Изучениеизмененияэкспрессии геновпри дифференцировкенейронов Смирнов Д. Д., Скоморохова Е.Б. Руководитель: МедведеваЮ., ЦентрБиоинженерииРАН,Москва 2015 Цель Определитьтипичныепрофилиэкспрессиигенов эпигенетическихрегуляторовприклеточной дифференцировкеивыявитьразличиявпаттернах экспрессиигеноввнормальныхклеткахиклеткахс дополнительнойкопиейплеча21хромосомы Задачи Iэтап • ИзучениеработыTcGSAметода,реализованноговR какпакетTcGSA • Подготовкаданныхпоэкспрессиигеновдля использованиявпроекте IIэтап 1. Определениепаттерновкоэкспрессииизвестных группэпигенетическихрегуляторов– СкомороховаЕ.Б. 2. Изучениесистемыметилирования/ деметилированияДНКвнормеипатологии– СмирновД.Д. Используемые в работе базы данных Временныеряды экспрессиигенов придифференцировке нейронов fantom.gsc.riken.jp/ СиндромДауна DNMT3L http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DNMT3L Используемые в работе базы данных Функциональные группы эпигенетических регуляторов, комплексы epifactors.autosome.ru ТсGSA • h"ps://cran.r-project.org/web/packages/TcGSA/index.html Принциппримененияметода Данные по экспрессии Подбор генных сетов TcGSA Внутри генного сета происходит группировка по динамике экспрессии Графики и списки генных сетов Генный сет – совокупность генов, взаимосвязанных по их биологической функции Обзорфункций • clustTrend-Кластеризуетдинамикугеновподоминантнымтенденциям • mulmest.TcGSA-ВычисляетP-valueкоэффициентовправдоподобия • plot.TcGSA-Строиткартуинтенсивностидлягенныхсетов • plot1GS-Строитграфикдляопределенногогенногосета • plotPat.1GS-Строитграфикдляопределенногогенногонабора,cстратификацией образцов • plotPat.TcGSA-Строиткартуинтенсивностигенныхсетовдлякаждогопациента • pval_simu-ВычисляетP-valueсмоделируемымнулевымраспределения • signifLRT.TcGSA-Выявляетзначительныегенныесеты • summary.TcGSA-ПодводититогиработыTcGSA • TcGSA.LR-Вычисляеткоэффициентыправдоподобиядлягенныхсетов TcGSA.LR Метод,позволяющийопределитьгенныесетысо значительнымиизменениямивдинамикеэкспрессии • Вычисляеткоэффициентыправдоподобиядля генныхсетов • Оцениваетдинамикуэкспрессиивгенныхсетах черезсмешанныемодели. plot1GS Эта функция строит график изменения экспрессии гена во времени в определенном генном наборе. Исходные данные Данные после TcGSA.LR clustTrendиplot.TcGSA ФункцияclustTrendгруппируетгенывгенныхсетахпоразличнымдоминирующим тенденциямдинамикиихэкспрессии. Функцияplot.TcGSAстроиткартуинтенсивностидлягенныхсетов.