Биология - ЛСФР Антропов Денис

Зав. кафедрой молекулярной
биологии НГУ
академику РАН Власову В.В.
14.03.2016
Персональная заявка
на
Антропова Дениса Николаевича
студента 3-го курса НГУ, специальность «биология»
для прохождения предлипломной и дипломной практики в Лаборатории структуры и
функции рибосом ИХБФМ СО РАН (зав. лаб. д.х.н., проф. Карпова Г.Г.)
Тема работы: «Исследование роли рибосомного белкa eL38 в регуляции трансляции
специфических мРНК в клетках человека».
Руководитель – с.н.с., к.х.н., доц. Малыгин А.А. (malygin@niboch.nsc.ru, +7-913-710-4041)
Со-руководитель – асп. Гопаненко А.В. (alexandr.gopanenko@yandex.ru, +7-913-894-3172)
Аннотация
Рибосомный белок eL38 играет ключевую роль в развитии осевого скелета у мышей в
процессе их эмбрионального развития (Kondrashov et al., 2011). Установлено, что мутации в
кодирующей части гена этого белка, вызывающие сдвиг рамки считывания при трансляции
его мРНК, приводят к гаплонедостаточности белка eL38 и снижают уровень трансляции
некоторых мРНК, экспрессируемых генами семейства Hox, которые являются основными
регуляторами морфологии осевого скелета у млекопитающих.
Цель предлагаемого исследования - выявление изменений в транслотоме клеток
человека при изменении уровня экспрессии гена рибосомного белка eL38, идентификация
клеточных мРНК, чья трансляции зависит от уровня экспрессии данного гена, и
установление молекулярных механизмов, обеспечивающих такую зависимость. Основные
задачи исследования: (1) получение генетических конструкций, позволяющих осуществлять
эктопическую экспрессию гена белка eL38 или снижать уровень эндогенного eL38 в
трансфицированных клетках человека, (2) определение уровня транслируемых мРНК в
клетках, трансфицированных указанными конструкциями, и (3) определение клеточных
мРНК, способных взаимодействовать с изолированным рибосомным белком eL38 in vitro.
Планируется также установить тонкую структуру участков связывания в мРНК и белке eL38.
В ходе исследования будут использованы следующие методы: ПЦР, клонирование
ДНК, рестрикционный анализ, трансформация клеток E.coli, трансфекция клеток
млекопитающих плазмидными конструкциями, гель-электрофоретический анализ белков,
ДНК и РНК в денатурирующих и нативных условиях, иммуноферментный анализ белков,
выделение суммарной клеточной РНК, рибосомный профайлинг. Кроме того, будут
применены метод аффинной модификации и метод футпринтинга в сочетании с массспектрометрией и обратной транскрипцией.
Зав. ЛСФР, д.х.н., проф.
Карпова Галина Георгиевна
(тел. 363-51-40, e-mail: karpova@niboch.nsc.ru)