Геномный секвенатор GS FLX+ Сочетание непревзойденной длины прочтения и высокой производительности www.roche-applied-science.ru
реклама
Геномный секвенатор GS FLX+ Сочетание непревзойденной длины прочтения и высокой производительности www.roche-applied-science.ru Система GS FLX+ Мы увеличили длину прочтения до 1000 п.о. Узнайте больше об интересующем Вас геноме, транскриптоме или метагеноме с помощью СУПЕРдлинных прочтений на системе GS FLX+. Нововведения в реагентах, приборе и в программном обеспечении позволили достигнуть длины прочтений – 1000 п.о.! ■■ ■■ ■■ Характеристики системы GS FLX+ Супердлинные прочтения: модальная длина прочтений более 700 п.о.; самые длинные прочтения превышают 1000 п.о. Длина прочтений Упрощенная de novo сборка: длиннее прочтения – точнее сборка, меньше брешей, длиннее контиги и лучше анализ сложных структурных вариантов Более 700 п.о. Количество прочтений 1 000 000 Точность консенсусной последовательности при сборке 99,997%* Время запуска 23 часа *Точность консенсусной последовательности генома E. coli при 15x покрытии Обширное покрытие транскриптов: длинные прочтения покрывают больше экзонов для лучшей реконструкции полноразмерных транскриптов Супердлинные ампликоны: более гибкий дизайн праймеров на интересующие области генома за счет большей длины прочтения и покрытие более сложных гаплотипов (например, 16S/18S рРНК) До 1000 п.о. Модальная длина прочтений 3,5 3,0 Миллионы нуклеотидов ■■ 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 Длина прочтения МОДАЛЬНАЯ ДЛИНА ПРОЧТЕНИЯ = 951 п.о., N50 = 879 п.о. ВСЕГО ПРОЧТЕНИЙ = 1.26 МИЛЛИОНА Секвенирование генома de novo Длиннее чтения – больше информации о геноме Увеличенная длина прочтений системы GS FLX+ позволяет получить лучшие результаты в целом ряде приложений ■■ Секвенирование протяженных повторов необходимо для сборки сложных геномов ■■ Лучшая сборка с меньшим количеством брешей (рисунок 2) ■■ Комплексный подход – длинные прочтения GS FLX+ shotgun библиотек, прочтения парно-концевых библиотек (3, 8, 20 Кб) и короткие прочтения для лучшей и доступной сборки ■■ De novo сборка генома длиннохвостого попугая Сборка GS FLX+ (химия XL+) GS FLX (химия XLR70) 3,5x 3,5x Покрытие: Shotgun библиотека Парно-концевые библиотеки (3, 8, 20 Кб) Сборка генома одним кликом мыши в мощной программе GS De Novo Assembler 2,5x (химия XLR70) Общее 6x Общее число п.о. Общее число п.о. в собранных контигах Длиннохвостый попугай Количество прочтений 6000 8,02 Гб 993 Мб 969 Мб С системой GS FLX+ собралось на 24 Мб больше! 5000 4000 180% 3000 Сборка GS FLX Сборка GS FLX+ 160% 2000 140% 1000 120% 0 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 Длина прочтения Рисунок 1: Распределение длин 1 293 269 прочтений, полученных при запуске системы GS FLX+. Модальная длина прочтений – 793 п.о. 100% 80% 60% 40% 20% 0% N50 для контигов Максимальный размер контига N50 для скаффолдов Максимальный размер скаффолда Рисунок 2: Преимущества GS FLX+ при de novo сборке генома длиннохвостого попугая. При одинаковом количестве более длинные прочтения системы GS FLX+ обеспечивают более качественную сборку с более длинными контигами и скаффолдами, а также увеличивают информацию в контигах на 24 Мб. Секвенирование транскриптома de novo Полная реконструкция генов и выявление новых сплайс-вариантов транскриптов ■■ Картирование и сборка de novo кДНК транскриптома дрозофилы Покрытие большего количества экзонов, сплайс-соединений и даже нетранслируемых участков одним прочтением Сборка ■■ Лучшее покрытие длинных транскриптов для точной реконструкции гена GS FLX+ Общее количество прочтений GS FLX Улучшение 2 439 901 Картирование на геном ■■ Программа GS Reference Mapper позволяет выравнивать прочтения как на транскриптомный, так и на геномный референс, а также выявлять отличия от референса ■■ Программа GS De Novo Assembler позволяет точно реконструировать транскриптом и выявить новые гены, изоформы и слитые транскрипты Количество прочтений 99,3 99,3 = % покрытия генома 19,5 17,7 11% % покрытия экзома 38,4 31,2 23% Известные сплайс-варианты 3237 3016 7,3% Альтернативные сплайс-варианты 1406 1306 7,7% Новые изоформы 2500 2156 16% Сборка de novo Дрозофила 3500 % картированных прочтений 3000 Сборка TepII транскриптов 2500 2000 1500 Референс 1000 500 0 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 GS FLX+ Длина прочтений Рисунок 3: Распределение длин 1 017 391 прочтения, полученных при запуске системы GS FLX+. Модальная длина прочтений – 551 п.о. Длина прочтения лимитирована короткой длиной фрагментов образца. GS FLX Рисунок 4: Сравнение сборки транскриптов TepII дрозофилы (длиной 4535 п.о.). Сборка супердлинных прочтений GS FLX + позволяет провести полноразмерную реконструкцию трех из пяти изоформ (красным), при этом сборка прочтений GS FLX реконструирует одну изоформу (темно-синий). Метагеномика, направленный отбор генов и многое другое! Метагеномика (Shotgun) Направленный отбор генов ■■ Точное определение генов/организмов в сложных образцах ■■ ■■ Супердлинные прочтения увеличивают чувствительность и специфичность определения таксона с точностью до штамма Супердлинные прочтения увеличивают покрытие целевых участков генома (например, экзома), отобранных методом Sequence Capture, и позволяют захватить интроны и межгенные участки для выявления неизвестных полиморфизмов и структурных вариантов ■■ Способствуют разрешению гомологов и паралогов в полиплоидных геномах, например, растений Кукуруза Микробиом кишечника 4000 Количество прочтений Количество прочтений 3000 2500 2000 1500 1000 500 3500 3000 2500 2000 1500 1000 500 0 0 100 200 300 400 500 600 Длина прочтений Рисунок 5: Микробиом кишечника. Модальная длина прочтений – 768 п.о. 700 800 900 1000 0 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 Длина прочтений Рисунок 6: Секвенирование экзома кукурузы, обогащенного чипами NimbleGen Sequence Capture. Модальная длина прочтений – 794 п.о. Подробная информация на сайте www.454.com ОГРАНИЧЕНИЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ: Покупатель авторизован использовать приборы систем для секвенирования 454 только с пластинами PicoTiterPlate, поставляемыми 454 Life Sciences Corporation в соответствии с процедурами, описанными в инструкциях и руководствах пользователя системы секвенирования 454. Информация о лицензионном соглашении может меняться и уточняться. Новейшую информацию о лицензионном использовании конкретной продукции можно найти по адресу (https://www.roche-applied-science.com/new/legal/index.jsp?id=legal_000000). 454, 454 LIFE SCIENCES, 454 SEQUENCING, GS JUNIOR, EMPCR, PICOTITERPLATE, а также GS FLX являются торговыми марками Roche. Все прочие названия продуктов и торговые марки являются собственностью соответствующих владельцев. Опубликовано ©2013 Roche ООО «Рош Диагностика Рус» 115114, Россия, Москва, ул. Летниковская, дом 2, стр. 2, Бизнес-Центр «Вивальди Плаза». Тел.: +7 (495) 229-69-99 Факс: +7 (495) 229-62-64 www.roche-applied-science.ru
