новый молекулярный переключатель. Переключение
проводимости без изменения формы молекулы в зависимости от
положения двух внутренних атомов водорода в центральной
области молекулы.
•
Реакция эквивалентна повороту молекулы на 90 град. и
обуславливает изменение измеряемого тока туннелирования.
Peter Liljeroth, et al. Science 317, 1203 (2007)
LUMO нафталоцианина может иметь две ориентации
Смена положения атомов водорода в полости
молекулы нафталоцианина не меняет геометрию
молекулы. Расчет на Blue Gene/P (МГУ)
Три типа задач для
суперкомпьютера
• Принципиально иметь суперпроизводительность для
фундаментальных решений
• Компьютерная геномика. Генная инженерия.
Реконструкция последовательности генов. 93% произв.
BG/P.
• Идентификация структуры протеинов
• Прямое моделирование мозга. Суперкомпьютер Blue
Brain
• Дизайн лекарств
•
Создание новых технологий, от
фундаментальных решений к
реальным экспериментам
Энергетические установки и системы
-Плазма, гирокинетические коды, УТС
- распределенные энергетические
сети на основе возобновляемых источников
•
Нанотехнологии
Новые материалы
Квантовая химия, химические реакции, молекулярная сборка
Нанолитография, электроника. Методы Монте-Карло
Взаимодействие излучения с веществом
•
Предсказание надежности устройств
•
Многомасштабные модели. Мост от микро- к макро-моделям
Задачи требующие новых подходов реализации
супер-производительности
Вычисления производятся быстрее, чем на
доступных компьютерах.
• Прогноз погоды 10-30% пик. произв. Cray XT3
Проблема памяти 60 GB на вариант. 9 часов работы
для 33 часов предсказания
• Климат, экология, модели сплошной среды. Нет
сравнения с экспериментом.
• Гидродинамика, турбулентность.
• МГД – модели. Нелокальность моделей
может быть принципиальной.
•
Гибридные, многомасштабные модели – основная
цель.
Скачать