Выявление новых геномных вариантов кишечных вирусов на

ГБОУ ВПО «Нижегородская государственная медицинская академия», МЗ РФ
ГБУЗ НО «Нижегородская областная детская клиническая больница»,
ФБУН «Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии
и микробиологии им. акад. И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
А.В. Сергеева, Л.Ю. Послова , Н.В. Епифанова,
Т.А.Сашина , О.В.Морозова , Н.А. Новикова
Молекулярно-генетический мониторинг острых
кишечных инфекций вирусной этиологии в
детском многопрофильном стационаре
Нижний Новгород, 2015
В РФ в общей структуре ОКИ на долю вирусных диарей у детей приходится от
24% в летнее время года и до 70–78% в осенне-зимний период.
Reoviridae (род Rotavirus)
Caliciviridae (роды Norovirus,
Sapovirus)
Adenoviridae (род Mastadenovirus)
КИШЕЧНЫЕ
ВИРУСЫ
Astroviridae (род Astrovirus)
Picornaviridae (роды Enterovirus,
Parechovirus, Kobuvirus – агент Аичи)
Сoronaviridae (роды Coronavirus,
Torovirus)
Parvoviridae (род Bocavirus)
Picobirnaviridae (род Picobirnavirus)
Определение этиологической структуры
вирусных ОКИ среди пациентов медицинских
организаций
• инфекционного профиля
• неинфекционного профиля
вспышки ротавирусной инфекции в отделениях:
ЛОР
 хирургические
 реанимационные (среди 1% детей)
По данным Богоносовой Н.Н., 2014
Цель исследования:
изучение этиологической структуры вирусных
ОКИ в условиях неинфекционного
многопрофильного детского стационара и
молекулярно-генетическая характеристика
выявленных кишечных вирусов
Материалы и методы
 сидромальная диагностика случаев
показание для обследования - наличие диареи
ОКИ
178 человек, в т.ч.
138 детей
19 матерей, ухаживающих за детьми,
21 сотрудник
неврологические онкологическое прочие1%
2%
4%
хирургические
12%
эндокринол
огическое 68%
отд. раннего
возраста 13%
Структура отделений, в которые были
госпитализированы дети с ОКИ
Материалы и методы
 молекулярно-генетические
методы исследования
На базе проблемной научной лаборатории ПЦР-исследований
НИИ ПФ ГБОУ ВПО НижГМА
методом ПЦР –Real-time выявление и дифференциация ДНК (РНК)
ротавирусов группы А, норовирусов, астровирусов, энтеровирусов и ДНК
аденовирусов группы F («АмплиСенс® ОКИ скрин-FL», г. Москва)
178 образцов фекалий, 37 мазков из ротоглотки, 23 пробы окружающей среды.
В лаборатории молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций ФБУН
«ННИИЭМ им. академика И.Н. Блохиной» Роспотребнадзора
генотипирование кишечных вирусов (132 образца)
G[P]-типирование ротавирусов
секвенирование
анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов кДНК (программа
BLAST)
филогенетический анализ (программное обеспечение MEGA)
представление в международной базе данных GenBank
Ротавирусы
16,7%
Аденовирусы
1,3%
Астровирусы
1,3%
энтеро+рота
3,6%
энтеро+норо
3,6%
микст
28,1%
норо+рота
89,2%
рота+астро
3,6%
Норовирусы
52,6%
Распределение вирусов кишечной группы, обнаруженных у пациентов в
многопрофильном стационаре
Среди госпитализированных детей:
9 случаев заноса ОКИ вирусной этиологии,
66 случаев ИСМП
Среди матерей, находившихся в стационаре вместе с
детьми:
3 случая - носительство и стертая форма норовирусной инфекции
Контаминация кишечными вирусами объектов
окружающей среды
Норовирусы
26,1%
Не выявлено
наличия
вирусов
52,2%
Ротавирусы
13,0%
Микст
8,7%
Больничные
палаты
39%
Не выявлено
наличия
вирусов
52%
Туалеты
9%
Возможность реализации аэрогенного
механизма передачи
Обнаружено
10,8%
РотаНороАденовирусы
Не
обнаружено
89,2%
Генотипирование ротавирусов
G4P[8]
30,0%
G1P[8]
70,0%
В 2013г. - низкая
циркуляция на
территории
города.
ИСМП
В 2013 г.
преобладание
циркуляции на
территории
г.Н.Новгорода при
спорадической
заболеваемости.
Занос в стационар.
Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа нуклеотидных
последовательностей участка гена VP7 генома ротавирусов
Генотипирование норовирусов
GII.3
11,2%
GII.1
44,4%
- при
спорадической
заболеваемости в
2006-12 гг.;
-вспышка в
учебном заведении
в 2012 г.
ИСМП
GII.4
44,4%
Геновариант Sydney_2012:
групповое заболевание ОКИ
в соматическом стационаре
в ноябре 2013 года
Занос в стационар
Геногруппа GII
Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа нуклеотидных последовательностей
участка гена VP1 генома норовирусов
Филогенетическое дерево, построенное на основе анализа нуклеотидных последовательностей
участка гена предшественника капсидных белков генома астровирусов.
Полученные
циркуляции
стационара.
клинические
43,8%.
при исследовании результаты свидетельствуют о активной
кишечных вирусов в условиях многопрофильного детского
Доля ОКИ вирусной этиологии среди пациентов, имеющих
признаки кишечной инфекции, и контактных лиц составляла
Объекты окружающей среды в неинфекционном отделении были
контаминированы вирусами кишечной группы в 47,8% случаев.
Доминировали норовирусы геногруппы GII (более 70%).
Ротавирусы с преобладанием генотипа G1P[8] составляли 23,2%.
Были выявлены аденовирусы группы F и астровирусы генотипов 1 и 2.
Применение молекулярно-генетических методов исследования в комплексе с
эпидемиологической диагностикой в рамках эпидемиологического надзора за
инфекциями в медицинской организации позволяет эффективно выявлять весь
спектр вирусных возбудителей ОКИ и проводить оценку их идентичности с
целью установления внутрибольничной передачи.
Благодарю за внимание