РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования ТЮМЕНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ «УТВЕРЖДАЮ»: И.о. первого проректора по учебной работе _______________/Волосникова Л.М./ __________ _____________ 2013 г. ЭВОЛЮЦИОННАЯ ГЕНЕТИКА Учебно-методический комплекс. Рабочая программа для студентов направления 020400.62 - Биология, очной формы обучения. Профиль: генетика «ПОДГОТОВЛЕНО К ИЗДАНИЮ»: Автор (ы) работы _____________________________/Петухова Г.А./ «______»___________2012 г. Рассмотрено на заседании кафедры экологии и генетики 17 октября 2012 г., протокол № 6. Соответствует требованиям к содержанию, структуре и оформлению. «РЕКОМЕНДОВАНО К ЭЛЕКТРОННОМУ ИЗДАНИЮ»: Объем 12 стр. Зав. кафедрой ______________________________/Пак И.В./ Рассмотрено на заседании УМК департамента биологии ИМЕНИТ 26 ноября 2012 г., протокол № 3. Соответствует ФГОС ВПО и учебному плану образовательной программы. «СОГЛАСОВАНО»: Председатель УМК ________________________/Фролова О.В./ «СОГЛАСОВАНО»: Директор ИБЦ_____________/Еманов А.Г./ «______»_____________2013 г. «СОГЛАСОВАНО»: Зав. методическим отделом УМУ_____________/Федорова С.А./ «______»_____________2013 г. РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования ТЮМЕНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ Биологический факультет Кафедра экологии и генетики Петухова Г.А. ЭВОЛЮЦИОННАЯ ГЕНЕТИКА Учебно-методический комплекс. Рабочая программа для студентов направления 020400.62- Биология, профиль подготовки – Генетика, очной формы обучения. Тюменский государственный университет 2013 Петухова Г. А. Эволюционная генетика. Учебно-методический комплекс. Рабочая программа для студентов направления 020400.62 Биология, профиль подготовки – Генетика, очной формы обучения. Тюмень. Рабочая программа составлена в соответствии с требованиями ФГОС ВПО с учетом рекомендаций и ПрООП ВПО по направлению и профилю подготовки. Рабочая программа дисциплины опубликована на сайте ТюмГУ: Эволюционная генетика [электронный ресурс] / Режим доступа: : http://www.umk3.utmn.ru., свободный. Рекомендовано к изданию кафедрой экологии и генетики. Утверждено проректором по учебной работе Тюменского государственного университета. ОТВЕТСТВЕННЫЙ РЕДАКТОР: заведующий генетики, д.б.н. Пак Ирина Владимировна © Тюменский государственный университет, 2013. © Петухова Г.А., 2013. кафедрой экологии и 1. Пояснительная записка. 1.1. Цели и задачи дисциплины Целью дисциплины «Эволюционная генетика» является получение базовых знаний о эволюции наследственного материала, о научных и прикладных аспектах использования эволюционной генетики. В процессе изучения дисциплины бакалавры решают следующие задачи: в систематизированной форме усваивают основы эволюции наследственного материала; вопросы возникновения гетерогенности наследственного материала; анализируют регуляторные процессы в популяциях, получают представление об эволюции генома человека; изучают прикладные аспекты использования достижений эволюционной генетики. Учебно-методический комплекс «Эволюционная генетика» соответствует требованиям федерального государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования. 1.2. Место дисциплины в структуре ООП бакалавриата Дисциплина «Эволюционная генетика» относится к циклу Б3. Профессиональный цикл: базовая общепрофессиональная часть. Она логически и содержательно-методически взаимосвязана с дисциплинами Б.1. Гуманитарного, социального и экономического цикла: базовой частью и Б.3. Профессионального цикла: базовой (общепрофессиональной) частью: экономикой; биологией размножения и развития; микробиологией, физиологией человека и животных, генетикой и селекцией, биохимией и молекулярной биологией. Для успешного освоения дисциплины необходимы базовые знания по генетике, биологии размножения и развития, микробиологии, физиологии, биохимии, умение к биометрической обработке материала, владение компьютерными статистическими программами. Для успешного освоения данной дисциплины необходимо предшествующее изучение следующих модулей: экономики; биологии размножения и развития, цитологии и гистологии; физиологии человека и животных, генетики и селекции, биохимии и молекулярной биологии. 1.3. Компетенции выпускника ООП бакалавриата, формируемые в результате освоения данной ООП ВПО. В результате освоения ООП бакалавриата выпускник должен обладать следующими компетенциями: - следовать этическим и правовым нормам в отношении других людей и в отношении природы (принципы биоэтики), иметь четкую ценностную ориентацию на сохранение природы и охрану прав и здоровья человека – ОК 1; -приобретать новые знания и формировать суждения по научным, социальным и другим проблемам, используя современные образовательные и информационные технологии - ОК 3; -демонстрировать базовые представления об основных закономерностях и современных достижениях генетики, о геномике, протеомике – ПК 6; В результате освоения дисциплины обучающийся должен: Знать: основы эволюционной генетики. Уметь: демонстрировать базовые представления по эволюции наследственного материала, применять их на практике, критически анализировать полученную информацию и представлять результаты исследований. Владеть: навыками к научно-исследовательской работе, преподаванию эволюционной генетики, ведению дискуссии. 2. Структура и трудоемкость дисциплины. Семестр 8. Форма промежуточной аттестации зачет. Общая трудоемкость дисциплины составляет 2 зачетные единицы, 72 часа. 3. Тематический план. Таблица 1. Тематический план 1 1. 2. 3. 1. 2. 1. 2. 3. 2 Модуль 1. Введение Изменение генетической структуры популяций 3.Генетическая гетерогенность и полиморфизм популяций Всего Модуль 2. Источники генетической изменчивости Регуляторные механизмы в популяциях Всего Модуль 3 Механизмы эволюции генома Эволюция генома человека. Видообразование и макроэволюция. Всего Итого (часов, баллов): Из них в интерактивной форме 3 4 5 Самостоятельная работа Лекции* недели семестра Тема Семинарские (практические) занятия* Виды учебной работы и самостоятельная работа, в час. № Итого часов по теме Из них в инте ракт ивно й фор ме Итог о коли чест во балл ов 8 9 10 7 1 2 2 2 2 2 8 8 12 12 3 3 0-5 0-10 3 2 4 8 14 3 0-15 6 8 24 38 9 0-30 4 2 2 8 12 3 0-15 5 2 2 8 12 3 0-15 4 4 16 24 6 0-30 2 2 2 6 16 4 4 4 12 24 10 8 10 28 68 16 14 16 46 108 3 3 3 9 24 0-10 0-15 0-15 0-40 0100 4 20 6 7 8 8 8 24 Таблица 2. Виды и формы оценочных средств в период текущего контроля № темы Устный опрос ответ на семинаре Модуль 1 1.Введение 2. Изменение генетической структуры популяций 3.Генетическая гетерогенность и полиморфизм популяций Всего Модуль 2 1. Источники генетической изменчивости 2.Регуляторные механизмы в популяциях Всего Модуль 3 1.Механизмы эволюции генома 2. Эволюция генома человека. 3.Видообразование и макроэволюция. Всего Итого Письменные работы реферат эссе Информационные системы и технологии другие формы 0-5 0-10 0-5 0-10 0-10 0-5 0-25 0-5 0-10 0-15 0-30 0-5 0-15 0-10 0-20 0-5 0-5 0-15 0-5 0-30 0-10 0-10 0-10 0-10 Итого количество баллов 0-5 0-5 0-30 0-5 75 0-10 0-15 0-15 0-5 0-5 0-10 0-40 0-100 Таблица 3. Планирование самостоятельной работы студентов № Модули и темы Виды СРС обязательные дополнительные Модуль 1 1.1 Введение 1.2 Изменение генетической структуры популяций 1.3 Генетическая гетерогенность и полиморфизм популяций Всего по модулю 1: Модуль 2 2.1 Источники генетической изменчивости 2.2 Регуляторные механизмы в популяциях Всего по модулю 2: Модуль 3 3.1 Механизмы эволюции генома 3.2 Эволюция генома человека. 3.3 Видообразование макроэволюция. и Изучение отдельных тем, необходимых для выполнения лабораторной работы. Изучение отдельных тем, необходимых для выполнения лабораторной работы. Изучение отдельных тем, необходимых для выполнения лабораторной работы.Выполне ние индивидуальных заданий (эссе) Неделя семестра 1 3 0-5 Работа с литературой по теме 2 3 0-10 Работа с литературой по теме 3 3 0-15 0-30 9 Работа с литературой по теме 4 3 0-15 Работа с литературой по теме 5 3 0-15 6 0-30 2 Выполнение индивидуальных заданий (рефератов, презентаций) Выполнение индивидуальных заданий (эссе). Выполнение контрольных работ. Изучение отдельных тем (ответы на семинарах) Выполнение индивидуальных заданий Кол-во баллов Работа с литературой по теме 3 Изучение отдельных тем (ответы на семинарах) Выполнение индивидуальных заданий (рефератов, презентаций) Выполнение индивидуальных заданий (, презентации) Выполнение контрольных работ. Объем часов Работа с литературой по теме 6 3 0-10 Работа с литературой по теме 7 3 0-15 Работа с литературой по теме 8 3 0-15 (рефератов, презентаций) Подготовка к тестированию Всего по модулю 3: ИТОГО: 4 9 28 68 0-40 0-100 4. Разделы дисциплины и междисциплинарные связи с обеспечиваемыми (последующими) дисциплинами № п/п Наименование обеспечиваемых (последующих) дисциплин 1. 2. 3. Молекулярная генетика Иммунология Экология и рациональное природопользование Биоинженерия (магистратура) Молекулярные механизмы стабильности и изменчивости геномов (магистратура) 4. 5. Темы дисциплины необходимые для изучения обеспечиваемых (последующих) дисциплин 1 2 3 4 5 6 7 8 + + + + + + + + + + + 5. Содержание дисциплины. 1.Введение Вид - качественный этап эволюционного процесса. Структура вида. Популяция элементарная единица эволюции. Понятие о популяции как целостной системе, арене действия микроэволюционных процессов. Популяция в системе вида и биоценоза. Классификация типов популяций. 2. Изменение генетической структуры популяций Факторы микроэволюции. Понятие об элементарном эволюционном явлении. Мутационное давление. Действие отбора, эффективность действия отбора против особей с различным генотипом. Оценка приспособленности, средняя приспособленность. Генетический дрейф. Эффект основателя и эффект бутылочного горлышка. Эффективный размер популяций. Миграция, изменение генетической структуры популяции при миграции. 3. Генетическая гетерогенность и полиморфизм популяций Генетическая изменчивость популяций по морфологическими физиологическим признакам. Различия между генетической гетерогенностью и полиморфизмом. Классификация типов полиморфизма. Концепция широкой адаптивной нормы и генетический груз популяций. Виды генетического груза. Хромосомный полиморфизм: приспособительная роль инверсионного полиморфизма, преимущество гетерокариотипов, полиморфизм по робертсоновским транслокациям, полиморфизм по В-хромосомам, половым хромосомам. Биохимический полиморфизм популяций: уровни полиморфизма популяций по белкам, клинальная изменчивость. Концепция нейтральной эволюции: за и против. 4. Источники генетической изменчивости Роль мутаций и рекомбинаций. Генетический контроль мутагенеза, генымутаторы. Физиологическая гипотеза мутационного процесса. «Мода»на мутации. Инсерционный мутагенез: нестабильные генетические локусы, МДГ. Гибридный дисгенез. Изменения локализации ретротранспозонов, сопряженные с направлением отбора. 5. Регуляторные механизмы в популяциях Представление о целостности популяционной структуры. Отработка под действием отбора оптимальных значений общепопуляционных параметров: численности, полового и возрастного состава, состава генетического груза, соотношения частот фено- и генотипических классов. Адаптивная дифференцировка популяционной структуры. Генетические механизмы защиты адаптивной нормы. Понятие о генетическом гомеостазе популяции. Эволюция доминантности. Ведущие закономерности прогрессивной эволюции 6. Механизмы эволюции генома Понятие «эгоистичной» ДНК. «Эгоистичная» ДНК и макроэволюция. Мобильные последовательности ДНК эукариот. Механизм транспозиции. Биологические последствия транспозиции. Консервативные и дивергировавшие последовательности ДНК. Пространственная упорядоченность хромосом. Положение специфических участков хромосомы в интерфазе. О фенотипических эффектах изменений количеств ДНК. Амплификация, делеция и перегруппировка последовательностей: основные источники в процессе дивергенции видов 7. Эволюция генома человека. Сходство и различия в структуре хромосом человека и его человекообразных предков. Особенности строения и эволюции Х-хромосомы. Особенности строения и эволюции Ухромосомы. Факторы, влияющие на эволюцию генома человека: уровень комбинативной изменчивости, мутации, дрейф генов в популяциях человека, сегрегационный груз. Влияние эмбрионального и постэмбрионального развития на реализацию наследственных предрасположенностей. Морфозы и фенокопии. 8.Видообразование и макроэволюция. Способы видообразования. Генетическая дифференцировка в процессе видообразования. Генетические изменения и филогения: гибридизация ДНК. Филогения аминокислотных и нуклеотидных последовательностей. Теория нейтральности молекулярной эволюции. Молекулярные часы эволюции. Эволюция структурных и регуляторных генов. Горизонтальный перенос генов. Эволюция генома и видообразование. Нерешенные проблемы эволюционной генетики. 6. Темы практических работ 1. Практическая работа. Изучение структуры популяции одуванчиков. Материал: листья одуванчиков, цветы одуванчиков Оборудование: линейки, бинокуляры, блокноты, предметные стекла, весы. Задание: проанализировать размеры листовых пластинок одуванчиков, их степень изрезанности, количество малых и больших зубцов. Измерить весовые показатели листьев, цветков. Измерить диаметр цветков, проанализировать их строение. Математическая обработка результатов, составление отчета. 2. Практическая работа. Поведенческий полиморфизм в популяции. Поведенческие реакции дрозофилы при действии различных факторов среды. Материал: взрослые особи дрозофилы, различающиеся по возрасту и по способу обработки их во время эмбриогенеза. Оборудование: стаканчики с фильтрами внутри, линейки, бминокуляры, морилки, предметные стекла, кисточки. Задание: проанализировать частоту посадки мух на фильтры с токсикантами, двигательную активность мух. Провести статистический анализ полученных показателей, сравнить поведенческие особенности мух после обработки с поведением контрольных особей. Математическая обработка результатов, составление отчета. 3. Практическая работа. Анализ биохимического полиморфизма растений по концентрации пигментов фотосинтеза в листьях. Материал: листья древесных растений одного вида из разных популяций. Оборудование: ступки, спирт 96%, сульфат Na, пробирки, спектрофотометр, пиптки. Задание: Приготовление вытяжек из листьев проростков и черенков, подвергшихся действию различных условий обитания. Центрифугирование вытяжек, определение концентрации пигментов фотосинтеза на «Specole». Расчет концентраций пигментов. 4. Практическая работа. Анализ полиморфизма по жизнеспособности клеток растений из разных популяций. Материал: корешки традесканции, зебрины, проростки пшеницы, бобов, гороха, выращенные в разных условиях. Оборудование: предметные и покровные стекла, препоровальные иглы, фильтровальная бумага, раствор метиленовой сини. Задание: приготовление тонкослойных срезов корешков растений, окраска срезов растворами метиленовой сини, анализ мертвых клеток в 10 полях зрения, расчет частоты гибели клеток в корнях растений контрольного и опытного вариантов, зарисовка нескольких наиболее типичных видов мертвых клеток. 5. Практическая работа Гетерогенность политенных хромосом дрозофил. Пуфообразование после действия повреждающих агентов. Материал: личинки 3 возраста и предкуколки дрозофилы Оборудование: предметные и покровные стекла, препоровальные иглы, физраствор для насекомых, раствор ацетоорсеина 2%, уксусная кислота 45%. Задание: выделение слюнных желез из личинок, приготовление временных ацетоорсеиновых препаратов политенных хромосом, идентификация концов политенных хромосом, объединенных в хромоцентр, анализ пуффов в политенных хромосомах, зарисовка хромоцентра, политенных хромосом, выделенных пуффов. 6. Практическая работа. Хромосомный полиморфизм. Анализ хромосомных перестроек у растений при действии различных условий обитания. Материал: проростки пшеницы, гороха, бобов. Оборудование: предметные и покровные стекла, препоровальные иглы, фильтровальная бумага, раствор ацетоорсеина 2%, уксусная кислота 45%. Задание: приготовить временные ацетоорсеиновые препараты из корешков растений, выявить и зарисовать нормальную анафазу и телофазу, анафазы с перестройками. Провести статистический анализ частоты встречаемости различных типов хромосомных нарушений. 7. Практическая работа. Анализ митотического цикла в растительных клетках после действия токсикантов. Изменение соотношения фаз митоза после растений в разных условиях. Материал: проростки различных растений, черенки традесканции Оборудование: предметные и покровные стекла, препоровальные иглы, фильтровальная бумага, раствор ацетоорсеина 2%, уксусная кислота 45%. Задание: приготовить ацетоорсеиновые препараты из корешков проростков, проанализировать частоту встречаемости делящихся и неделящихся клеток среди 100 просмотренных, зарисовать и подсчитать количество профаз, метафаз, анафаз, телофаз. Вычислить отношение профаз и метафаз к ана- и телофазам у контрольных и опытных растений. 7. Учебно - методическое обеспечение самостоятельной работы студентов. Оценочные средства для текущего контроля успеваемости, промежуточной аттестации по итогам освоения дисциплины (модуля). Модуль 1. I. Введение. Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования II. Изменение генетической структуры популяций Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования III. Генетическая гетерогенность и полиморфизм популяций Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования Тема эссе: Какое значение, на ваш взляд, игнрают разные формы полиморфизма в устойчивости популяций? IV. Источники генетической изменчивости Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования Темы рефератов: 1.Классификация мутаций 2.Механизмы возникновения мутаций 3. Инсерционный мутагенез 4. Ретротранспозоны. V. Регуляторные механизмы в популяциях Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования Темы компьютерных презентаций: 1. Адаптивная дифференцировка популяционной структуры 2. Представление о целостности популяционной структуры. 3. Понятие о генетическом гомеостазе популяции 4. Генетические механизмы защиты адаптивной нормы . VI. Механизмы эволюции генома Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования VII. Эволюция генома человека. Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования Темы компьютерных презентаций: 1. Особенности строения и эволюции Х-хромосомы. 2. Особенности строения и эволюции У-хромосомы 3. Генетический груз. 4. Морфозы и фенокопии VIII. Видообразование и макроэволюция Анализ литературы при подготовке к выполнению лабораторного исследования Темы рефератов: 1.Способы видообразования. 2.Молекулярные часы эволюции. 3. Эволюция структурных и регуляторных генов. 4. Горизонтальный перенос генов. Эволюция генома и видообразование. Нерешенные проблемы эволюционной генетики. 8. Вопросы к экзамену 1. Мутагенез и его причины 2. Классификация мутаций и их роль в эволюции 3. Ретротранспозоны: строение, функционирование 4. Генетический гомеостаз популяций 5. Адаптивная дифференцировка популяционной структуры 6. Механизмы эволюции генома 7. Особенности строения половых хромосом 8. Молекулярные часы эволюции 9. Горизонтальный перенос генов 10. Эволюция структурных и регуляторных генов 11. Эволюция генома и видообразование Понятие генетического груза и механизмы его формирования Виды генетического груза Адаптивная дифференцировка популяционной структуры 9. Образовательные технологии. Мультимедийные средства обучения (презентации), проблемные и исследовательские методы, встречи с преподавателями института Общей экологии, Криосферы Земли и т.д. 12. 13. 14. 10. Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины (модуля). 10.1. Основная литература: 1. Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях. 3-е изд. М.: ИКЦ “Академкнига”, 2003. 431 с. (Гриф) 2. Смиряев А.В., Кильчевский А.В. Генетика популяций и количественных признаков: Уч. Пособие. М.:КолосС,2007.272 с (Грф) 10.2.Дополнительная литература Гуттман Б., Гриффитс Э., Сузуки Д. Генетика - М. : ФАИР-ПРЕСС, 2004. - 443 с. Колчинский Э.И. Неокатастрофизм и селекционизм: Вечная дилемма или возможность синтеза? СПб.: Наука, 2002. 554 с. Воронцов Н.Н. Развитие эволюционных идей в биологии. М.: Изд. отдел УНЦ ДО МГУ, Прогресс-Традиция, АБФ, 2000. 640 с., 266 ил. Берг Р.Л. Генетика и эволюция. - Новосибирск. Наука. 1993. 375 с. Билтуева Л.С., Рубцов Н.Б., Сердюкова Н.А. Возмлжности анализа макроэволюционных преобразований хромосом млекопитающих. -Генетика. 2002. т. 38.№ 8. С. 1094-1102 Бердников В.А. Эволюция и прогресс. - Новосибирск. Наука. 1997. 203 с. Воронцов Н.Н. Теория эволюции: истоки, постулаты, проблемы. - М. Наука. 1998. 178 с. Гилева Э.А. Хромосомная изменчивость и эволюция. - М. Наука. 2000. 215 с. Гиляров А.М. Популяционная экология. - М. изд-во МГУ.1990. 138 с. Айала Ф. Введение в популяционную и эволюционную генетику. М.: Мир, 1984. 230 с. Тихомирова М.М. Кайданов Л.З. Сдвиг нормы реакции и генотипическая изменчивость. В сб: Эволюционная генетика. Л.1982. с. 86 -97. Тыщенко В.П.Введение в теорию эволюции. - СПб. Изд-во СПб университета. 1992.- 147с. 10.3.Программное обеспечение и Интернет – ресурсы: 1. www.historicus.ru/dobrojanskii 2. dic.academic.ru/dic.nsf/genetics 3. www.follow.ru/article/146 4. ru.wikipedia.org 11. Технические средства и материально-техническое обеспечение дисциплины. Дисциплина обеспечена компьютерными презентациями, составленными автором, видеофильмами. На факультете имеется для проведения занятий 3 мультимедийные аудитории, есть специализированные лаборатории: центр микроскопии (№ 408), оснащенный электронным микроскопом LSM 510-мета, фазово-контрастным микроскопом Axioimager А1; лаборатория молекулярной генетики (№ 309), оснащенная хроматографом ВСЖХ, ПЦР; лаборатория популяционной генетики (№ 111), оснащенная приборами для проведения электрофореза и цитогенетических исследований.