литех

ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
ПЦР НАБОРОВ
ПРОИЗВОДСТВА НПФ "ЛИТЕХ"
В ПРАКТИЧЕСКОЙ МЕДИЦИНЕ
Парфенов Игорь Александрович
К.б.н. специалист по продукции НПФ
«Литех»
Преимущества
ПЦР-диагностики

Прямой метод– анализируется непосредственно ГЕНЕТИЧЕСКИЙ
МАТЕРИАЛ возбудителя

Возможность АНАЛИЗА НЕКУЛЬТИВИРУЕМЫХ или трудно
культивируемых организмов

ВЫСОКАЯ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТЬ– от единичных копий возбудителя в
пробе!

Возможность надежной ДИАГНОСТИКИ инфекций НА РАННИХ
СТАДИЯХ!

Препараты генетического материала не патогенны –
БЕЗОПАСНОСТЬ СОТРУДНИКОВ!
АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ наборов
реагентов
• определяется
олигонуклеотидными затравками
к гомологичным
высококонсервативным участкам
видо- или родоспецифичных
областей генов 16s рРНК
возбудителей
Чувствительность
• ≥ 103 геном –
эквивалентов/мл
Наборы реагентов для ПЦР
1
1) Реагент для выделения ДНК
из биологических проб –
“ДНК-экспресс”
2
2) Наборы реагентов для проведения
амплификации (ПЦР)
Реагенты для экспресс выделение ДНК и РНК
"ДНК-ЭКСПРЕСС-кровь»
"ДНК-ЭКСПРЕСС-кровь-вирус»
Комплект реагентов для выделения
ДНК/РНК из сыворотки или плазмы
крови
"РНК-ЭКСПРЕСС»
Реагент для выделения
ДНК« ДНК-ЭКСПРЕСС»
•
выделение ДНК в закрытой пробирке
•
всего 3 стадии
•
20 минут
•
экономия одноразового пластика
Наборы для проведения
ПЦР-РВ
БАКТЕРИАЛЬНЫЕ ИНФЕКЦИИ
Chlamydia trachomatis
Mycoplasma hominis, genitallium
Ureaplasma spp., urealyticum, parvum
Gardnerella vaginalis
Neisseria gonorrhoeae
Atopobium vaginae
Наборы для
проведения ПЦР-РВ
ВИРУСНЫЕ ИНФЕКЦИИ
Herpes simplex virus 1+2
Herpes simplex virus 1
Herpes simplex virus 2
Cytomegalovirus
Epstein-Barr virus
Hepatitis B virus
ДРУГИЕ ИНФЕКЦИИ
Trichomonas vaginalis
Hepatitis C virus
Toxoplasma gondii
Human papilloma virus16/18
Candida albicans
Human papilloma virus16/18*
Human papilloma virus 16
Human papilloma virus 18
Human papilloma virus 6,11
Human papilloma virus 31, 33
Human papilloma virus (6, 11, 16, 18, 26, 31,33,35,39,42,44,45,51,53,54,56,58,59)
Формат OneStep
ПОЛНОСТЬЮ ГОТОВАЯ СМЕСЬ для амплификации для
проведения анализа в пробирку ДОБАВЛЯЕТСЯ
ТОЛЬКО
ПРОБА !!!
МИНИМУМ МАНИПУЛЯЦИЙ –
снижение влияния субъективного
фактора, экономия времени
просто
ДОБАВИТЬ…
ПРОБУ
Возможности ПЦР анализа для решения
различных клинических задач
Определение этиологии
хронического
воспалительного
процесса
Дифференциальная
топическая диагностика
заболеваний
мочеполового тракта
Определение
оптимальной схемы
антибиотикотерапии
Прогноз возможных
инфекционных
осложнений
Заболевания мочеполовой системы у
мужчин
К бактериальным инфекциям
мочеполовой системы у мужчин относят:
уретрит, острый и хронический
бактериальный простатит, острый
эпидидимит, орхит, орхоэпидидимит.
35-50% мужчин трудоспособного и репродуктивного возраста болеют простатитом.
Острый бактериальный простатит
6%
развивается
у 5-10% мужчин.
На долю хронического бактериального
7%
простатита приходится 6 -10% случаев
У некоторых
пациентов
Этиология
бактериального простатита
Доказано
этиологическое
значение
Выявлена
ассоциация с
патологией
•
•
•
•
•
•
Escherichia coli
Proteus spp.
Klebsiella spp., Enterobacter spp.
Serratia spp.
Pseudomonas aeruginosa
Enterococcus faecalis
• Staphylococcus aureus
• Streptococcus spp
Комплексный набор
“Мужское здоровье”
• Единая программа амплификации для всех возбудителей
• Чувствительность: >104 геном-экв/мл для каждого из 8 возбудителей
• Внутренний контроль – геномная ДНК человека
Возможный адекватный цели исследования
материал для выявления инфекционных агентов
Соскоб
эпителиальных
клеток
(уретра)
Моча*
(исследуется
осадок мочи)
Секрет простаты
Сперма
* биоматериал собранный по методике с 4 стаканами по Meares–Stamey – топическая диагностика
Исследуемый материал с учетом предполагаемого
диагноза
 УРЕТРИТ - соскоб из уретры или моча.
 ЦИСТИТ - моча
 ПРОСТАТИТ - секрет простаты
 ОРХИТ, ЭПИДИДИМИТ - сперма.
Комплект позволяет проводить дифференциальную диагностику
инфекций мочеполового тракта у мужчин путем исследования
различных биологических материалов.
Инфекции мочевой системы
у детей в России
(Н.Ф. Шапошникова, Л.А. Петренко, Л.М. Бражник .Инфекции мочевой системы у детей и
подростков. Волгоград, 2006 г.)
Антибиотикорезистентность
Основные проблемы, связанные с
резистентностью к антибиотикам
• Устойчивость к β-лактамным антибиотикам среди
грамотрицательных бактерий, в частности Enterobacteriaceae и
P.aeruginosa;
• устойчивость к гликопептидам среди Enterococcus spp.;
• устойчивость к β-лактамным антибиотикам среди
Staphylococcus aureus;
• устойчивость к фторхинолонам среди грамположительных и
грамотрицательных бактерий;
• устойчивость к макролидам среди Streptococcus spp.
ЧАСТОТА ВЫДЕЛЕНИЯ MRSA В ЕВРОПЕ
The European Surveillance System on 2011-06-30.
Пластичность генома обмен ДНК
Горизонтальный перенос генов (ГПГ) процесс переноса и внедрения ДНК в новую
микробную клетку. Такая интеграция может
придавать бактериям как повышенную
патогенность, так и повышенную
резистентность.
E.coli
Хромосома
Плазмида
ГПГ позволяет бактериям быстро приобретать новые функции и занимать
новые ниши в окружающей среде.
Пример: ДНК погибшей бактерии захватывается и включается в геном другой
живой бактерии
Гибель бактерии
Высвобождение фрагментов ДНК
Фрагмент ДНК забирается Объединение ДНК
другой живой клеткой
гомологичной рекомбинацией
Включение ДНК погибшей
донорской клетки
Полирезистентность
грамотрицательных бактерий к
антибиотикам
Генетические взаимосвязи между бактериями по F.E.Young
Опасность инфицирования бактериями,
продуцирующими БЛРС
•
•
•
•
•
Резистентность бактерий ко всем пенициллинам и цефалоспоринам
ограничивает применение важнейших классов антибиотиков
Сопутствующая полирезистентность к другим классам антибиотиков
(аминогликозидам, фторхинолонам и другим), которые применяются
при тяжелых инфекциях
Быстрое распространение БЛРС среди грамотрицательных бактерий, в
том числе принадлежащим к другим родам
Трудность выявления БЛРС общепринятыми микробиологическими
методами
Частая клиническая неэффективность лечения, в связи с чем
усугубляется тяжесть инфекции, увеличивается рост летальности, чего
не отмечается у бактерий, не продуцирующих БЛРС
Основные проблемы, связанные с резистентностью к
антибиотикам
•Полирезистентность у ряда грамотрицательных бактерий (Escherichia coli,
Klebsiella spp., Proteus spp. и др.), обусловленная образованием этими
бактериями ß-лактамаз расширенного спектра (БЛРС)
•Метициллинорезистентность или, фактически, полирезистентность у
Staphilococcus aureus (MRSA)
•Полирезистентность и панрезистентность у Pseudomonas aeruginosa
Негативные эффекты резистентности к антибиотикам
• Неэффективность лекарственной терапии
• Распространение инфекции по организму
• Увеличение частоты рецидивов и переход болезни в хроническую форму.
• Вероятность распространения инфекции среди родственников
• Увеличение риска возникновения оппортунистических инфекций
• Риск осложнений после травмы, хирургического вмешательства или при
терапевтически вызванном снижении иммунитета
• Повышение риска возникновения суперинфекции
• Лечение становится все сложнее и дороже, постоянно требуется создание
новых лекарств
• Усложнение выбора а/б эмпирическим путем, в частности опасность
применения а/б широкого спектра действия и отбора устойчивых клонов.
Осложнение течения болезни и увеличение частоты летальных исходов,
вызванных Staphylococcus aureus (MRSA), Salmonella spp и др.
Недостатки МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИХ методов
• Отсутствие стандартизированных методик
• Временные затраты (24-72 часа до результата)
• Трудность культивирования и идентификации некоторых
микроорганизмов
• Вероятность невыявления основного возбудителя инфекции
• Трудность оценки чувствительности к новым антибиотикам
• Субъективность оценки чувствительности
• Использование дорогостоящих сред, реактивов и т.д.
Генетические
полиморфизмы
Однонуклеотидные
полиморфизмы
• SNP(Single Nucleotide Polymorphisms) - однонуклеотидные позиции в
геномной ДНК, для которых в некоторой популяции имеются различные
варианты последовательностей (аллели), причём редкий аллель
встречается с частотой не менее 1%
• SNPs представляют собой наследуемые генетические варианты
- аллели. Некоторые из них широко распространены.
• Геном человека насчитывает более 15 млн SNP
Brookes, A.J. 1999. The essence of SNP. Gene 234:177-186
_
Пол
Возраст
Тяжесть течения
основного заболевания
Генетические
особенности
пациента
50%
Сопутствующие
заболевания,
особенно печени
и почек
50%
Совместно применяемые
ЛС и БАД
Особенности питания
Вредные привычки:
курение, алкоголь,
наркотики
Ассоциация с мультифакториальными
заболеваниями
•Точечные нуклеотидные полиморфизмы (SNPs), а также другие
генетические мутации (делеции, инсерции) могут быть ассоциированы с
развитием мультифакториальных заболеваний, таких как сахарный диабет
1 и 2 типов, сердечно-сосудистые, бронхо-легочные, онкологические и
другие заболевания.
• Полиморфизмы не являются непосредственной и обязательной
причиной
развития такого заболевания, но могут обуславливать
больший или меньший риск его развития при действии различных
факторов
Значимость SNP-анализа
• Оценка факторов риска при планировании семьи
(вероятность возникновения наследственных
заболеваний , невынашивания плода, нарушений
развития)
• Возможность более ранней и надежной диагностики
нарушений в работе различных систем организма:
- системы гемостаза и фибринолиза
-сердечно-сосудистой системы
-пищеварительной, дыхательной, репродуктивной и др.
• Учет индивидуальных особенностей лекарственной
терапии (анализ активности ферментов метаболизма
лекарственных препаратов)
www.nigms.nih.gov
Моногенные
наследственные болезни
На сегодняшний день в стране диагностируется около 30 различных
моногенных болезней и наследственных синдромов.
Среди них есть болезни с четко определяемыми, доминирующими по частоте
мажорными мутациями, которые можно определить методом ДНК-диагностики:
Муковисцидоз (ген CFTR)
Фенилкетонурия (ген PAH)
Нейросенсорная тугоухость (ген GJB2)
Болезнь Вильсона-Коновалова (ген ATP7B)
Гемохроматоз (ген HFE)
Синдром Жильбера (ген UGT1A1) и др.
“SNP-экспресс”
• Это универсальная система для определения
генетических полиморфизмов на основе метода
аллель-специфичной ПЦР
Профили
Более 200 тест систем
Риск развития заболеваний сердечно-сосудистой системы
Фармакогенетическое тестирование
Нарушение репродуктивной функции
Риск развития онкологических заболеваний
Нарушение иммунитета
Наследственные заболевания
Форматы детекции результатов
Преимущества
аллель-специфичной ПЦР
• Не требует специального
программного обеспечения
• Не требует высокой квалификации персонала
• Наименьшее число ошибок – лучшая надёжность
• Не требует высокого качества ДНК при выделении
•
Широкий спектр профилей
• Быстрота выполнения анализа и высокая
производительность
• Низкая стоимость
Наборы компании «Литех»
имеют
Регистрационные
удостоверения МЗ РФ
Контакты:
107023 г.Москва, ул. Малая
Семеновская, дом 3А, стр. 2
м. "Электрозаводская"
Часы работы: 9.00—17.30
Телефон/факс (495) 258 39 47
www.lytech.ru
Будьте здоровы!