Поиск консервативных аминокислотных остатков для белка
реклама
Поиск консервативных аминокислотных остатков для белка альфа-кристаллина позвоночных Выступающий: Н.Г.Шиляев Руководитель: д.ф.-м.н. О.В.Галзитская Институт белка РАН 16th May, 2015 Nikita Shilyaev 1 / 12 Альфа-кристаллины Nikita Shilyaev 2 / 12 План работы 1. Извлечь из баз данных белковые последовательности альфа-кристаллинов I I Очистка и структурирование данных, выравнивание Поиск консервативных остатков 2. Анализ аминокислотного состава I Учет и внутри- и межклассовый анализ аминокислотного состава 3. Сопоставление профиля консервативности с вторичной структурой 4. Поиск неструктурированных и амилоидогенных участков Nikita Shilyaev 3 / 12 Nikita Shilyaev 4 / 12 Результаты Nikita Shilyaev 5 / 12 Функционально-консервативные остатки и известная вторичная структура цепи A Nikita Shilyaev 6 / 12 Общий профиль структурированности цепи A 129 видов Nikita Shilyaev 7 / 12 Общий профиль амилоидогенных участков цепи A 129 видов Nikita Shilyaev 8 / 12 Сопоставление профилей цепи А Nikita Shilyaev 9 / 12 Сопоставление профилей цепи B Nikita Shilyaev 10 / 12 Содержание фенилаланина и тирозина в альфа-кристаллинах Nikita Shilyaev 11 / 12 Симбатное изменение содержания аргинина в альфа-кристаллинах Nikita Shilyaev 12 / 12 Результаты работы I Найдены консервативные аминокислотные остатки I Обнаружена корреляция консервативных участков со структурированными участками цепи I Предсказаны амилоидогенные участки альфа-кристаллинов I Содержание ароматических аминокислот выше средного по протеомам сохраняется во всех классах позвоночных I В экспериментально установленных структурах центральной части цепи, ароматические остатки приходятся на участки бета-структуры I Некоторые аминокислоты изменяют свое содержание симбатно в цепях a и b альфа-кристаллинов по классам Nikita Shilyaev 13 / 12 Спасибо за внимание! Nikita Shilyaev 14 / 12
