018137 B1 018137 B1 (11) 018137

Евразийское
патентное
ведомство
(19)
(11)
018137
(13)
B1
(12)
ОПИСАНИЕ ИЗОБРЕТЕНИЯ К ЕВРАЗИЙСКОМУ ПАТЕНТУ
(45)
Дата публикации и выдачи патента
2013.05.30
(21)
Номер заявки
201070200
(22)
(51) Int. Cl. A61K 39/09 (2006.01)
C07K 14/315 (2006.01)
C07K 19/00 (2006.01)
C12N 1/21 (2006.01)
Дата подачи заявки
2008.08.01
(54)
КОМПОЗИЦИИ, СОДЕРЖАЩИЕ ПНЕВМОКОККОВЫЕ АНТИГЕНЫ
B1
(72)
Изобретатель:
(74)
Представитель:
(57)
Авторы полагают, что для эффективной вакцины против Streptococcus pneumoniae может
требоваться несколько антигенных компонентов, и поэтому они идентифицировали различные
сочетания пневмококковых полипептидов для использования при иммунизации. Также авторы
идентифицировали некоторые пневмококковые полипептиды, которые могут быть полезны в
качестве отдельных антигенов. Эти полипептиды необязательно можно использовать в сочетании с
пневмококковыми сахаридами. Антигены можно использовать в пневмококковых вакцинах, но их
также можно использовать в качестве компонентов в вакцинах для иммунизации против нескольких
патогенов.
Донати Клаудио, Муцци Алессандро,
Масиньяни Вега, Баньоли Фабио,
Руджеро Паоло, Барокки Микеле (IT)
Медведев В.Н. (RU)
B1
018137
(56) Mark J., JEDRZEJAS, Pneumococcal Virulence
Factors: Structure and Function, Microbiology and
Molecular Biology Reviews, June 2001, p. 187-207, p.
187-188
US-A1-20020028215
KING S.J. et al., Deglycosylation of
human glycoconjugates by the sequential activities
of exoglycosidases expressed by Streptococcus
pneumoniae, Mol. Microbiol., 2006, Feb.;
59(3):961-74, реферат, [найдено 15.07.2010],
Medline[on-line], PMID: 6420364
018137
(31) 0714963.6; 60/966,866
(32) 2007.08.01; 2007.08.29
(33) GB; US
(43) 2010.08.30
(86) PCT/IB2008/002866
(87) WO 2009/016515 2009.02.05
(71)(73) Заявитель и патентовладелец:
НОВАРТИС АГ (CH)
018137
Область техники
Данное изобретение относится к антигенам, полученным из S.pneumoniae, и их использованию при
иммунизации.
Уровень техники
Streptococcus pneumoniae, также известный как пневмококк, представляет собой грамположительную сферическую бактерию. Он является наиболее частой причиной острого бактериального менингита
у взрослых и детей старше 5 лет.
Существующие пневмококковые вакцины основаны на капсульных сахаридах. Единственная педиатрическая вакцина PREVNAR представляет собой смесь конъюгированных сахаридов из 7 различных
серотипов. Также доступна вакцина для взрослых, основанная на смеси конъюгированных сахаридов из
23 различных серотипов. Хотя обе вакцины сложны в производстве, а всего существует более 90 пневмококковых серотипов. Таким образом, сохраняется необходимость в идентификации дополнительных и
улучшенных антигенов для использования в пневмококковых вакцинах.
Описание изобретения
Подобно источникам [1] и [2], авторы настоящего изобретения считают, что для эффективной вакцины против S.pneumoniae может потребоваться несколько антигенных компонентов, и поэтому они установили различные сочетания пневмококковых полипептидов для использования при иммунизации.
Также были идентифицированы некоторые пневмококковые полипептиды, которые могут быть полезны
в качестве отдельных антигенов. Эти полипептиды необязательно могут использоваться в сочетании с
пневмококковыми сахаридами или другими пневмококковыми полипептидами. Антигены можно использовать в пневмококковых вакцинах, но также они могут быть использованы в качестве компонентов
в вакцинах для иммунизации против нескольких патогенов.
Авторы идентифицировали следующие 7 пневмококковых полипептидов: spr0057; spr0286; spr0565;
spr1098; spr1345; spr1416; spr1418. Этот набор антигенов упоминается в настоящем документе как "первая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два или более (т.е. 2, 3, 4, 5, 6 или
все 7) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0057; (2) антигена spr0286; (3) антигена spr0565; (4) антигена spr1098; (5) антигена spr1345; (6) антигена spr1416 и/или (7) антигена
spr1418.
Авторы идентифицировали следующие 4 пневмококковых полипептида: spr0867; spr1431; spr1739;
spr2021. Этот набор антигенов упоминается в настоящем документе как "вторая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов
S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два или более (т.е. 2, 3 или все 4) антигена, выбранных из
группы, состоящей из (1) антигена spr0867; (2) антигена spr1431; (3) антигена spr1739 и/или (4) антигена
spr2021.
Авторы идентифицировали следующие 3 пневмококковых полипептида: spr0096; spr1433; spr1707.
Этот набор антигенов упоминается в настоящем документе как "третья антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов
S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два или три антигена, выбранных из группы, состоящей из
(1) антигена spr0096; (2) антигена spr1433 и/или (3) антигена spr1707.
Сочетание 11 пневмококковых полипептидов из первой и второй антигенных групп упоминается в
настоящем документе как "четвертая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит
два или более (т.е. 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или все 11) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1)
антигена spr0057; (2) антигена spr0286; (3) антигена spr0565; (4) антигена spr1098; (5) антигена spr1345;
(6) антигена spr1416; (7) антигена spr1418; (8) антигена spr0867; (9) антигена spr1431; (10) антигена
spr1739 и/или (11) антигена spr2021.
Сочетание 10 пневмококковых полипептидов из первой и третьей антигенных групп упоминается в
настоящем документе как "пятая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два
или более (т.е. 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или все 10) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена
spr0057; (2) антигена spr0286; (3) антигена spr0565; (4) антигена spr1098; (5) антигена spr1345; (6) антигена spr1416; (7) антигена spr1418; (8) антигена spr0096; (9) антигена spr1433 и/или (10) антигена spr1707.
Сочетание 7 пневмококковых полипептидов из второй и третьей антигенных групп упоминается в
настоящем документе как "шестая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два
или более (т.е. 2, 3, 4, 5, 6 или все 7) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0867;
(2) антигена spr1431; (3) антигена spr1739; (4) антигена spr2021; (5) антигена spr0096; (6) антигена
spr1433 и/или (7) антигена spr1707.
Сочетание 14 пневмококковых полипептидов из первой, второй и третьей антигенных групп упоминается в настоящем документе как "седьмая антигенная группа". Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание
-1-
018137
содержит два или более (т.е. 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 или все 14) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0057; (2) антигена spr0286; (3) антигена spr0565; (4) антигена spr1098;
(5) антигена spr1345; (6) антигена spr1416; (7) антигена spr1418; (8) антигена spr0867; (9) антигена
spr1431; (10) антигена spr1739; (11) антигена spr2021; (12) антигена spr0096; (13) антигена spr1433 и/или
(14) антигена spr1707.
В седьмой антигенной группе предпочтительная подгруппа из четырех антигенов представляет собой "восьмую антигенную группу", которая содержит антигены из первой, второй и третьей групп, а
именно spr0057, spr0096, spr0565 и spr2021. Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два или более
(т.е. 2, 3 или все 4) антигена, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0057; (2) антигена
spr0096; (3) антигена spr0565 и/или (4) антигена spr2021. В этой восьмой группе композиция может содержать (1), (2) и (3); (1), (2) и (4); (1), (3) и (4); (2), (3) и (4) или (1), (2), (3) и (4). Экспрессия этих четырех антигенов была подтверждена иммунологически на панели из 32 пневмококковых штаммов различных серотипов.
"Девятая антигенная группа" представляет собой восьмую антигенную группу плюс фимбриальный
антиген RrgB. Таким образом, изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей
сочетание антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит один или несколько фимбриальных
антигенов RrgB и два или более (т.е. 2, 3 или все 4) антигенов, выбранных из группы, состоящей из (1)
антигена spr0057; (2) антигена spr0096; (3) антигена spr0565 и/или (4) антигена spr2021.
"Десятая антигенная группа" представляет собой восьмую антигенную группу плюс полипептид
Pmp. Таким образом, изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание
антигенов S.pneumoniae, указанное сочетание содержит два или более (т.е. 2, 3, 4 или все 5) антигенов,
выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0057; (2) антигена spr0096; (3) антигена spr0565; (4)
антигена spr2021 и/или (5) полипептида Pmp.
Конкретные интересующие сочетания содержат: (i) антиген spr0057 и антиген spr0096; (ii) антиген
spr0057 и антиген spr2021; (iii) антиген spr0057, антиген spr0096 и антиген spr2021; (iv) антиген spr0057 и
антиген spr0565; (v) антиген spr0565 и антиген spr2021; (vi) антиген spr0057, антиген spr0565 и антиген
spr2021; (vii) антиген spr0565, антиген spr2021 и антиген spr1739, например нейтрализованный; и (viii)
антиген spr0565, антиген spr2021 и полипептид Pmp.
Изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей две или более различных
пневмококковых экзогликозидазы.
Изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей по меньшей мере одну
пневмококковую экзогликозидазу и по меньшей мере одну пневмококковую пептидогликангидролазу.
Изобретение также относится к иммуногенной композиции, содержащей две или более различные
пептидегликангидролазы.
Предпочтительные сочетания по изобретению представляют собой сочетания, в которых два или
более антигена действуют синергически. Таким образом, защита от заболевания пневмококком достигается посредством их комбинированного введения, превышая эффективность, ожидаемую от простого
сложения их отдельных протективных зффективностей.
Дополнительные полипептидные антигены.
В дополнение к антигенам из различных антигенных групп по изобретению иммуногенные композиции могут содержать один или несколько следующих полипептидов для усиления противопневмококкового иммунного ответа, вызванного композицией:
одну или несколько субъединиц пневмококковых фимбрий, например RrgA, RrgB и/или RrgC;
полипептид ClpP;
полипептид LytA;
полипептид CPL1;
полипептид PhtA;
полипептид PhtB;
полипептид PhtD;
полипептид PhtE;
полипептид CbpD;
полипептид CbpG;
полипептид PvaA;
полипептид Hic;
полипептид Pmp;
полипептид ZmpB;
полипептид PspA;
полипептид PsaA;
полипептид PspC;
полипептид PrtA;
полипептид Sp91;
-2-
018137
полипептид Sp133;
полипептид PiuA и/или полипептид PiaA;
полипептид spr0222;
антиген, выбранный из группы, состоящей из IC1; IC2; IC3; IC4; IC5; IC6; IC7; IC8; IC9; IC10; IC11;
IC12; IC13; IC14; IC15; IC16; IC17; IC18; IC19; IC20; IC21; IC22; IC23; IC24; IC25; IC26; IC27; IC28; IC29;
IC30; IC31; IC32; IC33; IC34; IC35; IC36; IC37; IC38; IC39; IC40; IC41; IC42; IC43; IC44; IC45; IC46; IC47;
IC48; IC49; IC50; IC51; IC52; IC53; IC54; IC55; IC56; IC57; IC58; IC59; IC60; IC61; IC62; IC63; IC64; IC65;
IC66; IC67; IC68; IC69; IC70; IC71; IC72; IC73; IC74; IC75; IC76; IC77; IC78; IC79; IC80; IC81; IC82; IC83;
IC84; IC85; IC86; IC87; IC88; IC89; IC90; IC91; IC92; IC93; IC94; IC95; IC96; IC97; IC98; IC99; IC100;
IC101; IC102; IC103; IC104; IC105; IC106; IC107; IC108; IC109; IC110; IC111; IC112; IC113; IC114; IC115;
IC116; IC117; IC118; IC119; IC120; IC121; IC122; IC123; IC124; IC125; IC126; IC127; IC128; IC129; IC130
и IC131;
антиген, выбранный из группы, состоящей из ID-204, ID-212, ID-213, ID-214, ID-215, ID-216, ID217, ID-219, ID-220, ID-225, ID-301, ID-302, ID-303, ID-304, ID-305, ID-306, которые раскрыты в литературном источнике [3];
антиген, выбранный из группы, состоящей из Sit1A, Sit1B, Sit1C, Sit2B, Sit2C, Sit2D, Sit3A, Sit3B,
Sit3C, Sit3D, ORF1, ORF2, ORF3, ORF4, ORF5, ORF6, ORF7, ORF8, ORF9, ORF10, ORF11, ORF12,
ORF13, ORF14, MS1, MS2, MS3, MS4, MS5, MS6, MS7, MS8, MS9, MS10 или MS11, которые раскрыты в
литературном источнике [4];
антиген, раскрытый в литературном источнике [5];
антиген, раскрытый в табл. 1-3 литературного источника [6], например CbiO;
антиген, раскрытый в литературном источнике [7], например 30S рибосомный белок S8;
антиген, выбранный из группы, состоящей из фосфоенолпируват протеин фосфотрансферазы; фосфоманномутазы; пускового фактора; фактора элонгации G; белка устойчивости к тетрациклину (tetO);
альфа-цепи ДНК-зависимой РНК полимеразы; NADH оксидазы; субъединицы А глутамил-tRNA амидотрансферазы; гомолога белка А, утилизирующего субстанцию N; Xaa-His дипептидазы; белка клеточного деления ftsz; цинковой металлопротеиназы; L-лактат дегидрогеназы; глицеральдегид 3-фосфат дегидрогеназы (GAPDH); фруктозобифосфат альдолазы; УДФ-глюкозо 4-эпимеразы; GTP связывающего
белка typA/BipA GMP синтазы; глутамил-tRNA синтетазы; NADP-специфичной глутаматдегидрогеназы;
фактора элонгации TS; фосфоглицераткиназы; пиридин нуклеотид-дисульфид оксидоредуктазы; 40S рибосомного белка S1; 6-фосфоглюконатдегидрогеназы; аминопептидазы С; карбомилфосфат синтазы
(большая субъединица); маннозоспецифичного компонента ПАВ системы PTS; рибосомного белка S2;
дигидрооротат дегидрогеназы; аспартат карбамоилтрансферазы; фактора элонгации Tu; пневмококкового поверхностного иммуногенного белка А (PsipA); фосфоглицераткиназы; ABC транспортного субстратсвязывающего белка эндопептидазы О; пневмококкового поверхностного иммуногенного белка В
(PsipB) или пневмококкового поверхностного иммуногенного белка С (PsipC) [8].
Фимбрии.
Многие штаммы S.pneumoniae обладают фимбриями, которые кодируются областью патогенности
(rlrA). Эта область кодирует три поверхностных белка (RrgA, RrgB и RrgC) и три фермента сортазы. В
некоторых вариантах осуществления изобретения композиция будет включать, в дополнение к антигену
из одной из групп по изобретению, один или несколько из RrgA; RrgB; RrgC; SrtB; SrtC и/или SrtD. Из
этих шести белков предпочтительны один или несколько из RrgA, RrgB и/или RrgC. RrgB является наиболее предпочтительным для включения белком фимбрии.
Некоторые штаммы обладают различными типами фимбрий [9], "PI-2". Оперон PI-2 кодирует PitA,
SipA, PitB, SrtG1 и SrtG2. В некоторых вариантах осуществления изобретения композиция будет включать, в дополнение к антигену из одной из групп по изобретению, один или несколько из PitA, SipA, PitB,
SrtG1 и/или SrtG2.
От IC1 до IC131.
Как указано выше, в некоторых вариантах осуществления изобретения композиция будет включать,
в дополнение к антигену из одной из групп по изобретению, один или несколько антигенов, выбранных
из группы, состоящей из IC1-IC131. Эти 131 полипептида раскрыты в литературном источнике [10] и
представляют собой 144 полипептида из табл. 3 в том документе, за исключением перечисленных полипептидов - SP0117, SP0641, SP0664, SP1003, SP1004, SP1174, SP1175, SP1573, SP1687, SP1693, SP1937 и
SP2190. Из 132 полипептидов с IC1 по IC131 в предпочтительную подгруппу, из которой могут быть выбраны один или несколько полипептидов, входят IC1; 1С8; IC16; IC23; IC31; IC34; IC40; IC45; IC47;
IC57; IC58; IC60 и IC69.
-3-
018137
Сочетания с пневмококковыми конъюгатами.
Отдельные антигены, идентифицированные в антигенных группах по изобретению, можно использовать в сочетании с пневмококковыми конъюгатами. Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание из:
(1) одного или нескольких антигенов, выбранных из первой, второй, третьей, четвертой, пятой,
шестой, седьмой, восьмой, девятой и десятой антигенных групп (как определено выше); и
(2) одного или нескольких конъюгатов пневмококкового капсульного сахарида и белка-носителя.
Конъюгат, использованный в компоненте (2) для этого сочетания, включает сахаридную часть и несущую часть. Сахаридная часть получена из капсульного сахарида пневмококка. Сахарид может представлять собой полисахарид, обладающий размером, который увеличивается в процессе очистки сахарида от бактерий, или он может представлять собой олигосахарид, получаемый фрагментированием такого
полисахарида. В 7-валентном препарате PREVNAR, например, 6 сахаридов представлены в виде интактных полисахаридов, тогда как один (серотип 18С) представлен в виде олигосахарида.
Композиция может содержать капсульный сахарид из одного или нескольких следующих пневмококковых серотипов: 1, 2, 3, 4, 5, 6А, 6В, 7F, 8, 9N, 9V, 10А, 11А, 12F, 14, 15В, 17F, 18С, 19А, 19F, 20,
22F, 23F и/или 33F. Композиция может содержать несколько серотипов, например 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,
11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23 или более серотипов. 7-, 9-, 10-, 11- и 13-валентные сочетания конъюгатов уже известны в данной области, как и 23-валентное неконъюгированное сочетание.
Например, 10-валентное сочетание может содержать сахарид из серотипов 1, 4, 5, 6В, 7F, 9V, 14,
18С, 19F и 23F. 11-валентное сочетание может дополнительно содержать сахарид из серотипа 3. В 12валентном сочетании к 10-валентной смеси можно добавить серотипы 6А и 19А; 6А и 22F; 19А и 22F; 6А
и 15В; 19А и 15В; r 22F и 15В. В 13-валентном сочетании к 11-валентной смеси можно добавить: серотипы 19А и 22F; 8 и 12F; 8 и 15В; 8 и 19А; 8 и 22F; 12F и 15В; 12F и 19А; 12F и 22F; 15В и 19А; 15В и 22F
и т.д.
Несущая часть обычно представляет собой белок, но предпочтительно не один из антигенов из (1).
Типичные белки-носители являются бактериальными токсинами, такими как дифтерийный и столбнячный токсины, или анатоксины или их мутанты. Для этого может использоваться мутант CRM197 дифтерийного токсина [11], и он является носителем в препарате PREVNAR. Другие пригодные белкиносители включают N.meningitidis наружный белковый мембранный комплекс [12], синтетические пептиды [13, 14], белки теплового шока [15, 16], белки коклюша [17, 18], цитокины [19], лимфокины [19],
гормоны [19], факторы роста [19], искусственные белки, содержащие несколько эпитопов CD4+ T-клеток
человека из различных антигенов, полученных из патогенов [20], такие как N19 [21], белок D из H.influenzae [22-24], пневмолизин [25] или его нетоксические производные [26], пневмококковый поверхностный белок PspA [27], белки, накапливающие железо [28], токсин А или В из С.difficile [29], рекомбинантный экзопротеин А из Р.aeruginosa (rEPA) [30] и т.д.
Когда композиция содержит более чем один конъюгат, в каждом конъюгате можно использовать
один и тот же белок-носитель или различные белки-носители. В литературном источнике [31] описаны
потенциальные преимущества использования различных белков-носителей в мультивалентных конъюгатах пневмококковых вакцин.
В некоторых вариантах осуществления один конъюгат может нести сахариды из нескольких серотипов [32]. Однако обычно каждый конъюгат содержит сахарид из одного серотипа.
Конъюгаты могут содержать избыток носителя (мас./мас.) или избыток сахарида (мас./мас.). В некоторых вариантах осуществления конъюгат может содержать равные массы каждого компонента.
Переносимая молекула может быть ковалентно конъюгирована с носителем или непосредственно,
или через линкер. Прямая связь с белком может быть достигнута, например, посредством восстановительного аминирования с участием сахарида и носителя, как описано, например, в литературных источниках [33] и [34]. Возможно, сначала потребуется активировать сахарид, например, окислением. Связи с
использованием линкерной группы могут быть выполнены с использованием любых известных процедур, например процедур, которые описаны в литературных источниках [35] и [36]. Предпочтительным
типом мостика является линкер из адипиновой кислоты, который можно образовать присоединением
свободной группы -NH2 (например, введенной в глюкан с помощью аминирования) к адипиновой кислоте (например используя диимидную активацию) с последующим присоединением белка к полученному
промежуточному соединению сахарида с адипиновой кислотой [37, 38]. Другим предпочтительным типом мостика является карбонильный линкер, который можно получить с помощью реакции со свободной
гидроксильной группой сахарида CDI [39, 40], за которой следует реакция с белком для образования
карбаматной связи. Другие линкеры включают β-пропионамидо [41], нитрофенилэтиламин [42],
галоацил галогениды [43], гликозидные мостики [44], 6-аминокапроновую кислоту [45], ADH [46], фрагменты C4-C12 [47] и т.д. Также можно использовать карбодиимидное конденсирование [48].
Для образования ковалентного конъюгата можно использовать отдельные антигены, идентифицированные в антигенных группах по изобретению, в качестве белков-носителей для пневмококковых капсульных сахаридов. Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей
-4-
018137
конъюгат (1) антигена, выбранного из первой, второй, третьей, четвертой, пятой, шестой, седьмой, восьмой, девятой или десятой антигенной группы, и (2) пневмококкового капсульного сахарида. Другие характеристики такого конъюгата описаны выше. Использование пневмококковых белков в качестве носителей в конъюгатах известно в данной области (например, литературные источники [25, 27] и [67]). Эти
конъюгаты можно сочетать с любым из дополнительных антигенов, описываемых в настоящем документе.
Сочетания с непневмококковыми антигенами.
Отдельные антигены, идентифицированные в антигенных группах по изобретению, можно использовать в сочетании с непневмококковыми антигенами. Таким образом, изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей сочетание:
(1) одного или нескольких антигенов, выбранных из первой, второй, третьей, четвертой, пятой,
шестой, седьмой, восьмой, девятой или десятой антигенной группы (как определено выше); и
(2) одного или нескольких антигенов, выбранных из группы, состоящей из дифтерийного анатоксина; столбнячного анатоксина; поверхностного антигена вируса гепатита В; антигена инактивированного
вируса полиомиелита; одного или нескольких ацеллюлярных антигенов коклюша; конъюгата капсульного сахаридного антигена из Haemophilus influenzae типа В; конъюгата капсульного сахаридного антигена
из серогруппы С Neisseria meningitidis; конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы Y
Neisseria meningitidis; конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы W135 Neisseria meningitidis и конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы A Neisseria meningitidis.
Дифтерийный анатоксин можно получить обработкой дифтерийного токсина из Corynebacterium
diphtherial (например, с помощью формальдегида). Более подробно дифтерийные анатоксины раскрыты в
главе 13 литературного источника [49].
Столбнячный анатоксин можно получить обработкой столбнячного токсина из Clostridium tetani
(например, с помощью формальдегида). Более подробно столбнячные анатоксины описаны в главе 27
литературного источника [49].
Поверхностный антиген вируса гепатита В (HBsAg) является основным компонентом капсида вируса гепатита В. Его удобно синтезировать посредством рекомбинантной экспрессии в дрожжах, таких
как Saccharomyces cerevisiae.
Антигены инактивированного вируса полиомиелита получают из вирусов, выращиваемых в культуре клеток и затем инактивированных (например, с помощью формальдегида). Поскольку полиомиелит
может быть вызван одним из трех типов вирусов полиомиелита, как объясняется в главе 24 литературного источника [49], композиция может содержать три антигена вирусов полиомиелита: вируса полиомиелита 1 типа (например, штамм Mahoney), вируса полиомиелита 2 типа (например, штамм MEF-1) и вируса полиомиелита 3 типа (например, штамм Saukett).
Ацеллюлярные антигены коклюша содержат специфические очищенные антигены В.pertussis, или
выделенные из нативной бактерии, или очищенные после экспрессии в рекомбинантном хозяине. Обычно используют более чем один ацеллюлярный антиген, и поэтому композиция может содержать один,
два или три следующих хорошо известных и хорошо описанных антигена В.pertussis:
(1) нейтрализованный токсин коклюша (анатоксин коклюша, или "АК");
(2) фимбриальный гемагглютинин ("ФГА");
(3) пертактин (также известный как "наружный мембранный белок 69 кДа").
ФГА и пертактин можно обработать формальдегидом перед использованием по изобретению. АК
можно нейтрализовать обработкой в формальдегиде и/или глутаральдегиде, но в качестве альтернативы
этой процедуре химической нейтрализации токсинов он может представлять собой мутантный АК, у которого ферментативная активность была снижена с помощью мутагенеза [50]. Дополнительные ацеллюлярные антигены коклюша, которые можно использовать, включают фимбрии (например, агглютиногены 2 и 3).
Если композиция содержит один из дифтерийного анатоксина, столбнячного анатоксина или ацеллюлярного антигена коклюша в компоненте (2), то обычно она будет включать все три эти белка, т.е.
компонент (2) будет содержать сочетание Д-С-Ка.
Первая антигенная группа.
(1) spr0057.
Исходная последовательность "spr0057" была указана в литературном источнике [84] как "предшественник бета-N-ацетилгексозаминидазы" (см. GI:15902101). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr0057, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 1.
Предпочтительные полипептиды spr0057 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 1 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 1, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr0057 включают варианты SEQ ID NO: 1. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 1. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
-5-
018137
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 1, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 1. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 180, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы.
Сочетания spr0057 с другими пневмококковыми антигенами проявляли хорошие синергические
эффекты.
(2) spr0286.
Исходная последовательность "spr0286" была указана в литературном источнике [84[ как "предшественник гиалуронатлиазы" (см. GI:15902330). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная
последовательность spr0286, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как
SEQ ID NO: 2.
Предпочтительные полипептиды spr0286 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 2 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 2, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr0286 включают варианты SEQ ID NO: 2. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 2. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 2, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 2. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 181, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы. Другие пригодные фрагменты
представляют собой SEQ ID NO: 182 и 183.
(3) spr0565.
Исходная последовательность "spr0565" была указана в литературном источнике [84] как "предшественник бета-галактозидазы" (см. GI:15902609). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr0565, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как
SEQ ID NO: 3.
Предпочтительные полипептиды spr0565 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 3 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 3, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr0565 включают варианты SEQ ID NO: 3 (например, SEQ ID NO: 66, см. ниже). Предпочтительные
фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 3. У других предпочтительных фрагментов не хватает
одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца
и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более)
с N-конца SEQ ID NO: 3, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 3. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой
SEQ ID NO: 184, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы. Другие пригодные фрагменты представляют собой SEQ ID NO: 177 и 178.
В настоящем документе вариантная форма spr0565 представляет собой SEQ ID NO: 66. Об использовании этой вариантной формы для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 178 в цитируемом документе). Полезные полипептиды spr0565 могут содержать аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65,
70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 66 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 66, где "n" равно 7 или
более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более).
Эти полипептиды включают варианты SEQ ID NO: 66. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат
эпитоп из SEQ ID NO: 66. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких
аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 66, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 66. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
Иммуногенные фрагменты SEQ ID NO: 66 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
Поскольку spr0565 по природе является длинным полипептидом (>2000 а.к.), более удобным может
быть синтез фрагментов. Таким образом, пригодная форма spr0565 для использования в изобретении
может быть длиной менее 1500 аминокислот (например, <1400, <1300, <1200, <1100 и т.д.). Такие короткие формы spr0565 содержат "spr0565A" (SEQ ID NO: 177) и "spr0565B" (SEQ ID NO: 178).
-6-
018137
Сочетания spr0565 с другими пневмококковыми антигенами проявляли хорошие синергические
эффекты.
(4) spr1098.
Исходная последовательность "spr1098" была указана в литературном источнике [84] к "сортаза"
(см. GI:15903141). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1098,
как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 4.
Предпочтительные полипептиды spr1098 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 4 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 4, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr1098 включают варианты SEQ ID NO: 4. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 4. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 4, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 4. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 187, в которой пропущена природная последовательность лидерного пептида.
(5) spr1345.
Исходная последовательность "spr1345" была указана в литературном источнике [84] как "гипотетический белок" (см. GI:15903388). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1345, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 5.
Предпочтительные полипептиды spr1345 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 5 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 5, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr1345 включают варианты SEQ ID NO: 5. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 5. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 5, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 5. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 188, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы.
(6) spr1416.
Исходная последовательность "spr1416" была указана в литературном источнике [84] как "гипотетический белок" (см. GI:15903459). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1416, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 6.
Предпочтительные полипептиды spr1416 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 6 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 6, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr1416 включают варианты SEQ ID NO: 6. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 6. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 6, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 6. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
(7) spr1418.
Исходная последовательность "spr1418" была указана в литературном источнике [84] как "гипотетический белок" (см. GI:15903461). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1418, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 7.
Предпочтительные полипептиды spr1418 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 7 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 7, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr1418 включают варианты SEQ ID NO: 7. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 7. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 7, но сохраняется
-7-
018137
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 7. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Вторая антигенная группа.
(1) spr0867.
Исходная последовательность "spr0867" была указана в литературном источнике [84] как "эндобета-N-ацетилглюкозаминидаза" (см. GI:15902911). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr0867, как она найдена в штамме R6, обозначена как SEQ ID NO: 8 в настоящем документе.
Предпочтительные полипептиды spr0867 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 8 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 8, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr0867 включают варианты SEQ ID NO: 8. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 8. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 8, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 8. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 185, в которой пропущена природная последовательность лидерного пептида.
(2) spr1431.
Исходная последовательность "spr1431" была указана в литературном источнике [84] как "1,4-бетаN-ацетилмурамидаза" (см. GI:15903474). Она также известна как "LytC", и о ее использовании для иммунизации сообщалось в литературном источнике [67]. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1431, как она найдена в штамме R6, обозначена как SEQ ID NO: 9 в настоящем документе.
Предпочтительные полипептиды spr1431 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 9 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 9, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr1431 включают варианты SEQ ID NO: 9. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 9. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 9, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 9. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 189, в которой пропущена природная последовательность лидерного пептида.
(3) spr1739.
Полипептид "spr1739" является пневмолизином (например, см. GI:15903781). С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность spr1739, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 10.
Предпочтительные полипептиды spr1739 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 10 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 10, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки spr1739 включают варианты SEQ ID NO: 10. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 10. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 10, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 10. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании мутантных форм пневмолизина для вакцинации известно в данной области [26,
51-56], и эти мутантные формы можно использовать в изобретении. Нейтрализации токсинов можно достичь посредством усечения с С-конца (например, [57]), например удаляя 34 аминокислоты, 45 аминокислот, 7 аминокислот [58] и т.д. Дополнительные мутации, пронумерованные согласно SEQ ID NO: 20,
включают Pro325→Leu (например, SEQ ID NO: 169) и/или Trp433→Phe (например, SEQ ID NO: 171).
Эти мутации могут сочетаться с усечениями с С-конца, например, чтобы сочетать мутацию Pro325→Leu
с усечением 7 аминокислот (например, SEQ ID NO: 170).
-8-
018137
(4) spr2021.
Исходная последовательность "spr2021" была указана в литературном источнике [84] как "основной
белок стресса GSP-781" (см. GI:15904062). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr2021, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе обозначена как
SEQ ID NO: 11.
Предпочтительные полипептиды spr2021 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 11 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 11, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки spr2021 включают варианты SEQ ID NO: 11. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 11. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 11, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 11. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 190, в которой пропущена
природная последовательность лидерного пептида.
Сочетания spr2021 с другими пневмококковыми антигенами проявляли хорошие синергические
эффекты.
Литературный источник [10] указывает spr2021 как секретируемый белок 45 кДа с гомологией с
GbpB и раскрывает его использование в качестве иммуногена (SEQ ID NO: 243 в цитируемом документе;
SP2216). Иммуногенные фрагменты spr2021 указаны в табл. 1 литературного источника [10] (стр. 73).
Другой полезный фрагмент spr2021 раскрыт как SEQ ID NO: 1 из литературного источника [59] (аминокислоты 28-278 в SEQ ID NO: 11 в настоящем документе).
Третья антигенная группа.
(1) spr0096.
Исходная последовательность "spr0096" была указана в литературном источнике [84] как "гипотетический белок" (см. GI:15902140). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr0096, как она найдена в штамме R6, обозначена как SEQ ID NO: 12 в настоящем документе.
Предпочтительные полипептиды spr0096 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 12 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 12, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки spr0096 включают варианты SEQ ID NO: 12 (например, SEQ ID NO: 40, см. ниже). Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 12. У других предпочтительных фрагментов не
хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с Сконца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более)
с N-конца SEQ ID NO: 12, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID №12. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Сочетания spr0096 с другими пневмококковыми антигенами проявляли хорошие синергические
эффекты.
Вариантная форма spr0096 с инсерцией около ее С-конца по отношению к SEQ ID NO: 12 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 40. Об использовании этого варианта для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 150 в цитируемом документе), где она указана
как доменный белок LysM. Таким образом, spr0096 для использования в изобретении может содержать
аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например,
60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 40 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 40, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или
более). Эти полипептиды включают варианты SEQ ID NO: 40. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 40. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной
или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID
NO: 40, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 40. В других фрагментах утрачены
один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты SEQ ID №40 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
-9-
018137
Полипептид spr0096 можно использовать в форме димера, например гомодимера.
(2) spr1433.
Исходная последовательность "spr1433" была указана в литературном источнике [84] как "гипотетический белок" (см. GI:15903476). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1433, как она найдена в штамме R6, обозначена как SEQ ID NO: 13 в настоящем документе.
Предпочтительные полипептиды spr1433 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 13 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 13, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки spr1433 включают варианты SEQ ID NO: 13. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 13. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 13, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 13. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
(3) spr1707.
Исходная последовательность "spr1707" была указана в литературном источнике [84] как "ABC
транспортный субстрат-связывающий белок - олигопептидный транспортер" (см. GI:15903749). С целью
цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1707, как она найдена в штамме
R6, в настоящем документе обозначена как SEQ ID NO: 14.
Предпочтительные полипептиды spr1707 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 14 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 14, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки spr1707 включают варианты SEQ ID NO: 14 (например, SEQ ID NO: 100, см. ниже). Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 14. У других предпочтительных фрагментов
не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с
С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 14, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 14. В других
фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Вариантная форма spr1707, отличающаяся от SEQ ID NO: 14 на 4 аминокислоты, в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 100. Об использовании SEQ ID NO: 100 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 220 в цитируемом документе). Таким образом,
полипептид spr1707 для использования в изобретении может содержать аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92,
93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 100 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей
мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 100, где "n" равно 7 или более (например, 8,
10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти полипептиды
включают варианты SEQ ID NO: 100. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 100. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 100, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 100. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Иммуногенные фрагменты SEQ ID NO: 100 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
Другие пневмококковые антигены.
ClpP.
ClpP представляет собой протеолитическую субъединицу АТФ-зависимой протеазы Clp. С целью
цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность ClpP представляет собой
SEQ ID NO: 16 в настоящем документе. В геноме R6 ClpP соответствует spr0656 [84].
Предпочтительные полипептиды ClpP для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 16 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 16, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
ClpP включают варианты SEQ ID NO: 16. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 16. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 16, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 16. В других фрагментах утрачены один или несколько
- 10 -
018137
доменов белка.
Об использовании ClpP для иммунизации сообщалось в литературных источниках [60] и [61]. Ее
можно успешно использовать в сочетании с PspA и PsaA и/или PspC [60].
LytA.
LytA представляет собой N-ацетилмурамоил-L-аланинамидазу (аутолизин). С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность LytA представляет собой SEQ ID NO: 17 в настоящем документе. В геноме R6 LytA соответствует spr1754 [84].
Предпочтительные полипептиды LytA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 17 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 17, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
LytA включают варианты SEQ ID NO: 17 (например, GI:18568354). Предпочтительные фрагменты из (b)
содержат эпитоп из SEQ ID NO: 17. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной
или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 17, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 17. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании LytA для иммунизации сообщалось в литературном источнике [62], в частности в
форме, содержащей холинсвязывающий домен LytA, слитый со случайным гетерологичным
T-хелперным эпитопом.
PhtA.
PhtA представляет собой пневмококковый белок А с гистидиновой триадой. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность-предшественник PhtA в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 18. В геноме R6 PhtA соответствует spr1061 [84].
Предпочтительные полипептиды PhtA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 18 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 18, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PhtA включают варианты SEQ ID NO: 18. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 18. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 18, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 18. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PhtA для иммунизации сообщалось в литературных источниках [63] и [64].
PhtB.
PhtB представляет собой пневмококковый белок В с гистидиновой триадой. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность-предшественник PhtB в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 19. Хаа в позиции 578 может представлять собой лизин.
Предпочтительные полипептиды PhtB для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 19 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 19, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PhtB включают варианты SEQ ID NO: 19. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 19. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 19, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 19. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PhtB для иммунизации сообщалось в литературных источниках [2, 63] и [64].
PhtD.
PhtD представляет собой пневмококковый белок D с гистидиновой триадой. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность-предшественник PhtD в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 20. В геноме R6 PhtD соответствует spr0907 [84].
Предпочтительные PhtD полипептиды для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 20 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 20, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
- 11 -
018137
PhtD включают варианты SEQ ID NO: 20. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 20. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 20, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 20. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PhtD для иммунизации сообщалось в литературных источниках[63-65].
PhtE.
PhtE представляет собой пневмококковый белок Е с гистидиновой триадой. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность-предшественник PhtE в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 21. В геноме R6 PhtE соответствует spr0908 [84].
Предпочтительные полипептиды PhtE для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 21 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 21, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PhtE включают варианты SEQ ID NO: 21. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 21. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 21, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 21. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PhtE для иммунизации сообщалось в литературных источниках [63] и [64].
ZmpB.
ZmpB представляет собой цинковую металлопротеазу. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность ZmpB в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 22.
В геноме R6 ZmpB соответствует spr0581 [84].
Предпочтительные полипептиды ZmpB для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 22 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 22, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки ZmpB включают варианты SEQ ID NO: 22. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 22. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 22, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 22. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
CbpD.
CbpD представляет собой холинсвязывающий белок D. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность CbpD в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 23. В
геноме R6 CbpD соответствует spr2006 [84].
Предпочтительные полипептиды CbpD для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 23 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 23, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки CbpD включают варианты SEQ ID NO: 23 (например, SEQ ID NO: 119, см. ниже). Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 23. У других предпочтительных фрагментов не
хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с
С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 23, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 23. В других
фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании CbpD для иммунизации сообщалось в литературном источнике [67].
Вариант последовательности SEQ ID NO: 23 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 119. Об использовании SEQ ID NO: 119 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 241 в цитируемом документе). Таким образом, полипептид CbpD для использования в изобретении может содержать аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50%
или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5%
или более) с SEQ ID NO: 119 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных
аминокислот из SEQ ID NO: 119, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35,
40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки CbpD включают варианты SEQ ID NO: 119.
- 12 -
018137
Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 119. У других предпочтительных
фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25
или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15,
20, 2 5 или более) с N-конца SEQ ID NO: 119, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из
SEQ ID NO: 119. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Иммуногенные фрагменты SEQ ID NO: 119 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
CbpG.
CbpG представляет собой холинсвязывающий белок G. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность CbpG в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 24. В
геноме R6 CbpG соответствует spr0350 [84].
Предпочтительные полипептиды CbpG для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 24 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 24, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки CbpG включают варианты SEQ ID NO: 24. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 24. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 24, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 24. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании CbpG для иммунизации сообщалось в литературном источнике [67].
PvaA.
PvaA (антиген А пневмококковой вакцины Streptococcus pneumoniae) также известен как sp101. С
целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность PvaA в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 25. В геноме R6 PvaA соответствует spr0930 [84].
Предпочтительные полипептиды PvaA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 25 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 25, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PvaA включают варианты SEQ ID NO: 25. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 25. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 25, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 25. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PvaA для иммунизации сообщалось в литературных источниках [1] и [318].
CPL1.
CPL1 представляет собой лизоцим пневмококкового фага CPL. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность CPL1 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 26. Предпочтительные полипептиды CPL1 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60,
65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 26 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 26, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки CPL1 включают варианты SEQ ID NO: 26. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат
эпитоп из SEQ ID NO: 26. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких
аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 26, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 26. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании CPL1 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [62], в частности
в форме, содержащей холинсвязывающий домен CPL1, слитый со случайным гетерологичным
T-хелперным эпитопом.
PspC.
PspC представляет собой пневмококковый поверхностный белок С [66] и также известен как холинсвязывающий белок А (CbpA). Об его использовании для иммунизации сообщалось в литературных источниках [1] и [67]. В штамме R6 он представляет собой spr1995, и для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность spr1995 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 15.
- 13 -
018137
Предпочтительные полипептиды PspC для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 15 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 15, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
spr1995 включают варианты SEQ ID NO: 15 (например, SEQ ID NO: 27, см. ниже). Предпочтительные
фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 15. У других предпочтительных фрагментов не хватает
одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца
и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с
N-конца SEQ ID NO: 15, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 15. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Вариант белка PspC известен как "Hic". Он схож с PspC, как показано на фиг. 1 в литературном источнике [68], в котором сообщается о его связывании с фактором Н (fH). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность Hic в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 27. Белок Hic можно использовать в изобретении в дополнение к или вместо полипептида
PspC.
Предпочтительные полипептиды Hic для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 27 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 27, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
Hic включают варианты SEQ ID NO: 27. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 27. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 27, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 27. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
PspC и/или Hic можно успешно использовать в сочетании с PspA и/или PsaA.
Pmp.
Pmp представляет собой пептидилпролил изомеразу, также известную как белок созревания протеазы. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность Pmp в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 28. В геноме R6 Pmp соответствует spr0884 [84].
Предпочтительные полипептиды Pmp для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 28 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 28, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
Pmp включают варианты SEQ ID NO: 28. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 28. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 28, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 28. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 186, в которой пропущена
природная последовательность лидерного пептида.
Об использовании Pmp для иммунизации сообщалось в литературном источнике [69].
PspA.
PspA представляет собой пневмококковый поверхностный белок А. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность PspA в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 29. В геноме R6 PspA соответствует spr0121 [84].
Предпочтительные полипептиды PspA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 29/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 29, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PspA включают варианты SEQ ID NO: 29. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 29. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 29, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 29. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PspA для иммунизации, в частности, сообщалось в литературном источнике [70].
Его можно успешно вводить в сочетании с PspC.
- 14 -
018137
PsaA.
PsaA представляет собой пневмококковый поверхностный адгезин. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность PsaA в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 30.
Предпочтительные полипептиды PsaA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 30 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 30, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PsaA включают варианты SEQ ID NO: 30. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 30. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 30, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 30. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Полезный фрагмент PsaA раскрыт в виде SEQ ID NO: 3 в литературном источнике [59] (в
настоящем документе соответствует аминокислотам 21-309 в SEQ ID NO: 30).
Об использовании PsaA для иммунизации сообщалось в литературном источнике [71]. Его можно
использовать в сочетании с PspA и/или PspC.
PrtA.
PrtA представляет собой связанную с клеточной стенкой сериновую протеиназу. Она также известна как sp128 и sp130 и находится в субтилизин-подобной сериновой протеазе. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность-предшественник PrtA в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 31. В геноме R6 PrtA соответствует spr0561 [84].
Предпочтительные полипептиды PrtA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 31 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 31, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PrtA включают варианты SEQ ID NO: 31. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 31. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 31, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 31. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PrtA для иммунизации сообщалось в литературных источниках [72] и [73], а также в литературном источнике [1].
Sp133.
Sp133 представляет собой консервативный пневмококковый антиген. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность Sp133 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 32. В геноме R6 Sp133 соответствует spr0931 [84].
Предпочтительные полипептиды Sp133 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 32 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 32, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти
белки Sp133 включают варианты SEQ ID NO: 32. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 32. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 32, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 32. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Об использовании Sp133 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [74].
PiaA.
PiaA представляет собой мембранную пермиазу, вовлеченную в поглощение железа пневмококком.
Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность PiaA в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 33. В геноме R6 PiaA соответствует spr0935 [84].
Предпочтительные полипептиды PiaA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 33 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 33, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PiaA включают варианты SEQ ID NO: 33. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
- 15 -
018137
SEQ ID NO: 33. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 33, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 33. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PiaA для иммунизации сообщалось в литературных источниках [75-77], особенно
в сочетании с PiuA.
PiuA.
PiuA представляет собой ABC транспортный субстрат-связывающий белок для переноса трехвалентного железа. Он также известен как FatB. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная
последовательность PiuA в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 34. В геноме R6 PiuA
соответствует spr1687 [84].
Предпочтительные полипептиды PiuA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 34 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 34, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
PiuA включают варианты SEQ ID NO: 34. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 34. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 34, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 34. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
Об использовании PiuA для иммунизации сообщалось в литературных ссылках [75-77], особенно в
сочетании с PiaA.
IC1.
IC1 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC1 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 35. В геноме R6 IC1 соответствует spr0008 [84]. Об использовании IC1 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 145 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC1 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 35 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 35, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC1 включают варианты SEQ ID NO: 35. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 35. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 35, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 35. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC1 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC2.
IC2 представляет собой ДНК полимеразу I polA. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC2 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 36. В геноме
R6 IC2 соответствует spr0032 [84]. Об использовании IC2 для иммунизации сообщалось в литературном
источнике [10] (SEQ ID NO: 146 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC2 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 36 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 36, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC2 включают варианты SEQ ID NO: 36. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 36. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 36, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 36. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC2 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC3.
IC3 представляет собой холинсвязывающий белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC3 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 37. В геноме
R6 IC3 соответствует spr1945 [84]. Об использовании IC3 для иммунизации сообщалось в литературном
источнике [10] (SEQ ID NO: 147 в цитируемом документе).
- 16 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC3 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 37 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 37, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC3 включают варианты SEQ ID NO: 37. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 37. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 37, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 37. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC3 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC4.
IC4 представляет собой IgA1 протеазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC4 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 38. В геноме R6 IC4 соответствует spr1042 [84]. Об использовании IC4 для иммунизации сообщалось в литературном источнике
[10] (SEQ ID NO: 148 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC4 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 38 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 38, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC4 включают варианты SEQ ID NO: 38. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 38. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 38, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 38. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC4 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC5.
IC5 указан как гипотетический белок, но возможно он представляет собой поверхностный якорный
белок клеточной стенки. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность
IC5 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 39. В геноме R6 IC5 соответствует spr0075
[84]. Об использовании IC5 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 149 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC5 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 39 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 39, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC5 включают варианты SEQ ID NO: 39. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 39. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 39, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 39. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC5 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC6.
IC6 представляет собой вариантную форму spr0096, как сообщалось выше (SEQ ID NO: 40 в настоящем документе). Полезные полипептиды IC6 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65,
70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 40 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 40, где "n" равно 7 или
более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более).
Эти белки IC6 включают варианты SEQ ID NO: 40. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп
из SEQ ID NO: 40. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 40, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 40. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
IC7.
IC7 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC7 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 41. В геноме R6 IC7 соответствует spr0174 [84]. Об использовании IC7 для иммунизации
- 17 -
018137
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 152 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC7 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 41 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 41, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC7 включают варианты SEQ ID NO: 41. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 41. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 41, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 41. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC7 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC8.
IC8 представляет собой дигидрофолат:фолилполиглутамат синтетазу. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC8 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 42. В геноме R6 IC8 соответствует spr0178 [84]. Об использовании IC8 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 153 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC8 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 42 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 42, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC8 включают варианты SEQ ID NO: 42. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 42. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 42, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 42. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC8 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC9.
IC9 представляет собой 50S рибосомный белок L2. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC9 представляет собой SEQ ID NO: 43 в настоящем документе. В геноме
R6 IC9 соответствует spr0191 [84]. Об использовании IC9 для иммунизации сообщалось в литературном
источнике [10] (SEQ ID NO: 154 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC9 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 43 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 43, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC9
белки включают варианты SEQ ID NO: 43. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 43. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 43, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 43. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC9 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC10.
IC10 представляет собой 30S рибосомный белок S14. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC10 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 44. В геноме R6 IC10 соответствует spr0202 [84]. Об использовании IC10 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 155 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC10 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 44 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 44, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC10 включают варианты SEQ ID NO: 44. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 44. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 44, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 44. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC10 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
- 18 -
018137
IC11.
IC11 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC11 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 45. В геноме R6 IC11 соответствует spr0218 [84]. Об использовании IC11 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 156 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC11 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 45 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 45, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC11 включают варианты SEQ ID NO: 45. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 45. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 45, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 45. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC11 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC12.
IC12 представляет собой формиат ацетилтрансферазу 3. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC12 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 46. В
геноме R6 IC12 соответствует spr0232 [84]. Об использовании IC12 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 157 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC12 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 46 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 46, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC12 включают варианты SEQ ID NO: 46. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 46. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 46, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 46. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC12 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC13.
IC13 представляет собой 30S рибосомный белок S9. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC13 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 47. В геноме R6 IC13 соответствует spr0272 [84]. Об использовании IC13 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 158 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC13 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 47 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 47, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC13 включают варианты SEQ ID NO: 47. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 47. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 47, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 47. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC13 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC14.
IC14 является регулятором транскрипции. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная
последовательность IC14 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 48. В геноме R6 IC14
соответствует spr0298 [84]. Об использовании IC14 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 159 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC14 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 48 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 48, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC14 включают варианты SEQ ID NO: 48. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 48. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 48, но сохраняет- 19 -
018137
ся по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 48. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC14 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC15.
IC15 указан в литературном источнике [10] как белок из семейства поверхностных якорных белков
клеточной стенки. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC15 в
настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 49. В геноме R6 IC15 соответствует spr0328 [84].
Об использовании IC15 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 160 в
цитируемом документе), и было показано его протективное действие в литературном источнике [78] (антиген SP0368).
Предпочтительные полипептиды IC15 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 49 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 49, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC15 включают варианты SEQ ID NO: 49. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 49. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 49, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 49. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC15 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC16.
IC16 представляет собой пенициллинсвязывающий белок 1А. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC16 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 50. В геноме R6 IC16 соответствует spr0329 [84]. Об использовании IC16 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 161 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC16 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 50 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 50, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC16 включают варианты SEQ ID NO: 50. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 50. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 50, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 50. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC16 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC17.
IC17 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC17 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 51. В геноме R6 IC17 соответствует spr0334 [84]. Об использовании IC17 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 162 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC17 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 51 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 51, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC17 включают варианты SEQ ID NO: 51. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 51. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 51, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 51. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC17 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC18.
IC18 указан в литературном источнике [10] как холинсвязывающий белок F. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC18 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 52. В геноме R6 IC18 соответствует spr0337 [84]. Об использовании IC18 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 163 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC18 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 52 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 52, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
- 20 -
018137
IC18 включают варианты SEQ ID NO: 52. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 52. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 52, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 52. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC18 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC19.
IC19 указан в литературном источнике [10] как холинсвязывающий белок J (cbpJ). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC19 в настоящем документе представляет
собой SEQ ID NO: 53. Об использовании IC19 для иммунизации сообщалось в литературном источнике
[10] (SEQ ID NO: 164 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC19 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 53 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 53, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC19 включают варианты SEQ ID NO: 53. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 53. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 53, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 53. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC19 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC20.
IC20 представляет собой холинсвязывающий белок G. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC20 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 54. В
геноме R6 IC20 соответствует spr0349 [84]. Об использовании IC20 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 165 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC20 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 54 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 54, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC20 включают варианты SEQ ID NO: 54. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 54. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 54, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 54. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC20 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC21.
IC21 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC21 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 55. В геноме R6 IC21 соответствует spr0410 [84]. Об использовании IC21 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 166 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC21 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 55 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 55, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC21 включают варианты SEQ ID NO: 55. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 55. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 55, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 55. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC21 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC22.
IC22 указан в литературном источнике [10] как белок семейства поверхностных якорных белков
клеточной стенки. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC22 в
настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 56. В геноме R6 IC22 соответствует spr0051 [84].
Об использовании IC22 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 167 в
цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC22 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
- 21 -
018137
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 56 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 56, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC22 включают варианты SEQ ID NO: 56. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 56. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 56, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 56. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC22 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC23.
IC23 представляет собой сортазу (cf. spr1098). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC23 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 57. Об использовании IC23 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 168 в цитируемом
документе).
Предпочтительные полипептиды IC23 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 57 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 57, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC23 включают варианты SEQ ID NO: 57. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 57. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 57, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 57. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC23 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC24.
IC24 представляет собой сортазу (cf. spr1098). Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC24 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 58. Об использовании IC24 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 169 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC24 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 58/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 58, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC24 включают варианты SEQ ID NO: 58. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 58. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 58, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 58. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC24 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC25.
IC25 указан в литературном источнике [10] как предполагаемая эндо-β-N-ацетилглюкозаминидаза.
С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC25 в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 59. В геноме R6 IC25 соответствует spr0440 [84]. Об использовании IC25
для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 170 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC25 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 59 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 59, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC25 включают варианты SEQ ID NO: 59. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 59. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 59, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 59. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC25 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC26.
IC26 представляет собой модификационную рестриктазу ЕсоЕ I типа. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC26 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 60. В геноме R6 IC26 соответствует spr0449 [84]. Об использовании IC26 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 171 в цитируемом документе).
- 22 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC26 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 60 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 60, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC26 включают варианты SEQ ID NO: 60. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 60. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 60, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 60. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC26 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC 27.
IC27 указан в литературном источнике [10] как белок dnaJ. С целью цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC27 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 61. В
геноме R6 IC27 соответствует spr0456 [84]. Об использовании IC27 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 172 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC27 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 61 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 61, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC27 включают варианты SEQ ID NO: 61. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 61. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 61, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 61. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC27 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC28.
IC28 указан в литературном источнике [10] как BlpC ABC транспортер (blpB). С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC28 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 62. В геноме R6 IC28 соответствует spr0466 [84]. Об использовании IC28 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 173 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC28 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 62 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 62, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC28 включают варианты SEQ ID NO: 62. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 62. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 62, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 62. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC28 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC29.
IC29 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC29 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 63. В геноме R6 IC29 соответствует spr0488 [84]. Об использовании IC29 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 174 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC29 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 63 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 63, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC29 включают варианты SEQ ID NO: 63. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 63. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 63, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 63. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC29 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
- 23 -
018137
IC30.
IC30 представляет собой ABC транспортный субстрат-связывающий белок. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC30 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 64. В геноме R6 IC30 соответствует spr0534 [84]. Об использовании IC30 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 175 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC30 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 64 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 64, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC30 включают варианты SEQ ID NO: 64. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 64. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 64, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 64. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC30 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC31.
IC31 указан в литературном источнике [10] как белок суперсемейства металло-β-лактамаз. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC31 в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 65. В геноме R6 IC31 соответствует spr0538 [84]. Об использовании IC31
для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 176 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC31 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 65 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 65, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC31 включают варианты SEQ ID NO: 65. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 65. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 65, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 65. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC31 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC32.
IC32 является вариантной формой spr0565, как указано выше (SEQ ID NO: 66 в настоящем документе). Полезные полипептиды IC32 могут содержать аминокислотную последовательность, которая
(а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96,
97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 66 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 66, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18,
20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти полипептиды IC32 включают варианты SEQ ID NO: 66. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 66. У других
предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6,
7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4,
5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 66, но сохраняется по меньшей мере один
эпитоп из SEQ ID NO: 66. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты SEQ ID NO: 66 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC33.
IC33 указан в литературном источнике [10] как предполагаемый пневмококковый поверхностный
белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC33 в настоящем
документе представляет собой SEQ ID NO: 67. В геноме R6 IC33 соответствует spr0583 [84]. Об использовании IC33 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 180 в цитируемом документе), и в литературном источнике [78] было показано, что он обладает протективными свойствами (антиген SP0667).
Предпочтительные полипептиды IC33 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 67 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 67, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC33
белки включают варианты SEQ ID NO: 67. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 67. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 67, но сохраняет- 24 -
018137
ся по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 67. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC33 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC34.
IC34 представляет собой УДФ-N-ацетилмурамоил-L-аланил-D-глутамат синтетазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC34 в настоящем документе представляет
собой SEQ ID NO: 68. В геноме R6 IC34 соответствует spr0603 [84]. Об использовании IC34 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 181 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC34 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 68 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 68, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC34 включают варианты SEQ ID NO: 68. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 68. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 68, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 68. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC34 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC35.
IC35 представляет собой ABC транспортный субстрат-связывающий белок. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC35 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 69. В геноме R6 IC35 соответствует spr0659 [84]. Об использовании IC35 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 182 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC35 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 69 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 69, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC35
белки включают варианты SEQ ID NO: 69. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 69. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 69, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 69. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC35 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC36.
IC36 представляет собой ABC транспортный АТФ-связывающий белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC36 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 70. В геноме R6 IC36 соответствует spr0678 [84]. Об использовании IC36 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 183 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC36 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 70 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 70, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC36 включают варианты SEQ ID NO: 70. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 70. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 70, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 70. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC36 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC37.
IC37 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC37 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 71. В геноме R6 IC37 соответствует spr0693 [84]. Об использовании IC37 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 184 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC37 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 71 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 71, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC37 включают варианты SEQ ID NO: 71. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 71. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
- 25 -
018137
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 71, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 71. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC37 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC38.
IC38 указан в литературном источнике [10] как усеченный белок, родственный нодулину. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC38 в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 72. В геноме R6 IC38 соответствует spr0814 [84]. Об использовании IC38
для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 185 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC38 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 72 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 72, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC38 включают варианты SEQ ID NO: 72. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 72. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 72, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 72. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC38 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC39.
IC39 представляет собой фосфорилхолинэстеразу тейхоевой кислоты/холинсвязывающий белок Е
(cbpE). Также он может быть известен как "LytD". С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC39 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 73. В геноме R6
IC39 соответствует spr0831 [84]. Об использовании IC39 для иммунизации сообщалось в литературном
источнике [10] (SEQ ID NO: 186 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC39 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 73 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 73, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC39 включают варианты SEQ ID NO: 73. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 73. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 73, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 73. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC39 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC40.
IC40 представляет собой ингибируемый глюкозой белок деления А. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC40 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 74. В геноме R6 IC40 соответствует spr0844 [84]. Об использовании IC40 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 187 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC40 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 74 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 74, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC40 включают варианты SEQ ID NO: 74. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 74. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 74, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 74. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC40 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC41.
IC41 представляет собой усеченную аланиндегидрогеназу. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC41 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 75. В
геноме R6 IC41 соответствует spr0854 [84]. Об использовании IC41 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 188 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC41 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 75 и/или (b) содержит фрагмент по
- 26 -
018137
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 75, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC41 включают варианты SEQ ID NO: 75. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 75. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 75, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 75. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC41 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC42.
IC42 представляет собой гликогенсинтазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная
последовательность IC42 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 76. В геноме R6 IC42
соответствует spr1032 [84]. Об использовании IC42 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 191 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC42 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 76 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 76, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC42 включают варианты SEQ ID NO: 76. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 76. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 76, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 76. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC42 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC43.
IC43 представляет собой иммуноглобулин А1 протеазу. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC43 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 77.
Об использовании IC43 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 192 в
цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC43 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 77 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 77, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC43 включают варианты SEQ ID NO: 77. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 77. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 млн более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 77, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 77. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC43 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC44.
IC44 представляет собой неохарактеризованную рестриктазу. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC44 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 78. В геноме R6 IC44 соответствует spr1101 [84]. Об использовании IC44 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 195 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC44 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 78 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 78, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC44 включают варианты SEQ ID NO: 78. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 78. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 78, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 78. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC44 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC45.
IC45 представляет собой регулятор ответной реакции. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC45 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 79. В
геноме R6 IC45 соответствует spr1107 [84]. Об использовании IC45 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 196 в цитируемом документе).
- 27 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC45 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 79 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 79, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC45 включают варианты SEQ ID NO: 79. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 79. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 79, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 79. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC45 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC46.
IC46 представляет собой ABC транспортную мембранопроникающую пермеазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC46 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 80. В геноме R6 IC46 соответствует spr1120 [84]. Об использовании IC46 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 197 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC46 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 80 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 80, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC46 включают варианты SEQ ID NO: 80. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 80. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 80, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 80. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC46 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC47.
IC47 представляет собой сигнал-узнающую частицу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC47 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 81. В геноме R6 IC47 соответствует spr1166 [84]. Об использовании IC47 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 198 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC47 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 81 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 81, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC47 включают варианты SEQ ID NO: 81. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 81. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 81, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 81. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC47 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC48.
IC48 представляет собой N-ацетилманнозамин-6-фосфат 2-эпимеразу. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC48 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 82. В геноме R6 IC48 соответствует spr1529 [84]. Об использовании IC48 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 199 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC48 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 82 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 82, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC48 включают варианты SEQ ID NO: 82. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 82. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 82, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 82. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC48 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
- 28 -
018137
IC49.
IC49 представляет собой хоризматсинтазу. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC49 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 83. В геноме R6
IC49 соответствует spr1232 [84]. Об использовании IC49 для иммунизации сообщалось в литературном
источнике [10] (SEQ ID NO: 200 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC49 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 83 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 83, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC49 включают варианты SEQ ID NO: 83. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 83. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 83, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 83. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC49 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
1С50.
IC50 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC50 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 84. В геноме R6 IC50 соответствует spr1236 [84]. Об использовании IC50 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 201 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC50 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 84 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 84, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC50 включают варианты SEQ ID NO: 84. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 84. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 84, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 84. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC50 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC51.
IC51 представляет собой протеазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC51 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 85. В геноме R6 IC51 соответствует spr1284 [84]. Об использовании IC51 для иммунизации сообщалось в литературном источнике
[10] (SEQ ID NO: 202 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC51 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 85 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 85, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC51 включают варианты SEQ ID NO: 85. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 85. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 85, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 85. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC51 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC52.
IC52 указан в литературном источнике [10] как оксидоредуктаза или альдо/кеторедуктаза. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC52 в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 86. В геноме R6 IC52 соответствует spr1332 [84]. Об использовании IC52
для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 203 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC52 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 86 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 86, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC52 включают варианты SEQ ID NO: 86. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 86. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 86, но сохраняет- 29 -
018137
ся по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 86. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC52 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC53.
IC53 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC53 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 87. В геноме R6 IC53 соответствует spr1370 [84]. Об использовании IC53 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 204 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC53 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 87 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 87, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC53 включают варианты SEQ ID NO: 87. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 87. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 87, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 87. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC53 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC54.
IC54 указан как консервативный доменный белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC54 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 88. В геноме R6 IC54 соответствует spr1374 [84]. Об использовании IC54 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 205 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC54 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 88 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 88, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC54 включают варианты SEQ ID NO: 88. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 88. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 88, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 88. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC54 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC55.
IC55 представляет собой ABC транспортный субстрат-связывающий белок. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC55 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 89. В геноме R6 IC55 соответствует spr1382 [84]. Об использовании IC55 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 206 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC55 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 89 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 89, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC55 включают варианты SEQ ID NO: 89. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 89. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 89, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 89. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC55 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC56.
IC56 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC56 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 90. В геноме R6 IC56 соответствует spr1457 [84]. Об использовании IC56 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 208 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC56 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 90 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 90, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC56 включают варианты SEQ ID NO: 90. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 90. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
- 30 -
018137
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 90, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 90. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC56 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC57.
IC57 представляет собой белок инициации клеточного деления. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC57 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 91. В геноме R6 IC57 соответствует spr1505 [84]. Об использовании IC57 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 209 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC57 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 91 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 91, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC57 включают варианты SEQ ID NO: 91. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 91. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 91, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 91. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC57 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC58.
IC58 указан в литературном источнике [10] как белок ylmF. Для целей цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC58 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 92. В
геноме R6 IC58 соответствует spr1508 [84]. Об использовании IC58 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 210 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC58 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 92 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 92, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC58 включают варианты SEQ ID NO: 92. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 92. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 92, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 92. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC58 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC59.
IC59 представляет собой субъединицу N-ацетилнейраминатлиазы. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC59 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 93. В геноме R6 IC59 соответствует spr1186 [84]. Об использовании IC59 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 211 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC59 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 93 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 93, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC59 включают варианты SEQ ID NO: 93. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 93. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 93, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 93. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC59 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC60.
IC60 представляет собой серин/треонин киназу (StkP) эукариотического типа. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC60 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 94. В геноме R6 IC60 соответствует spr1577 [84]. Об использовании IC60 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 214 в цитируемом документе), и в литературном источнике [78] сообщалось, что она является лидерным кандидатом на вакцину.
Предпочтительные полипептиды IC60 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 94 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 94, где "n" равно 7 или более (на- 31 -
018137
пример, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC60 включают варианты SEQ ID NO: 94. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 94. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 94, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 94. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC60 указаны в табл. 1 литературного источника [10]. Дополнительный полезный фрагмент раскрыт в виде SEQ ID NO: 2 в литературном источнике [59] (соответствует аминокислотам 345-659 в SEQ ID NO: 94 в настоящем документе).
IC61.
IC61 представляет собой метионил-тРНК формилтрансферазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC61 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 95. В геноме R6 IC61 соответствует spr1580 [84]. Об использовании IC61 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 215 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC61 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 95 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 95, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC61 включают варианты SEQ ID NO: 95. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 95. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 95, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 95. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC61 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC62.
IC62 представляет собой транслоказу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC62 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 96. В геноме R6 IC62
соответствует spr1544 [84]. Об использовании IC62 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 216 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC62 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 96 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 96, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC62
белки включают варианты SEQ ID NO: 96. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 96. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 96, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 96. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC62 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC63.
IC63 указан в литературном источнике [10] как белок семейства поверхностных якорных белков
клеточной стенки. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC63 в
настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 97. В геноме R6 IC63 соответствует spr1403 [84].
Об использовании IC63 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 217 в
цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC63 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 97 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 97, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC63 включают варианты SEQ ID NO: 97. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 97. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 97, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 97. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC63 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC64.
IC64 указан в литературном источнике [10] как предполагаемый основной белок стресса 24. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC64 в настоящем документе
представляет собой SEQ ID NO: 98. В геноме R6 IC64 соответствует spr1625 [84]. Об использовании IC64
- 32 -
018137
для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 218 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC64 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 98 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 98, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC64 включают варианты SEQ ID NO: 98. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 98. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 98, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 98. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC64 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC65.
IC65 представляет собой ABC транспортный АТФ-связывающий белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC65 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 99. В геноме R6 IC65 соответствует spr1704 [84]. Об использовании IC65 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 219 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC65 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 99 и/или (b) содержит фрагмент по
меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 99, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
IC65 включают варианты SEQ ID NO: 99. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 99. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 99, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 99. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC65 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC66.
Как указано выше, IC66 представляет собой вариантную форму spr1707. Полезные полипептиды
IC66 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98,
99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 100 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 100, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20,
25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC66 включают варианты
SEQ ID NO: 100. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 100. У других
предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6,
7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4,
5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 100, но сохраняется по меньшей мере один
эпитоп из SEQ ID NO: 100. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
IC67.
IC67 представляет собой субтилизин-подобную сериновую протеазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC67 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 101. В геноме R6 IC67 соответствует spr1771 [84]. Об использовании IC67 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 222 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC67 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 101 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 101, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC67 включают варианты SEQ ID NO: 101. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 101. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 101, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 101. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC67 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC68.
IC68 представляет собой Cmp-связывающий фактор 1. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC68 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 102. В
геноме R6 IC68 соответствует spr1794 [84]. Об использовании IC68 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 223 в цитируемом документе).
- 33 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC68 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 102 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 102, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC68 включают варианты SEQ ID NO: 102. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 102. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 102, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 102. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC68 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC69.
IC69 указан в литературном источнике [10] как белок семейства поверхностных якорных белков
клеточной стенки. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC69 в
настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 103. В геноме R6 IC69 соответствует spr1806 [84].
Об использовании IC69 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 224 в
цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC69 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 103 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 103, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC69 включают варианты SEQ ID NO: 103. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 103. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 103, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 103. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC69 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC70.
IC70 представляет собой белок контроля катаболитов А. С целью цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC70 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 104.
В геноме R6 IC70 соответствует spr1813 [84]. Об использовании IC70 для иммунизации сообщалось в
литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 225 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC70 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 104 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 104, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC70 включают варианты SEQ ID NO: 104. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 104. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 104, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 104. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC70 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC71.
IC71 представляет собой бета-глюкозидазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная
последовательность IC71 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 105. В геноме R6 IC71
соответствует spr1833 [34]. Об использовании IC71 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 226 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC71 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 105 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 105, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC71 включают варианты SEQ ID NO: 105. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 105. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 105, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 105. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC71 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
- 34 -
018137
IC72.
IC72 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC72 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 106. В геноме R6 IC72 соответствует spr1838 [84]. Об использовании IC72 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 227 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC72 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 106 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 106, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC72 включают варианты SEQ ID NO: 106. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 106. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 106, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 106. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC72 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC73.
IC73 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC73 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 107. В геноме R6 IC73 соответствует spr1850 [84]. Об использовании IC73 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 228 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC73 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 107 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 107, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC73 включают варианты SEQ ID NO: 107. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 107. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 107, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 107. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC73 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC74.
IC74 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC74 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 108. В геноме R6 IC74 соответствует spr1859 [84]. Об использовании IC74 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 229 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC74 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 108 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 108, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC74 включают варианты SEQ ID NO: 108. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 108. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 108, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 108. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC74 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC75.
IC75 представляет собой белок компетентности. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC75 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 109. В геноме
R6 IC75 соответствует spr1862 [84]. Об использовании IC75 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 230 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC75 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 109 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 109, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC75 включают варианты SEQ ID NO: 109. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 109. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 109, но сохраня- 35 -
018137
ется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 109. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC75 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC76.
IC76 представляет собой УТФ-глюкозо-1-фосфат уридилилтрансферазу. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC76 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 110. В геноме R6 IC76 соответствует spr1903 [84]. Об использовании IC76 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 231 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC76 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 110/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 110, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC76 включают варианты SEQ ID NO: 110. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 110. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 110, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 110. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC76 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC77.
IC77 представляет собой пенициллинсвязывающий белок 1b. С целью цитирования полноразмерная
аминокислотная последовательность IC77 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 111.
В геноме R6 IC77 соответствует spr1909 [84]. Об использовании IC77 для иммунизации сообщалось в
литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 232 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC77 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 111 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 111, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC77
белки включают варианты SEQ ID NO: 111. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 111. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 111, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 111. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC77 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC78.
IC78 представляет собой ABC транспортный белок связывающий субстрат мальтозу/мальтодекстрин. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC78 в
настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 112. В геноме R6 IC78 соответствует spr1918 [84].
Об использовании IC78 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 233 в
цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC78 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 112 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 112, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC78
белки включают варианты SEQ ID NO: 112. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 112. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 112, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 112. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC78 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC79.
IC79 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC79 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 113. В геноме R6 IC79 соответствует spr2120 [84]. Об использовании IC79 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 234 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC79 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 113 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 113, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC79 включают варианты SEQ ID NO: 113. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
- 36 -
018137
SEQ ID NO: 113. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 113, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 113. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC79 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC80.
IC80 представляет собой предполагаемую N-концевую часть транскетолазы. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC80 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 114. В геноме R6 IC80 соответствует spr1937 [84]. Об использовании IC80 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 235 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC80 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 114 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 114, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC80 включают варианты SEQ ID NO: 114. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 114. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 114, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 114. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC80 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC81.
IC81 представляет собой холинсвязывающий белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC81 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 115. Ее
С-конец является родственным для IC3. Об использовании IC81 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 236 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC81 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 115 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 115, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC81 включают варианты SEQ ID NO: 115. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 115. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 115, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 115. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC81 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC82.
IC82 представляет собой белок, родственный гликозилгидролазе. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC82 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 116. В геноме R6 IC82 соответствует spr2141 [84]. Об использовании IC82 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 237 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC82 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 116 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 116, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC82 включают варианты SEQ ID NO: 116. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 116. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 116, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 116. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC82 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC83.
IC83 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC83 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 117. В геноме R6 IC83 соответствует spr1983 [84]. Об использовании IC83 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 238 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC83 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 117 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 117, где "n" равно 7 или более
- 37 -
018137
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC83 включают варианты SEQ ID NO: 117. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 117. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 117, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 117. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC83 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC84.
IC84 представляет собой АТФазу, родственную стрессовым белкам III класса. С целью цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC84 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 118. В геноме R6 IC84 соответствует spr2000 [84]. Об использовании IC84 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 240 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC84 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 118 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 118, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC84 включают варианты SEQ ID NO: 118. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 118. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 118, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 118. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC84 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC85.
IC85 является вариантом последовательности SEQ ID NO: 23, упомянутой выше (SEQ ID NO: 119).
Полезные полипептиды IC85 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91,
92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 119 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей
мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 119, где "n" равно 7 или более (например, 8,
10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC85 включают варианты SEQ ID NO: 119. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 119. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 119, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 119. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
IC86.
IC86 представляет собой 50S рибосомный белок L9. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC86 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 120. В
геноме R6 IC86 соответствует spr2009 [84]. Об использовании IC86 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 242 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC86 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 120 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 120, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC86 включают варианты SEQ ID NO: 120. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 120. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 120, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 120. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC86 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC87.
IC87 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC87 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 166. В геноме R6 IC87 соответствует spr0987 [84]. Об использовании IC87 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 288 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC87 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 166/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 166, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти бел- 38 -
018137
ки IC87 включают варианты SEQ ID NO: 166. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 166. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 166, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 166. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC87 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC88.
IC88 представляет собой холинсвязывающий белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC88 в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 122. В
геноме R6 IC88 соответствует spr1274 [84]. Об использовании IC88 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 244 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC88 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 122 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 122, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC88 включают варианты SEQ ID NO: 122. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 122. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 122, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 122. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC88 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC89.
IC89 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC89 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 123. Об использовании IC89 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 245 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC89 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 123 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 123, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC89 включают варианты SEQ ID NO: 123. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 123. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 123, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 123. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC89 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC90.
IC90 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC90 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 124. Об использовании IC90 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 246 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC90 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 124 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 124, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC90 включают варианты SEQ ID NO: 124. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 124. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 124, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 124. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC90 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC91.
IC91 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC91 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 125. В геноме R6 IC91 соответствует spr0415 [84]. Об использовании IC91 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 247 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC91 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 125 и/или (b) содержит фрагмент
- 39 -
018137
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 125, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC91 включают варианты SEQ ID NO: 125. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 125. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 125, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 125. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC91 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC92.
IC92 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC92 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 126. В геноме R6 IC92 соответствует spr0695 [84]. Об использовании IC92 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 248 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC92 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 126 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 126, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC92 включают варианты SEQ ID NO: 126. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 126. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 126, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 126. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC92 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC93.
IC93 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC93 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 127. В геноме R6 IC93 соответствует spr1334 [84]. Об использовании IC93 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 249 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC93 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 127 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 127, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC93 включают варианты SEQ ID NO: 127. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 127. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 127, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 127. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC93 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC94.
IC94 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC94 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 128. В геноме R6 IC94 соответствует spr0242 [84]. Об использовании IC94 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 250 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC94 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 128 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 128, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC94 включают варианты SEQ ID NO: 128. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 128. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 128, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 128. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC94 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC95.
IC95 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC95 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 129. В геноме R6 IC95 соответствует spr1367 [84]. Об использовании IC95 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 251 в цитируемом документе).
- 40 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC95 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 129 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 129, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC95 включают варианты SEQ ID NO: 129. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 129. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 129, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 129. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC95 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC96.
IC96 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC96 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 130. Об использовании IC96 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 252 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC96 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 130 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 130, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC96 включают варианты SEQ ID NO: 130. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 130. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 130, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 130. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC96 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC97.
IC97 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC97 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 131. В геноме R6 IC97 соответствует spr1502 [84]. Об использовании IC97 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 253 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC97 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 131 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 131, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC97 включают варианты SEQ ID NO: 131. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 131. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 131, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 131. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC97 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC98.
IC98 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC98 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 132. В геноме R6 IC98 соответствует spr0730 [84]. Об использовании IC98 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 254 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC98 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 132 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 132, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC98 включают варианты SEQ ID NO: 132. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 132. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 132, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 132. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC98 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC99.
IC99 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC99 в настоящем документе представляет собой
- 41 -
018137
SEQ ID NO: 133. В геноме R6 IC99 соответствует spr1961 [84]. Об использовании IC99 для иммунизации
сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 255 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC99 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 133/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 133, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC99 включают варианты SEQ ID NO: 133. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 133. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 133, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 133. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC99 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC100.
IC100 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC100 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 134. Об использовании IC100 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 256 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC100 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 134 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 134, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC100 включают варианты SEQ ID NO: 134. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 134. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 134, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 134. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC100 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC101.
IC101 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC101 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 135. В геноме R6 IC101 соответствует spr0516 [84]. Об использовании IC101 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 257 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC101 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 135 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 135, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC101 включают варианты SEQ ID NO: 135. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 135. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 135, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 135. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC101 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC102.
IC102 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC102 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 136. В геноме R6 IC102 соответствует spr1785 [84]. Об использовании IC102 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 258 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC102 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 136 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 136, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC102 включают варианты SEQ ID NO: 136. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 136. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 136, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 136. В других фрагментах
- 42 -
018137
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC102 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC103.
IC103 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC103 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 137. В геноме R6 IC103 соответствует spr0215 [84]. Об использовании IC103 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 259 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC103 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 137 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 137, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC103 включают варианты SEQ ID NO: 137. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 137. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 137, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 137. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC103 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC104.
IC104 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC104 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 138. В геноме R6 IC104 соответствует spr1815 [84]. Об использовании IC104 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 260 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC104 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 138 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 138, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC104 включают варианты SEQ ID NO: 138. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 138. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 138, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 138. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC104 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC105.
IC105 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC105 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 139. В геноме R6 IC105 соответствует spr0102 [84]. Об использовании IC105 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 261 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC105 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 139 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 139, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC105 включают варианты SEQ ID NO: 139. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 139. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 139, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 139. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC105 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC106.
IC106 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC106 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 140. В геноме R6 IC106 соответствует spr1994 [84]. Об использовании IC106 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 262 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC106 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 140 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 140, где "n" равно 7
- 43 -
018137
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC106 включают варианты SEQ ID NO: 140. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 140. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 140, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 140. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC106 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC107.
IC107 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC107 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 141. Об использовании IC107 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 263 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC107 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 141 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 141, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC107 включают варианты SEQ ID NO: 141. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 141. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 141, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 141. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC107 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC108.
IC108 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC108 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 142. Об использовании IC108 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 264 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC108 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 142 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 142, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC108 включают варианты SEQ ID NO: 142. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 142. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 142, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 142. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC108 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC109.
IC109 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC109 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 143. В геноме R6 IC109 соответствует spr0309 [84]. Об использовании IC109 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 265 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC109 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 143 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 143, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC109 белки включают варианты SEQ ID NO: 143. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 143. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 143, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 143. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC109 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
- 44 -
018137
IC110.
IC110 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC110 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 144. В геноме R6 IC110 соответствует spr1070 [84]. Об использовании IC110 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 266 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC110 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 144 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 144, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC110 включают варианты SEQ ID NO: 144. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 144. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 144, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 144. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC110 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC111.
IC111 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC111 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 145. В геноме R6 IC111 соответствует spr0258 [84]. Об использовании IC111 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 267 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC111 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 145 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 145, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC111 включают варианты SEQ ID NO: 145. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 145. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 145, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 145. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC111 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC112
IC112 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC112 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 146. В геноме R6 IC112 соответствует spr0254 [84]. Об использовании IC112 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 268 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC112 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 146 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 146, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC112 включают варианты SEQ ID NO: 146. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 146. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 146, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 146. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC112 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC113.
IC113 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC113 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 147. В геноме R6 IC113 соответствует spr0171 [84]. Об использовании IC113 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 269 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC113 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 147 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 147, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC113 включают варианты SEQ ID NO: 147. Предпочтительные фрагменты из (b) содер- 45 -
018137
жат эпитоп из SEQ ID NO: 147. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 147, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 147. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC113 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC114.
IC114 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC114 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 148. Об использовании IC114 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 270 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC114 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 148 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 148, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC114 включают варианты SEQ ID NO: 148. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 148. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 148, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 148. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC114 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC115.
IC115 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC115 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 149. В геноме R6 IC115 соответствует spr0464 [84]. Об использовании IC115 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 271 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC115 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 149 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 149, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC115 белки включают варианты SEQ ID NO: 149. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 149. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 149, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 149. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC115 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC116,
IC116 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC116 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 150. В геноме R6 IC116 соответствует spr0026 [84]. Об использовании IC116 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 272 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC116 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 150 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 150, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC116 включают варианты SEQ ID NO: 150. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 150. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 150, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 150. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC116 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC117.
IC117 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC117 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 151. В геноме R6 IC117 соответствует spr1652 [84]. Об использовании IC117 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 273 в цитируемом документе).
- 46 -
018137
Предпочтительные полипептиды IC117 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 151 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 151, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC117 включают варианты SEQ ID NO: 151. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 151. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 151, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 151. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC117 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC118.
IC118 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC118 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 152. В геноме R6 IC118 соответствует spr1783 [84]. Об использовании IC118 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 274 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC118 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 152 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 152, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC118 включают варианты SEQ ID NO: 152. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 152. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 152, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 152. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC118 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC119.
IC119 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC119 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 153. Об использовании IC119 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 275 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC119 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 153 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 153, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC119 включают варианты SEQ ID NO: 153. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 153. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 153, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 153. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC119 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC120.
IC120 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC120 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 154. В геноме R6 IC120 соответствует spr1153 [84]. Об использовании IC120 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 276 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC120 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 154 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 154, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC120 белки включают варианты SEQ ID NO: 154. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 154. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 154, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 154. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC120 указаны в табл. 1 литера- 47 -
018137
турного источника [10].
IC121.
IC121 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC121 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 155. В геноме R6 IC121 соответствует spr1977 [84]. Об использовании IC121 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 277 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC121 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 155 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 155, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC121 включают варианты SEQ ID NO: 155. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 155. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 155, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 155. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC121 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC122.
IC122 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC122 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 156. Об использовании IC122 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 278 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC122 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 156 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 156, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC122 включают варианты SEQ ID NO: 156. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 156. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 156, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 156. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC122 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC123.
IC123 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC123 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 157. В геноме R6 IC123 соответствует spr1049 [84]. Об использовании IC123 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 279 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC123 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 157 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 157, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC123 включают варианты SEQ ID NO: 157. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 157. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 157, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 157. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC123 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC124.
IC124 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC124 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 158. В геноме R6 IC124 соответствует spr1811 [84]. Об использовании IC124 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 280 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC124 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 158 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 158, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или бо- 48 -
018137
лее). Эти IC124 белки включают варианты SEQ ID NO: 158. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 158. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 158, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 158. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC124 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC125.
IC125 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC125 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 159. В геноме R6 IC125 соответствует spr0381 [84]. Об использовании IC125 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 281 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC125 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 159/ и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 159, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC125 включают варианты SEQ ID NO: 159. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 159. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 159, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 159. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC125 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC126.
IC126 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC126 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 160. Об использовании IC126 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10]
(SEQ ID NO: 282 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC126 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 160 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 160, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC126 включают варианты SEQ ID NO: 160. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 160. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 160, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 160. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC126 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC127.
IC127 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC127 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 161. В геноме R6 IC127 соответствует spr0061 [84]. Об использовании IC127 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 283 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC127 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 161 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 161, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти IC127 белки включают варианты SEQ ID NO: 161. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 161. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 161, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 161. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC127 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC128.
IC128 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC128 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 162. В геноме R6 IC128 соответствует spr0641 [84]. Об использовании IC128 для иммуниза- 49 -
018137
ции сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 284 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC128 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 162 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 162, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC128 включают варианты SEQ ID NO: 162. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 162. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 162, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 162. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC128 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC129.
IC129 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность IC129 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 163. В геноме R6 IC129 представляет собой spr1205 [84]. Об использовании IC129 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 285 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC129 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 163 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 163, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC129 включают варианты SEQ ID NO: 163. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 163. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 163, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 163. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC129 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC130.
IC130 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC130 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 164. В геноме R6 IC130 соответствует spr1841 [84]. Об использовании IC130 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 286 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC130 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 164 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 164, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC130 включают варианты SEQ ID NO: 164. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 164. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 164, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 164. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC130 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
IC131.
IC131 указан в литературном источнике [10] как гипотетический белок. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность IC131 в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 165. В геноме R6 IC131 соответствует spr1777 [84]. Об использовании IC131 для иммунизации сообщалось в литературном источнике [10] (SEQ ID NO: 287 в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды IC131 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 165 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 165, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки IC131 включают варианты SEQ ID NO: 165. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 165. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 165, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 165. В других фрагментах
- 50 -
018137
утрачены один или несколько доменов белка. Иммуногенные фрагменты IC131 указаны в табл. 1 литературного источника [10].
spr0222.
Исходная "spr0222" последовательность была указана в литературном источнике [228] как "ABC
транспортный АТФ-связывающий белок - транспорт железа" (см. GI:15457768). Для целей цитирования
полноразмерная аминокислотная последовательность spr0222, как она найдена в штамме R6, в настоящем документе представляет собой SEQ ID NO: 121. Ее использование при иммунизации предложено в
литературном источнике [5].
Предпочтительные полипептиды spr0222 для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70,
75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 121 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 121, где "n" равно 7
или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки spr0222 включают варианты SEQ ID NO: 121. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 121. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной
или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 121, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 121. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
CbiO.
CbiO указан как субъединица АТФ-связывающего белка, переносящего кобальт. С целью цитирования полноразмерная аминокислотная последовательность CbiO в настоящем документе представляет
собой SEQ ID NO: 167. В геноме R6 CbiO соответствует spr2025 [84]. Об использовании CbiO для иммунизации сообщалось в литературном источнике [6] ("ID2" в цитируемом документе).
Предпочтительные полипептиды CbiO для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 167/ и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 167, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки CbiO включают варианты SEQ ID NO: 167. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 167. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 167, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 167. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
30S рибосомный белок S8.
С целью цитирования, аминокислотная последовательность 30S рибосомного белка S8 в настоящем
документе представляет собой SEQ ID NO: 168. В геноме R6 субъединица S8 соответствует spr0203 [84].
Предпочтительные полипептиды S8 для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 168 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 168, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки S8 включают варианты SEQ ID NO: 168. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 168. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одну или несколько аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 168, но сохраняется
по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 168. В других фрагментах утрачены один или несколько
доменов белка.
RrgA.
RrgA является одной из поверхностных субъединиц пневмококковых фимбрий [79, 80] и представляет собой важный адгезин [81]. Существует по меньшей мере две аллельные формы RrgA, и с целью
цитирования их аминокислотные последовательности в настоящем документе представляют собой
SEQ ID NO: 172 и 179. Эти два аллеля являются высококонсервативными на N- и С-концах, но изменчивыми в середине.
Предпочтительные полипептиды RrgA для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 172 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 172, где "n" равно 7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки
RrgA включают варианты SEQ ID NO: 172. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 172. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
- 51 -
018137
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 172, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 172. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой SEQ ID NO: 192, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы.
Другие предпочтительные полипептиды RrgA для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60,
65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 179 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 179, где "n" равно
7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки RrgA включают варианты SEQ ID NO: 179. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 179. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 179, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 179. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка. Один пригодный фрагмент представляет собой
SEQ ID NO: 191, в которой пропущены природные последовательности лидерного пептида и распознавания сортазы.
RrgB.
RrgB является одной из поверхностных субъединиц пневмококковых фимбрий [79, 80]. Существует
по меньшей мере три аллельные формы RrgB, и с целью цитирования их аминокислотные последовательности в настоящем документе представляют собой SEQ ID NO: 173, 174 и 175. Эти три аллеля являются высококонсервативными на их N- и С-концах, но изменчивыми посередине.
Предпочтительные полипептиды RrgB для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 173 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 173, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки RrgB включают варианты SEQ ID NO: 173. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 173. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 173, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 173. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Другие предпочтительные полипептиды RrgB для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60,
65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 174 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 174, где "n" равно
7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки RrgB включают варианты SEQ ID NO: 174. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 174. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 174, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 174. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
Другие предпочтительные полипептиды RrgB для использования в изобретении содержат аминокислотную последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60,
65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 175 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 175, где "n" равно
7 или более (например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки RrgB включают варианты SEQ ID NO: 175. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из SEQ ID NO: 175. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или
нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца
SEQ ID NO: 175, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 175. В других фрагментах
утрачены один или несколько доменов белка.
RrgC.
RrgC является одной из поверхностных субъединиц пневмококковых фимбрий [79, 80]. Для целей
цитирования аминокислотная последовательность RrgC в настоящем документе представляет собой
SEQ ID NO: 176.
Предпочтительные полипептиды RrgC для использования в изобретении содержат аминокислотную
последовательность, которая (а) обладает 50% или большей идентичностью (например, 60, 65, 70, 75, 80,
- 52 -
018137
85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с SEQ ID NO: 176 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из "n" последовательных аминокислот из SEQ ID NO: 176, где "n" равно 7 или более
(например, 8, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 25, 30, 35, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200, 250 или более). Эти белки RrgC включают варианты SEQ ID NO: 176. Предпочтительные фрагменты из (b) содержат эпитоп из
SEQ ID NO: 176. У других предпочтительных фрагментов не хватает одной или нескольких аминокислот
(например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с С-конца и/или одной или нескольких аминокислот (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25 или более) с N-конца SEQ ID NO: 176, но сохраняется по меньшей мере один эпитоп из SEQ ID NO: 176. В других фрагментах утрачены один или несколько доменов белка.
Гибридные полипептиды.
Пневмококковые антигены, использованные в изобретении, могут присутствовать в композиции в
качестве самостоятельных отдельных полипептидов. Однако, когда используется более чем один антиген, они не должны быть представлены в виде отдельных полипептидов. Вместо этого, по меньшей мере
два (например, 2, 3, 4, 5 или более) антигена могут экспрессироваться в виде единой полипептидной цепи
("гибридный" полипептид). Гибридные полипептиды предлагают два основных преимущества: вопервых, полипептид, который может быть нестабильным или плохо экспрессироваться сам по себе, можно поддержать добавлением подходящего гибридного партнера, который помогает преодолеть проблему;
во-вторых, упрощается коммерческое производство, поскольку требуется использовать только одну экспрессию и очистку для того, чтобы синтезировать два полипептида, которые антигенно эффективны.
Гибридный полипептид может содержать две или более полипептидные последовательности из
первой антигенной группы. Гибридный полипептид может содержать одну или несколько полипептидных последовательностей из первой антигенной группы и одну или несколько полипептидных последовательностей из второй антигенной группы. Гибридный полипептид может содержать одну или несколько полипептидных последовательностей из первой антигенной группы и одну или несколько полипептидных последовательностей из третьей антигенной группы. Гибридный полипептид может содержать
одну или несколько полипептидных последовательностей из второй антигенной группы и одну или несколько полипептидных последовательностей из третьей антигенной группы. Гибридный полипептид
может содержать две или более полипептидные последовательности из седьмой антигенной группы.
Гибридный полипептид может содержать две или более полипептидные последовательности из восьмой
антигенной группы. Гибридный полипептид может содержать две или более полипептидных последовательности из девятой антигенной группы. Гибридный полипептид может содержать две или более полипептидные последовательности из десятой антигенной группы. Кроме того, гибридный полипептид может содержать две или более полипептидные последовательности из каждого из вышеперечисленных
антигенов или два или более варианта одного и того же антигена в тех случаях, когда последовательность частично вариабельна у различных штаммов.
Полезные гибриды состоят из аминокислотных последовательностей из двух, трех, четырех, пяти,
шести, семи, восьми, девяти или десяти пневмококковых антигенов. В частности, предпочтительны гибриды, состоящие из аминокислотных последовательностей из двух, трех, четырех или пяти пневмококковых антигенов, например гибриды из двух или трех пневмококковых антигенов.
Различные гибридные полипептиды можно смешивать вместе в одном составе. Гибриды можно сочетать с негибридными антигенами, выбранными из первой, второй или третьей антигенных групп. В
таких сочетаниях пневмококковый антиген может быть представлен более чем в одном гибридном полипептиде и/или в виде негибридного полипептида. Однако предпочтительно, чтобы антиген присутствовал или в гибридной форме, или в негибридной форме, но не в обеих формах.
Также гибридные полипептиды можно сочетать с конъюгатами или непневмококковыми антигенами, как описано выше.
Гибридные полипептиды можно представить формулой NH2-A-{-X-L-}n-B-COOH, где X представляет собой аминокислотную последовательность пневмококкового антигена, как описано выше; L представляет собой необязательную линкерную аминокислотную последовательность; А представляет собой
необязательную N-концевую аминокислотную последовательность; В представляет собой необязательную С-концевую аминокислотную последовательность; n представляет собой целое число, равное 2 или
более (например, 2, 3, 4, 5, 6 и т.д.), обычно n равно 2 или 3.
Если -Х- фрагмент содержит лидерную пептидную последовательность дикого типа, он может быть
включен или не включен в гибридный белок. В некоторых вариантах осуществления лидерные пептиды
будут удалены, за исключением лидерного пептида во фрагменте -Х-, расположенного на N-конце гибридного белка, т.е. лидерный пептид X1 будет сохранен, но лидерные пептиды из Х2, ..., Xn будут пропущены. Это равнозначно удалению всех лидерных пептидов и использованию лидерного пептида из Х1 в
качестве фрагмента -А-.
Для каждого значения n из {-X-L-} линкерная аминокислотная последовательность -L- может присутствовать или отсутствовать. Например, если n=2, то гибрид может представлять собой NH2-X1-L1-Х2L2-СООН, NH2-X1-X2-COOH, NH2-X1-L1-X2-COOH, NH2-X1-X2-L2-COOH и т.д. Линкерная аминокислотная последовательность(и) -L- типично будет короткой (например, 20 или менее аминокислот, т.е. 20, 19,
- 53 -
018137
18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). Примеры включают короткие последовательности,
которые облегчают клонирование, полиглициновые линкеры (т.е. содержащие Glyn, где n=2, 3, 4, 5, 6, 7,
8, 9, 10 или более) и гистидиновые таги (т.е. Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более). Другие подходящие линкерные аминокислотные последовательности будут очевидны специалистам в данной области.
Полезными линкерами являются GSGGGG (SEQ ID NO: 232) или GSGSGGGG (SEQ ID NO: 233), содержащие дипептид Gly-Ser, образованный из участка рестрикции BamHI, что помогает клонированию и
манипуляциям, и тетрапептид (Gly)4, который является типичным полиглициновым линкером. Другими
подходящими линкерами, особенно для применения в качестве концевого Ln, являются дипептид Leu-Glu
или SEQ ID NO: 235.
-А- представляет собой необязательную N-концевую аминокислотную последовательность. Типично она является короткой (например, 40 или менее аминокислот, т.е. 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31,
30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). Примеры
включают лидерные последовательности для управления транспортировкой белка или короткие пептидные последовательности, которые облегчают клонирование или очистку (например, гистидиновые таги,
т.е. Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более). Другие подходящие N-концевые аминокислотные последовательности будут очевидны специалистам в данной области. Если у X1 отсутствует его собственный
N-концевой метионин, -А- предпочтительно представляет собой олигопептид (например, из 1, 2, 3, 4, 5,
6, 7 или 8 аминокислот), который представляет N-концевой метионин, например Met-Ala-Ser, или один
остаток Met.
-B- представляет собой необязательную С-концевую аминокислотную последовательность. Типично она будет короткой (например, 40 или менее аминокислот, т.е. 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29,
28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1). Примеры включают последовательности для управления транспортировкой белка, короткие пептидные последовательности, которые облегчают клонирование или очистку (например, содержащие гистидиновые таги, т.е.
Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 или более, например SEQ ID NO: 234), или последовательности, которые
увеличивают стабильность белка. Другие подходящие С-концевые аминокислотные последовательности
будут очевидны специалистам в данной области.
Примеры
гибридов
включают
полипептиды,
которые
содержат
аминокислотную
последовательность, выбранную из группы, состоящей из spr2021-spr0057 (например,
SEQ ID NO: 193); spr2021-spr0096 (например, SEQ ID NO: 194); spr2021-spr0565 (например,
SEQ ID NO: 195, или SEQ ID NO: 196, или SEQ ID NO: 197); spr2021-RrgA (например,
SEQ ID NO: 198); spr0057-spr2021 (например, SEQ ID NO: 199); spr0057-spr0096 (например,
SEQ ID NO: 200); spr0057-RrgA (например, SEQ ID NO: 201); spr0057-spr0565 (например,
SEQ ID NO: 202, или SEQ ID NO: 203, или SEQ ID NO: 204); spr0096-spr2021 (например,
SEQ ID NO: 205); spr0096-spr0057 (например, SEQ ID NO: 206); spr0096-RrgA (например,
SEQ ID NO: 207); spr0096-spr0565 (например, SEQ ID NO: 208, или SEQ ID NO: 209, или
SEQ ID NO: 210); RrgA-spr2021 (например, SEQ ID NO: 211); RrgA-spr0565 (например,
SEQ ID NO: 212, или SEQ ID NO: 213, или SEQ ID NO: 214); RrgA-spr0057 (например,
SEQ ID NO: 215); RrgA-spr0096 (например, SEQ ID NO: 216); spr0565-spr0057 (например,
SEQ ID NO: 217, или SEQ ID NO: 218, или SEQ ID NO: 219); spr0565-spr0096 (например,
SEQ ID NO: 220, или SEQ ID NO: 221, или SEQ ID NO: 222); spr0565-spr2021 (например,
SEQ ID NO: 223, или SEQ ID NO: 224, или SEQ ID NO: 225) или spr0565-RrgA (например,
SEQ ID NO: 226, или SEQ ID NO: 227, или SEQ ID NO: 228).
Полипептиды, использованные в изобретении.
Полипептиды, использованные в изобретении, могут принимать различные формы (например, нативные, слитые, гликозилированные, негликозилированные, липидированные, нелипидированные, фосфорилированные, нефосфорилированные, миристилированные, немиристилированные, мономерные,
мультимерные, частичные, денатурированные и т.д.).
Полипептиды, использованные в изобретении, могут быть изготовлены с использованием различных способов (например, рекомбинантной экспрессии, очистки из культуры клеток, химического синтеза
и т.д.). Рекомбинантно-экспрессированные белки предпочтительны, особенно для гибридных полипептидов.
Полипептиды, использованные в изобретении, предпочтительно представлены в очищенной или в
значительной степени очищенной форме, т.е., по существу, свободной от других полипептидов (например, форме, свободной от встречающихся в природе полипептидов), особенно от других стрептококковых полипептидов или полипептидов клетки-хозяина, и, как правило, обладают по меньшей мере приблизительно 50% чистотой (по массе) и обычно по меньшей мере приблизительно 90% чистотой, т.е.
менее чем приблизительно 50%, и более предпочтительно менее чем приблизительно 10% (например,
5%) композиции состоит из других экспрессированных полипептидов. Таким образом, антигены в композициях выделены из целого организма, в котором молекула была экспрессирована.
Полипептиды, использованные в изобретении, предпочтительно представляют собой пневмококковые полипептиды.
- 54 -
018137
Термин "полипептид" относится к аминокислотным полимерам любой длины. Полимер может быть
линейным или разветвленным, он может содержать модифицированные аминокислоты, и он может прерываться неаминокислотами. Термин также охватывает аминокислотный полимер, который был модифицирован по природе или посредством вмешательства; например образование дисульфидных связей,
гликозилирование, липидирование, ацетилирование, фосфорилирование или любые другие манипуляции
или модификации, такие как конъюгирование с метящим компонентом. Также включены, например, полипептиды, содержащие один или несколько аналогов аминокислот (включая, например, искусственные
аминокислоты и т.д.), а также другие модификации, известные в данной области. Полипептиды могут
встречаться в виде отдельных цепей или в виде соединенных цепей.
Изобретение относится к полипептидам, содержащим последовательность -P-Q- или -Q-P-, где
-Р- представляет собой аминокислотную последовательность, как определено выше и -Q- не является
последовательностью, как определено выше, т.е. изобретение относится к слитым белкам. Если Nконцевой кодон в -Р- является не ATG, но этот кодон не присутствует на N-конце полипептида, он будет
транслирован в виде стандартной аминокислоты для этого кодона, а не в виде Met. Однако, если этот
кодон находится на N-конце полипептида, он будет транслирован в виде Met. Примеры фрагментов
-Q- включают в качестве неограничивающих примеров гистидиновые таги (т.е. Hisn, где n=3, 4, 5, 6, 7, 8,
9, 10 или более), мальтозусвязывающий белок или глутатион-S-трансферазу (GST).
Изобретение также относится к процессу производства полипептида по изобретению, содержащему
стадию культивирования клетки-хозяина, трансформированной нуклеиновой кислотой по изобретению в
условиях, которые вызывают экспрессию полипептида.
Хотя экспрессия полипептидов по изобретению может происходить в Streptococcus, в изобретении
для экспрессии обычно будет использован гетерологичный хозяйский организм (рекомбинантная экспрессия). Гетерологичный хозяйский организм может быть прокариотическим (например, бактерией)
или эукариотическим. Он может представлять собой Е.coli, но другие подходящие хозяйские организмы
включают Bacillus subtilis, Vibrio cholerae, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Neisseria lactamica,
Neisseria cinerea, Mycobacteria (например, M.tuberculosis), дрожжи и т.д. В сравнении с пневмококковыми
генами дикого типа, кодирующими полипептиды по изобретению, целесообразно менять кодоны для
оптимизации эффективности экспрессии в таких хозяйских организмах без изменения аминокислотного
кода.
Изобретение относится к процессу производства полипептида по изобретению, содержащему стадию синтеза по меньшей мере части полипептида средствами химии.
Нуклеиновые кислоты.
Изобретение также относится к нуклеиновой кислоте, кодирующей полипептиды и гибридные полипептиды по изобретению. Также оно предоставляет нуклеиновую кислоту, содержащую нуклеотидную
последовательность, которая кодирует один или несколько полипептидов или гибридных полипептидов
по изобретению.
Изобретение также относится к нуклеиновой кислоте, содержащей нуклеотидные последовательности, обладающие идентичностью последовательности с такими нуклеотидными последовательностями.
Идентичность между последовательностями предпочтительно определяют с использованием алгоритма
поиска гомологии Смита-Ватермана, как описано выше. Такие нуклеиновые кислоты включают нуклеиновые кислоты, в которых использованы альтернативные кодоны для кодирования одних и тех же аминокислот.
Изобретение также относится к нуклеиновой кислоте, которую можно гибридизовать с такими нуклеиновыми кислотами. Реакции гибридизации могут быть выполнены в условиях различной степени
"строгости". Условия, увеличивающие строгость реакции гибридизации, широко известны и опубликованы в данной области (например, стр. 7.52 литературного источника [288]). Примеры подходящих условий включают (для увеличения строгости): температуры инкубации 25, 37, 50, 55 и 68°С; концентрации
буфера 10× SSC, 6× SSC, 1× SSC, 0,1× SSC (где SSC представляет собой 0,15 М NaCl и 15 мМ цитратный
буфер) и их эквиваленты, использующие другие буферные системы; концентрации формамида 0, 25, 50 и
75%; время инкубации от 5 мин до 24 ч; 1, 2 или более стадий отмывки; время инкубации при отмывке 1,
2 или 15 мин и растворы для отмывки 6× SSC, 1× SSC, 0,1× SSC или деионизированная вода. Способы
гибридизации и ее оптимизация хорошо известны в данной области (например, см. литературные источники [82, 83, 288, 290] и т.д.).
В некоторых вариантах осуществления нуклеиновая кислота по изобретению гибридизуется с мишенью в условиях с небольшой строгостью; в других вариантах осуществления она гибридизуется в условиях со средней строгостью; в предпочтительных вариантах осуществления она гибридизуется в условиях с высокой строгостью. Образцовый набор условий гибридизации с низкой строгостью включает
50°С и 10× SSC. Образцовый набор условий гибридизации со средней строгостью включает 55°С и 1×
SSC. Образцовый набор условий гибридизации с высокой строгостью включает 68°С и 0,1× SSC.
Изобретение включает нуклеиновую кислоту, содержащую последовательности, комплементарные
этим последовательностям (например, в качестве антисмысловых или зондовых последовательностей
- 55 -
018137
или для применения в качестве праймеров).
Нуклеиновые кислоты по изобретению можно использовать в реакциях гибридизации (например,
нозерн- или саузерн-блоте или в микрочипах нуклеиновых кислот или "генетических чипах") и реакциях
амплификации (например, ПЦР, амплификация с перемещением цепи, самоподдерживающаяся репликация последовательностей, лигазная цепная реакция, транскрипционно опосредованная амплификация,
амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот, и т.д.) и других способах с использованием нуклеиновых кислот.
Нуклеиновая кислота по изобретению может принимать различные формы (например, одноцепочечную, двухцепочечную форму, форму векторов, праймеров, зондов, меченых нуклеиновых кислот и
т.д.). Нуклеиновые кислоты по изобретению могут быть кольцевыми или разветвленными, но, как правило, они являются линейными. Если не указано иначе или не требуется, любой вариант осуществления
изобретения, который использует нуклеиновую кислоту, может использовать как двухцепочечную форму, так и две комплементарные одноцепочечные формы, которые составляют двухцепочечную форму.
Как правило, праймеры и зонды являются одноцепочечными в виде антисмысловых нуклеиновых кислот.
Нуклеиновые кислоты по изобретению предпочтительно предоставлены в очищенной или в значительной степени очищенной форме, т.е., по существу, не содержат другие нуклеиновые кислоты (например, не содержат встречающиеся в природе нуклеиновые кислоты), особенно другие нуклеиновые кислоты из пневмококков или клеток-хозяев, как правило, обладают по меньшей мере приблизительно 50%
чистотой (по массе) и обычно по меньшей мере приблизительно 90% чистотой. Нуклеиновые кислоты по
изобретению предпочтительно представляют собой пневмококковые нуклеиновые кислоты.
Нуклеиновые кислоты по изобретению могут быть получены множеством способов, например с
помощью химического синтеза (например, фосфорамидитного способа синтеза ДНК) целиком или частично, посредством расщепления более длинных нуклеиновых кислот с использованием нуклеаз (например, рестриктаз), посредством соединения более коротких нуклеиновых кислот или нуклеотидов (например, с использованием лигаз или полимераз) из геномных или кДНК библиотек и т.д.
Нуклеиновая кислота по изобретению может быть присоединена к твердой основе (например, бусине, планшете, фильтру, пленке, слайду, подложке микрочипа, смоле и т.д.). Нуклеиновая кислота по изобретению может быть помечена, например, радиоактивной или флуоресцентной меткой или биотиновой
меткой. Это особенно полезно, когда нуклеиновая кислота должна использоваться в способе обнаружения, например, когда нуклеиновая кислота является праймером или зондом.
Термин "нуклеиновая кислота" включает в общем значении полимерную форму нуклеотидов любой
длины, которая содержит дезоксирибонуклеотиды, рибонуклеотиды и/или их аналоги. Они включают
ДНК, РНК, ДНК/РНК гибриды. Они также включают аналоги ДНК или РНК, например аналоги с модифицированным каркасом (например, пептидные нуклеиновые кислоты (ПНК) или фосфоротиоаты) или
модифицированные основания. Таким образом, изобретение включает мРНК, тРНК, рРНК, рибозимы,
ДНК, кДНК, рекомбинантные нуклеиновые кислоты, разветвленные нуклеиновые кислоты, плазмиды,
векторы, зонды, праймеры и т.д. Когда нуклеиновая кислота по изобретению принимает форму РНК, она
может быть или может не быть 5'-кэпированной.
Нуклеиновые кислоты по изобретению могут быть частью вектора, т.е. частью конструкции из нуклеиновой кислоты, созданной для трансдукции/трансфекции одного или нескольких типов клеток. Векторы могут представлять собой, например, "клонирующие векторы", которые созданы для выделения,
размножения и репликации встроенных нуклеотидов, "экспрессирующие векторы", которые разработаны
для экспрессии нуклеотидной последовательности в клетке-хозяине, "вирусные векторы", которые созданы, чтобы вызывать образование рекомбинантного вируса или вирусоподобной частицы, или "челночные векторы", которые содержат признаки более чем одного типа векторов. Предпочтительными векторами являются плазмиды. "Клетка-хозяин" включает отдельную клетку или культуру клеток, которая
может быть или уже является реципиентом экзогенной нуклеиновой кислоты. Клетки-хозяева включают
потомство одной клетки-хозяина, и потомство необязательно может быть полностью идентичным (по
морфологии или полностью комплементарным по ДНК) исходной родительской клетке из-за естественной, случайной или предумышленной мутации и/или изменения. Клетки-хозяева включают клетки,
трансфицированные или инфицированные нуклеиновой кислотой по изобретению in vivo или in vitro.
Когда нуклеиновая кислота представляет собой ДНК, следует принимать во внимание, что "U" в
последовательности РНК будет замещен на "Т" в ДНК. Аналогично, когда нуклеиновая кислота представляет собой РНК, следует принимать во внимание, что "Т" в последовательности ДНК будет замещен
на "U" в РНК.
Термин "комплементарность" или "комплементарный" при использовании в отношении нуклеиновых кислот относится к спариванию оснований по Ватсону-Крику. Таким образом, С комплементарен G,
G комплементарен С, А комплементарен Т (или U) и Т (или U) комплементарен А. Также возможно использование оснований, таких как I (пурин инозин), например, в качестве нуклеотида, комплементарного
пиримидинам (С или Т).
- 56 -
018137
Нуклеиновые кислоты по изобретению можно использовать, например для синтеза полипептидов; в
качестве зондов для гибридизации для обнаружения нуклеиновых кислот в биологических образцах; для
создания дополнительных копий нуклеиновых кислот; для создания рибозимов или антисмысловых олигонуклеотидов; в качестве одноцепочечных ДНК-праймеров или зондов или в качестве олигонуклеотидов, образующих трехцепочечные полинуклеотиды.
Изобретение относится к процессу получения нуклеиновой кислоты по изобретению, где нуклеиновая кислота синтезирована частично или полностью с использованием химических средств.
Изобретение относится к векторам, содержащим нуклеотидные последовательности по изобретению (например, клонирующие или экспрессирующие векторы), и клеткам-хозяевам, трансформированным такими векторами.
Амплификация нуклеиновой кислоты по изобретению может быть количественной и/или в реальном времени.
Для определенных вариантов осуществления изобретения нуклеиновые кислоты предпочтительно
обладают длиной по меньшей мере 7 нуклеотидов (например, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20,
21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 90, 100,
110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 190, 200, 225, 250, 275, 300 нуклеотидов или более).
Для определенных вариантов осуществления изобретения нуклеиновые кислоты предпочтительно
обладают длиной не более 500 нуклеотидов (например, 450, 400, 350, 300, 250, 200, 150, 140, 130, 120,
110, 100, 90, 80, 75, 70, 65, 60, 55, 50, 45, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23,
22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15 нуклеотидов или меньше).
Праймеры и зонды по изобретению и другие нуклеиновые кислоты, используемые для гибридизации, предпочтительно обладают длиной от 10 до 30 нуклеотидов (например, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17,
18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 или 30 нуклеотидов).
Штаммы и варианты.
Антигены определены выше, исходя из номенклатуры "spr". Эта номенклатура относится к нумерации, использованной в литературном источнике [84] для однозначной идентификации открытых рамок
считывания в штамме R6 S.pneumoniae. Основную эталонную последовательность для каждого номера
"spr" можно легко найти в публичных генетических базах данных. Например, инвентарный номер Genbank NC_003098 (GI:15902044) соответствует полной геномной последовательности R6 (2038615 п.о.), и
отдельные последовательности spr приведены в виде записей "locus_tag" в разделе об особенностях геномной последовательности. Таким образом, аминокислотная последовательность для любого приведенного номера spr и его найденная в природе кодирующая последовательность могут быть установлены
однозначно для штамма R6. В базах данных также приведены функциональные аннотации.
Изобретение не ограничено последовательностями для штамма R6. Доступны геномные последовательности некоторых других штаммов S.pneunoniae, включая геномные последовательности 23F [85], 670
[86] и TIGR4 [87-89]. Стандартные способы поиска и выравнивания можно использовать для поиска в
любой из этих (или других) дополнительных геномных последовательностей гомолога любой конкретной последовательности spr из R6. Кроме того, доступные R6 (и другие) последовательности можно использовать при разработке праймеров для амплификации гомологичных последовательностей из других
штаммов. Таким образом, изобретение не ограничено последовательностями R6, но также охватывает
такие варианты и гомологи из других штаммов S.pneumoniae, а также искусственные варианты. В основном подходящие варианты для конкретной SEQ ID NO: включают ее аллельные варианты, ее полиморфные формы, ее гомологи, ее ортологи, ее паралоги, ее мутанты и т.д.
Таким образом, например, полипептиды, использованные в изобретении, по сравнению с эталонной
последовательностью R6, могут включать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и т.д.) замен аминокислот, таких как консервативные замены (т.е. замены одной аминокислоты на другую, которая имеет родственную боковую цепь). Генетически закодированные аминокислоты, как правило, делят
на четыре семейства: (1) кислые, т.е. аспартат, глутамат; (2) основные, т.е. лизин, аргинин, гистидин; (3)
неполярные, т.е. аланин, валин, лейцин, изолейцин, пролин, фенилаланин, метионин, триптофан; и (4)
незаряженные полярные, т.е. глицин, аспарагин, глутамин, цистеин, серин, треонин, тирозин. Фенилаланин, триптофан и тирозин вместе иногда классифицируют как ароматические аминокислоты. В основном
замена одной аминокислоты на другую аминокислоту в рамках семейства не оказывает значительного
влияния на биологическую активность. Полипептиды также могут содержать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и т.д.) делеций единичных аминокислот по отношению к последовательностям R6. Полипептиды также могут включать одну или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, и т.д.)
инсерций (например, каждую по 1, 2, 3, 4 или 5 аминокислот) по отношению к последовательностям R6.
Аналогично полипептид, использованный в изобретении, может содержать аминокислотную последовательность, которая:
(а) идентична (т.е. идентична на 100%) последовательности, раскрытой в списке последовательностей;
(b) обладает идентичностью последовательности (например, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94,
95, 96, 97, 98, 99, 99,5% или более) с последовательностью, раскрытой в списке последовательностей;
- 57 -
018137
(c) содержит 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10 (или более) единичных изменений аминокислот (делеций,
инсерций, замен), которые могут быть расположены раздельно или смежно, по сравнению с последовательностями из (а) или (b); и
(d) при выравнивании с конкретной последовательностью из списка последовательностей с использованием алгоритма парного выравнивания каждое скользящее окно из x аминокислот с N-конца к
С-концу (так, чтобы для выравнивания, которое продолжается до р аминокислот, где p>x, было p-x+1
таких окон) содержало по меньшей мере x⋅y идентичных выровненных аминокислот, где х выбран из 20,
25, 30, 35, 40, 45, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 200; у выбран из 0,50, 0,60, 0,70, 0,75, 0,80, 0,85, 0,90, 0,91,
0,92, 0,93, 0,94, 0,95, 0,96, 0,97, 0,98, 0,99; и если x⋅y не является целым числом, тогда оно округляется в
большую сторону до ближайшего целого числа. Предпочтительным алгоритмом парного выравнивания
является алгоритм глобального выравнивания Нидлмана-Вунша [90], с использованием параметров по
умолчанию (например, при gap opening penalty = 10,0 и gap extension penalty = 0,5 и с использованием
матрицы замен EBLOSUM62). Этот алгоритм удобно реализован в инструменте "needle" в пакете
EMBOSS [91].
При использовании гибридных полипептидов отдельные антигены в гибриде (т.е. отдельные фрагменты -X-) могут быть из одного или нескольких штаммов. Когда n=2, например, X2 может быть из того
же штамма, что и X1, или из другого штамма. Когда n=3, штаммы могут быть (i) X1=X2=X3, (ii)
X1=X2≠X3, (iii) X1≠X2=X3, (iv) X1≠X2≠X3 или (v) X1=X3≠=X2 и т.д.
В группе (с) делеции или замены могут находиться на N-конце и/или С-конце или могут находиться
между двумя концами. Таким образом, усечение является примером делеций. Усечения могут содеражать делеций до 40 (или более) аминокислот с N-конца и/или С-конца.
В целом, когда полипептид по изобретению содержит последовательность, которая не идентична
полноразмерной пневмококковой последовательности из списка последовательностей (например, когда
он содержит последовательность с идентичностью <100% с последовательностью из списка последовательностей или когда он содержит ее фрагмент), предпочтительно в каждом отдельном случае, чтобы
полипептид мог вызвать образование антитела, которое распознает полноразмерную пневмококковую
последовательность.
Мутантные бактерии.
Изобретение также относится к пневмококку с нокаутом одного или нескольких антигенов из различных антигенных групп по изобретению. Способы получения бактерий с нокаутом хорошо известны, и
сообщалось о пневмококках с нокаутом. Мутация с нокаутом может быть расположена в кодирующей
области гена или может лежать в его областях, контролирующих транскрипцию (например, в его промоторах). Мутация с нокаутом будет снижать уровень мРНК, кодирующей антиген до <1% от уровня, производимого в бактерии дикого типа, предпочтительно до <0,5%, более предпочтительно до <0,1% и наиболее предпочтительно до 0%.
Изобретение также относится к пневмококку, у которого в одном или нескольких антигенах из различных антигенных групп по изобретению содержится мутация, которая ингибирует его активность. Ген,
кодирующий антиген, будет содержать мутацию, которая изменяет кодируемую аминокислотную последовательность. Мутация может содержать делецию, замену и/или инсерцию, каждая из которых может
затрагивать одну или несколько аминокислот.
Иммуногенные композиции и лекарственные препараты.
Иммуногенные композиции по изобретению могут быть эффективны в качестве вакцин. Вакцины
по изобретению могут быть или профилактическими (т.е. для предупреждения инфекции), или терапевтическими (т.е. для лечения инфекции), но типично будут профилактическими.
Таким образом, композиции могут быть фармацевтически приемлемыми. Обычно в дополнение к
антигенам они будут содержать компоненты, например типично они будут содержать один или несколько фармацевтических носителей и/или эксципиентов. Подробное обсуждение таких компонентов доступно в литературном источнике [285].
Как правило, композиции будут вводиться млекопитающим в водной форме. Однако перед введением композиция может находиться в неводной форме. Например, хотя некоторые вакцины производят в
водной форме, затем заполняют и распространяют также в водной форме, другие вакцины лиофилизируют в процессе производства и восстанавливают также в водной форме во время использования. Таким
образом, композиция по изобретению может представлять собой высушенный, например, лиофилизированный состав.
Композиция может содержать консерванты, такие как тиомерсал или 2-феноксиэтанол. Однако
предпочтительно, чтобы вакцина, по существу, не содержала (т.е. менее чем 5 мкг/мл) ртутный материал,
например не содержала тиомерсал. Вакцины, не содержащие ртуть, более предпочтительны. Вакцины, не
содержащие консервантов, особенно предпочтительны.
Для увеличения температурной стабильности композиция может содержать средство, защищающее
от температуры. Дальнейшие подробности о таких средствах предоставлены ниже.
- 58 -
018137
Для контроля тоничности предпочтительно включать физиологическую соль, например соль натрия. Хлорид натрия (NaCl) является предпочтительным и может присутствовать в концентрации от 1 до
20 мг/мл, например приблизительно 10±2 мг/мл NaCl. Другие соли, которые могут присутствовать,
включают хлорид калия, дигидрофосфат калия, безводный фосфат динатрия, хлорид магния, хлорид
кальция и т.д.
Как правило, композиции будут иметь осмоляльность 200-400 мОсм/кг, предпочтительно
240-360 мОсм/кг и более предпочтительно 290-310 мОсм/кг.
Композиции могут содержать один или несколько буферов. Типичные буферы включают фосфатный буфер; буфер Tris; боратный буфер; сукцинатный буфер; гистидиновый буфер (особенно с адъювантом гидроксидом алюминия) или цитратный буфер. Типично буферы будут содержаться в диапазоне
концентраций 5-20 мМ.
рН композиции, как правило, будет составлять от 5,0 до 8,1 и более типично от 6,0 до 8,0, например
от 6,5 до 7,5 или от 7,0 до 7,8.
Композиция предпочтительно стерильна. Композиция предпочтительно не является пирогенной,
например, содержит <1 ЭЕ (эндотоксиновая единица, стандартная мера) на дозу и предпочтительно
<0,1 ЭЕ на дозу. Композиция предпочтительно не содержит глютена.
Композиция может содержать материал для однократной иммунизации или может содержать материал для нескольких иммунизаций (т.е. набор с несколькими дозами). Включение консерванта предпочтительно для приспособления с несколькими дозами. В качестве альтернативы (или кроме того) включению консерванта в композиции с несколькими дозами композиции могут содержаться в контейнере, оснащенном асептическим переходником для извлечения материала.
Вакцины для человека типично вводят в дозировке объемом приблизительно 0,5 мл, хотя детям
можно вводить половину дозы (т.е. приблизительно 0,25 мл).
Иммуногенные композиции по изобретению также могут содержать одно или несколько иммунорегуляторных средств. Предпочтительно одно или несколько иммунорегуляторных средств включают один
или несколько адъювантов. Адъюванты могут содержать адъювант TH1 и/или адъювант TH2, которые
обсуждаются ниже.
Адъюванты, которые можно использовать в композициях по изобретению, включают в качестве неограничивающих примеров.
А. Минералсодержащие композиции.
Минералсодержащие композиции, пригодные для использования в качестве адъювантов в изобретении, включают минеральные соли, такие как соли алюминия и соли кальция (или их смеси). Соли
кальция включают фосфат кальция (например, частицы "САР", раскрытые в литературном источнике
92). Соли алюминия включают гидроксиды, фосфаты, сульфаты и т.д., при этом соли могут принимать
любую подходящую форму (например, гелевую, кристаллическую, аморфную форму и т.д.). Предпочтительна адсорбция на эти соли. Минералсодержащие композиции также могут входить в состав в виде
частицы соли металла [93].
Можно использовать адъюванты, известные как гидроксид алюминия и фосфат алюминия. Эти названия являются традиционными, но используются только для удобства, а не в качестве точного описания фактически существующего химического соединения (например, см. главу 9 литературного источника [94]). В изобретении можно использовать любые из "гидроксидных" или "фосфатных" адъювантов,
которые в основном используют в качестве адъювантов. Адъюванты, известные как "гидроксид алюминия", типично представляют собой соли гидроксида алюминия, которые обычно, по меньшей мере частично, являются кристаллическими. Адъюванты, известные как "фосфат алюминия", типично представляют собой гидроксифосфаты алюминия и также часто содержат небольшое количество сульфата (т.е.
гидроксифосфат сульфат алюминия). Их можно получить осаждением, и условия реакции и концентрации в процессе осаждения влияют на степень замещения в соли фосфата на гидроксил.
Волокнистая структура (например, которая видна на снимках из трансмиссионного электронного
микроскопа) типична для адъювантов из гидроксида алюминия. pI адъювантов из гидроксида алюминия
типично составляет приблизительно 11, т.е. сам адъювант обладает положительным поверхностным зарядом при физиологическом рН. Сообщалось, что для адъювантов из гидроксида алюминия адсорбирующие емкости составляют 1,8-2,6 мг белка на 1 мг Al3+ при рН 7,4.
Адъюванты из фосфата алюминия, как правило, обладают молярным соотношением PC4/Al между
0,3 и 1,2, предпочтительно между 0,8 и 1,2 и более предпочтительно 0,95±0,1. Как правило, фосфат алюминия является аморфным, особенно в гидроксифосфатных солях. Типичным адъювантом является
аморфный гидроксифосфат алюминия с молярным соотношением PO4/Al между 0,84 и 0,92, в концентрации 0,6 мг Al3+/мл. Фосфат алюминия, как правило, представлен в виде частиц (например, пластинчатого строения, как видно на снимках из трансмиссионного электронного микроскопа). Типичный диаметр частиц составляет 0,5-20 мкм (например, приблизительно 5-10 мкм) после адсорбции любого антигена. Сообщалось, что для адъювантов из фосфата алюминия адсорбционные емкости составляют
0,7-1,5 мг белка на 1 мг Al3+ при рН 7,4.
- 59 -
018137
Точка нулевого заряда (ТНЗ) фосфата алюминия обратно пропорциональна степени замещения
фосфата на гидроксил, и эта степень замещения может меняться в зависимости от условий реакции и
концентрации реактивов, использованных для изготовления соли посредством осаждения. ТНЗ также
изменяется при изменении концентрации свободных ионов фосфата в растворе (больше фосфата = более
кислая ТНЗ) или при добавлении буфера, такого как гистидиновый буфер (делает ТНЗ более основной).
Фосфаты алюминия, используемые по изобретению, как правило, обладают ТНЗ между 4,0 и 7,0, более
предпочтительно между 5,0 и 6,5, например приблизительно 5,7.
Суспензии солей алюминия, используемые для изготовления композиций по изобретению, могут
содержать буфер (например, фосфатный или гистидиновый буфер или буфер Tris), но это не всегда необходимо. Суспензии предпочтительно стерильны и не содержат пирогенов. Суспензия может содержать
свободные водные ионы фосфата, например, присутствующие в концентрации от 1,0 до 20 мМ, предпочтительно от 5 до 15 мМ и более предпочтительно приблизительно 10 мМ. Также суспензии могут содержать хлорид натрия.
В изобретении можно использовать смесь гидроксида алюминия и фосфата алюминия. В этом случае в нем может быть больше фосфата алюминия, чем гидроксида алюминия, например, при массовом
соотношении по меньшей мере 2:1, например ≥5:1, ≥6:1, ≥7:1, ≥8:1, ≥9:1 и т.д.
Концентрация Al3+ в композиции для введения пациенту предпочтительно составляет менее чем
10 мг/мл, например ≤5 мг/мл, ≤4 мг/мл, ≤3 мг/мл, ≤2 мг/мл, ≤1 мг/мл и т.д. Предпочтительный диапазон
составляет от 0,3 до 1 мг/мл. Максимальная предпочтительная доза составляет 0,85 мг.
Фосфаты алюминия особенно предпочтительны, особенно в композициях, которые содержат сахаридный антиген H.influenzae, и типично адъювантом является аморфный гидроксифосфат алюминия с
молярным соотношением PO4/Al от 0,84 до 0,92, в концентрации 0,6 мг Al3+/мл. Можно использовать
адсорбцию при низкой дозе фосфата алюминия, например между 50 и 100 мкг Al3+ на конъюгат на дозу.
Когда в композиции присутствует более чем один конъюгат, не все конъюгаты должны быть адсорбированы.
В. Масляные эмульсии.
Композиции с масляными эмульсиями пригодны для использования в изобретении в качестве адъювантов, включая сквален-водные эмульсии, такие как MF59 (глава 10 литературного источника [94];
также см. литературный источник [95]) (5% сквалена, 0,5% Tween 80 и 0,5% Span 85, входящие в состав
субмикронных частиц, созданных в микрофлюидизаторе). Также можно использовать полный адъювант
Фрейнда (CFA) и неполный адъювант Фрейнда (IFA).
Известны различные адъюванты из эмульсий "масло-в-воде", и они типично содержат по меньшей
мере одно масло и по меньшей мере одно поверхностно-активное вещество, при этом масло(а) и поверхностно-активное вещество(а) являются биоразрушаемыми (метаболизируемыми) и биосовместимыми.
Капли масла в эмульсии, как правило, обладают диаметром менее чем 5 мкм и в идеале имеют субмикронный диаметр, при этом такие малые размеры достигаются с помощью микрофлюидизатора для обеспечения стабильности эмульсии. Капельки размером менее 220 нм предпочтительны, поскольку их можно подвергнуть стерилизации фильтрованием.
Эмульсия может содержать масла, например масла животного (например, из рыб) или растительного происхождения. Источники растительных масел включают орехи, семена и злаки. Чаще всего доступны арахисовое масло, соевое масло, кокосовое масло и оливковое масло, которые служат примерами
ореховых масел. Например, можно использовать масло жожоба, полученное из бобов жожоба. Масла из
семян включают сафлоровое масло, хлопковое масло, подсолнечное масло, кунжутное масло и т.п. В
группе злаковых кукурузное масло является самым быстродоступным, но масла из других хлебных злаков, таких как пшеница, овес, рожь, рис, метлички абиссинской, тритикале и т.п., также можно использовать. Несмотря на то что глицериновые эфиры С6-С10-жирных кислот и 1,2-пропандиола в маслах из семян в природе не встречаются, они могут быть получены гидролизом, разделением и этерификацией
подходящих материалов, начиная с масел из орехов и семян. Жиры и масла из молока млекопитающих
являются метаболизируемыми и поэтому могут быть использованы при осуществлении данного изобретения на практике. Процедуры разделения, очистки, сапонификации и другие средства, необходимые для
получения чистых масел из животных источников, хорошо известны в данной области. Большинство рыб
содержит метаболизируемые масла, которые можно легко получить. Например, масло печени трески,
масла печени акулы и китовое, например спермацетовое, являются примерами некоторых рыбьих жиров,
которые можно использовать в настоящем документе. Биохимически синтезировано множество масел с
разветвленными цепями в изопреновых звеньях из 5 атомов углерода и, как правило, обозначаются как
терпеноиды. Масло печени акулы содержит разветвленные, ненасыщенные терпеноиды, известные как
сквален, 2,6,10,15,19,23-гексаметил-2,6,10,14,18,22-тетракосагексаен, который особенно предпочтителен
в настоящем документе. Сквалан, насыщенный аналог сквалена, также является предпочтительным маслом. Рыбьи жиры, включая сквален и сквалан, легко доступны из коммерческих источников или могут
быть получены известными в данной области способами. Другими предпочтительными маслами являются токоферолы (см. ниже). Можно использовать смеси масел.
- 60 -
018137
Поверхностно-активные вещества можно классифицировать по их "ГЛБ" (гидрофильнолипофильный баланс). Предпочтительные поверхностно-активные вещества по изобретению имеют ГЛБ
по меньшей мере 10, предпочтительно по меньшей мере 15 и более предпочтительно по меньшей мере
16. В изобретении можно использовать поверхностно-активные вещества, включая в качестве неограничивающих примеров детергенты полиоксиэтилен-сорбитановые эфиры (обычно обозначаемые как
Tween), особенно полисорбат 20 и полисорбат 80; сополимеры этиленоксида (ЭО), пропиленоксида (ПО)
и/или бутиленоксида (БО), продается под торговым названием DOWFAX, например линейные ЭО/ПО
блок-сополимеры; октоксинолы, которые могут различаться по количеству повторяющихся этокси (окси1,2-этандиил) групп, при этом октоксинол-9 (Triton X-100, или t-октилфеноксиполиэтоксиэтанол) представляет особый интерес; (октилфенокси)полиэтоксиэтанол (IGEPAL CA-630/NP-40); фосфолипиды, такие как фосфатидилхолин (лецитин); нонифенол этоксилаты, такие как серия Tergitol NP; полиоксиэтиленовые жирные эфиры, полученные из лаурилового, цетилового, стеарилового и олеилового спиртов
(известны как поверхностно-активные вещества Brij), такие как триэтиленгликоль монолауриловый эфир
(Brij 30); и сорбитановые эфиры (обычно известны как SPAN), такие как сорбитан триолеат (Span 85) и
сорбитан монолаурат. Предпочтительны неионные поверхностно-активные средства. Предпочтительными поверхностно-активными веществами для включения в эмульсию являются Tween 80 (полиоксиэтилен сорбитан моноолеат), Span 85 (сорбитан триолеат), лецитин и Triton X-100.
Можно использовать смеси поверхностно-активных веществ, например смеси Tween 80 и Span 85.
Сочетание полиоксиэтилен сорбитанового эфира, например полиоксиэтилен сорбитан моноолеата
(Tween 80) и октоксинола, например t-октилфеноксиполиэтоксиэтанола (Triton X-100), также пригодно.
Другое эффективное сочетание содержит лаурет 9 плюс полиоксиэтилен сорбитановый эфир и/или октоксинол.
Предпочтительны следующие количества поверхностно-активных веществ (мас.%): полиоксиэтилен сорбитановые эфиры (такие как Tween 80) от 0,01 до 1%, в частности приблизительно 0,1%; октилили нонилфенокси полиоксиэтанолы (такие как Triton X-100 или другие поверхностно-активные вещества из серии Triton) от 0,001 до 0,1%, в частности от 0,005 до 0,02%; полиоксиэтиленовые эфиры (такие
как лаурет 9) от 0,1 до 20%, предпочтительно от 0,1 до 10% и, в частности, от 0,1 до 1% или приблизительно 0,5%.
Предпочтительные адъювантные эмульсии содержат капельки со средним размером <1 мкм, например ≤750, ≤500, ≤400, ≤300, ≤250, ≤220, ≤200 нм или меньше. Такие размеры капель легко достичь
использованием таких способов, как микрофлюидизация.
Конкретные эффективные в изобретении адъювантные эмульсии "масло-в-воде" включают в качестве неограничивающих примеров следующие.
Субмикронная эмульсия сквалена, Tween 80 и Span 85. Композиция эмульсии по объему может составлять приблизительно 5% сквалена, приблизительно 0,5% полисорбата 80 и приблизительно 0,5%
Span 85. В пересчете на массу это соотношение соответствует 4,3% сквалена, 0,5% полисорбата 80 и
0,48% Span 85. Этот адъювант известен как "MF59" [96-98], что более подробно описано в главе 10 литературного источника [99] и главе 12 литературного источника [100]. Эмульсия MF59 выгодно содержит
цитратные ионы, например 10 мМ буфер с цитратом натрия.
Эмульсия сквалена, токоферола и полисорбата 80 (Tween 80). Эмульсия может содержать фосфатно-солевой буфер. Она также может включать в себя Span 85 (например, 1%) и/или лецитин. Эти эмульсии могут содержать от 2 до 10% сквалена, от 2 до 10% токоферола и от 0,3 до 3% Tween 80, и массовое
соотношение сквален:токоферол составляет предпочтительно <1, поскольку это обеспечивает более стабильную эмульсию. Сквален и Tween 80 могут присутствовать в объемном соотношении 5:2 или в массовом соотношении приблизительно 11:5. Одну такую эмульсию можно изготовить растворением Tween
80 в PBS для получения 2% раствора, с последующим смешиванием 90 мл этого раствора со смесью из
(5 г DL-α-токоферола и 5 мл сквалена) и микрофлюидизацией смеси. Полученная эмульсия может содержать субмикронные капельки масла, например, со средним диаметром от 100 до 250 нм, предпочтительно
приблизительно
180
нм.
Эмульсия
также
может
включать
в
себя
3-де-О-ацилированный монофосфориллипид А (3дМФЛ). Другая эффективная эмульсия этого типа может содержать в одной дозе для человека 0,5-10 мг сквалена, 0,5-11 мг токоферола и 0,1-4 мг полисорбата 80 [101].
Эмульсия сквалена, токоферола и детергента Triton (например, Triton X-100). Эмульсия также может включать в себя 3дМФЛ (см. ниже). Эмульсия может содержать фосфатный буфер.
Эмульсия, содержащая полисорбат (например, полисорбат 80), детергент Triton (например, Triton
X-100) и токоферол (например, α-токоферол сукцинат). Эмульсия может содержать эти три компонента в
массовом соотношении приблизительно 75:11:10 (например, 750 мкг/мл полисорбата 80, 110 мкг/мл
Triton X-100 и 100 мкг/мл α-токоферол сукцината), и эти концентрации должны включать все вклады
этих компонентов из антигенов. Эмульсия также может включать в себя сквален. Эмульсия также может
включать в себя 3дМФЛ (см. ниже). Водная фаза может содержать фосфатный буфер.
- 61 -
018137
Эмульсия сквалана, полисорбата 80 и полоксамера 401 ("Pluronic L121"). Эмульсия может входить в состав с фосфатно-солевым буфером, рН 7,4. Эта эмульсия представляет собой эффективный носитель для доставки мурамил-дипептидов и используется с треонил-MDP в адъюванте "SAF-1" [102]
(0,05-1% треонил-MDP, 5% сквалана, 2,5% Pluronic L121 и 0,2% полисорбата 80). Также ее можно использовать без треонил-MDP, в виде адъюванта "AF" [103] (5% сквалана, 1,25% Pluronic L121 и 0,2%
полисорбат 80). Предпочтительна микрофлюидизация.
Эмульсия, содержащая сквален, водный растворитель, неионный детергент полиоксиэтилен алкиловый эфир (например, полиоксиэтилен (12) цетостеариловый эфир) и гидрофобное неионное поверхностно-активное вещество (например, сорбитановый эфир или маннидовый эфир, например сорбитан моноолеат или "Span 80"). Эмульсия предпочтительно является термообратимой и/или содержит по меньшей мере 90% масляных капелек (по объему) с размером менее 200 нм [104]. Эмульсия также может
включать одно или несколько из веществ: альдит; криопротектор (например, сахар, такой как додецилмальтозид и/или сахароза) и/или алкилполигликозид. Эмульсия может содержать агонист TLR4 [105].
Такие эмульсии могут быть лиофилизированы.
Эмульсия сквалена, полоксамера 105 и Abil-Care [106]. Конечная концентрация (массовая) этих
компонентов в адъювантной вакцине составляет 5% сквалена, 4% полоксамера 105 (плюрониловый полиол) и 2% Abil-Care 85 (бис-ПЭГ/ППГ-16/16 ПЭГ/ППГ-16/16 диметикон; каприловый/каприновый
триглицерид).
Эмульсия, содержащая 0,5-50% масла, 0,1-10% фосфолипида и 0,05-5% неионного поверхностноактивного средства. Как описано в литературном источнике [107], предпочтительными фосфолипидными
компонентами являются фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, фосфатидилсерин, фосфатидилинозит, фосфатидилглицерин, фосфатидная кислота, сфингомиелин и кардиолипин. Капельки субмикронных
размеров предпочтительны.
Субмикронная эмульсия "масло-в-воде" неметаболизируемого масла (такого как легкое минеральное масло) и по меньшей мере одного поверхностно-активного вещества (такого как лецитин, Tween 80
или Span 80). В состав могут входить добавки, такие как сапонин QuilA, холестерин, сапонинлипофильный конъюгат (такой как GPI-0100, который описан в литературном источнике [108] и который
изготавливают добавлением алифатического амина к дезацилсапонину через карбоксильную группу
глюкуроновой кислоты), диметиидиоктадециламмоний бромид и/или N,N-диоктадецил-N,N-бис-(2гидроксиэтил)пропандиамин.
Эмульсия, в которой сапонин (например, QuilA или QS21) и стерол (например, холестерин) соединены в виде спиральных мицелл [109].
Эмульсия, содержащая минеральное масло, неионный липофильный этоксилированный жирный
спирт и неионное гидрофильное поверхностно-активное вещество (например, этоксилированный жирный спирт и/или полиоксиэтилен-полиоксипропилен блок-сополимер) [110].
Эмульсия, содержащая минеральное масло, неионный гидрофильный этоксилированный жирный
спирт и неионное липофильное поверхностно-активное вещество (например, этоксилированный жирный
спирт и/или полиоксиэтилен-полиоксипропилен блок-сополимер) [110].
В некоторых вариантах осуществления эмульсия может быть случайным образом смешана с антигеном во время доставки, и, таким образом, адъювант и антиген могут храниться раздельно в упакованной или распространяемой вакцине, готовые для конечного состава в момент использования. В других
вариантах осуществления эмульсию смешивают с антигеном в процессе производства и, таким образом,
композицию упаковывают в жидкой адъювантной форме. Как правило, антиген будет находиться в водной форме, так что в итоге вакцину изготавливают смешиванием двух жидкостей. Соотношение объемов
двух жидкостей для смешивания может меняться (например, между 5:1 и 1:5), но, как правило, оно составляет приблизительно 1:1. Если в предыдущих описаниях приведены концентрации компонентов для
конкретных эмульсий, то эти концентрации типично приведены для неразбавленной композиции, и, таким образом, концентрация после смешивания с раствором антигена будет снижаться.
Если композиция содержит токоферол, то можно использовать любой из α, β, γ, δ, ε или ξ токоферолов, но α-токоферолы предпочтительны. Токоферол может принимать несколько форм, например различные соли и/или изомеры. Соли включают органические соли, такие как сукцинат, ацетат, никотинат и
т.д. Можно использовать как D-α-токоферол, так и DL-α-токоферол. Токоферолы преимущественно входят в состав вакцин для использования у пожилых пациентов (например, в возрасте 60 лет или старше),
поскольку сообщалось, что Е обладает положительным эффектом на иммунный ответ у пациентов этой
группы [111]. Также они обладают антиоксидантными свойствами, которые могут способствовать стабилизации эмульсий [112]. Предпочтительным α-токоферолом является DL-α-токоферол, и предпочтительной солью этого токоферола является сукцинат. Было обнаружено, что соль янтарной кислоты взаимодействует с лигандами, относящимися к TNF in vivo.
- 62 -
018137
С. Составы с сапонинами (глава 22 литературного источника [94]).
Составы с сапонинами также можно использовать в изобретении в качестве адъювантов. Сапонины
представляют собой гетерогенную группу стероловых гликозидов и тритерпеноидных гликозидов, которые обнаружены в коре, листьях, стеблях, корнях и даже цветах широкого спектра видов растений. Сапонин из коры дерева Quillaia saponaria Molina широко исследовался в качестве адъюванта. Для коммерческих целей сапонин также можно получать из Smilax ornata (сарсаприлла), Gypsophilla paniculata (перекати поле) и Saponaria officianalis (мыльный корень). Сапониновые адъювантные составы содержат очищенные составы, такие как QS21, а также липидные составы, такие как ISCOM. QS21 продается в виде
Stimulon.
Сапониновые композиции очищают с использованием ВЭЖХ и ОФ-ВЭЖХ. С использованием этих
способов были идентифицированы определенные фракции, включая QS7, QS17, QS18, QS21, QH-A,
QH-B и QH-C. Предпочтительным сапонином является QS21. Способ изготовления QS21 раскрыт в литературном источнике [113]. Составы с сапонинами также могут содержать стерол, например холестерин
[114].
Сочетания сапонинов и холестеринов можно использовать для образования уникальных частиц, которые называются иммуностимулирующими комплексами (ISCOM) (глава 23 литературного источника
[94]). Типично ISCOM также содержат фосфолипид, такой как фосфатидилэтаноламин или фосфатидилхолин. В ISCOM можно использовать любой известный сапонин. Предпочтительно ISCOM содержит
один или несколько из QuilA, QHA и QHC. ISCOM дополнительно описаны в литературных источниках
[114-116]. Необязательно ISCOM могут не содержать дополнительного детергента [117].
Обзоры разработок адъювантов на основе сапонинов можно найти в литературных источниках
[118] и [119].
D. Виросомы и вирусоподобные частицы.
Виросомы и вирусоподобные частицы (ВПЧ) также можно использовать в изобретении в качестве
адъювантов. Как правило, эти структуры содержат один или несколько белков из вируса, необязательно
комбинированные с фосфолипидом или входящие в состав с фосфолипидом. Как правило, они не патогенны, не реплицируются и, как правило, не содержат ничего из нативного вирусного генома. Вирусные
белки можно получать рекомбинантным способом или выделять из цельных вирусов. Эти вирусные белки пригодны для использования в виросомах или ВПЧ, включая белки, полученные из вируса гриппа
(например, НА или NA), вируса гепатита В (например, ядерные или капсидные белки), вируса гепатита
Е, вируса кори, вируса Синдбис, ротавирусов, вируса ящура, ретровирусов, норовирусов, вируса папилломы человека, ВИЧ, РНК-фагов, Qβ-фага (например, покровные белки), GA-фага, fr-фага, фага АР205 и
Ту (например, белок p1 ретротранспозона Ty). Дополнительно ВПЧ обсуждаются в литературных источниках [120-125]. Виросомы дополнительно обсуждаются, например, в литературном источнике [126].
Е. Бактериальные или микробные производные.
Адъюванты, пригодные для использования в изобретении, включают бактериальные или микробные производные, такие как нетоксичные производные липополисахаридов (ЛПС) энтеробактерий, производные липида А, иммуностимуляторные олигонуклеотиды и АДФ-рибозилирующие токсины и их
нейтрализованные производные.
Нетоксичные производные ЛПС включают монофосфорил-липид А (МФЛ) и 3-О-деацилированные
МФЛ (3дМФЛ). 3дМФЛ представляет собой смесь 3 де-О-ацилированного монофосфорил-липида А с 4,
5 или 6 ацилированными цепями. Предпочтительная "маленькая частица" из 3-де-О-ацилированного монофосфорил-липида А раскрыта в литературном источнике [127]. Такие "маленькие частицы" из 3дМФЛ
достаточно малы для стерильной фильтрации через 0,22-мкм мембрану [127]. Другие нетоксичные производные ЛПС включают имитаторы монофосфорил-липида А, такие как производные аминоалкил глюкозаминидфосфата, например RC-529 [128, 129].
Производные липида А включают производные липида А из Escherichia coli, такие как ОМ-174.
ОМ-174 описан, например, в литературных источниках [130 и 131].
Иммуностимулирующие олигонуклеотиды, пригодные для использования в качестве адъювантов в
изобретении, включают нуклеотидные последовательности, содержащие мотив CpG (динуклеотидная
последовательность, содержащая неметилированный цитозин, соединенный фосфатной связью с гуанозином). Также было показано, что двухцепочечные РНК и олигонуклеотиды, содержащие палиндромные
или поли(dG) последовательности, обладают иммуностимулирующим действием.
CpG может содержать модифицированные нуклеотиды/аналоги нуклеотидов, такие как фосфоротиоатные модификации, и могут быть двухцепочечными или одноцепочечными. Литературные источники [132-134] раскрывают возможные замены аналогом, например замещение гуанозина на 2'-дезокси-7деазагуанозин. Адъювантное действие CpG олигонуклеотидов дополнительно обсуждается в литературных источниках [135-140].
CpG последовательность может быть направлена на TLR9, например мотив GTCGTT или TTCGTT
[141]. CpG последовательность может специфически вызывать Th1 иммунный ответ, например CpG-A
ODN, или она может быть более специфичной и вызывать B-клеточный ответ, например CpG-B ODN.
- 63 -
018137
CpG-A ODN и CpG-B ODN обсуждаются в литературных источниках [142-144]. Предпочтительно CpG
представляет собой CpG-A ODN.
Предпочтительно CpG олигонуклеотид сконструирован так, чтобы 5'-конец был доступен для распознавания рецептором. Необязательно две CpG олигонуклеотидные последовательности могут быть
присоединены их 3'-концами для образования "иммуномеров". См., например, литературные источники
[141] и [145-147].
Полезным CpG адъювантом является CpG7909, также известный как ProMune (Coley Pharmaceutical Group, Inc.). Другим эффективным CpG адъювантом является CpG1826. В качестве альтернативы или
кроме того, использованию CpG последовательностей можно использовать TpG последовательности
[148], и эти олигонуклеотиды могут не содержать неметилированные CpG мотивы. Иммуностимулирующий олигонуклеотид может быть обогащен пиримидином. Например, он может содержать более чем
один последовательный тимидиновый нуклеотид (например, ТТТТ, как раскрыто в литературном источнике [148]) и/или он может содержать нуклеотидную композицию с >25% тимидина (например, >35, >40,
>50, >60, >80% и т.д.). Например, он может содержать более чем один последовательный цитозиновый
нуклеотид (например, СССС, как раскрыто в литературном источнике [148]), и/или он может содержать
нуклеотидную композицию с >25% цитозина (например, >35, >40, >50, >60, >80% и т.д.). Эти олигонуклеотиды могут не содержать неметилированные CpG мотивы. Иммуностимулирующие олигонуклеотиды
типично будут содержать по меньшей мере 20 нуклеотидов. Они могут содержать менее 100 нуклеотидов.
Особенно полезный адъювант, основанный на иммуностимулирующих олигонуклеотидах, известен
как IC-31 [149]. Таким образом, адъювант, используемый в изобретении, может содержать смесь из
(i) олигонуклеотида (например, 15-40 нуклеотидов), содержащего по меньшей мере один (и предпочтительно несколько) CpI мотив (т.е. цитозин, связанный с инозином для образования динуклеотида), и (ii)
поликатионного полимера, например олигопептида (например, 5-20 аминокислот), содержащего по меньшей мере одну (и предпочтительно несколько) трипептидную последовательность Lys-Arg-Lys. Олигонуклеотид может представлять собой дезоксинуклеотид, содержащий 26-членную последовательность
5'-(IC)13-3' (SEQ ID NO: 230). Поликатионный полимер может представлять собой пептид, содержащий
11-членную аминокислотную последовательность KLKLLLLLKLK (SEQ ID NO: 231). Олигонуклеотид и
полимер могут образовывать комплексы, например, раскрытые в литературных источниках [150] и [151].
В качестве адъювантов в изобретении можно использовать бактериальные АДФ-рибозилирующие
токсины и их нейтрализованные производные. Предпочтительно белок получен из Е.coli (термолабильный энтеротоксин Е.coli "LT"), холеры ("СТ") или коклюша ("РТ"). Использование нейтрализованных
АДФ-рибозилирующих токсинов в качестве адъювантов для применения на слизистых описано в литературном источнике [152] и в качестве парентеральных адъювантов - в литературном источнике [153]. Токсин или анатоксин предпочтительно присутствуют в форме голотоксина, содержащего субъединицы A и
B. Предпочтительно субъединица А содержит нейтрализующую мутацию; предпочтительно субъединица
B не содержит мутаций. Предпочтительно адъювант представляет собой нейтрализованный LT мутант,
такой как LT-K63, LT-R72 и LT-G192. Об использовании АДФ-рибозилирующих токсинов и их нейтрализованных производных, особенно LT-K63 и LT-R72, в качестве адъювантов можно найти в литературных источниках [154-161]. Полезным CT мутантом является или СT-Е29Н [162]. Числовые обозначения
для замен аминокислот предпочтительно основаны на выравниваниях субъединиц A и B АДФрибозилирующих токсинов, приведенных в литературном источнике [163], в частности, включенном в
настоящий документ в качестве ссылки в полном объеме.
F. Иммуномодуляторы для человека.
Иммуномодуляторы, пригодные для использования в качестве адъювантов в изобретении, у человека включают цитокины, такие как интерлейкины (например, ИЛ-1, ИЛ-2, ИЛ-4, ИЛ-5, ИЛ-6, ИЛ-7, ИЛ-12
[164] и т.д.) [165], интерфероны (например, интерферон-γ), макрофагальный колониестимулирующий
фактор и фактор некроза опухоли. Предпочтительным иммуномодулятором является ИЛ-12.
G. Биоадгезивы и мукоадгезивы.
Биоадгезивы и мукоадгезивы также могут использоваться в изобретении в качестве адъювантов.
Пригодные биоадгезивы включают микросферы этерифицированной гиалуроновой кислоты [166] или
мукоадгезивы, такие как сшитые производные поли(акриловой кислоты), поливинилового спирта, поливинилпирролидона, полисахаридов и карбоксиметилцеллюлозы. Хитозан и его производные также можно использовать в изобретении в качестве адъювантов [167].
H. Микрочастицы.
Микрочастицы также можно использовать в изобретении в качестве адъювантов. Микрочастицы
(т.е. частица диаметром от ~100 нм до ~150 мкм, более предпочтительно диаметром от ~200 нм до
~30 мкм и наиболее предпочтительно диаметром от ~500 нм до ~10 мкм) выполнены из биоразрушаемых
и нетоксичных материалов (например, поли(α-гидроксикислоты), полигидроксимасляной кислоты, полиортоэфира, полиангидрида, поликапролактона и т.д.), при этом поли(лактид-ко-гликолид) является
предпочтительным, необязательно обработанные для создания отрицательно заряженной поверхности
- 64 -
018137
(например, в SDS) или положительно заряженной поверхности (например, в катионном детергенте, таком как СТАВ).
I. Липосомы (главы 13 и 14 литературного источника [94]).
Примеры липосомных составов, пригодных для использования в качестве адъювантов, описаны в
литературных источниках [168-170].
J. Составы с простыми и сложными эфирами полиоксиэтилена.
Адъюванты, пригодные для использования в изобретении, включают простые и сложные эфиры полиоксиэтилена [171]. Кроме того, такие составы содержат поверхностно-активные вещества на основе
полиоксиэтиленсорбитанового эфира в сочетании с октоксинолом [172], а также поверхностно-активные
вещества на основе простых и сложных эфиров полиоксиэтиленалкила в сочетании по меньшей мере с
одним дополнительным неионным поверхностно-активным средством, таким как октоксинол [173].
Предпочтительные простые эфиры полиоксиэтилена выбраны из следующей группы: полиоксиэтилен-9лауриоловый эфир (лаурет 9), полиоксиэтилен-9-стеариловый эфир, полиоксиэтилен-8-стеариловый
эфир, полиоксиэтилен-4-лауриловый эфир, полиоксиэтилен-35-лауриловый эфир и полиоксиэтилен-23лауриловый эфир.
K. Фосфазены.
Можно использовать фосфазен, такой как поли[ди(карбоксилатофенокси)фосфазен] ("ПКФФ"), который описан, например, в литературных источниках [174] и [175].
L. Мурамиловые пептиды.
Примеры мурамиловых пептидов, пригодных для использования в качестве адъювантов в изобретении, включают N-ацетилмурамил-L-треонил-D-изоглутамин (thr-MDP), N-ацетилнормурамил-L-аланилD-изоглутамин
(nor-MDP)
и
N-ацетилмурамил-L-аланил-L-изоглутаминил-L-аланин-2-(1'-2'дипальмитоил-sn-глицеро-3-гидроксифосфорилокси)этиламин МТР-РЕ).
M. Соединения имидазохинолона.
Примеры соединений имидазохинолона, пригодные для использования в изобретении в качестве
адъювантов, включают Имиквимод ("R-837") [176, 177], Резиквимод ("R-848") [178] и их аналоги; и их
соли (например, гидрохлориды). Дополнительные подробности об иммуностимулирующих имидазохинолинах можно найти в литературных источниках [179-183].
N. Замещенные карбамиды.
Замещенные карбамиды, эффективные в качестве адъювантов, включают соединение с формулой I,
II или III или его соли:
как определено в литературном источнике [184], например ER 803058, ER 803732, ER 804053, ER 804058,
ER 804059, ER 804442, ER 804680, ER 804764, ER 803022 или ER 804057, например
- 65 -
018137
О. Дополнительные адъюванты.
Дополнительные адъюванты, которые можно использовать в изобретении, включают в себя следующие.
Производные аминоалкилглюкозаминидфосфата, например RC-529 [185, 186].
Соединения тиосемикарбазона, например соединение, раскрытое в литературном источнике [187].
Способы изготовления составов, производства и скрининга активных соединений также описаны в литературном источнике [187]. Тиосемикарбазоны особенно эффективны для стимулирования мононуклеарных клеток периферической крови человека для получения цитокинов, таких как TNF-α.
Соединения триптантрина, например соединения, раскрытые в литературном источнике [188]. Способы изготовления составов, производства и скрининга активных соединений также описаны в литературном источнике [188]. Тиосемикарбазоны особенно эффективны для стимулирования мононуклеарных
клеток периферической крови человека для получения цитокинов, таких как TNF-α.
Нуклеозидные аналоги, такие как:
(а) изаторибин (ANA-245; 7-тиа-8-оксогуанозин)
и его пролекарства;
(b) ANA975;
(с) ANA-025-1;
(d) ANA380;
(е) соединения, раскрытые в литературных источниках [189-191], Локсорибин (7-аллил-8оксогуанозин) [192].
Соединения, раскрытые в литературном источнике [193], включающие соединения ацилпиперазина,
соединения индоледиона, соединения тетрагидроизохинолина (ТГИХ), соединения бензоциклодиона,
соединения аминоазавинила, соединения аминобензимидазол хинолинона (АБИХ) [194, 195], соединения
гидрафталамида, соединения бензофенона, соединения изоксазола, соединения стерола, соединения хиназолинона, соединения пиррола [196], соединения антрахинона, соединения хиноксалина, соединения
триазина, соединения пиразолопиримидина и соединения бензазола [197].
Соединения, содержащие липиды, соединенные с фосфатсодержащим остовом, такие как TLR4 антагонист Е5564 [198, 199].
Полимеры полиоксидония [200, 201] или другие N-окисленные производные полиэтиленпиперазина.
Метилинозин 5'-монофосфат ("МИМФ") [202].
- 66 -
018137
Соединения полигидроксилированного пирролидина [203], например соединения с формулой
где R выбран из группы, содержащей водород, линейную или разветвленную, незамещенную или
замещенную ацильную, алкильную (например, циклоалкильную), алкенильную, алкинильную и арильную группы или их фармацевтически приемлемые соли или производные.
В качестве неограничивающих примеров используются казуарин, казуарин-6-α-D-глюкопираноза,
3-эпи-казуарин, 7-эпи-казуарин, 3,1-диэпи-казуарин и т.д.
Лиганды CD1d, такие как α-гликозилцерамид [204-211] (например, α-галактозилцерамид), фитосфингозинсодержащие α-гликозилцерамиды, ОСН, KRN7000 [(2S,3S,4R)-1-O-(α-D-галактопиранозил)-2(N-гексакосаноиламино)-1,3,4-октадеканетриол], CRONY-101, 3"-O-сульфогалактозилцерамид и т.д.
Гамма-инулин [212] или его производные, такие как алгаммулин
Сочетания адъювантов.
Изобретение также может содержать сочетания аспектов об одном или нескольких адъювантах,
идентифицированных выше. Например, в изобретении можно использовать следующие адъювантные
композиции:
(1) сапонин и эмульсия "масло-в-воде" [213];
(2) сапонин (например, QS21) + нетоксичное производное ЛПС (например, 3дМФЛ) [214];
(3) сапонин (например, QS21) + нетоксичное производное ЛПС (например, 3дМФЛ) + холестерин;
(4) сапонин (например, QS21) + 3дМФЛ + ИЛ-12 (необязательно + стерол) [215];
(5) сочетания 3дМФЛ, например, с QS21 и/или эмульсией "масло-в-воде" [216];
(6) SAF, содержащий 10% сквалана, 0,4% Tween 80, 5% плюронового блок-полимера L121 и thrMDP, или микрофлюидизированный в субмикронную эмульсию, или встряхнутый для создания эмульсии с более крупными частицами;
(7) адъювантная система Ribi (RAS), (Ribi Immunochem), содержащая 2% сквалена, 0,2% Tween
80 и один или несколько компонентов бактериальной стенки из группы, состоящей из монофосфориллипида А (МФЛ), трегалозы димиколата (ТДМ) и скелета клеточной стенки (СКС), предпочтительно МФЛ
+ CKC (Detox); и
(8) одна или несколько минеральных солей (таких как соль алюминия) + нетоксичное производное
ЛПС (например, 3дМФЛ).
Другие субстанции, которые действуют в качестве иммуностимулирующих средств, раскрыты в
главе 7 литературного источника [94].
Использование гидроксида алюминия и/или фосфата алюминия в качестве адъюванта особенно
предпочтительно, и антигены, как правило, адсорбируют на эти соли. Фосфат кальция является другим
предпочтительным адъювантом. Другие предпочтительные сочетания адъювантов включают сочетания
Th1 и Th2 адъювантов, например CpG и алюминиевые квасцы или резиквимод и алюминиевые квасцы.
Сочетание фосфата алюминия и 3дМФЛ можно использовать, поскольку сообщалось о его эффективности при пневмококковой иммунизации [325].
Композиции по изобретению могут вызывать как клеточно-опосредованный клеточный ответ, так и
гуморальный иммунный ответ. Этот иммунный ответ предпочтительно индуцирует продолжительные
(например, нейтрализующие) антитела и клеточно-опосредованный иммунитет, который может быстро
реагировать при воздействии пневмококка.
Два типа T-клеток, CD4 и CD8 клетки, как правило, считаются необходимыми для инициации и/или
усиления клеточно-опосредованного иммунитета и гуморального иммунитета. CD8 T-клетки могут экспрессировать CD8 корецептор и обычно обозначаются как цитотоксические T-лимфоциты (ЦТЛ). CD8 Tклетки допускают распознавание или взаимодействие с антигенами, представленными в молекулах МНС
I класса.
CD4 T-клетки могут экспрессировать CD4 корецептор и обычно обозначаются как T-хелперные
клетки. CD4 T-клетки способны распознавать антигенные пептиды, связанные с молекулами МНС II
- 67 -
018137
класса. При взаимодействии с молекулой МНС II класса CD4 клетки могут секретировать факторы, такие
как цитокины. Эти секретированные цитокины могут активировать B-клетки, цитотоксические T-клетки,
макрофаги и другие клетки, которые участвуют в иммунном ответе. T-хелперные клетки или CD4+ клетки можно дополнительно разделить на две функционально различные подгруппы: фенотип TH1 и фенотипы TH2, которые различаются по их цитокинам и эффекторной функции.
Активированные TH1 клетки усиливают клеточный иммунитет (включая увеличение антигенспецифичного ЦТЛ образования) и поэтому обладают определенным значением при реакции на внутриклеточные инфекции. Активированные TH1 клетки могут секретировать один или несколько из ИЛ-2, IFN-γ
и TNF-β. TH1 иммунный ответ может приводить к местным воспалительным реакциям посредством активирования макрофагов, NK клеток (естественных киллеров) и CD8 цитотоксичных T-клеток (ЦТЛ).
TH1 иммунный ответ также может увеличивать иммунный ответ посредством стимулирования роста
B- и T-клеток с помощью ИЛ-12. TH1 стимулированные B-клетки могут секретировать IgG2a.
Активированные TH2 клетки увеличивают образование антител и поэтому имеют значение в реакциях на внеклеточные инфекции. Активированные TH2 клетки могут секретировать один или несколько
из ИЛ-4, ИЛ-5, ИЛ-6 и ИЛ-10. TH2 иммунный ответ может приводить к образованию IgG1, IgE, IgA и Bклеток памяти для защиты в будущем.
Увеличение иммунного ответа может включать увеличение TH1 иммунного ответа и/или TH2 иммунного ответа.
TH1 иммунный ответ может включать в себя одно или несколько из: увеличение ЦТЛ, увеличение
одного или нескольких цитокинов, связанных с TH1 иммунным ответом (таких как ИЛ-2, IFN-γ и
TNF-β), увеличение активированных макрофагов, увеличение активности естественных киллеров или
увеличение образования IgG2a. Предпочтительно увеличенный TH1 иммунный ответ будет содержать
увеличение образования IgG2a.
TH1 иммунный ответ можно вызвать с использованием TH1 адъюванта. TH1 адъювант, как правило, будет вызывать увеличение уровней образования IgG2a по отношению к иммунизации антигеном без
адъюванта. TH1 адъюванты, пригодные для использования в изобретении, могут включать, например,
составы с сапонинами, виросомы и вирусоподобные частицы, нетоксичные производные энтеробактериальных липополисахаридов (ЛПС), иммуностимулирующие олигонуклеотиды. Иммуностимулирующие
олигонуклеотиды, такие как олигонуклеотиды, содержащие CpG мотив, являются предпочтительными
TH1 адъювантами для использования в изобретении.
TH2 иммунный ответ может содержать одно или несколько из: увеличение одного или нескольких
цитокинов, связанных с TH2 иммунным ответом (таких как ИЛ-4, ИЛ-5, ИЛ-6 и ИЛ-10) или увеличение
образования IgG1, IgE, IgA и B-клеток памяти. Предпочтительно увеличенный TH2 иммунный ответ будет содержать увеличение образования IgG1.
TH2 иммунный ответ можно вызвать с использованием TH2 адъюванта. TH2 адъювант, как правило, будет вызывать увеличение уровней образования IgG1 по отношению к иммунизации антигеном без
адъюванта. TH2 адъюванты, пригодные для использования в изобретении, включают, например, минералсодержащие композиции, масляные эмульсии и АДФ-рибозилирующие токсины и их нейтрализованные производные. Минералсодержащие композиции, такие как соли алюминия, представляют собой
предпочтительные TH2 адъюванты для использования в изобретении.
Предпочтительно изобретение включает в себя композицию, содержащую сочетание TH1 адъюванта и TH2 адъюванта. Предпочтительно такая композиция вызывает увеличенный TH1 и увеличенный
TH2 ответ, т.е. увеличение образования как IgG1, так и IgG2a по отношению к иммунизации без адъюванта. Еще более предпочтительная композиция, содержащая сочетание TH1 и TH2 адъювантов, вызывала увеличенный TH1 и/или увеличенный TH2 иммунный ответ по отношению к иммунизации с использованием одного адъюванта (т.е. по отношению к иммунизации с использованием только TH1 адъюванта
или иммунизации с использованием только TH2 адъюванта).
Иммунный ответ может представлять собой TH1 иммунный ответ и/или TH2 ответ. Предпочтительно иммунный ответ предоставляет увеличение TH1 ответа и/или TH2 ответа.
Увеличенный иммунный ответ может представлять собой системный иммунный ответ и/или иммунный ответ на слизистых. Предпочтительно иммунный ответ предоставляет увеличенный системный
иммунный ответ и/или увеличенный иммунный ответ на слизистых. Предпочтительно иммунный ответ
на слизистых является TH2 иммунным ответом. Предпочтительно иммунный ответ на слизистых включает в себя увеличение образования IgA.
Пневмококковые инфекции могут поражать различные области организма, и поэтому композиции
по изобретению могут предоставляться в различных формах. Например, композиции могут быть изготовлены в виде как инъецируемых, так и жидких растворов или суспензий. Также могут быть изготовлены твердые формы, пригодные для растворения или суспендирования в жидких носителях перед инъекцией (например, лиофилизированная композиция или композиция, полученная распылительной сублимационной сушкой). Композиция может быть изготовлена для местного введения, например, в виде мази, крема или порошка. Композиция может быть изготовлена для перорального введения, например, в
- 68 -
018137
виде таблетки или капсулы, в виде спрея или в виде сиропа (необязательно ароматизированный). Композиция может быть изготовлена для легочного введения, например, в виде ингалятора, в котором используется мелкий порошок или спрей. Композиция может быть изготовлена в виде суппозитория или пессария. Композиция может быть изготовлена для назального, ушного или глазного введения, например, в
виде капель. Композиция может быть в форме набора, разработанного так, чтобы комбинированную
композицию можно было восстановить прямо перед введением пациенту. Такие наборы могут содержать
один или несколько антигенов в жидкой форме и один или несколько лиофилизированных антигенов.
Когда композиция должна быть незапланированно изготовлена перед использованием (например,
когда компонент представлен в лиофилизированной форме) и представлена в виде набора, набор может
содержать два сосуда или он может содержать готовый заполненный шприц и один сосуд, и содержимое
шприца используют для восстановления содержимого сосуда перед инъекцией.
Иммуногенные композиции, используемые в качестве вакцин, содержат иммунологически эффективное количество антигена(ов), а также по необходимости любые другие компоненты. Под "иммунологически эффективным количеством" понимают, что введение такого количества индивидууму или одной
дозой, или по частям в виде серии введений является эффективным для лечения или профилактики. Это
количество меняется в зависимости от здоровья и физического состояния подлежащего лечению индивидуума, возраста, таксономической группы подлежащего лечению индивидуума (например, не являющийся человеком примат, примат и т.д.), способности иммунной системы индивидуума к синтезу антител,
требуемой степени защиты, состава вакцины, оценки медицинской ситуации лечащим врачом и других
значимых факторов. Ожидается, что это количество будет попадать в относительно широкий диапазон,
который можно определить в обычных испытаниях. Если в композицию входит более чем один антиген,
тогда два антигена могут быть представлены в одинаковых или различающихся дозах.
Как указано выше, композиция может содержать термопротективное средство, и этот компонент
может быть особенно эффективен в адъювантных композициях (особенно в композициях, содержащих
минеральный адъювант, такой как соль алюминия). Как описано в литературном источнике [217], жидкое термопротективное средство можно добавлять в водную вакцинную композицию для снижения ее
температуры замерзания, например для снижения температуры замерзания ниже 0°С. Таким образом,
композиция может храниться ниже 0°С, но выше ее температуры хранения для предупреждения термического разложения.
Термопротективное средство также позволяет замораживать композицию наряду с тем, что защищает адъюванты из минеральных солей от агломерации или осаждения после заморозки и оттаивания, и
также может защищать композицию при повышенных температурах, например выше 40°С. Начальная
водная вакцина и жидкое термопротективное средство могут быть смешаны так, чтобы жидкое термопротективное средство составляло от 1 до 80 об.% конечной смеси. Пригодные термопротективные средства должны быть безопасны при введении человеку, легко смешиваться/растворяться в воде и не должны повреждать другие компоненты (например, антиген и адъювант) в композиции. Примеры включают
глицерин, пропиленгликоль и/или полиэтиленгликоль (ПЭГ). Пригодные ПЭГ могут обладать средней
молекулярной массой в диапазоне от 200 до 20000 Да. В предпочтительном варианте осуществления полиэтиленгликоль может обладать средней молекулярной массой приблизительно 300 Да ("ПЭГ-300").
Изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей: (i) один или несколько антигенов, выбранных из первой, второй, третьей, четвертой, пятой, шестой, седьмой, восьмой, девятой или
десятой антигенной группы; и (ii) термопротективное средство. Эта композиция может быть составлена
смешиванием (i) водной композиции, содержащей один или несколько антигенов, выбранных из первой,
второй, третьей, четвертой, пятой, шестой, седьмой, восьмой, девятой или десятой антигенной группы, с
(ii) термопротективным средством. Затем смесь можно хранить при температуре, например, ниже 0°С, от
0 до 20°С, от 20 до 35°С, от 35 до 55°С или выше. Ее можно хранить в жидком или замороженном виде.
Смесь может быть лиофилизирована. Композиция альтернативно может быть составлена смешиванием
(i) высушенной композиции, содержащей один или несколько антигенов, выбранных из первой, второй,
третьей, четвертой, пятой, шестой, седьмой, восьмой, девятой или десятой антигенной группы, с (ii) жидкой композицией, содержащей термопротективное средство. Таким образом, компонент (ii) можно использовать для восстановления компонента (i).
Способы лечения и введение вакцины.
Изобретение также относится к способу повышения иммунного ответа у млекопитающего, содержащему стадию введения эффективного количества композиции по изобретению. Иммунный ответ
предпочтительно является протективным и предпочтительно вовлекает антитело- и/или клеточноопосредованный иммунитет. Способ может вызывать подкрепляющую реакцию.
Изобретение также относится по меньшей мере к двум антигенам по изобретению для комбинированного использования в качестве лекарственного препарата, например для использования при повышении иммунного ответа у млекопитающего.
Изобретение также относится к использованию по меньшей мере двух антигенов по изобретению в
производстве лекарственного препарата для повышения иммунного ответа у млекопитающего.
- 69 -
018137
Повышая иммунный ответ у млекопитающего посредством этих способов и применений, млекопитающее можно защитить от пневмококковой инфекции. Более конкретно, млекопитающее можно защитить от пневмококкового менингита. Изобретение эффективно против пневмококков многих различных
серотипов, но может быть особенно полезным при защите от заболевания, вызываемого пневмококковой
инфекцией штаммами серотипов 1, 5, 6 и 19А.
Изобретение также относится к набору, содержащему первый компонент и второй компонент, где
ни первый компонент, ни второй компонент не представляет собой композицию по изобретению, как
описано выше, но где первый компонент и второй компонент могут быть объединены для предоставления композиции по изобретению, как описано выше. Набор может дополнительно содержать третий
компонент, содержащий один или несколько из следующих: инструкции, шприц или другое устройство
доставки, адъювант или фармацевтически приемлемый раствор для составления смеси.
Изобретение также относится к устройству доставки, предварительно заполненному иммуногенной
композицией по изобретению.
Млекопитающим предпочтительно является человек. Когда вакцина предназначена для профилактического использования, человек предпочтительно является ребенком (например, ребенком, начинающим ходить, или младенцем) или подростком, когда вакцина предназначена для терапевтического применения, человек предпочтительно является подростком или взрослым. Вакцину, предназначенную для
детей, также можно вводить взрослым, например, для оценки безопасности, дозировки, иммуногенности
и т.д.
Один способ проверки эффективности терапевтического лечения включает наблюдение за пневмококковой инфекцией после введения композиций по изобретению. Один способ проверки эффективности
профилактического лечения включает наблюдение за иммунными ответами, системными (например, наблюдение за уровнями образования IgG1 и IgG2a) и/или на слизистых (например, наблюдение за уровнем
образования IgA), на антигены в композициях по изобретению после введения композиции. Типично
ответы в виде антигенспецифичных антител в сыворотке определяют после иммунизации, но перед контрольным заражением, тогда как ответы в виде антигенспецифичных антител на слизистых определяют
после иммунизации и после контрольного заражения.
Другой способ оценки иммуногенности композиций по настоящему изобретению состоит в рекомбинантной экспрессии белков для скрининга сывороток пациентов или слизистых секретов с помощью
иммуноблота и/или микрочипов. Положительная реакция между белком и образцом пациента указывает
на то, что пациент развил иммунный ответ на белок в пробе. Этот способ также можно использовать для
идентификации иммунодоминантных антигенов и/или эпитопов в антигенах.
Эффективность вакцинных композиций также можно определить с помощью контрольного заражения животных моделей пневмококковой инфекцией, например морских свинок или мышей, с использованием вакцинных композиций in vivo. Одна такая модель описана в литературном источнике [218].
Композиции по изобретению, как правило, будут вводиться непосредственно пациенту. Прямая
доставка может быть осуществлена посредством парентеральной инъекции (например, подкожно, интраперитонеально, внутривенно, внутримышечно или в интерстициальное пространство ткани) или на слизистые, например ректально, перорально (например, таблетка, спрей), вагинально, местно, трансдермально или чрескожно, интраназально, окулярно, аурально, пульмонально или посредством другого введения на слизистые.
Изобретение можно использовать, чтобы вызывать системный иммунитет и/или иммунитет слизистых, предпочтительно, чтобы вызывать увеличенный системный иммунитет и/или иммунитет слизистых.
Предпочтительно увеличенный системный иммунитет и/или иммунитет слизистых отражается в
увеличенном TH1 и/или TH2 иммунном ответе. Предпочтительно увеличенный иммунный ответ включает увеличение образования IgG1, и/или IgG2a, и/или IgA.
Дозировка может быть предназначена для введения одной дозы или введения нескольких доз. Несколько доз можно использовать при первичной вакцинации и/или при подкрепляющей вакцинации. При
многократном введении доз различные дозы могут быть введены через один или через различные пути,
например первичная парентеральная и подкрепляющая на слизистые, первичная на слизистые и парентеральная подкрепляющая и т.д. Несколько доз типично будут вводить по меньшей мере через 1 неделю
(например, приблизительно через 2 недели, приблизительно через 3 недели, приблизительно через 4 недели, приблизительно через 6 недель, приблизительно через 8 недель, приблизительно через 10 недель,
приблизительно через 12 недель, приблизительно через 16 недель и т.д.).
Вакцины, изготовленные по изобретению, можно использовать для лечения как детей, так и взрослых. Таким образом, пациент человек может быть в возрасте менее 1 года, 1-5 лет, 5-15 лет, 15-55 лет
или по меньшей мере 55 лет. Предпочтительными пациентами для получения вакцин являются престарелые (например, ≥50 лет, ≥60 лет и предпочтительно ≥65 лет), юные (например, ≥5 лет), госпитализированные пациенты, сотрудники службы здравоохранения, вооруженные силы и личный состав, беременные женщины, хронические больные или пациенты с иммунодефицитом. Однако вакцины пригодны не
только для этих групп, и их можно использовать в популяции в более широких пределах.
- 70 -
018137
Вакцины, изготовленные по изобретению, можно вводить пациентам, по существу, одновременно
(например, в течение одной и той же медицинской консультации или визита к работнику здравоохранения или в центр вакцинации) с другими вакцинами, например, по существу, одновременно с вакциной
против кори, вакциной против паротита, вакциной против краснухи, тривакциной против кори, эпидемического паротита и коревой краснухи, вакциной против ветряной оспы, тетравакцины против кори, паротита, коревой краснухи ветряной оспы, противодифтерийной вакциной, противостолбнячной вакциной,
противококлюшной вакциной, КДС вакциной, конъюгированной вакциной против H.influenzae типа b,
инактивированной вакциной против полиомиелита, вакциной против вируса гепатита В, конъюгатной
вакциной против менингококков (например, тетравалентной вакциной A-C-W135-Y), вакциной против
респираторного синцитиального вируса и т.д.
Иммунизация через слизистые оболочки.
Изобретение относится к иммуногенной композиции, содержащей (i) полипептидный антиген по
изобретению и (ii) бактериальные АДФ-рибозилирующие токсины и/или их нейтрализованные производные. Изобретение также относится к способу повышения иммунного ответа у млекопитающего,
включающему стадию введения эффективного количества такой иммуногенной композиции млекопитающему. Композицию предпочтительно вводят на слизистые оболочки (на поверхность слизистой оболочки), например ее можно вводить интраназально.
Полипептидный антиген может быть, например, частью седьмой антигенной группы. Полипептидный антиген может представлять собой антиген фимбрии, например полипептид RrgA или RrgB.
Токсин компонента (i), например, мсжет быть получен из термолабильного энтеротоксина Е.coli
("LT"). Производное может содержать нейтрализующую мутацию в его субъединице А, например оно
может представлять собой LT-K63 или LT-R72.
Интраназальное введение полипептида RrgB и адъюванта LT-K63 является предпочтительным. На
мышах было показано снижение бактериальной нагрузки инвазивным пневмококковым штаммом в носоглотке, легких и крови и 5-кратное увеличение коэффициента выживаемости.
Иммунизация нуклеиновыми кислотами.
Описанные выше иммуногенные композиции включают полипептидные антигены пневмококка.
Однако во всех случаях полипептидные антигены можно заменить нуклеиновыми кислотами (типично
ДНК), которые кодируют эти полипептиды, чтобы предоставить композиции, способы и применения,
основанные на иммунизации нуклеиновыми кислотами. Теперь иммунизация нуклеиновыми кислотами
является разработанной областью (например, см. литературные источники [219-226] и т.д.) и применяется к пневмококковым вакцинам (например, литературный источник [227]).
Нуклеиновая кислота, кодирующая иммуноген, экспрессируется in vivo после доставки в организм
пациента, и после этого экспрессированный иммуноген стимулирует иммунную систему. Активный ингредиент типично будет принимать форму вектора из нуклеиновой кислоты, содержащего (i) промоторы;
(ii) последовательность, кодирующую иммуноген, функционально связанный с промоторами; и необязательно (iii) селективный маркер. Предпочтительные векторы могут дополнительно содержать (iv) участок начала репликации и (v) нижерасположенный терминатор транскрипции (ii), функционально связанный с (ii). В основном (i) и (v) будут эукариотическими и (iii) и (iv) будут прокариотическими.
Предпочтительными промоторами являются вирусные промоторы, например, из цитомегаловируса
(ЦМВ). В дополнение к промоторам вектор также может включать в себя транскрипционные регуляторные последовательности (например, энхансеры), которые функционально взаимодействуют с промоторами. Предпочтительные векторы включают предранние энхансер/промоторы ЦМВ, и более предпочтительные векторы также включают интрон А из ЦМВ. Промоторы функционально связаны с нижележащей последовательностью, кодирующей иммуноген, так что экспрессия последовательности, кодирующей иммуноген, находится под управлением промоторов.
Когда используется маркер, он предпочтительно функционирует в микробном хозяйском организме
(например, в прокариоте, в бактерии, в дрожжах). Маркер предпочтительно представляет собой прокариотический селективный маркер (например, транскрибируемый под управлением прокариотических
промоторов). Для удобства типичными маркерами являются гены устойчивости к антибиотикам.
Вектор по изобретению предпочтительно представляет собой автономно реплицирующийся эписомальный или внехромосомный вектор, например плазмиду.
Вектор по изобретению предпочтительно содержит участок начала репликации. Предпочтительно,
чтобы участок начала репликации был активен в прокариотах, но не в эукариотах.
Таким образом, предпочтительные векторы содержат прокариотический маркер для отбора вектора,
прокариотический участок начала репликации, но не эукариотические промоторы, для управления
транскрипцией последовательности, кодирующей иммуноген. Следовательно, векторы будут (а) амплифицироваться и отбираться в прокариотических хозяйских организмах без экспрессии полипептида, но
(b) не будут экспрессироваться в эукариотических хозяйских организмах без амплификации. Такая конструкция векторов идеальна для иммунизации нуклеиновыми кислотами.
Вектор по изобретению может содержать эукариотическую последовательность терминатора транскрипции ниже кодирующей последовательности. Это может увеличить уровень транскрипции. Если ко- 71 -
018137
дирующая последовательность не содержит своей собственной последовательности полиаденилирования, то вектор по изобретению предпочтительно содержит последовательность полиаденилирования.
Предпочтительная последовательность полиаденилирования получена из бычьего гормона роста.
Вектор по изобретению может содержать множественный сайт клонирования.
В дополнение к последовательностям, кодирующим иммуноген и маркер, вектор может содержать
вторую эукариотическую кодирующую последовательность. Также вектор может содержать IRES выше
указанной второй последовательности для того, чтобы позволить трансляцию второго эукариотического
полипептида с того же транскрипта, что и иммуноген. Альтернативно последовательность, кодирующая
иммуноген, может быть расположена ниже IRES.
Вектор по изобретению может содержать неметилированные CpG мотивы, например неметилированные ДНК последовательности, которые содержат вместе цитозин, предшествующий гуанозину, фланкированные двумя 5' пуринами и двумя 3' пиримидинами. Было показано, что в неметилированной форме эти ДНК мотивы являются сильными стимуляторами некоторых типов иммунных клеток.
Векторы могут быть доставлены направленным образом. Рецептор-опосредованные способы доставки ДНК описаны, например, в литературных источниках [228-233]. По протоколу генной терапии для
местного введения терапевтические композиции, содержащие нуклеиновую кислоту, вводят в диапазоне
приблизительно от 100 нг до приблизительно 200 мг ДНК. Концентрация в диапазоне приблизительно от
500 нг до приблизительно 50 мг, приблизительно от 1 мкг до приблизительно 2 мг, приблизительно от 5
до приблизительно 500 мкг и приблизительно от 20 до приблизительно 100 мкг ДНК также можно использовать при выполнении протокола генной терапии. Следует учитывать такие факторы, как способ
действия (например, для увеличения или снижения уровней кодируемого продукта гена) и эффективность трансформации и экспрессии, которые будут влиять на дозу, требуемую для итоговой эффективности. Когда требуется повышенная экспрессия в пределах большого участка ткани, вводят повышенные
количества вектора или повторно вводят такие же количества при выполнении следующего протокола
введения, или могут потребоваться несколько введений в различные смежные части ткани, чтобы вызвать положительный терапевтический отклик. Во всех случаях обычные эксперименты в клинических
исследованиях позволят определить конкретные диапазоны для оптимального терапевтического эффекта.
Векторы можно доставлять с использованием носителей для доставки генов. Носитель для доставки
генов может обладать вирусным или невирусным происхождением (в основном см. литературные источники [234-237]).
Векторы на вирусной основе для доставки желаемой нуклеиновой кислоты и экспрессии в желаемой клетке хорошо известны в данной области. Образцовые носители на вирусной основе включают в
качестве неограничивающих примеров рекомбинантные вирусы (например, литературные источники
[238-248]), векторы на основе альфа-вирусов (например, векторы из вируса Синдбис, Семлики форест
вируса (АТСС VR-67; ATCC VR-1247), вируса лихорадки реки Росс (АТСС VR-373; ATCC VR-1246) и
вируса венесуэльского энцефалита лошадей (АТСС VR-923; ATCC VR-1250; АТСС VR-1249; ATCC VR532); также можно использовать гибриды или химеры этих вирусов), векторы из поксвирусов (например,
вакциния, оспа птиц, оспа канареек, модифицированная вакцина Анкара и т.д.), векторы из аденовирусов
и векторы из аденоассоциированного вируса (AAV) (например, см. литературные источники [249-254]).
Также можно применять введение ДНК, соединенной с убитым аденовирусом [255].
Также можно использовать невирусные носители для доставки и способы, включая в качестве неограничивающих примеров поликатионную конденсированную ДНК, соединенную или несоединенную
только с убитым аденовирусом (например, [255]), ДНК, связанную с лигандом [256], клетки-носители
для доставки в эукариотические клетки (например, литературные источники [257-261]) и нейтрализацию
зарядов нуклеиновых кислот или слияние с клеточными мембранами. Также можно использовать депротеинизированную ДНК. Образцовые способы введения депротеинизированной ДНК описаны в литературных источниках [262] и [263]. Липосомы (например, иммунолипосомы), которые могут выполнять
роль носителя для доставки гена, описаны в литературных источниках [264-268]. Дополнительные подходы описаны в литературных источниках [269] и [270].
Дополнительные невирусные способы доставки, пригодные для использования, включают механические системы доставки, например подход, описанный в литературном источнике [270]. Кроме того,
кодирующую последовательность и продукт ее экспрессии можно доставить посредством размещения
фотополимеризованных гидрогелевых материалов или использования ионизированного излучения (например, литературные источники [271] и [272]). Другие традиционные способы для доставки гена, которые можно использовать для доставки кодирующей последовательности, включают, например, использование ручной пушки для переноса частиц, содержащих гены [273], или использование ионизирующей
радиации для активации перенесенных генов [271] и [272].
Доставка ДНК с использованием микрочастиц из ПЛГ {поли(лактид-ко-гликолид)} является особенно предпочтительным способом, например посредством адсорбции на микрочастицы, которые необязательно обрабатывают для придания их поверхности отрицательного заряда (например, обрабатывают в
SDS) или положительного заряда (например, обрабатывают в катионном детергенте, таком как CTAB).
- 72 -
018137
Антитела.
Антитела против пневмококковых антигенов можно использовать для пассивной иммунизации
[274]. Таким образом, изобретение относится к антителу, которое специфично к антигену из первой, второй или третьей антигенной группы. Изобретение также относится к антителу, которое специфично к
антигену из четвертой, пятой, шестой, седьмой, восьмой, девятой или десятой антигенной группы. Изобретение также относится к использованию таких антител при терапии. Изобретение также относится к
использованию таких антител в производстве лекарственного препарата. Изобретение также относится к
способу лечения млекопитающего, содержащему стадию введения эффективного количества антитела по
изобретению. Как описано выше для иммуногенных композиций, эти способы и применения позволяют
защитить млекопитающее от пневмококковой инфекции.
Термин "антитело" включает интактные молекулы иммуноглобулинов, а также их фрагменты, которые способны связываться с антигеном. Они включают в себя гибридные (химерные) молекулы антител [275, 276]; фрагменты F(ab')2 и F(ab) и молекулы Fv; нековалентные гетеродимеры [277, 278]; одноцепочечные молекулы Fv (sFv) [279]; димерные и тримерные конструкции из фрагментов антител; минитела [280, 281]; молекулы гуманизированных антител [282-284] и любые функциональные фрагменты,
полученные из таких молекул, а также антитела, полученные нетрадиционными способами, такими как
фаговый дисплей. Предпочтительно антитела представляют собой моноклональные антитела. Способы
получения моноклональных антител хорошо известны в данной области. Гуманизированные или полные
антитела человека являются предпочтительными.
Общие вопросы.
В практическом осуществлении настоящего изобретения применяют, если не указано иначе, традиционные способы химии, биохимии, молекулярной биологии, иммунологии и фармакологии, соответствующие уровню техники. Такие способы полностью описаны в литературе, мм., например, литературные
источники [285-292] и т.д.
Выше использована нумерация по "GI". Номер GI, или "GenInfo Identifier", представляет собой последовательность цифр, последовательно приписываемых каждой записи о последовательности, которая
обработана в NCBI при добавлении последовательностей в его базы данных. Номер GI не обладает никаким сходством с инвентарным номером записи о последовательности. Когда последовательность обновляют (например, для внесения исправления или для добавления дополнительной аннотации или информации), она получает новый номер GI. Таким образом, последовательность, связанная с данным номером
GI, никогда не изменится.
Когда изобретение относится к "эпитопу", этот эпитоп может являться B-клеточным эпитопом
и/или T-клеточным эпитопом. Такие эпитопы могут быть идентифицированы эмпирически (например, с
помощью PEPSCAN [293, 294] или схожих способов) или их можно предсказывать (например, с использованием антигенного индекса Джеймсона-Вольфа [295], подходы на основе матриц [296], MAPITOPE
[297], TEPITOPE [298, 299], нейронные сети [300], OptiMer и EpiMer [301, 302], ADEPT [303], Tsites
[304], гидрофильность [305], антигенный индекс [306] или способы, раскрытые в литературных источниках [307-311] и т.д.). Эпитопы являются частями антигена, который распознается и связывается антигенсвязывающими участками антител или T-клеточных рецепторов, и их также обозначают как "антигенные
детерминанты".
Когда антигенный "домен" пропущен, это может приводить к пропуску сигнального пептида, цитоплазматического домена, трансмембранного домена, внеклеточного домена и т.д.
Термин "содержит" включает в себя "включает", а также "состоит", например, композиция, "содержащая" X, может состоять исключительно из X или может включать что-либо дополнительное, например
X+Y.
Термин "приблизительно" по отношению к числовому значению х обозначает, например, х±10%.
Упоминание о проценте идентичности последовательностей между двумя аминокислотными последовательностями обозначает, что при выравнивании эта процентная доля аминокислот является одинаковой при сравнении двух последовательностей. Это выравнивание и процент гомологии или идентичности
последовательностей можно определить с использованием программного обеспечения, известного в данной области, например программ, описанных в разделе 7.7.18 литературного источника [312]. Предпочтительное выравнивание определяют с помощью алгоритма поиска гомологии Смита-Ватермана с использованием аффинного поиска пропусков при штрафе за открытие, равном 12, и штрафе за продолжение пропуска, равном 2, матрица BLOSUM62. Алгоритм поиска гомологии Смита-Ватермана раскрыт в
литературном источнике [313].
- 73 -
018137
Краткое описание чертежей
На фиг. 1 показана кривая смертности мышей после бактериального контрольного заражения в течение следующих 10 дней после иммунизации с использованием spr0565 или spr1431, по сравнению с
кривой смертности мышей в контрольной группе.
На фиг. 2 показаны схожие данные для комбинированных антигенов.
На фиг. 3 в сравнении показано количество бактерий (КОЕ/мл) в крови мышей для тестовых групп
и контрольных групп (контроль). Кругами обозначены отдельные животные, и полоска обозначает геометрическое среднее значение. Данные получены на группах животных: (3А) 0; (3В) 1; (3С) 4; (3D) 6.
На фиг. 4 показаны данные о выживаемости (дни) для тех же групп. Ромбы обозначают отдельных
животных, и полоски обозначают медиану.
На фиг. 5 показана кривая смертности, как на фиг. 2, но при различных сочетаниях антигенов.
На фиг. 6 показаны результаты экспериментов с бактериемией. По оси у приведены КОЕ/мл, и числа под осью х показывают Р-значения, вычисленные в U-тесте.
На фиг. 7 показаны результаты экспериментов по смертности. По оси у показано время выживаемости (в днях), и числа под осью х показывают Р-значения, вычисленные в U-тесте.
На фиг. 8-25, 28-31 и 33-36 представлены данные по тому же принципу, что и на фиг. 6 и 7.
На фиг. 26 показаны результаты анализа ОФКА для двух разведений сыворотки (1/12 или 1/36).
Каждый триплет представляет данные для PBS контроля (левый), combo-1 (средний) или combo-2 (правый). По оси Y показан % смертности.
На фиг. 27 показаны результаты экспериментов ОФКА с разведенной сывороткой.
На фиг. 32 показаны очищающие гели для гибридов из spr2021 и spr0096. Полосы слева обозначают
гибридные белки, и полосы справа обозначают БСА стандарт (64 кДа). На фиг. 32А приведен spr2021spr0096, на фиг. 32В приведен spr0096-spr2021.
Способы осуществления изобретения
Идентификация антигенов.
Для иммунологического исследования отобрали 12 пневмококковых полипептидов, которые были
пронумерованы согласно генома R6 [84]: spr0057; spr0286; spr0565; spr0867; spr1098; spr1345; spr1416;
spr1418; spr1431; spr1739 и spr2021.
Антиген spr0057 указан как β-N-ацетилгексозаминидаза (strH), которая отщепляет
N-ацетилглюкозамин на человеческих гликопротеинах [314]. Таким образом, фермент может облегчать
развитие болезни/колонизацию человека, и его блокирование может быть эффективным для целей вакцинации. Кроме того, белок расположен на поверхности, имеет якорь LPxTG, и у пациентов, выздоравливающих от пневмонии и менингита, обнаруживали иммунореактивные сыворотки [315]. Последовательность spr0057 на 98,6% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Он отсутствует у S.mitis и S.mutans. He было публикаций об
исследованиях протективной эффективности spr0057 в качестве иммуногена. Ген spr0057 дикого типа
обладает длиной 3939 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 3741-членный фрагмент
(кодирует SEQ ID NO: 180). При экспрессии в виде рекомбинантного белка с His-тагом ферментативная
активность наблюдалась in vitro при использовании субстрата 4-нитрофенил-N-ацетил-β-Dглюкозаминида, но не при использовании субстрата 2-нитрофенил-β-D-галактопиранозида. В легочных и
назальных смывах наблюдали значительно повышенную экспрессию spr0057 пневмококками in vivo.
Антиген spr0096 указан как гипотетический белок, который содержит мотив LysM. Последовательность spr0096 на 99% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом,
может предоставлять широкую защиту. Ген spr0096 дикого типа обладает длиной 504 нуклеотидов, но
для целей иммунизации использовали 423-членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 229).
Антиген spr0286 указан как гиалуронидаза (Hyl), которая расщепляет гиалуроновую кислоту, компонент внеклеточного матрикса. Белок расположен на поверхности и имеет якорь LPxTG. Последовательность spr0286 на 98,8% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Хотя гиалуронидаза является фактором вирулентности, в
литературном источнике [316] указано о том, что гиалуронидаза не влияла на клиническое течение заболевания и не имела никакого влияния на системное распространение бактерий в модели заболевания,
предложенной авторами. Ген spr0286 дикого типа обладает длиной 3201 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 1884-членный (кодирует SEQ ID NO: 182) или 1356-членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 183).
Антиген spr0565 указан как β-галактозидаза (BgaA), которая отщепляет галактозу на человеческих
гликопротеинах [314]. Таким образом, фермент может облегчать развитие болезни/колонизацию человека, и его блокирование может быть эффективным для целей вакцинации. Кроме того, белок расположен
на поверхности и имеет якорь LPxTG, и у пациентов, выздоравливающих от пневмонии и менингита,
обнаруживали иммунореактивные сыворотки. Последовательность spr0565 на 97,9% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту.
Публикаций об исследованиях протективной эффективности spr0565 в качестве иммуногена не было. Ген
- 74 -
018137
spr0565 дикого типа обладает длиной в 6687 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 6444членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 184). При экспрессии рекомбинантного белка с His-тагом ферментативную активность наблюдали in vitro при использовании субстрата 2-нитрофенил-β-Dгалактопиранозида, не при использовании субстрата 4-нитрофенил-N-ацетил-β-D-глюкозаминида. В назальных и легочных смывах наблюдали значительно повышенную экспрессию spr0565 пневмококками in
vivo.
Антиген spr0867 указан как эндо-β-N-ацетилглюкозаминидаза (LytB), посредством которой происходит разделение клеток в процессе репликации бактерий. Белок расположен на поверхности и является
холинсвязывающим белком [317], и у выздоравливающих пациентов наблюдали иммунореактивные сыворотки. Последовательность spr0867 на 98,8% консервативна среди 22 различных пневмококковых
штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Сообщалось, что spr0867 является
протективным иммуногеном при использовании в чистом виде [318]. Аллельное разнообразие обсуждается в литературном источнике [319]. Ген spr0867 дикого типа обладает длиной в 2109 нуклеотидов, но
для целей иммунизации использовали 2040-членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 185).
Антиген spr1098 указан как сортаза A (srtA), которая заякоривает белки с мотивом LPxTG на поверхности пневмококков. Белок расположен на поверхности. Последовательность spr1098 на 100% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Дополнительные подробности об этом полипептиде приведены в литературных источниках
[320 и 321]. Публикации об исследованиях протективной эффективности spr1098 в качестве иммуногена
отсутствуют. Ген дикого типа spr1098 обладает длиной в 744 нуклеотида, но для целей иммунизации использовали 654-членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 187).
Антиген spr1345 указан как белок семейства поверхностных якорных белков клеточной стенки, адгезин, который связывается с муцинами. Белок расположен на поверхности, имеет якорь LPxTG. Последовательность spr1345 на 100% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов, хотя в
различных штаммах содержится различное количество повторений последовательностей и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Дополнительные подробности об этом полипептиде приведены в литературном источнике [322]. Публикации об исследованиях протективной эффективности
spr1345 в качестве иммуногена отсутствуют. Ген spr1345 дикого типа обладает длиной в 609 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 495-членный фрагмент (кодирует SEQ ID NO: 188).
Антиген spr1416 указан как гипотетический белок и, похоже, является цитоплазматическим. Он обладает неизвестной функцией, но последовательность spr1416 на 100% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Публикации об
исследованиях spr1416 отсутствуют. Ген spr1416 дикого типа обладает длиной в 387 нуклеотидов, но для
целей иммунизации использовали 381-членный фрагмент.
Антиген spr1418 указан как консервативный гипотетический белок. Белок расположен на поверхности исходя из присутствия лидерного пептида. Он обладает неизвестной функцией, но у пациентов, выздоравливающих от пневмонии и менингита, наблюдали иммунореактивные сыворотки. Последовательность spr1418 на 99,8% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом,
может предоставлять широкую защиту. Публикации об исследованиях spr1418 отсутствуют. Ген spr0481
дикого типа обладает длиной в 780 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 705-членный
фрагмент.
Антиген spr1431 указан как лизоцим (LytC), который опосредует автолиз. Белок расположен на поверхности, имеет якорь LPxTG, и у пациентов, выздоравливающих от пневмонии и менингита, наблюдали иммунореактивные сыворотки. Последовательность spr1431 на 98% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Дополнительные подробности об этом полипептиде приведены в литературных источниках [323] и [324]. Некоторые
данные о защите с помощью LytC сообщаются в литературном источнике [318]. Ген spr1431 дикого типа
обладает длиной в 1506 нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 1407-членный фрагмент
(кодирует SEQ ID NO: 189).
Антиген spr1739 является пневмолизином, секретируемым цитоплазматическим порообразующим
токсином. Иммунореактивные сыворотки наблюдались у пациентов, выздоравливающих от пневмонии и
менингита. Последовательность spr1739 на 100% консервативна среди 22 различных пневмококковых
штаммов и, таким образом, может предоставлять широкую защиту. Ранее пневмолизин использовали в
сочетании с CbpA (PspC) [325] или другими антигенами [2] для иммунизации.
Антиген spr2021 указан как секретируемый 45 кДа белок (PcsB). Он является важной гидролазой,
участвующей в разделении делящихся клеток, и изначально был идентифицирован, потому что у пациентов, выздоравливающих после пневмонии и менингита, наблюдали иммунореактивные сыворотки.
Последовательность spr2021 на 100% консервативна среди 22 различных пневмококковых штаммов и,
таким образом, может предоставлять широкую защиту. В литературном источнике [78] подтверждено,
что он является ведущим вакцинным кандидатом. Дополнительные подробности о полипептиде PcsB
приведены в литературных источниках [326] и [327]. Ген spr2021 дикого типа обладает длиной в 1179
- 75 -
018137
нуклеотидов, но для целей иммунизации использовали 1098-членный фрагмент (кодирует
SEQ ID NO: 190).
Один из критериев отбора для этих генов состоит в их высоком уровне консервативности в наборе
из 22 пневмококковых штаммов, в которые входят представительные штаммы из различных патогенных
серогрупп. Существует несколько пневмококковых генов, которые присутствуют во всех в настоящее
время опубликованных геномных последовательностях, с высоким уровнем идентичности последовательностей, но которые отсутствуют по меньшей мере в одном штамме из набора. Таким образом, настоящие геномы могут ввести в заблуждение консервативности конкретного гена. Например, семейство
симпортных белков дикарбоксилат/аминокислота:катион (Na+ или Н+) (DAACS) присутствует в геномах
штаммов SP3-BS71, SP6-BS73, SP9-BS68, SP11-BS70, SP14-BS69, SP18-BS74, SP19-BS75, SP23-BS72,
CGSP14, D39, R6 и TIGR4, но они не наблюдаются в штаммах JJA и Р1031.
Как spr0057, так и spr0565 являются экспонированными на поверхности экзогликозидазами, которые дегликозилируют хозяйские белки. Оба антигена ферментативно активны in vitro, когда экспрессируются в форме с His-тагом, что было показано при использовании такого субстрата, как 4-нитрофенилN-ацетил-β-D-глюкозаминид.
Все антигены spr0096, spr0867, spr1431 и spr2021 могут быть пептидогликангидролазами.
Тестирование эффективности.
Для тестирования эффективности иммуногенов использовали различные модельные системы пневмококкового заболевания.
В мышиной модели интраперитонеальной инфекции антигены вводили интраперитонеально, и стимул был интраперитонеальным. Свободных от специфичных патогенов самок мышей BALB/c в возрасте
шести недель иммунизировали интраперитонеально в дни 0, 14 и 28. Иммунизации выполняли с использованием отдельных рекомбинантных белков (20 мкг/мышь) или их сочетания (по 10 мкг каждого/мышь)
вместе с гидроксидом алюминия или адъювантом Фрейнда. Контрольные животные получали идентичные курсы физиологического раствора с адъювантом. Затем мышей стимулировали интраперитонеально
летальной дозой гомологичного или гетерологичного штамма (D39, TIGR4, SP-PD, PT131, Strep-5,
35Bsmel5). Дозировки бактерий, как правило, составляли 5×105 КОЕ/мышь для D39, приблизительно
102 КОЕ/мышь для TIGR4 или приблизительно 5,4×104 КОЕ/мышь для SP-PD. В некоторых случаях схожие эксперименты проводили на мышах CD1, подбирая дозу для заражения так, чтобы достичь инфекции и смертности. Эффективность иммунизации тестировали, оценивая влияние вакцинации на бактериемию (через 5 и/или 24 ч после инфекции) и смертность (наблюдали в течение 10 дней после бактериального заражения или дольше, в зависимости от инфицирующего штамма).
В модели пассивного переноса сыворотки против рекомбинантных белков вводили интраперитонеально, и стимул был интраперитонеальным. Антисыворотки образовывались в мышах, иммунизированных интраперитонеально, как описано выше. Мыши BALB/c в возрасте 10 недель получали по 50 мкл
антисыворотки интраперитонеально за 15 мин до стимула. Контрольные животные получали идентичные
курсы физиологического раствора с адъювантом. Затем мышей стимулировали интраперитонеально.
В модели внутривенной инфекции антигены вводили интраперитонеально, и стимул был внутривенным. Мышей CD1 в возрасте 5 недель иммунизировали интраперитонеально в дни 0, 14 и 28. Иммунизации выполняли с использованием отдельных рекомбинантных белков (20 мкг/мышь) или их сочетанием (по 10 мкг каждого/мышь) вместе с адъювантом Фрейнда. Контрольные животные получали идентичные курсы физиологического раствора с адъювантом. Затем мышей стимулировали внутривенно летальной дозой гомологичного или гетерологичного штамма (D39 или TIGR4). Использовали следующие
дозы бактерий: приблизительно 105 КОЕ/мышь для D39, 2×106 КОЕ/мышь для TIGR4, приблизительно
107 КОЕ/мышь для РТ131, приблизительно 104 КОЕ/мышь для Strep-5, приблизительно 2×107 КОЕ/мышь
для 35Bsmel5. Эффективность вакцинных кандидатов тестировали по оценке влияния вакцинации на
бактериемию (через 48 ч после инфекции) и смертность (наблюдали в течение 10 дней после бактериального стимула или дольше, в зависимости от инфицирующего штамма).
В модели трансназальной инфекции антигены вводили интраназально, и стимул был интраназальным. Мышей C57BL/6 в возрасте шести недель иммунизировали интраназально в 0, 16 и 32. Иммунизацию осуществляли с использованием рекомбинантных белков (20 мкг/мышь) вместе с адъювантом
LTK63. Контрольные животные получали идентичные курсы LTK63 или PBS. Мышей стимулировали с
использованием 106 КОЕ TIGR4. Эффективность вакцинных кандидатов тестировали по оценке влияния
вакцинации на смертность (наблюдали в течение 2-3 недель после бактериального стимула) и на назофарингеальную колонизацию и легочную инфекцию. Другие эксперименты осуществляли с использованием различных мышей и бактериальных штаммов и введения антигенов или на слизистые, или системно.
Исследования иммуногенности и протективность отдельных антигенов
На мышиной модели по отдельности тестировали следующие антигены: spr0057; spr0286; spr0565;
spr0867; spr1098; spr1345; spr1416; spr1418; spr1431 и spr2021. Антиген spr2086 разделяли на два домена
и тестировали как spr2086A и spr2086B. Антигены были адъювированы адъювантом Фрейнда и тестировались на мышах CD1 и/или BALB/c. Стимулом являлся штамм D39 или TIGR4 пневмококка, который
- 76 -
018137
вводили внутривенно (в.в.) или интраперитонеально (и.п.). Каждая группа содержала по меньшей мере
по 8 мышей. Контрольная группа получала адъювант в фосфатно-солевом буфере. Штамм TIGR4 является крайне вирулентным, и поэтому защита от стимула этим штаммом указывает на высокий уровень эффективности.
С точки зрения бактериемии результаты определяли посредством измерения КОЕ/мл в крови иммунизированных и контрольных животных, через 24 ч после стимула. Кроме того, количества инфицированных животных в обеих группах сравнивали с использованием U-теста Манна-Уитни с одним хвостом.
Получены следующие результаты.
С точки зрения выживания результаты определяли по измерению среднего значения выживаемости
(в днях) на группу. Кроме того, количества выживших животных в обеих группах сравнивали с использованием U-теста Манна-Уитни с одним хвостом. Результаты приведены в следующей таблице. Кроме
того, количество выживших мышей проследили во времени, и пример таких данных приведен на фиг. 1.
Следовательно, для всех протестированных антигенов имело место значительное снижение бактериемии и/или увеличение выживаемости.
- 77 -
018137
В общем, следующие четыре предпочтительных антигена эффективны против штаммов серотипов
2, 3, 4 и 35В.
Хотя серотип 4 покрывается существующими конъюгированными вакцинами, серотипы 2, 3 и 35В
ими не покрываются.
Исследования иммуногенности и протективности комбинированных антигенов.
Следующие сочетания антигенов тестировали на той же мышиной модели, что и отдельные антигены:
(1) spr0057 + spr0096 + spr2021;
(2) spr0057 + spr0096 + spr2021;
(3) spr0057 + spr0096 + spr2021;
(4) spr0057 + spr2021;
(5) spr0057 + spr0565 + spr2021.
Кроме того, контрольную группу (0) иммунизировали сочетанием из PspC и нейтрализованного
пневмолизина ("Ply-detox") [325], и группа (6) получала сочетание spr0565 + spr2021 + Ply-detox. Получены следующие результаты.
Данные о бактериемии для групп 0, 1, 4 и 6 приведены на фиг. 3. Данные о выживаемости для тех
же групп приведены на фиг. 4. Данные о выживаемости для групп 1 и 5 приведены на фиг. 2.
В дальнейших экспериментах мыши получали (7) spr0565+spr2021 или (8) spr2021+Ply-detox. Данные о выживаемости для групп 6, 7 и 8 приведены на фиг. 5.
В дальнейших экспериментах мыши получали сочетание из spr0565, PmP и spr2021. Сыворотки тестировали в опсонофагоцитарном киллинг-анализе (ОФКА). Результаты приведены на фиг. 27. Потребовалось 10000-кратное разведение, прежде чем активности антисывороток снизились до контрольных
уровней.
От combo-1 до combo-4.
Были изготовлены четыре различных сочетания антигенов:
Combo-1: spr0057 + spr0096 + spr2021.
Combo-2: spr0057 + spr0565 + spr2021.
Combo-3: spr0057 + spr0096 + spr0565.
Combo-4: spr0057 + spr0096 + spr0565 + spr2021.
Иммунизировали кроликов, и их антисыворотки переносили в мышей BALB/c для тестирования
пассивной защиты от штамма TIGR4.
Мышей также иммунизировали и затем тестировали в моделях с контрольным заражением с использованием штаммов, включающих TIGR4 (и.п. стимул) и D39, РТ131 и TREP-6A (в.в. стимул).
Штамм TIGR4 относится к серотипу 4, который покрывается вакциной Prevnar ("VT" штаммы), но другие 3 штамма принадлежат к серотипам 2, 3 и 6А, которые не покрываются вакциной Prevnar ("NVT"
штаммы). Серотипы 3, 4 и 6А покрываются предложенной 13-валентной сахаридной вакциной [328], но
штаммы серотипа 2 не покрываются этой вакциной.
На фиг. 6 и 7 приведены результаты, полученные в тесте с пассивным переносом. Combo-1 и
combo-2 давали по меньшей мере десятикратное снижение бактериемии (фиг. 6) и время выживания по
меньшей мере 10 дней (фиг. 7). Эффективность не увеличивалась при увеличении дозирования до 50 мкг
каждого антигена.
- 78 -
018137
На фиг. 8 и 9 приведены результаты, полученные на модели с контрольным заражением с использованием штамма РТ131. Combo-1 и combo-2 снова оказались эффективными, причем combo-2 был более
эффективен.
На фиг. 10 и 11 приведены результаты, полученные на модели с контрольным заражением с использованием 1,1×104 КОЕ штамма STREP-5 после иммунизации с использованием combo-1.
На фиг. 12 показано снижение КОЕ/мл через 24 ч после стимулирования с использованием OREP-3.
Combo-1 и combo-2 были эффективны.
На фиг. 13 и 14 приведены результаты, полученные после стимулирования combo-2иммунизированных мышей штаммом TREP-6A.
Как показано на фиг. 17, combo-1 снижает бактериемию после интраназального стимулирования
высокой дозой (1,1×107 КОЕ) штаммом TIGR4, хотя назальная колонизация и легочная инфекция не были изменены. На фиг. 18-22 показано, что combo-1 эффективен при использовании сублетального интраназального стимула на поздней стадии инфекции.
Эффективность против интраназального стимулирования штаммом 14-Spain-15 приведена на
фиг. 23 (носовой смыв, 48 ч) и 24 (легочный смыв, 48 ч).
На фиг. 25 суммированы данные о смертности после стимулирования штаммом TIGR4 (и.п. стимул;
фиг. 25А) или штаммами D39, РТ131 или TREP-6A (в.в. стимул; фиг. 25В) после иммунизации вакциной
combo-2.
Таким образом, иммунизация вакциной combo-1 или combo-2 эффективна против инфекции широким спектром пневмококковых штаммов.
На фиг. 26 показаны результаты ОФКА, полученные при использовании сыворотки из контрольных
животных или из животных, иммунизированных вакциной combo-1 или combo-2. Значительные увеличения ОФКА активности видны при использовании combo-2 как при разведении 1/12, так и при 1/36.
Combo-1 модифицировали добавлением spr1416, spr1418 или spr1431. Как показано на фиг. 15 и 16,
combo-1 сохраняет свою эффективность против стимулирования штаммом TIGR4 даже при добавлении
этих трех антигенов.
Combo-1, содержащий три антигена, также сравнивали с сочетанием двух из трех этих антигенов
(spr0057 + spr2021), используя интраназальную иммунизацию и интраназальный стимул. Хотя два сочетания показали небольшие различия с точки зрения смертности или бактериемии (как после 24 ч, так и
после 10 дней) при использовании TIGR4 в качестве стимулирующего штамма, носовые и легочные
смывы после 10 дней показали значительные снижения (фиг. 33 и 34). Также хорошие результаты наблюдали при использовании 14-Spain-15 в качестве стимулирующего штамма (фиг. 35 и 36).
Combo-1 также отдельно сравнивали с spr0565. Хотя spr0565 снижал бактериемию после 24 ч, после
48 ч эффект не наблюдался. В отличие от этого, эффективность combo-1 становилась видна только после
48 ч. Эффективность против назальной колонизации и легочной инфекции не наблюдалась.
Вкратце, лучшие репрезентативные результаты с combo-1 были следующими.
Вкратце, лучшие репрезентативные результаты с combo-2 были следующими.
- 79 -
018137
Вкратце, лучшие репрезентативные результаты с combo-4 были следующими.
Таким образом, сочетания предоставляют хорошую защиту от бактериемии и увеличивают выживаемость.
Интраназальная иммунизация мышей антигенами фимбрий.
Мышиную модель использовали для описания протективного потенциала пневмококковых белков
фимбрий RrgA, RrgB и RrgC. Интраназальную иммунизацию рекомбинантными белками фимбрий комбинировали с нетоксическим термолабильным мутантным энтеротоксином Е.coli LTK63 в виде адъюванта, что вызывало IgA- и IgG-ответы в сыворотке. Кроме того, иммунизация основным компонентом фимбрий (RrgB) приводила к снижению бактериальной нагрузки инвазивным штаммом TIGR4 в носоглотке,
легких и крови, давала 5-кратное увеличение выживаемости. Эффекта на бессимптомное носоглоточное
носительство неинвазивного штамма не было, что указывает на ограничение наблюдавшегося протективного эффекта на скоротечные инфекции.
Самок мышей C57BL/6 в возрасте шести недель интраназально иммунизировали 3 раза (через
2-недельные интервалы) с использованием 10 мкл PBS, содержащего 20 мкг или рекомбинантного RrgA,
или RrgB, или RrgC, или смесь, содержащую по 10 мкг каждого. Белки имели аффинную метку и использовали последовательность из штамма TIGR4. Все растворы белков вводили вместе с 2 мкг LTK63. Контрольные животные получали 2 мкг LTK63 в PBS, или только PBS. Через неделю после финальной иммунизации образцы сыворотки забирали для определения титров антител с помощью ELISA. Мышей
стимулировали интраназально с использованием 0,5-1×107 КОЕ/мышь инвазивных пневмококков TIGR4
или колонизирующего штамма серотипа 19F. Мышей забивали после превышения определенных клинических показателей, которые утверждены местным комитетом по экспериментам на животных. Через
7-9 дней после инфицирования выживших мышей забивали. Забирали образцы крови, смывов из легких
и носоглотки-трахеи. Количество жизнеспособных бактерий определяли в серийных посевах образцов
крови. Легкие взвешивали, гомогенизировали в PBS, содержащем смесь ингибиторов протеазы, и использовали для количественного определения жизнеспособных бактерий. Для определения количества
бактерий в верхних дыхательных путях носоглотку-трахею посмертно промывали с использованием 30
мкл PBS посредством введения катетера 20 калибра в проксимальную часть трахеи и сбора смыва через
ноздри и выполняли серийный посев. Для определения колонизации неинвазивным способом использовали камеру для определения интенсивности люминесценции в носоглотке, легких, ушах и кровотоке
- 80 -
018137
анестезированных мышей.
Порог в 300 имп/с/см2/проба в области носа сочли достаточным для подтверждения успешной колонизации.
Интраназальная иммунизация белками фимбрий вызывала системные IgA- и IgG-ответы. Титры IgA
в сыворотках показывают, что у мышей, иммунизированных отдельными белками фимбрий, повышался
IgA-ответ на соответствующие антигены. Ответ на другие два белка не наблюдался, что указывает на то,
что отдельные белки фимбрий не приводят к образованию кросс-реактивных антител. В сыворотках мышей, иммунизированных всеми 3 белками, уровни IgA сравнимы с отдельными иммунизациями, хотя
уровни антител к RrgA были ниже. Схожие результаты получены для уровней IgG в сыворотках. Вкратце, иммунный ответ, содержащий как IgA, так и IgG, повышался после интраназальной иммунизации
любым из трех белков фимбрий, но не контролями.
После иммунизации мышей инфицировали интраназально высокой дозой инвазивного штамма
TIGR4. Анализ уровней выживаемости показал значительные различия между группами. Только 10%
PBS-иммунизированных и 20% LTK63-иммунизированных мышей выживали после стимулирования.
Количество бактерий у мышей составляло 1×105-109 бактерий на 1 мл крови, и большинство этих мышей
поддались пневмококковому заболеванию в течение 96 ч после инфицирования. Иммунизация с использованием RrgB + LTK63 увеличивала выживаемость с 10% (в контрольной группе PBSиммунизированных мышей) до 55% (р=0,0001). По сравнению с группой, получавшей только адъювант,
выживаемость также значительно увеличивалась (р=0,016). Вакцинная смесь из RrgA, RrgB и RrgC показала такую же защиту, как вакцинация одним RrgB (р=0,002, увеличивала выживаемость с 10 до 45% по
сравнению с PBS-иммунизированными мышами). Кроме того, количество бактерий в кровотоке, легких
и носоглотке было значительно снижено у RrgB-иммунизированных мышей по сравнению с контрольными группами. По сравнению с PBS-иммунизированными мышами, среднее количество бактерий было
снижено с 1,5×106 до 1,0×100 КОЕ/мл (р=0,067) в кровотоке, с 5×104 до 1,5×101 КОЕ/мл ткани (р=0,001) в
легких и с 7×103 до 4,5×102 (р=0,0002) в носоглотке. Таким образом, мыши, иммунизированные белками
RrgB на основе TIGR4 вместе с адъювантом для слизистой оболочки LTK63, показали значительное повышение выживаемости после интраназального стимулирования штаммом TIGR4 по сравнению с невакцинированными контрольными мышами.
Иммунизация не приводила к усиленной очистке носоглотки от колонизации пневмококками. Для
штамма серотипа 19F с последовательностью типа 162, непохожего на TIGR4, ранее было показано, что
он является неинвазивным даже после интраназальной стимуляции в высоких дозах. Этот гиперколонизирующий штамм экспрессирует фимбрии, принадлежащие к той же филогенетической группе, что и
TIGR4. Эти два штамма различаются только 1 аминокислотой (A645V) в белке RrgB. RrgBиммунизированных мышей стимулировали этим 19F штаммом, который также сконструирован, чтобы
экспрессировать люциферазу. Контрольные группы получали только LTK63 или PBS. Сывороточные
IgG и IgA против RrgB определяли с помощью ELISA, и уровни были схожи с уровнями, которые наблюдались в предыдущих экспериментах. У мышей колонизация сопровождалась перемежающимися
проявлениями преимущественно бессимптомного отита среднего уха или пневмонии. Колонизацию определяли через 24-216 ч после инфекции. Для контрольной группы, получавшей PBS, процентная доля
колонизированных мышей варьировала между 25% (48 ч.п.и.) и 70% (96 ч.п.и.). Изначально низкая скорость колонизации увеличивалась с течением времени, при этом конечное очищение наступало после
96 ч.
Такие же наблюдения были сделаны для LTK63- и RrgB-иммунизированных мышей, но со сдвигом
очищения приблизительно на 24 ч раньше. Между контрольными и Rrgb-иммунизированными мышами
не наблюдались значительные различия в колонизации и/или наступлении очищения. Проявления отита
среднего уха и пневмонии, как правило, были редкими, с частотой максимум 10% в каждой группе. Между группами нельзя было установить значительных различий. В итоге, количество бактерий в носоглотке определяли после того, как забивали животных на 9 день после инфицирования. Мыши всех трех
групп показывали схожие количества бактерий в носоглотке (2,8-4,4×103 на смыв). Пик колонизации наблюдали приблизительно через 96 ч после инфицирования.
Гибридные полипептиды.
Гибриды выполнялись из пар полипептидов spr0057, spr0096, spr0565 (необязательно в форме
spr0565A или spr0565B), spr2021 и RrgA. Различные пары сконструировали, экспрессировали и очистили.
Например, на фиг. 32 приведены два геля, на которых показаны очищенные (>1 мг/мл, ≥80% чистоты)
spr2021-spr0096 и spr0096-spr2021, молекулярные массы обоих составляли ~61 кДа. Хотя оба гибрида
могли быть экспрессированы и очищены в растворимой форме, гибрид spr2021-spr0096 был значительно
более растворимым, чем гибрид spr0096-spr2021.
Были изготовлены следующие гибридные последовательности (обладают формулой
NH2-A-{-X-L-}2-B-COOH).
- 81 -
018137
Фрагменты X1 и Х2 этих гибридов можно использовать в дополнительных гибридах.
Как указано выше, полипептид spr0057 проявляет ферментативную активность при использовании
субстрата 4-нитрофенил-N-ацетил-β-D-глюкозаминида. Эта ферментативная активность сохранялась в
различных гибридных полипептидах (spr0096-spr0057; spr2021-spr0057; spr0057-spr2021 и spr0057spr0096).
Сочетание spr0057 и spr0096 сравнивали с гибридным полипептидом spr0057-spr0096 в иммунологических тестах. Как показано на фиг. 28-31, гибрид проявлял такую же или лучшую эффективность, чем
сочетание. Наибольшее различие наблюдалось в смертности после и.п. иммунизации и последующего
в.в. стимула штаммом TIGR4 с использованием 5,8×106 КОЕ (фиг. 31).
Следует понимать, что изобретение было описано только в виде примера и можно выполнять модификации, которые будут оставаться в рамках объема и сущности изобретения.
- 82 -
018137
Литературные источники
[1] WO 02/22168.
[2] Ogunniyi et al. (2007), Infect. Immun. 75(1):350-7.
[3] WO 02/079241.
[4] WO 02/34773.
[5] WO 00/06737.
[6] WO 00/06738.
[7] WO 00/58475.
[8] WO 2003/082183.
[9] Bagnoli et al. (2008), J. Bacteriol. 190(15):5480-92.
[10] WO 2004/092209.
[11] Research Disclosure, 453077 (Jan. 2002).
[12] EP-A-0372501.
[13] EP-A-0378881.
[14] EP-A-0427347.
[15] WO 93/17712.
[16] WO 94/03208.
[17] WO 98/58668.
[18] EP-A-0471177.
[19] WO 91/01146.
[20] Falugi et al. (2001), Eur. J. Immunol. 31:3816-3824.
[21] Baraldo et al. (2004), Infect. Immun. 72(8):4884-7.
[22] EP-A-0594610.
[23] Ruan et al. (1990). J. Immunol. 145:3379-3384.
[24] WO 00/56360.
[25] Kuo et al. (1995), Infect. Immun. 63:2706-13.
[26] Michon et al. (1998), Vaccine. 16:1732-41.
[27] WO 02/091998.
[28] WO 01/72337.
[29] WO 00/61761.
[30] WO 00/33882.
[31] WO 2007/071707.
[32] WO 99/42130.
[33] Патент US 4761283.
[34] Патент US 4356170.
[35] Патент US 4882317.
[36] Патент US 4695624.
[37] Mol. Immunol, 1985, 22, 907-919.
[38] EP-A-0208375.
[39] Bethell G.S. et al., J. Biol. Chem., 1979, 254, 2572-4.
[40] Heara M.T.W., J. Chromatogr., 1981, 218, 509-18.
[41] WO 00/10599.
[42] Gever et al., Med. Microbiol. Immunol, 165:171-288 (1979).
[43] Патент US 4057685.
[44] Патенты US 4673574; 4761283; 4808700.
[45] Патент US 4459286.
[46] Патент US 4965338.
[47] Патент US 4663160.
[48] WO 2007/000343.
[49] Vaccines (eds. Plotkin and Orenstein). 4th edition, 2004, ISBN: 0-7216-9688-0.
[50] Rappuoli et al. (1991), TIBTECH. 9:232-238.
[51] Kirkham et al. (2006), Infect. Immun. 74(1):586-93.
[52] WO 2005/108580.
[53] Berry et al. (1999), Infect. Immun. 67(2):981-5.
[54] US 6716432.
[55] WO 90/06951.
[56] WO 99/03884.
[57] Baba et al. (2002), Infect. Immun. 70:107-113.
[58] US 7217791.
[59] WO 2008/061953.
[60] Cao et al. (2007), Vaccine. 25(27): 4996-5005.
[61] WO 2005/063283.
- 83 -
018137
[62] WO 2003/104272.
[63] WO 00/37105.
[64] Adamou et al. (2001), Infect. Immun. 69(2):949-58.
[65] WO 98/18930.
[66] WO 99/53940.
[67] WO 02/22167.
[68] WO 02/08426.
[69] WO 01/12219.
[70] Briles et al. (2000), J. Infect Dis. 182:1694-1701.
[71] Talkington et al. (1996), Microb. Pathog. 21(l):17-22.
[72] WO 00/76540.
[73] Bethe et al. (2001), FEMS Microbiol. Lett. 205(1):99-104.
[74] WO 01/81380.
[75] Brown et al. (2001), Infect. Immun. 69:6702-6.
[76] Whalan et al. (2005), FEMS Immunol. Med. Microbiol. 43:73-80.
[77] Jomaa et al. (2006), Vaccine. 24 (24):5133-9.
[78] Giefing et al. (2008), J. Exp. Med. 205:117-131.
[79] WO 2007/116322.
[80] LeMieux et al. (2006), Infect. Immun. 74:2453-6.
[81] Nelson et al. (2007), Mol Microbiol. 66:329-40.
[82] Патент US 5707829.
[83] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al. eds., 1987), Supplement 30.
[84] Hoskins et al. (2001), J. Bacterid. 183:5709-5717.
[85] GenBank NC_004512.
[86] GenBank NC_003440.
[87] GenBank NC_003028.
[88] Tettelin et al. (2001), Science. 293:498-506.
[89] WO 02/077021.
[90] Needleman and Wunsch (1970), J. Mol. Biol. 48, 443-453.
[91] Rice et al. (2000), Trends Genet. 16:276-277.
[92] Патент US 6355271.
[93] WO 00/23105.
[94] Vaccine Design. (1995), eds. Powell and Newman. ISBN: 030644867X. Plenum.
[95] WO 90/14837.
[96] WO 90/14837.
[97] Podda and Del Giudice (2003), Expert Rev. Vaccines. 2:197-203.
[98] Podda (2001), Vaccine. 19:2673-2680.
[99] Vaccine Design: The Subunit и Adjuvant Approach (eds. Powell and Newman) Plenum Press, 1995
(ISBN 0-306-44867-X).
[100] Vaccine Adjuvants: Preparation Methods and Research Protocols (Volume 42 of Methods in Molecular Medicine series). ISBN: 1-59259-083-7. Ed. O'Hagan.
[101] WO 2008/043774.
[102] Allison and Byars (1992), Res Immunol. 143:519-25.
[103] Hariharan et al. (1995), Cancer Res. 55:3486-9.
[104] US 2007/014805.
[105] US 2007/0191314.
[106] Suli et al. (2004), Vaccine. 22(25-26):3464-9.
[107] WO 95/11700.
[108] Патент US 6080725.
[109] WO 2005/097181.
[110] WO 2006/113373.
[111] Han et al. (2005), Impact of Vitamin E on Immune Function and Infectious Diseases in the Aged at
Nutrition, Immune functions and Health EuroConference, Paris, 9-10 June 2005.
[112] US 6630161.
[113] US 5057540.
[114] WO 96/33739.
[115] EP-A-0109942.
[116] WO 96/11711.
[117] WO 00/07621.
[118] Barr et al. (1998), Advanced Drug Delivery Reviews. 32:247-271.
[119] Sjolanderet et al. (1998), Advanced Drug Delivery Reviews. 32:321-338.
[120] Niikura et al. (2002), Virology. 293:273-280.
- 84 -
018137
[121] Lenz et al. (2001), J. Immunol. 166:5346-5355.
[122] Pinto et al. (2003), J. Infect Dis. 188:327-338.
[123] Gerber et al. (2001), J. Virol. 75:4752-4760.
[124] WO 03/024480.
[125] WO 03/024481.
[126] Gluck et al. (2002), Vaccine. 20:B10-B16.
[127] EP-A-0689454.
[128] Johnson et al. (1999), Bioorg. Med. Chem. Lett. 9:2273-2278.
[129] Evans et al. (2003), Expert Rev. Vaccines. 2:219-229.
[130] Meraldi et al. (2003), Vaccine. 21:2485-2491.
[131] Pajak et al. (2003), Vaccine. 21:836-842.
[132] Kandimalla et al. (2003), Nucleic Acids Research. 31:2393-2400.
[133] WO 02/26757.
[134] WO 99/62923.
[135] Krieg (2003), Nature Medicine. 9:S31-S35.
[136] McCluskie et al. (2002), FEMS Immunology and Medical Microbiology. 32:179-185.
[137J WO 98/40100.
[138] US 6207646.
[139] US 6239116.
[140] US 6429199.
[141] Kandimalla et al. (2003), Biochemical Society Transactions. 31 (part 3):654-658.
[142] Blackwell et al. (2003), J. Immunol. 170:4061-4068.
[143] Krieg (2002), Trends Immunol. 23:64-65.
[144] WO 01/95935.
[145] Kandimalla et al. (2003), BBRC. 306:948-953.
[146] Bhagat et al. (2003), BBRC. 300:853-861.
[147] WO 03/035836.
[148] WO 01/22972.
[149] Schellack et al. (2006), Vaccine. 24:5461-72.
[150] Kamath et al. (2008), Eur. J. Immunol. 38:1247-56.
[151] Riedl et al. (2008), Vaccine. 26:3461-8.
[152] WO 95/17211.
[153] WO 98/42375.
[154] Beignon et al. (2002), Infect. Immun. 70:3012-3019.
[155] Pizza et al. (2001), Vaccine. 19:2534-2541.
[156] Pizza et al. (2000), Int. J. Med. Microbiol. 290:455-461.
[157] Scharton-Kersten et al. (2000), Infect. Immun. 68:5306-5313.
[158] Ryan et al. (1999), Infect. Immun. 67:6270-6280.
[159] Partidos et al. (1999), Immunol. Lett. 67:209-216.
[160] Peppoloni et al. (2003), Expert Rev. Vaccines. 2:285-293.
[161] Pine et al. (2002), J. Control. Release. 85:263-270.
[162] Tebbey et al. (2000), Vaccine. 18:2723-34.
[163] Domenighini et al. (1995), Mol. Microbiol. 15:1165-1167.
[164] WO 99/40936.
[165] WO 99/44636.
[166] Singh et al. (2001), J. Cont. Release. 70:267-276.
[167] WO 99/27960.
[168] US 6090406.
[169] US 5916588.
[170] EP-A-0626169.
[171] WO 99/52549.
[172] WO 01/21207.
[173] WO 01/21152.
[174] Andrianov et al. (1998), Biomaterials. 19:109-115.
[175] Payne et al. (1998), Adv Drug Delivery Review. 31:185-196.
[176] US 4680338.
[177] US 4988815.
[178] WO 92/15582.
[179] Stanley (2002), Clin. Exp. Dermatol. 27:571-577.
[180] Wu et al. (2004), Antiviral. Res. 64(2):79-83.
[181] Vasilakos et al. (2000), Cell Immunol. 204(1):64-74.
[182] Патенты US 4689338, 4929624, 5238944, 5266575, 5268376, 5346905, 5352784, 5389640,
- 85 -
018137
5395937, 5482936, 5494916, 5525612, 6083505, 6440992, 6627640, 6656938, 6660735, 6660747, 6664260,
6664264, 6664265, 6667312, 6670372, 6677347, 6677348, 6677349, 6683088, 6703402, 6743920, 6800624,
6809203, 6888000 и 6924293.
[183] Jones (2003), Curr Opin Investig Drugs. 4:214-218.
[184] WO 03/011223.
[185] Johnson et al. (1999), Bioorg. Med. Chem. Lett. 9:2273-2278.
[186] Evans et al. (2003), Expert Rev. Vaccines. 2:219-229.
[187] WO 2004/060308.
[188] WO 2004/064759.
[189] US 6924271.
[190] US 2005/0070556.
[191] US 5658731.
[192] Патент US 5011828.
[193] WO 2004/87153.
[194] US 6605617.
[195] WO 02/18383.
[196] WO 2004/018455.
[197] WO 03/082272.
[198] Wong et al. (2003), J. Clin. Pharmacol. 43(7):735-42.
[199] US 2005/0215517.
[200] Dyakonova et al. (2004), Int. Immunopharmacol. 4(13):1615-23.
[201] FR 2859633.
[202] Signorelli и Hadden (2003), Int. Immunopharmacol. 3(8):1177-86.
[203] WO 2004/064715.
[204] De Libero et al., Nature Reviews Immunology, 2005, 5:485-496.
[205] Патент US 5936076.
[206] Old et al., J. Clin. Investig., 113:1631-1640.
[207] US 2005/0192248.
[208] Yang et al., Angew. Chem. Int. Ed., 2004, 43:3818-3822.
[209] WO 2005/102049.
[210] Goff et al., J. Am. Chem., Soc., 2004, 126:13602-13603.
[211] WO 03/105769.
[212] Cooper (1995), Pharm. Biotechnol. 6:559-80.
[213] WO 99/11241.
[214] WO 94/00153.
[215] WO 98/57659.
[216] Европейские патентные заявки 0835318, 0735898 и 0761231.
[217] WO 2006/110603.
[218] Zwijnenburg et al. (2001), J. Infect. Dis. 183:1143-6.
[219] Donnelly et al. (1997), Annu. Rev. Immunol. 15:617-648.
[220] Strugnell et al. (1997), Immunol. Cell. Biol. 75(4):364-369.
[221] Cui (2005), Adv. Genet. 54:257-89.
[222] Robinson and Torres (1997), Seminars in Immunol. 9:271-283.
[223] Bunnham et al. (2000), J. Infect Dis 181 Suppl. 3:S538-43.
[224] Svanholm et al. (2000), Scand J. Immunol. 51(4):345-53.
[225] DNA Vaccination - Genetic Vaccination (1998), eds. Koprowski et al. (ISBN 3540633928).
[226] Gene Vaccination: Theory and Practice (1998), ed. Raz (ISBN 3540644288).
[227] Ferreira et al. (2006), J. Med Microbiol. 55(Pt 4):375-8.
[228] Findeis et al., Trends Biotechnol. (1993), 11:202.
[229] Chiou et al. (1994), Gene Tlierapeiitics: Methods And Applications Of Direct Gene Transfer, ed.
Wolff.
[230] Wu et al., J. Biol. Chem. (1988), 263:621.
[231] Wu et al., J. Biol. Chem. (1994), 269:542.
[232] Zenke et al., Proc. Natl. Acad. Sci (USA) (1990), 57:3655.
[233] Wu et al., J. Biol. Chem. (1991), 266:338.
[234] Jolly, Cancer Gene Therapy (1994), 1:51.
[235] Kimura, Human Gene Therapy (1994), 5:845.
[236] Connelly, Human Gene Therapy (1995), 1:185.
[237] Kaplitt, Nature Genetics (1994), 6:148.
[238] WO 90/07936.
[239] WO 94/03622.
[240] WO 93/25698.
- 86 -
018137
[241] WO 93/25234.
[242] Патент US 5219740.
[243] WO 93/11230.
[244] WO 93/10218.
[245] Патент US 4777127.
[246] Патент GB 2200651.
[247] EP-A-0345242.
[248] WO 91/02805.
[249] WO 94/12649.
[250] WO 93/03769.
[251] WO 93/19191.
[252] WO 94/28938.
[253] WO 95/11984.
[254] WO 95/00655.
[255] Curiel, Hum. Gene Ther. (1992), 3:147.
[256] Wu, J. Biol. Chem. (1989), 264:16985.
[257] Патент US 5814482.
[258] WO 95/07994.
[259] WO 96/17072.
[260] WO 95/30763.
[261] WO 97/42338.
[262] WO 90/11092.
[263] Патент US 5580859.
[264] Патент US 5422120.
[265] WO 95/13796.
[266] WO 94/23697.
[267] WO 91/14445.
[268] EP 0524968.
[269] Philip, Mol. Cell Biol. (1994), 74:2411.
[270] Woffendin, Proc. Natl. Acad. Sci. (1994), 97:11581.
[271] Патент US 5206152.
[272] WO 92/11033.
[273] Патент US 5149655.
[274] Brandt et al. (2006), J. Antimicrob Chemother. 58(6):1291-4. Эл. публикация 26 октября 2006 г.
[275] Winter et al. (1991), Nature. 349:293-99.
[276] US 4816567.
[277] Inbar et al. (1972), Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 69:2659-62.
[278] Ehrlich et al. (1980), Biochem. 19:4091-96.
[279] Huston et al. (1988), Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:5897-83.
[280] Pack et al. (1992), Biochem. 31, 1579-84.
[281] Cumber et al. (1992), J. Immunology. 149B, 120-26.
[282] Riechmann et al. (1988), Nature. 332, 323-27.
[283] Verhoeyan et al. (1988), Science. 239, 1534-36.
[284] GB 2276169.
[285] Gennaro (2000), Remington: The Science and Practice of Pharmacy. 20th edition, ISBN:
0683306472.
[286] Methods In Enzymology (S. Colowick and N. Kaplan, eds., Academic Press, Inc.)
[287] Handbook of Experimental Immunology, vols. I-IV (D.M. Weir and C.C. Blackwell, eds, 1986,
Blackwell Scientific Publications).
[288] Sambrook et al. (2001), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd edition (Cold Spring Harbor
Laboratory Press).
[289] Handbook of Surface and Colloidal Chemistry (Birdi, K.S. ed., CRC Press, 1997).
[290] Ausubel et al. (eds) (2002), Short protocols in molecular biology, 5th edition (Current Protocols).
[291] Molecular Biology Techniques: An Intensive Laboratoty Course (Ream et al., eds., 1998, Academic
Press).
[292] PCR (Introduction to Biotechniques Series), 2nd ed. (Newton and Graham eds., 1997, Springer
Verlag).
[293] Geysen et al. (1984), PNAS USA. 81:3998-4002.
[294] Carter (1994), Methods Mol. Biol. 36:207-23.
[295] Jameson, B.A. et al. 1988, CABIOS. 4(1):181-186.
[296] Raddrizzani and Hammer. (2000), Brief Bioinform, 1(2):179-89.
[297] Bublil et al. (2007), Proteins. 68(1):294-304.
- 87 -
018137
[298] De Lalla et al. (1999), J. Immunol. 163:1725-29.
[299] Kwok et al. (2001), Trends Immunol. 22:583-88.
[300] Brusic et al. (1998), Bioinformatics. 14(2):121-30.
[301] Meister et al. (1995), Vaccine. 13(6):581-91.
[302] Roberts et al. (1996), AIDS Res Hum Retroviruses. 12(7):593-610.
[303] Maksyutov and Zagrebelnaya (1993). Comput Appl. Biosci. 9(3):291-7.
[304] Feller and de la Cruz (1991), Nature. 349(6311):720-1.
[305] Hopp (1993), Peptide Research. 6:183-190.
[306] Welling et al. (1985), FEBS Lett. 188:215-218.
[307] Davenport et al. (1995), Immunogenetics. 42:392-397.
[308] Tsurui and Takahashi (2007), J. Pharmacol. Sci. 105(4):299-316.
[309] Tong et al. (2007), Brief Bioinform. 8(2):96-108.
[310] Schirle et al. (2001), J. Immunol Methods. 257(1-2):1-16.
[311] Chen et al. (2007), Amino Acids. 33(3):423-8.
[312] Current Protocols in Molecular Biology (F.M. Ausubel et al., eds., 1987). Supplement 30.
[313] Smith and Waterman (1981), Adv. Appl. Math. 2:482-489.
[314] King et al. (2006), Mol. Microbiol. 59(3):961-74.
[315] Zysk et al. (2000), Infect. Immum. 68:3740-3.
[316] Wellmer et al. (2002), Infect. Immun. 70:6504-8.
[317] Gosink et al. (2000), Infect. Immun. 68(10):5690-5.
[318] Wizemann et al. (2001), Infect. Immun. 69:1593-8.
[319] Moscoso et al. (2005), Appl Environ Microbiol. 71:8706-13.
[320] Kharat and Tomasz (2003), Infect. Immun. 71:2758-65.
[321] Chen et al. (2005), FEMS Microbiol Lett. 253(1):151-4.
[322] Bumbaca et al. (2007), Proteins. 66(3):547-58.
[323] Monterroso et al. (2005), Biochem. J. 391:41-9.
[324] Moscoso et al. (2005), J. Bacteriology. 187:6238-41.
[325] Ogunniyi et al. (2001), Infect. Immun. 69:5997-6003.
[326] Ng et al. (2005), J. Bacteriol. 187(21):7444-59.
[327] Mills et al. (2001), J. Bacteriol. 189:4544-6.
[328] WO 2008/079732.
ФОРМУЛА ИЗОБРЕТЕНИЯ
1. Иммуногенная композиция, содержащая эффективное количество сочетания антигенов S.pneumonia и фармацевтически приемлемый носитель и/или эксципиент(ы), где указанное сочетание содержит
антиген spr0057 и один, два или три антигена, выбранных из группы, состоящей из (1) антигена spr0096;
(2) антигена spr0565 и (3) антигена spr2021, при этом
указанный антиген spr0057 представляет собой полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 1 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 1;
указанный антиген spr0096 представляет собой полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 12 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO:
12;
указанный антиген spr0565 представляет собой полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 3 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 3; и
указанный антиген spr2021 представляет собой полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 11 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 11.
2. Композиция по п.1, дополнительно включающая в себя один или более из следующих антигенов:
антиген spr1345, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 5 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 5;
антиген spr1416, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 6 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 6;
антиген spr1418, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 7 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 7;
антиген spr1345, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентич- 88 -
018137
ностью 80% или более с SEQ ID NO: 5 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 5;
антиген spr0867, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 8 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 8;
антиген spr1431, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 9 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 9;
антиген spr1739, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 10 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 10;
антиген spr1098, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 4 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 4;
антиген spr0286, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 2 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 2;
антиген spr1433, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 13 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 13;
антиген spr1707, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 14 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 14;
фимбриальный антиген RrgA S.pneumoniae, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 172 или 179 и/или (b) содержит фрагмент
по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 172 или 179;
фимбриальный антиген RrgB S.pneumoniae, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 173, 174 или 175 и/или (b) содержит
фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO:
173, 174 или 175;
антиген Pmp S.pneumoniae, содержащий аминокислотную последовательность, которая (а) обладает
идентичностью 80% или более с SEQ ID NO: 28 и/или (b) содержит фрагмент по меньшей мере из 10 последовательных аминокислот, содержащих эпитоп, из SEQ ID NO: 28; и
один или несколько конъюгатов пневмококкового капсульного сахарида и белка-носителя, где (i)
капсульный сахарид из одного или нескольких следующих пневмококковых серотипов: 1, 3, 4, 5, 6В, 7F,
9V, 14, 18С, 19F и 23F и (ii) белок-носитель представляет собой бактериальный токсин или анатоксин
или белок D из Н.influenzae.
3. Иммуногенная композиция по п.1, дополнительно содержащая:
(a) один или несколько конъюгатов пневмококкового капсульного сахарида и белка-носителя; или
(b) один или несколько антигенов, выбранных из группы, состоящей из дифтерийного анатоксина;
столбнячного анатоксина; поверхностного антигена вируса гепатита В; инактивированного антигена вируса полиомиелита; одного или нескольких бесклеточных коклюшных антигенов; конъюгата капсульного сахаридного антигена из Н.influenzae типа В; конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы С N.meningitidis; конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы Y N.meningitidis;
конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы W135 N.Meningitidis и конъюгата капсульного сахаридного антигена из серогруппы А N.meningitidis; или
(c) термопротективное средство, которое улучшает температурную стабильность композиции.
4. Иммуногенная композиция по п.2, содержащая один или более антигенов, выбранных из группы,
состоящей из:
A. (1) антигена spr0565; (2) антигена spr0286; (3) антигена spr1098; (4) антигена spr1345; (5) антигена spr1416 и/или (6) антигена spr1418; или
B. (1) антигена spr0565; (2) антигена spr2021; (3) антигена spr1098; (4) антигена spr1345; (5) антигена spr1416; (6) антигена spr1418; (7) антигена spr0867; (8) антигена spr1431; (9) антигена spr1739 и/или
(10) антигена spr0286; или
С. (1) антигена spr0096; (2) антигена spr0565; (3) антигена spr1098; (4) антигена spr1345; (5) антигена spr1416; (6) антигена spr1418; (7) антигена spr0286; (8) антигена spr1433 и/или (9) антигена spr1707.
5. Полипептид с формулой NH2-A-{-X-L-}n-B-COOH, где
X представляет собой аминокислотную последовательность пневмококкового антигена, выбранного
из группы, состоящей из (1) антигена spr0057; (2) антигена spr0096; (3) антигена spr0565 и (4) антигена
spr2021;
L представляет собой необязательную линкерную аминокислотную последовательность;
А представляет собой необязательную N-концевую аминокислотную последовательность;
- 89 -
018137
В представляет собой необязательную С-концевую аминокислотную последовательность;
n представляет собой целое число, равное или более 2 и по меньшей мере 1 в случае, когда X представляет собой spr0057.
6. Полипептид по п.5, где полипептид дополнительно включает аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из (5) антигена RrgA и (6) антигена RrgB.
7. Полипептид по п.5, где n=2, и/или по меньшей мере одна последовательность L содержит Glyx,
где х=2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 или 10.
8. Полипептид по любому из пп.5-7, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную
из группы, состоящей из SEQ ID NO: 193, 199-204, 206, 215 и 217-219.
9. Полипептид, содержащий последовательность, обладающую идентичностью 75% или более с
аминокислотной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из SEQ ID NO: 193, 199-204,
206, 215 и 217-219.
10. Иммуногенная композиция, содержащая эффективное количество полипептида по любому из
пп.5-9 и фармацевтически приемлемый носитель и/или эксципиент(ы).
11. Нуклеиновая кислота, кодирующая полипептид по любому из пп.5-9.
12. Способ повышения иммунного ответа у млекопитающего, содержащий стадию введения млекопитающему эффективного количества композиции по любому из пп.1-4 и 10.
13. Способ по п.12, где иммунный ответ у млекопитающего защищает от пневмококковой инфекции.
14. Применение композиции по любому из пп.1-4 и 10 для производства лекарственного препарата
для повышения иммунного ответа у млекопитающего.
Фиг. 1
Фиг. 2
- 90 -
018137
Фиг. 3
Фиг. 4
- 91 -
018137
Фиг. 5
Фиг. 6
Фиг. 7
Фиг. 8
- 92 -
018137
Фиг. 9
Фиг. 10
Фиг. 11
Фиг. 12
- 93 -
018137
Фиг. 13
Фиг. 14
Фиг. 15
- 94 -
018137
Фиг. 16
Фиг. 17
Фиг. 18
Фиг. 19
- 95 -
018137
Фиг. 20
Фиг. 21
Фиг. 22
Фиг. 23
- 96 -
018137
Фиг. 24
Фиг. 25
Фиг. 26
Фиг. 27
- 97 -
018137
Фиг. 28
Фиг. 29
Фиг. 30
Фиг. 31
- 98 -
018137
Фиг. 32
Фиг. 33
Фиг. 34
Фиг. 35
Фиг. 36
- 99 -
018137
Список последовательностей
- 100 -
018137
- 101 -
018137
- 102 -
018137
- 103 -
018137
- 104 -
018137
- 105 -
018137
- 106 -
018137
- 107 -
018137
- 108 -
018137
- 109 -
018137
- 110 -
018137
- 111 -
018137
- 112 -
018137
- 113 -
018137
- 114 -
018137
- 115 -
018137
- 116 -
018137
- 117 -
018137
- 118 -
018137
- 119 -
018137
- 120 -
018137
- 121 -
018137
- 122 -
018137
- 123 -
018137
- 124 -
018137
- 125 -
018137
- 126 -
018137
- 127 -
018137
- 128 -
018137
- 129 -
018137
- 130 -
018137
- 131 -
018137
- 132 -
018137
- 133 -
018137
- 134 -
018137
- 135 -
018137
- 136 -
018137
- 137 -
018137
- 138 -
018137
- 139 -
018137
- 140 -
018137
- 141 -
018137
- 142 -
018137
- 143 -
018137
- 144 -
018137
- 145 -
018137
- 146 -
018137
- 147 -
018137
- 148 -
018137
- 149 -
018137
- 150 -
018137
- 151 -
018137
- 152 -
018137
- 153 -
018137
- 154 -
018137
- 155 -
018137
- 156 -
018137
- 157 -
018137
- 158 -
018137
- 159 -
018137
- 160 -
018137
- 161 -
018137
- 162 -
018137
- 163 -
018137
- 164 -
018137
- 165 -
018137
- 166 -
018137
- 167 -
018137
- 168 -
018137
- 169 -
018137
- 170 -
018137
- 171 -
018137
- 172 -
018137
- 173 -
018137
- 174 -
018137
- 175 -
018137
- 176 -
018137
- 177 -
018137
- 178 -
018137
- 179 -
018137
- 180 -
018137
- 181 -
018137
- 182 -
018137
- 183 -
018137
- 184 -
018137
- 185 -
018137
- 186 -
018137
- 187 -
018137
- 188 -
018137
- 189 -
018137
- 190 -
018137
- 191 -
018137
- 192 -
018137
- 193 -
018137
- 194 -
018137
- 195 -
018137
- 196 -
018137
- 197 -
018137
- 198 -
018137
- 199 -
018137
- 200 -
018137
- 201 -
018137
- 202 -
018137
- 203 -
018137
- 204 -
018137
- 205 -
018137
- 206 -
018137
- 207 -
018137
- 208 -
018137
- 209 -
018137
- 210 -
018137
- 211 -
018137
- 212 -
018137
- 213 -
018137
- 214 -
018137
- 215 -
018137
- 216 -
018137
- 217 -
018137
- 218 -
018137
- 219 -
018137
- 220 -
018137
- 221 -
018137
- 222 -
018137
- 223 -
018137
- 224 -
018137
- 225 -
018137
- 226 -
018137
- 227 -
018137
- 228 -
018137
- 229 -
018137
- 230 -
018137
- 231 -
018137
- 232 -
018137
- 233 -
018137
- 234 -
018137
- 235 -
018137
- 236 -
018137
- 237 -
018137
- 238 -
018137
- 239 -
018137
- 240 -
018137
- 241 -
018137
- 242 -
018137
- 243 -
018137
- 244 -
018137
- 245 -
018137
- 246 -
018137
- 247 -
018137
- 248 -
018137
- 249 -
018137
- 250 -
018137
- 251 -
018137
- 252 -
018137
- 253 -
018137
- 254 -
018137
- 255 -
018137
- 256 -
018137
- 257 -
018137
- 258 -
018137
- 259 -
018137
- 260 -
018137
- 261 -
018137
- 262 -
018137
- 263 -
018137
- 264 -
018137
- 265 -
018137
- 266 -
018137
- 267 -
018137
- 268 -
018137
- 269 -
018137
- 270 -
018137
- 271 -
018137
- 272 -
018137
- 273 -
018137
- 274 -
018137
- 275 -
018137
- 276 -
018137
- 277 -
018137
- 278 -
018137
- 279 -
018137
- 280 -
018137
- 281 -
018137
- 282 -
018137
- 283 -
018137
- 284 -
018137
- 285 -
018137
- 286 -
018137
- 287 -
018137
- 288 -
018137
- 289 -
018137
- 290 -
018137
- 291 -
018137
- 292 -
018137
- 293 -
018137
- 294 -
018137
- 295 -
018137
- 296 -
018137
- 297 -
018137
- 298 -
018137
- 299 -
018137
- 300 -
018137
- 301 -
018137
- 302 -
018137
- 303 -
018137
- 304 -
018137
- 305 -
018137
- 306 -
018137
- 307 -
018137
- 308 -
018137
- 309 -
018137
- 310 -
018137
- 311 -
018137
- 312 -
018137
- 313 -
018137
- 314 -
018137
- 315 -
018137
- 316 -
018137
- 317 -
018137
- 318 -
018137
- 319 -
018137
- 320 -
018137
- 321 -
018137
- 322 -
018137
- 323 -
018137
- 324 -
018137
- 325 -
018137
- 326 -
018137
- 327 -
018137
- 328 -
018137
- 329 -
018137
- 330 -
018137
- 331 -
018137
- 332 -
018137
- 333 -
018137
- 334 -
018137
- 335 -
018137
- 336 -
018137
- 337 -
018137
- 338 -
018137
- 339 -
018137
- 340 -
018137
- 341 -
018137
- 342 -
018137
- 343 -
018137
- 344 -
018137
- 345 -
018137
- 346 -
018137
- 347 -
018137
- 348 -
018137
- 349 -
018137
- 350 -
018137
- 351 -
018137
- 352 -
018137
- 353 -
018137
- 354 -
018137
- 355 -
018137
- 356 -
018137
- 357 -
018137
- 358 -
018137
- 359 -
018137
- 360 -
018137
- 361 -
018137
- 362 -
018137
- 363 -
018137
- 364 -
018137
- 365 -
018137
- 366 -
018137
- 367 -
018137
- 368 -
018137
- 369 -
018137
- 370 -
018137
- 371 -
018137
- 372 -
018137
- 373 -
018137
- 374 -
018137
- 375 -
018137
- 376 -
018137
- 377 -
018137
- 378 -
018137
- 379 -
018137
- 380 -
018137
- 381 -
018137
- 382 -
018137
- 383 -
018137
- 384 -
018137
- 385 -
018137
- 386 -
018137
- 387 -
018137
- 388 -
018137
- 389 -
018137
- 390 -
018137
- 391 -
018137
- 392 -
018137
- 393 -
018137
- 394 -
018137
- 395 -
018137
- 396 -
018137
- 397 -
018137
- 398 -
018137
- 399 -
018137
- 400 -
018137
- 401 -
018137
- 402 -
018137
- 403 -
018137
- 404 -
018137
- 405 -
018137
- 406 -
018137
- 407 -
018137
- 408 -
018137
- 409 -
018137
- 410 -
018137
- 411 -
018137
- 412 -
018137
- 413 -
018137
- 414 -
018137
- 415 -
018137
- 416 -
018137
- 417 -
018137
- 418 -
018137
- 419 -
018137
- 420 -
018137
- 421 -
018137
- 422 -
018137
- 423 -
018137
- 424 -
018137
- 425 -
018137
- 426 -
018137
- 427 -
018137
- 428 -
018137
- 429 -
018137
- 430 -
018137
- 431 -
018137
- 432 -
018137
- 433 -
018137
- 434 -
018137
- 435 -
018137
- 436 -
018137
- 437 -
018137
- 438 -
018137
- 439 -
018137
- 440 -
018137
- 441 -
018137
- 442 -
018137
- 443 -
018137
- 444 -
018137
- 445 -
018137
- 446 -
018137
- 447 -
018137
- 448 -
018137
- 449 -
018137
- 450 -
018137
- 451 -
018137
- 452 -
018137
- 453 -
018137
- 454 -
018137
- 455 -
018137
- 456 -
018137
- 457 -
018137
- 458 -
018137
- 459 -
018137
- 460 -
018137
- 461 -
018137
- 462 -
018137
- 463 -
018137
- 464 -
018137
- 465 -
018137
- 466 -
018137
- 467 -
018137
- 468 -
018137
- 469 -
018137
- 470 -
018137
- 471 -
018137
- 472 -
018137
- 473 -
018137
- 474 -
018137
- 475 -
018137
- 476 -
018137
- 477 -
018137
- 478 -
018137
- 479 -
018137
- 480 -
018137
- 481 -
018137
- 482 -
018137
- 483 -
018137
- 484 -
018137
- 485 -
018137
- 486 -
018137
- 487 -
018137
- 488 -
018137
- 489 -
018137
- 490 -
018137
- 491 -
018137
- 492 -
018137
- 493 -
018137
- 494 -
018137
- 495 -
018137
- 496 -
018137
- 497 -
018137
- 498 -
018137
- 499 -
018137
- 500 -
018137
- 501 -
018137
- 502 -
018137
- 503 -
018137
- 504 -
018137
- 505 -
018137
- 506 -
018137
- 507 -
018137
- 508 -
018137
- 509 -
018137
- 510 -
018137
- 511 -
018137
- 512 -
018137
- 513 -
018137
- 514 -
018137
- 515 -
018137
- 516 -
018137
- 517 -
018137
- 518 -
018137
- 519 -
018137
- 520 -
018137
- 521 -
018137
- 522 -
018137
- 523 -
018137
- 524 -
018137
- 525 -
018137
- 526 -
018137
- 527 -
018137
- 528 -
018137
- 529 -
018137
- 530 -
018137
- 531 -
018137
- 532 -
018137
- 533 -
018137
- 534 -
018137
- 535 -
018137
- 536 -
018137
- 537 -
018137
- 538 -
018137
- 539 -
018137
- 540 -
018137
- 541 -
018137
- 542 -
018137
- 543 -
018137
- 544 -
018137
- 545 -
018137
- 546 -
018137
- 547 -
018137
- 548 -
018137
- 549 -
018137
- 550 -
018137
- 551 -
018137
- 552 -
018137
- 553 -
018137
- 554 -
018137
- 555 -
018137
- 556 -
018137
- 557 -
018137
- 558 -
018137
- 559 -
018137
- 560 -
018137
- 561 -
018137
- 562 -
018137
- 563 -
018137
- 564 -
018137
- 565 -
018137
- 566 -
018137
- 567 -
018137
- 568 -
018137
- 569 -
018137
- 570 -
018137
- 571 -
018137
- 572 -
018137
- 573 -
018137
- 574 -
018137
- 575 -
018137
- 576 -
018137
- 577 -
018137
- 578 -
018137
- 579 -
018137
- 580 -
018137
- 581 -
018137
- 582 -
018137
- 583 -
018137
- 584 -
018137
- 585 -
018137
Евразийская патентная организация, ЕАПВ
Россия, 109012, Москва, Малый Черкасский пер., 2
- 586 -