Профессору кафедры молекулярной биологии ФЕН НГУ Мызиной Светлане Дмитриевне от зав. ЛММБ ИХБФМ СО РАН Тикуновой Нины Викторовны ЗАЯВКА на студента-биолога 3-го курса ФЕН НГУ Ильичева Ивана Михайловича Студент 3-го курса Ильичев И. начала работать в лаборатории молекулярной микробиологии ИХБФМ СО РАН в августе 2015 г. Предполагаемая тема его дипломной работы: «Эпитопное картирование белка р35 ортопоксвирусов с использованием полноразмерных вируснейтрализующих антител человека». Ранее в нашей лаборатории были сконструированы полноразмерные антитела человека, способные нейтрализовать инфекционность ортопоксвирусов in vitro, и было показано, что мишенью ряда антител является белок р35 ортопоксвирусов. Цель работы определение эпитопа, отвечающего за индукцию вируснетрализующих антител в организме человека. Для выполнения поставленной цели необходимо будет решить следующие задачи: - провести анализ имеющихся литературных данных об использовании технологии фагового дисплея для картирования эпитопов; - провести 2-3 раунда биопэннинга с использованием двух пептидных фаговых библиотек и полноразмерного антитела человека; - из обогащенных библиотек отобрать бактериофаги, экспонирующие на своей поверхности пептиды, способные эффективно связывать полноразмерное антитело, использованное для пэннинга; - секвенировать фрагменты ДНК, кодирующие пептиды, экспонированные на поверхности отобранных фагов, проанализировать выведенные аминокислотные последовательности; - синтезировать соответствующие пептиды, иммунизировать лабораторных животных; оценить способность отобранных пептидов индуцировать наработку вируснейтрализующих антител. В ходе работы будут освоены следующие методы: - методы фагового дисплея (биопэннинг, аффинная селекция); - методы выделения нуклеиновых кислот бактериофагов, ПЦР, секвенирование; - методы ИФА и вестерн-блот анализа; - микробиологические методы культивирования бактерий и бактериофагов и методы очистки препаратов бактериофагов; - методы очистки белковых и их подготовки для проведения электрофореза, анализ полученных данных; - методы компьютерной обработки данных секвенирования с использованием соответствующего программного обеспечения и баз данных . Иван Михайлович работает в лаборатории молекулярной микробиологии ИХБФМ СО РАН уже несколько месяцев, он освоил ряд методик и включен в состав исполнителей проекта РНФ 16-14-00083. Зав. ЛММБ ИХБФМ (руководитель) Тикунова Н.В. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, пр.Лаврентьева 8, к.335, тел. 363-51-57, E-mail: tikunova@niboch.nsc.ru